# TARGET T0639 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0639.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.071 0.581 0.005 0.005 0.007 0.048 0.057 0.225 2 N 0.025 0.156 0.016 0.006 0.012 0.074 0.516 0.195 3 A 0.012 0.672 0.013 0.009 0.007 0.045 0.112 0.131 4 M 0.107 0.494 0.013 0.006 0.005 0.042 0.199 0.134 5 E 0.015 0.580 0.010 0.010 0.003 0.055 0.084 0.243 6 T 0.024 0.820 0.005 0.001 0.002 0.015 0.038 0.095 7 L 0.017 0.880 0.003 0.001 0.001 0.009 0.048 0.040 8 N 0.004 0.921 0.003 0.002 0.001 0.005 0.042 0.023 9 D 0.010 0.920 0.002 0.001 0.002 0.004 0.026 0.035 10 I 0.008 0.937 0.005 0.002 0.002 0.003 0.032 0.012 11 K 0.014 0.888 0.007 0.003 0.004 0.006 0.051 0.026 12 K 0.047 0.624 0.015 0.005 0.006 0.014 0.216 0.073 13 I 0.023 0.572 0.041 0.012 0.013 0.028 0.202 0.109 14 L 0.053 0.249 0.173 0.018 0.021 0.057 0.289 0.140 15 I 0.125 0.328 0.029 0.016 0.015 0.060 0.094 0.333 16 N 0.057 0.131 0.035 0.012 0.015 0.102 0.075 0.572 17 V 0.026 0.121 0.091 0.030 0.041 0.099 0.092 0.501 18 G 0.083 0.086 0.138 0.034 0.047 0.087 0.227 0.297 19 L 0.127 0.041 0.041 0.042 0.030 0.085 0.055 0.580 20 Y 0.157 0.035 0.058 0.031 0.079 0.080 0.055 0.505 21 Q 0.055 0.024 0.075 0.030 0.067 0.090 0.034 0.625 22 G 0.025 0.010 0.059 0.032 0.065 0.135 0.083 0.592 23 F 0.034 0.023 0.093 0.110 0.110 0.103 0.073 0.455 24 D 0.156 0.011 0.040 0.030 0.061 0.100 0.043 0.559 25 L 0.011 0.006 0.048 0.033 0.033 0.166 0.035 0.669 26 T 0.049 0.027 0.035 0.016 0.028 0.126 0.043 0.675 27 D 0.415 0.089 0.011 0.010 0.010 0.047 0.198 0.221 28 P 0.026 0.041 0.020 0.018 0.013 0.115 0.076 0.692 29 K 0.042 0.111 0.030 0.017 0.060 0.097 0.071 0.571 30 V 0.070 0.190 0.036 0.047 0.040 0.101 0.065 0.451 31 S 0.199 0.158 0.023 0.031 0.040 0.059 0.177 0.314 32 E 0.091 0.080 0.022 0.039 0.052 0.091 0.125 0.500 33 E 0.106 0.046 0.035 0.017 0.063 0.097 0.066 0.569 34 V 0.028 0.011 0.056 0.048 0.063 0.159 0.101 0.534 35 N 0.188 0.045 0.020 0.025 0.036 0.112 0.098 0.476 36 H 0.094 0.008 0.021 0.011 0.014 0.159 0.136 0.559 37 E 0.029 0.021 0.017 0.013 0.010 0.128 0.032 0.749 38 T 0.339 0.025 0.004 0.003 0.005 0.082 0.029 0.514 39 A 0.038 0.037 0.009 0.011 0.010 0.138 0.033 0.723 40 N 0.037 0.146 0.016 0.013 0.039 0.108 0.064 0.577 41 M 0.034 0.141 0.013 0.056 0.050 0.089 0.070 0.547 42 K 0.034 0.148 0.072 0.204 0.165 0.058 0.127 0.192 43 W 0.124 0.057 0.048 0.081 0.182 0.058 0.066 0.386 44 I 0.144 0.035 0.102 0.092 0.130 0.071 0.127 0.300 45 K 0.061 0.009 0.060 0.050 0.099 0.105 0.047 0.568 46 D 0.017 0.007 0.040 0.036 0.088 0.130 0.039 0.645 47 Y 0.019 0.007 0.051 0.044 0.059 0.161 0.047 0.613 48 T 0.135 0.014 0.050 0.031 0.040 0.141 0.143 0.447 49 S 0.082 0.016 0.028 0.013 0.016 0.152 0.049 0.645 50 D 0.053 0.026 0.014 0.006 0.010 0.128 0.032 0.731 51 G 0.029 0.019 0.017 0.009 0.011 0.159 0.068 0.687 52 N 0.084 0.136 0.013 0.012 0.015 0.121 0.106 0.513 53 W 0.140 0.338 0.006 0.004 0.008 0.070 0.071 0.362 54 D 0.043 0.683 0.002 0.006 0.005 0.031 0.037 0.194 55 N 0.031 0.692 0.004 0.008 0.012 0.029 0.079 0.144 56 E 0.016 0.727 0.011 0.008 0.018 0.021 0.114 0.086 57 F 0.028 0.848 0.004 0.005 0.005 0.009 0.067 0.035 58 K 0.038 0.896 0.001 0.002 0.001 0.005 0.033 0.024 59 E 0.015 0.701 0.005 0.002 0.003 0.018 0.121 0.135 60 D 0.007 0.914 0.002 0.001 0.001 0.005 0.043 0.028 61 L 0.048 0.889 0.001 0.001 0.001 0.004 0.043 0.015 62 K 0.025 0.812 0.002 0.001 0.001 0.011 0.068 0.080 63 N 0.014 0.868 0.002 0.001 0.001 0.008 0.030 0.076 64 F 0.041 0.812 0.008 0.001 0.001 0.012 0.085 0.041 65 L 0.061 0.729 0.009 0.003 0.002 0.020 0.098 0.079 66 D 0.033 0.794 0.004 0.001 0.002 0.014 0.032 0.122 67 Y 0.012 0.881 0.005 0.001 0.001 0.009 0.049 0.041 68 M 0.013 0.775 0.013 0.005 0.003 0.013 0.141 0.038 69 E 0.019 0.871 0.008 0.004 0.004 0.008 0.046 0.040 70 V 0.040 0.782 0.016 0.007 0.013 0.013 0.052 0.078 71 C 0.030 0.738 0.040 0.020 0.027 0.018 0.071 0.056 72 Q 0.070 0.332 0.059 0.031 0.062 0.048 0.239 0.159 73 L 0.058 0.190 0.069 0.079 0.099 0.069 0.148 0.289 74 A 0.151 0.089 0.062 0.041 0.092 0.095 0.079 0.390 75 L 0.051 0.025 0.076 0.044 0.051 0.146 0.151 0.457 76 N 0.060 0.060 0.013 0.011 0.013 0.103 0.037 0.703 77 D 0.461 0.112 0.004 0.003 0.004 0.045 0.056 0.314 78 K 0.026 0.110 0.007 0.012 0.009 0.098 0.030 0.708 79 N 0.048 0.240 0.013 0.008 0.032 0.080 0.043 0.535 80 F 0.047 0.157 0.023 0.043 0.037 0.107 0.163 0.424 81 K 0.056 0.255 0.051 0.065 0.050 0.063 0.270 0.189 82 I 0.106 0.218 0.022 0.019 0.031 0.069 0.141 0.394 83 A 0.066 0.464 0.024 0.016 0.017 0.057 0.094 0.262 84 S 0.056 0.575 0.009 0.008 0.012 0.047 0.089 0.203 85 N 0.018 0.790 0.004 0.007 0.006 0.021 0.060 0.093 86 S 0.012 0.884 0.004 0.004 0.007 0.007 0.048 0.034 87 L 0.010 0.911 0.005 0.005 0.008 0.005 0.039 0.018 88 F 0.013 0.826 0.011 0.011 0.015 0.006 0.103 0.015 89 M 0.016 0.624 0.025 0.043 0.057 0.017 0.162 0.055 90 A 0.026 0.564 0.055 0.040 0.117 0.018 0.119 0.060 91 M 0.021 0.260 0.124 0.100 0.139 0.046 0.202 0.107 92 I 0.017 0.130 0.170 0.121 0.140 0.061 0.246 0.117 93 Y 0.059 0.232 0.105 0.074 0.110 0.073 0.113 0.234 94 A 0.048 0.090 0.079 0.046 0.048 0.108 0.155 0.426 95 G 0.018 0.205 0.084 0.041 0.040 0.105 0.120 0.387 96 N 0.069 0.525 0.025 0.009 0.015 0.050 0.079 0.229 97 L 0.037 0.695 0.011 0.011 0.010 0.029 0.069 0.137 98 S 0.033 0.678 0.013 0.009 0.011 0.025 0.103 0.128 99 L 0.032 0.437 0.033 0.016 0.028 0.036 0.278 0.141 100 I 0.026 0.663 0.039 0.018 0.021 0.031 0.106 0.095 101 F 0.122 0.600 0.012 0.007 0.012 0.021 0.123 0.102 102 D 0.043 0.299 0.019 0.016 0.013 0.062 0.306 0.241 103 S 0.019 0.493 0.042 0.014 0.020 0.068 0.134 0.210 104 I 0.104 0.588 0.019 0.006 0.011 0.038 0.073 0.160 105 K 0.076 0.256 0.014 0.009 0.009 0.081 0.252 0.303 106 T 0.008 0.138 0.036 0.015 0.014 0.110 0.425 0.255 107 D 0.022 0.732 0.025 0.007 0.010 0.030 0.078 0.096 108 I 0.067 0.790 0.013 0.003 0.004 0.016 0.043 0.063 109 S 0.027 0.405 0.024 0.014 0.011 0.056 0.275 0.188 110 T 0.026 0.366 0.032 0.020 0.030 0.083 0.170 0.271 111 L 0.117 0.401 0.057 0.014 0.045 0.055 0.109 0.202 112 L 0.037 0.476 0.028 0.036 0.030 0.053 0.088 0.252 113 S 0.065 0.363 0.017 0.031 0.055 0.063 0.142 0.264 114 A 0.097 0.180 0.065 0.046 0.085 0.079 0.149 0.300 115 E 0.079 0.038 0.063 0.059 0.089 0.074 0.160 0.439 116 Y 0.062 0.007 0.052 0.054 0.062 0.114 0.101 0.547 117 K 0.152 0.006 0.033 0.033 0.041 0.102 0.045 0.587 118 K 0.069 0.001 0.016 0.007 0.014 0.097 0.022 0.773 119 N 0.035 0.005 0.034 0.023 0.038 0.133 0.025 0.707 120 S 0.018 0.001 0.010 0.015 0.028 0.119 0.012 0.797 121 F 0.007 0.002 0.058 0.069 0.093 0.149 0.026 0.595 122 S 0.036 0.010 0.051 0.069 0.096 0.126 0.033 0.578 123 W 0.092 0.013 0.025 0.050 0.046 0.111 0.068 0.594 124 P 0.083 0.013 0.035 0.046 0.071 0.110 0.061 0.581 125 S 0.061 0.021 0.032 0.042 0.092 0.110 0.069 0.572 126 L 0.059 0.013 0.021 0.028 0.036 0.115 0.034 0.693 127 D 0.269 0.052 0.011 0.032 0.045 0.075 0.079 0.437 128 E 0.070 0.027 0.013 0.025 0.044 0.109 0.057 0.654