# TARGET T0639 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0639.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.020 0.088 0.033 0.012 0.044 0.020 0.035 0.535 0.152 0.048 0.014 2 N 0.014 0.041 0.024 0.008 0.019 0.011 0.024 0.613 0.140 0.091 0.015 3 A 0.013 0.030 0.009 0.002 0.020 0.004 0.012 0.693 0.142 0.066 0.009 4 M 0.010 0.016 0.005 0.002 0.014 0.004 0.007 0.755 0.154 0.024 0.007 5 E 0.004 0.010 0.006 0.003 0.007 0.007 0.031 0.810 0.102 0.019 0.003 6 T 0.017 0.023 0.011 0.002 0.017 0.004 0.022 0.651 0.077 0.169 0.008 7 L 0.006 0.014 0.004 0.001 0.012 0.002 0.005 0.811 0.128 0.015 0.003 8 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.934 0.051 0.003 0.001 9 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.932 0.048 0.010 0.001 10 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.032 0.004 0.001 11 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.024 0.001 0.001 12 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.983 0.012 0.001 0.001 13 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.979 0.011 0.001 0.001 14 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.939 0.047 0.004 0.001 15 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.013 0.865 0.101 0.008 0.001 16 N 0.016 0.006 0.003 0.003 0.008 0.003 0.113 0.763 0.042 0.039 0.005 17 V 0.017 0.484 0.091 0.011 0.097 0.011 0.048 0.166 0.045 0.021 0.009 18 G 0.073 0.041 0.035 0.031 0.072 0.018 0.016 0.219 0.105 0.235 0.156 19 L 0.086 0.063 0.032 0.010 0.111 0.014 0.055 0.374 0.149 0.072 0.034 20 Y 0.072 0.061 0.040 0.035 0.082 0.067 0.146 0.265 0.097 0.088 0.046 21 Q 0.023 0.218 0.138 0.115 0.065 0.091 0.124 0.084 0.044 0.068 0.031 22 G 0.088 0.037 0.033 0.044 0.069 0.014 0.010 0.036 0.036 0.446 0.185 23 F 0.060 0.359 0.095 0.020 0.233 0.026 0.032 0.054 0.050 0.045 0.026 24 D 0.199 0.160 0.051 0.005 0.414 0.008 0.010 0.039 0.023 0.022 0.071 25 L 0.068 0.044 0.011 0.005 0.085 0.007 0.017 0.212 0.408 0.118 0.027 26 T 0.027 0.107 0.067 0.026 0.060 0.061 0.120 0.142 0.142 0.224 0.023 27 D 0.186 0.205 0.065 0.006 0.424 0.002 0.003 0.031 0.014 0.024 0.039 28 P 0.013 0.039 0.011 0.003 0.034 0.009 0.019 0.387 0.442 0.033 0.010 29 K 0.020 0.031 0.016 0.005 0.026 0.012 0.100 0.462 0.158 0.154 0.016 30 V 0.061 0.181 0.038 0.010 0.102 0.009 0.017 0.232 0.099 0.218 0.034 31 S 0.075 0.162 0.057 0.028 0.147 0.018 0.020 0.350 0.091 0.028 0.024 32 E 0.010 0.024 0.010 0.005 0.022 0.014 0.041 0.637 0.210 0.021 0.006 33 E 0.034 0.016 0.010 0.005 0.040 0.007 0.083 0.491 0.106 0.187 0.021 34 V 0.076 0.209 0.044 0.012 0.157 0.017 0.041 0.255 0.067 0.090 0.032 35 N 0.118 0.118 0.056 0.025 0.164 0.028 0.032 0.181 0.079 0.097 0.101 36 H 0.041 0.085 0.033 0.011 0.089 0.014 0.040 0.404 0.184 0.079 0.020 37 E 0.046 0.079 0.040 0.016 0.071 0.032 0.090 0.246 0.127 0.220 0.034 38 T 0.167 0.168 0.055 0.014 0.244 0.009 0.017 0.143 0.063 0.061 0.060 39 A 0.025 0.068 0.034 0.023 0.044 0.049 0.074 0.373 0.222 0.068 0.021 40 N 0.067 0.066 0.031 0.013 0.082 0.021 0.058 0.209 0.106 0.293 0.054 41 M 0.142 0.177 0.015 0.004 0.337 0.006 0.009 0.124 0.070 0.073 0.043 42 K 0.101 0.225 0.030 0.007 0.322 0.014 0.030 0.193 0.042 0.015 0.022 43 W 0.231 0.077 0.021 0.007 0.242 0.009 0.025 0.210 0.063 0.060 0.057 44 I 0.150 0.081 0.018 0.015 0.228 0.026 0.029 0.206 0.119 0.087 0.041 45 K 0.074 0.093 0.049 0.025 0.139 0.052 0.097 0.251 0.122 0.063 0.035 46 D 0.134 0.124 0.048 0.009 0.278 0.013 0.037 0.114 0.060 0.113 0.071 47 Y 0.108 0.179 0.040 0.013 0.256 0.014 0.039 0.119 0.078 0.108 0.046 48 T 0.126 0.171 0.161 0.028 0.162 0.018 0.032 0.119 0.057 0.057 0.070 49 S 0.055 0.100 0.080 0.062 0.081 0.065 0.073 0.280 0.096 0.070 0.039 50 D 0.024 0.241 0.131 0.092 0.064 0.065 0.101 0.130 0.067 0.064 0.021 51 G 0.026 0.036 0.050 0.076 0.027 0.031 0.021 0.079 0.064 0.451 0.140 52 N 0.090 0.209 0.143 0.018 0.176 0.012 0.024 0.118 0.045 0.104 0.060 53 W 0.062 0.175 0.063 0.016 0.077 0.022 0.024 0.197 0.136 0.184 0.046 54 D 0.062 0.168 0.055 0.029 0.135 0.024 0.025 0.330 0.101 0.046 0.024 55 N 0.009 0.023 0.016 0.006 0.016 0.011 0.015 0.675 0.183 0.038 0.008 56 E 0.009 0.016 0.010 0.002 0.011 0.004 0.034 0.736 0.100 0.071 0.008 57 F 0.021 0.079 0.026 0.004 0.032 0.005 0.007 0.669 0.074 0.072 0.013 58 K 0.011 0.026 0.008 0.005 0.018 0.005 0.007 0.805 0.094 0.012 0.008 59 E 0.002 0.005 0.003 0.002 0.002 0.004 0.030 0.880 0.063 0.008 0.001 60 D 0.009 0.013 0.006 0.001 0.008 0.002 0.014 0.817 0.043 0.084 0.004 61 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.829 0.145 0.014 0.002 62 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.904 0.081 0.003 0.001 63 N 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.011 0.885 0.057 0.033 0.001 64 F 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.884 0.080 0.021 0.001 65 L 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.882 0.097 0.003 0.001 66 D 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.025 0.907 0.050 0.007 0.001 67 Y 0.007 0.004 0.003 0.001 0.006 0.001 0.009 0.852 0.066 0.048 0.003 68 M 0.008 0.019 0.003 0.002 0.015 0.003 0.008 0.853 0.078 0.007 0.003 69 E 0.003 0.005 0.002 0.001 0.006 0.002 0.012 0.906 0.055 0.005 0.002 70 V 0.015 0.006 0.002 0.001 0.010 0.001 0.015 0.895 0.039 0.014 0.002 71 C 0.022 0.021 0.004 0.003 0.031 0.004 0.018 0.825 0.058 0.009 0.005 72 Q 0.015 0.011 0.003 0.002 0.022 0.003 0.018 0.832 0.078 0.010 0.005 73 L 0.021 0.019 0.005 0.003 0.035 0.003 0.036 0.762 0.087 0.023 0.006 74 A 0.075 0.040 0.013 0.005 0.072 0.006 0.077 0.560 0.086 0.043 0.024 75 L 0.040 0.087 0.040 0.011 0.086 0.024 0.087 0.383 0.113 0.092 0.036 76 N 0.068 0.125 0.064 0.021 0.144 0.033 0.055 0.171 0.097 0.169 0.054 77 D 0.107 0.079 0.025 0.008 0.170 0.008 0.016 0.228 0.237 0.084 0.036 78 K 0.005 0.024 0.016 0.006 0.011 0.016 0.044 0.413 0.397 0.062 0.006 79 N 0.056 0.046 0.016 0.006 0.052 0.010 0.037 0.348 0.115 0.271 0.044 80 F 0.087 0.177 0.018 0.005 0.215 0.006 0.009 0.304 0.095 0.054 0.030 81 K 0.061 0.080 0.027 0.012 0.111 0.016 0.034 0.527 0.086 0.025 0.021 82 I 0.055 0.038 0.013 0.007 0.057 0.006 0.028 0.627 0.101 0.047 0.021 83 A 0.026 0.033 0.016 0.011 0.038 0.017 0.033 0.620 0.120 0.068 0.016 84 S 0.014 0.061 0.025 0.010 0.027 0.013 0.035 0.648 0.117 0.040 0.010 85 N 0.013 0.017 0.010 0.004 0.016 0.006 0.014 0.640 0.154 0.107 0.021 86 S 0.007 0.065 0.007 0.001 0.032 0.003 0.010 0.764 0.097 0.012 0.003 87 L 0.011 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.006 0.878 0.077 0.012 0.003 88 F 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.930 0.048 0.003 0.001 89 M 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.007 0.913 0.061 0.005 0.001 90 A 0.009 0.003 0.001 0.001 0.009 0.001 0.017 0.910 0.043 0.005 0.001 91 M 0.028 0.008 0.002 0.002 0.045 0.001 0.017 0.835 0.046 0.010 0.005 92 I 0.038 0.023 0.005 0.002 0.075 0.002 0.034 0.741 0.066 0.007 0.007 93 Y 0.139 0.021 0.008 0.010 0.051 0.004 0.132 0.549 0.038 0.029 0.020 94 A 0.030 0.067 0.038 0.043 0.052 0.041 0.095 0.350 0.113 0.130 0.041 95 G 0.013 0.052 0.088 0.150 0.032 0.075 0.040 0.251 0.136 0.127 0.036 96 N 0.063 0.098 0.033 0.008 0.089 0.008 0.025 0.415 0.135 0.099 0.027 97 L 0.013 0.019 0.008 0.003 0.024 0.004 0.006 0.434 0.402 0.074 0.013 98 S 0.014 0.024 0.009 0.006 0.025 0.008 0.019 0.744 0.128 0.015 0.007 99 L 0.025 0.028 0.009 0.003 0.034 0.003 0.024 0.772 0.071 0.023 0.008 100 I 0.027 0.010 0.004 0.002 0.018 0.003 0.017 0.774 0.089 0.048 0.007 101 F 0.019 0.046 0.015 0.010 0.038 0.012 0.023 0.678 0.128 0.022 0.010 102 D 0.015 0.026 0.012 0.008 0.025 0.012 0.035 0.651 0.153 0.050 0.013 103 S 0.025 0.031 0.014 0.004 0.049 0.005 0.041 0.635 0.132 0.054 0.011 104 I 0.052 0.091 0.024 0.006 0.077 0.009 0.048 0.479 0.119 0.071 0.023 105 K 0.050 0.048 0.018 0.011 0.056 0.012 0.041 0.510 0.121 0.090 0.044 106 T 0.016 0.075 0.032 0.012 0.051 0.020 0.042 0.579 0.113 0.049 0.012 107 D 0.064 0.070 0.019 0.006 0.071 0.007 0.021 0.574 0.084 0.067 0.019 108 I 0.011 0.006 0.003 0.001 0.012 0.002 0.004 0.625 0.295 0.035 0.006 109 S 0.006 0.009 0.004 0.003 0.009 0.005 0.012 0.827 0.113 0.011 0.003 110 T 0.011 0.015 0.005 0.002 0.020 0.004 0.023 0.787 0.098 0.030 0.005 111 L 0.035 0.012 0.005 0.003 0.021 0.003 0.043 0.761 0.070 0.042 0.007 112 L 0.022 0.083 0.029 0.010 0.051 0.018 0.039 0.547 0.125 0.060 0.015 113 S 0.054 0.057 0.024 0.010 0.072 0.013 0.027 0.512 0.143 0.063 0.026 114 A 0.019 0.065 0.025 0.006 0.057 0.010 0.033 0.571 0.168 0.035 0.009 115 E 0.054 0.047 0.016 0.006 0.066 0.011 0.092 0.477 0.124 0.085 0.022 116 Y 0.099 0.121 0.038 0.010 0.180 0.011 0.039 0.301 0.078 0.078 0.045 117 K 0.081 0.077 0.040 0.023 0.104 0.035 0.063 0.341 0.095 0.090 0.049 118 K 0.061 0.160 0.068 0.034 0.104 0.046 0.089 0.211 0.103 0.088 0.037 119 N 0.071 0.123 0.080 0.071 0.101 0.046 0.047 0.116 0.082 0.188 0.074 120 S 0.112 0.113 0.047 0.028 0.143 0.029 0.045 0.129 0.107 0.178 0.070 121 F 0.111 0.207 0.068 0.023 0.229 0.022 0.046 0.091 0.073 0.085 0.046 122 S 0.095 0.206 0.133 0.052 0.161 0.029 0.048 0.057 0.054 0.104 0.060 123 W 0.067 0.355 0.262 0.027 0.179 0.006 0.010 0.026 0.024 0.018 0.026 124 P 0.052 0.319 0.120 0.016 0.163 0.021 0.063 0.111 0.080 0.028 0.027 125 S 0.123 0.175 0.068 0.008 0.200 0.012 0.047 0.098 0.072 0.119 0.079 126 L 0.069 0.254 0.059 0.018 0.184 0.022 0.038 0.111 0.103 0.105 0.037 127 D 0.128 0.156 0.095 0.030 0.220 0.023 0.026 0.129 0.080 0.069 0.045 128 E 0.045 0.049 0.017 0.007 0.072 0.014 0.033 0.335 0.307 0.097 0.022