# TARGET T0639 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0639.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.758 0.150 0.064 0.022 0.005 0.001 0.001 2 N 0.716 0.180 0.078 0.018 0.006 0.002 0.001 3 A 0.294 0.250 0.199 0.147 0.079 0.029 0.002 4 M 0.200 0.173 0.217 0.218 0.141 0.046 0.004 5 E 0.380 0.341 0.157 0.086 0.027 0.009 0.001 6 T 0.170 0.233 0.237 0.186 0.129 0.041 0.004 7 L 0.045 0.058 0.131 0.256 0.324 0.170 0.014 8 N 0.219 0.365 0.233 0.133 0.037 0.012 0.001 9 D 0.097 0.251 0.315 0.207 0.104 0.025 0.002 10 I 0.022 0.031 0.056 0.174 0.387 0.299 0.030 11 K 0.060 0.194 0.291 0.293 0.118 0.039 0.004 12 K 0.249 0.410 0.208 0.093 0.029 0.010 0.001 13 I 0.053 0.129 0.218 0.320 0.209 0.065 0.006 14 L 0.046 0.063 0.091 0.185 0.302 0.265 0.048 15 I 0.109 0.211 0.226 0.241 0.141 0.063 0.010 16 N 0.268 0.278 0.227 0.132 0.059 0.029 0.007 17 V 0.095 0.130 0.149 0.219 0.210 0.163 0.034 18 G 0.140 0.202 0.209 0.176 0.138 0.102 0.033 19 L 0.085 0.098 0.102 0.169 0.214 0.247 0.085 20 Y 0.119 0.135 0.183 0.223 0.190 0.112 0.037 21 Q 0.127 0.198 0.194 0.194 0.144 0.108 0.035 22 G 0.109 0.125 0.183 0.204 0.198 0.145 0.036 23 F 0.073 0.078 0.097 0.171 0.254 0.267 0.059 24 D 0.140 0.277 0.269 0.186 0.088 0.035 0.004 25 L 0.120 0.110 0.157 0.255 0.236 0.112 0.010 26 T 0.259 0.274 0.225 0.159 0.062 0.019 0.002 27 D 0.560 0.269 0.113 0.043 0.013 0.003 0.001 28 P 0.590 0.263 0.094 0.040 0.011 0.002 0.001 29 K 0.550 0.290 0.104 0.042 0.011 0.003 0.001 30 V 0.191 0.207 0.234 0.227 0.118 0.023 0.001 31 S 0.350 0.287 0.202 0.117 0.036 0.008 0.001 32 E 0.427 0.311 0.142 0.090 0.026 0.004 0.001 33 E 0.455 0.305 0.160 0.059 0.018 0.004 0.001 34 V 0.116 0.106 0.176 0.306 0.231 0.063 0.002 35 N 0.334 0.301 0.213 0.111 0.032 0.008 0.001 36 H 0.463 0.275 0.162 0.068 0.026 0.006 0.001 37 E 0.343 0.267 0.184 0.138 0.054 0.013 0.001 38 T 0.500 0.269 0.149 0.058 0.018 0.006 0.001 39 A 0.351 0.266 0.182 0.135 0.051 0.013 0.001 40 N 0.379 0.320 0.174 0.083 0.030 0.014 0.001 41 M 0.066 0.114 0.200 0.325 0.229 0.061 0.004 42 K 0.248 0.363 0.257 0.095 0.026 0.010 0.001 43 W 0.028 0.060 0.140 0.288 0.335 0.138 0.011 44 I 0.037 0.059 0.115 0.223 0.318 0.223 0.025 45 K 0.163 0.320 0.273 0.161 0.060 0.021 0.003 46 D 0.194 0.336 0.239 0.147 0.062 0.019 0.003 47 Y 0.059 0.087 0.134 0.254 0.283 0.169 0.014 48 T 0.179 0.243 0.222 0.216 0.098 0.038 0.005 49 S 0.358 0.288 0.183 0.105 0.049 0.015 0.001 50 D 0.427 0.257 0.169 0.098 0.038 0.010 0.001 51 G 0.516 0.232 0.132 0.082 0.029 0.008 0.001 52 N 0.627 0.256 0.080 0.026 0.008 0.003 0.001 53 W 0.309 0.240 0.197 0.143 0.086 0.024 0.002 54 D 0.428 0.310 0.157 0.078 0.023 0.005 0.001 55 N 0.384 0.364 0.106 0.102 0.036 0.007 0.001 56 E 0.168 0.236 0.263 0.193 0.110 0.028 0.001 57 F 0.044 0.071 0.158 0.245 0.337 0.140 0.006 58 K 0.148 0.424 0.232 0.157 0.034 0.005 0.001 59 E 0.166 0.427 0.170 0.164 0.060 0.013 0.001 60 D 0.057 0.112 0.252 0.285 0.234 0.057 0.002 61 L 0.022 0.054 0.156 0.372 0.283 0.107 0.006 62 K 0.401 0.355 0.196 0.038 0.007 0.001 0.001 63 N 0.151 0.411 0.270 0.117 0.041 0.009 0.001 64 F 0.027 0.052 0.094 0.226 0.328 0.260 0.012 65 L 0.035 0.095 0.203 0.352 0.233 0.075 0.006 66 D 0.259 0.426 0.218 0.070 0.020 0.007 0.001 67 Y 0.041 0.113 0.190 0.303 0.245 0.098 0.010 68 M 0.031 0.069 0.123 0.239 0.283 0.215 0.040 69 E 0.158 0.312 0.286 0.155 0.058 0.026 0.006 70 V 0.057 0.143 0.215 0.263 0.207 0.094 0.021 71 C 0.014 0.030 0.051 0.130 0.291 0.408 0.077 72 Q 0.039 0.107 0.213 0.247 0.223 0.136 0.035 73 L 0.046 0.108 0.148 0.193 0.209 0.250 0.045 74 A 0.035 0.092 0.174 0.265 0.257 0.159 0.018 75 L 0.042 0.069 0.141 0.268 0.284 0.175 0.021 76 N 0.240 0.299 0.253 0.126 0.061 0.019 0.002 77 D 0.393 0.306 0.179 0.090 0.025 0.007 0.001 78 K 0.607 0.260 0.095 0.028 0.007 0.002 0.001 79 N 0.231 0.323 0.241 0.137 0.052 0.014 0.001 80 F 0.034 0.048 0.098 0.251 0.367 0.189 0.011 81 K 0.112 0.256 0.278 0.217 0.097 0.036 0.004 82 I 0.087 0.159 0.202 0.239 0.194 0.102 0.017 83 A 0.069 0.100 0.133 0.194 0.230 0.212 0.062 84 S 0.083 0.118 0.138 0.223 0.200 0.170 0.068 85 N 0.225 0.228 0.187 0.159 0.104 0.069 0.028 86 S 0.129 0.158 0.164 0.181 0.166 0.139 0.064 87 L 0.082 0.079 0.079 0.119 0.170 0.279 0.191 88 F 0.092 0.102 0.098 0.160 0.185 0.213 0.150 89 M 0.126 0.134 0.130 0.171 0.155 0.155 0.129 90 A 0.093 0.087 0.091 0.134 0.179 0.229 0.187 91 M 0.085 0.079 0.079 0.122 0.168 0.242 0.226 92 I 0.068 0.061 0.069 0.102 0.162 0.281 0.257 93 Y 0.062 0.066 0.071 0.118 0.171 0.286 0.228 94 A 0.085 0.091 0.113 0.167 0.194 0.211 0.140 95 G 0.098 0.135 0.146 0.180 0.182 0.173 0.086 96 N 0.080 0.111 0.149 0.178 0.184 0.192 0.106 97 L 0.032 0.040 0.059 0.132 0.240 0.354 0.143 98 S 0.115 0.222 0.268 0.208 0.106 0.061 0.020 99 L 0.056 0.133 0.188 0.240 0.218 0.132 0.033 100 I 0.026 0.038 0.060 0.125 0.245 0.374 0.133 101 F 0.027 0.046 0.103 0.207 0.298 0.250 0.069 102 D 0.159 0.321 0.261 0.163 0.062 0.027 0.007 103 S 0.069 0.152 0.223 0.237 0.199 0.101 0.020 104 I 0.035 0.047 0.069 0.156 0.283 0.327 0.083 105 K 0.094 0.209 0.248 0.241 0.137 0.061 0.012 106 T 0.216 0.294 0.191 0.170 0.085 0.037 0.007 107 D 0.132 0.189 0.226 0.205 0.155 0.079 0.015 108 I 0.075 0.087 0.101 0.186 0.230 0.253 0.069 109 S 0.141 0.200 0.222 0.216 0.144 0.065 0.013 110 T 0.176 0.280 0.232 0.182 0.083 0.039 0.008 111 L 0.100 0.094 0.142 0.214 0.240 0.180 0.030 112 L 0.098 0.107 0.131 0.211 0.248 0.174 0.031 113 S 0.249 0.283 0.250 0.135 0.057 0.022 0.003 114 A 0.235 0.239 0.189 0.195 0.103 0.036 0.003 115 E 0.277 0.307 0.208 0.124 0.058 0.025 0.002 116 Y 0.212 0.198 0.199 0.224 0.127 0.038 0.002 117 K 0.417 0.292 0.167 0.086 0.031 0.006 0.001 118 K 0.535 0.285 0.106 0.058 0.013 0.003 0.001 119 N 0.594 0.226 0.110 0.050 0.016 0.003 0.001 120 S 0.506 0.289 0.137 0.050 0.014 0.004 0.001 121 F 0.195 0.159 0.208 0.271 0.140 0.027 0.001 122 S 0.442 0.344 0.154 0.047 0.011 0.003 0.001 123 W 0.215 0.186 0.207 0.225 0.133 0.032 0.001 124 P 0.418 0.298 0.162 0.087 0.027 0.006 0.001 125 S 0.522 0.329 0.102 0.036 0.009 0.002 0.001 126 L 0.287 0.173 0.213 0.211 0.102 0.014 0.001 127 D 0.605 0.283 0.074 0.031 0.005 0.001 0.001 128 E 0.701 0.187 0.078 0.024 0.008 0.001 0.001