# TARGET T0639 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0639.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.517 0.172 0.111 0.072 0.048 0.034 0.025 0.008 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 2 N 0.344 0.188 0.161 0.111 0.080 0.055 0.031 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 3 A 0.119 0.083 0.089 0.140 0.172 0.149 0.105 0.067 0.042 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 4 M 0.096 0.087 0.098 0.161 0.180 0.139 0.099 0.071 0.039 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 5 E 0.475 0.204 0.135 0.075 0.046 0.031 0.016 0.008 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 6 T 0.116 0.119 0.129 0.185 0.176 0.138 0.061 0.035 0.025 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 7 L 0.032 0.035 0.047 0.108 0.180 0.190 0.172 0.135 0.059 0.021 0.013 0.004 0.003 0.001 8 N 0.378 0.214 0.160 0.104 0.067 0.041 0.019 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 9 D 0.299 0.243 0.176 0.120 0.068 0.056 0.019 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 10 I 0.030 0.024 0.031 0.084 0.152 0.204 0.214 0.141 0.068 0.023 0.018 0.006 0.004 0.001 11 K 0.075 0.119 0.192 0.215 0.173 0.122 0.053 0.026 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 12 K 0.570 0.204 0.101 0.054 0.029 0.024 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 I 0.075 0.077 0.085 0.184 0.223 0.170 0.091 0.053 0.023 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 14 L 0.057 0.044 0.066 0.104 0.156 0.165 0.158 0.130 0.061 0.026 0.019 0.006 0.004 0.002 15 I 0.223 0.150 0.122 0.154 0.141 0.095 0.054 0.031 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 16 N 0.383 0.176 0.143 0.101 0.069 0.058 0.029 0.016 0.015 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 17 V 0.077 0.049 0.067 0.103 0.167 0.174 0.145 0.092 0.052 0.032 0.021 0.012 0.006 0.002 18 G 0.138 0.102 0.145 0.136 0.138 0.121 0.085 0.059 0.041 0.020 0.010 0.003 0.001 0.001 19 L 0.124 0.058 0.053 0.088 0.125 0.116 0.127 0.115 0.072 0.054 0.035 0.019 0.010 0.004 20 Y 0.106 0.084 0.085 0.110 0.130 0.120 0.104 0.088 0.074 0.045 0.032 0.014 0.005 0.004 21 Q 0.076 0.051 0.078 0.096 0.134 0.120 0.119 0.108 0.075 0.065 0.046 0.019 0.008 0.005 22 G 0.064 0.063 0.066 0.103 0.143 0.130 0.120 0.106 0.085 0.057 0.035 0.015 0.007 0.005 23 F 0.083 0.052 0.058 0.083 0.108 0.121 0.122 0.113 0.091 0.077 0.047 0.025 0.014 0.005 24 D 0.108 0.099 0.118 0.139 0.155 0.118 0.097 0.074 0.045 0.023 0.014 0.005 0.002 0.002 25 L 0.072 0.050 0.061 0.089 0.131 0.128 0.131 0.124 0.094 0.053 0.036 0.017 0.011 0.004 26 T 0.127 0.135 0.139 0.167 0.147 0.114 0.074 0.048 0.028 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 27 D 0.408 0.196 0.128 0.093 0.059 0.052 0.034 0.011 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 28 P 0.332 0.169 0.150 0.120 0.092 0.067 0.038 0.015 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 29 K 0.290 0.164 0.162 0.133 0.111 0.068 0.037 0.017 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 30 V 0.146 0.097 0.089 0.148 0.174 0.134 0.094 0.063 0.031 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 31 S 0.237 0.154 0.140 0.135 0.123 0.084 0.059 0.027 0.023 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 32 E 0.363 0.158 0.137 0.110 0.082 0.064 0.038 0.020 0.014 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 33 E 0.293 0.189 0.147 0.127 0.098 0.071 0.038 0.016 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 34 V 0.119 0.078 0.084 0.141 0.179 0.155 0.097 0.077 0.035 0.018 0.008 0.005 0.003 0.001 35 N 0.299 0.158 0.133 0.138 0.118 0.066 0.046 0.020 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 36 H 0.371 0.172 0.136 0.108 0.082 0.059 0.036 0.016 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 37 E 0.281 0.140 0.147 0.124 0.124 0.080 0.053 0.020 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 38 T 0.321 0.197 0.166 0.115 0.082 0.059 0.031 0.012 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 39 A 0.276 0.161 0.118 0.142 0.120 0.086 0.049 0.024 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 40 N 0.130 0.147 0.139 0.171 0.158 0.127 0.061 0.030 0.025 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 41 M 0.058 0.056 0.068 0.131 0.188 0.171 0.123 0.090 0.058 0.027 0.016 0.010 0.004 0.001 42 K 0.332 0.209 0.166 0.089 0.064 0.065 0.032 0.016 0.017 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 43 W 0.044 0.045 0.077 0.134 0.183 0.158 0.128 0.107 0.058 0.029 0.017 0.012 0.006 0.002 44 I 0.028 0.036 0.041 0.100 0.147 0.167 0.150 0.130 0.109 0.042 0.025 0.016 0.007 0.003 45 K 0.179 0.180 0.166 0.154 0.107 0.100 0.052 0.029 0.019 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 46 D 0.324 0.198 0.161 0.103 0.078 0.065 0.033 0.016 0.014 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 47 Y 0.072 0.074 0.088 0.158 0.197 0.175 0.100 0.073 0.034 0.016 0.006 0.004 0.003 0.001 48 T 0.181 0.147 0.127 0.187 0.152 0.092 0.061 0.028 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 49 S 0.341 0.167 0.153 0.111 0.086 0.062 0.037 0.021 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 50 D 0.412 0.183 0.169 0.092 0.064 0.033 0.026 0.009 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 51 G 0.469 0.181 0.110 0.089 0.057 0.044 0.029 0.010 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 52 N 0.403 0.184 0.140 0.111 0.077 0.040 0.026 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 53 W 0.161 0.100 0.094 0.145 0.175 0.133 0.084 0.055 0.030 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 54 D 0.319 0.170 0.165 0.121 0.094 0.054 0.038 0.015 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 55 N 0.510 0.167 0.099 0.083 0.057 0.040 0.023 0.010 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 56 E 0.204 0.178 0.147 0.169 0.137 0.080 0.046 0.019 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 57 F 0.055 0.044 0.054 0.125 0.221 0.191 0.129 0.093 0.056 0.020 0.006 0.004 0.001 0.001 58 K 0.306 0.237 0.193 0.103 0.063 0.053 0.024 0.008 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 59 E 0.653 0.171 0.074 0.047 0.026 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 D 0.129 0.179 0.205 0.190 0.134 0.099 0.038 0.012 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.024 0.032 0.051 0.146 0.251 0.228 0.131 0.081 0.042 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 62 K 0.512 0.238 0.177 0.038 0.016 0.012 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 N 0.518 0.221 0.160 0.055 0.023 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 F 0.023 0.042 0.053 0.160 0.217 0.223 0.159 0.076 0.033 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 65 L 0.059 0.078 0.109 0.199 0.233 0.157 0.087 0.049 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 66 D 0.706 0.166 0.086 0.021 0.009 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 Y 0.086 0.076 0.096 0.186 0.227 0.168 0.085 0.038 0.024 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 68 M 0.041 0.050 0.078 0.154 0.214 0.185 0.142 0.081 0.033 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 69 E 0.406 0.229 0.144 0.097 0.056 0.036 0.018 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 V 0.139 0.130 0.104 0.165 0.172 0.127 0.078 0.045 0.024 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 71 C 0.021 0.020 0.027 0.063 0.124 0.183 0.226 0.178 0.072 0.039 0.032 0.008 0.005 0.002 72 Q 0.086 0.117 0.152 0.182 0.163 0.129 0.079 0.046 0.027 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 73 L 0.167 0.112 0.098 0.148 0.157 0.112 0.083 0.063 0.029 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 74 A 0.052 0.058 0.065 0.140 0.177 0.179 0.136 0.101 0.048 0.021 0.013 0.006 0.003 0.002 75 L 0.063 0.070 0.088 0.156 0.221 0.160 0.113 0.073 0.035 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 76 N 0.321 0.210 0.190 0.104 0.082 0.049 0.023 0.008 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 D 0.317 0.189 0.233 0.111 0.066 0.050 0.019 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 K 0.488 0.208 0.104 0.080 0.048 0.039 0.025 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 N 0.268 0.224 0.174 0.124 0.087 0.076 0.032 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 80 F 0.067 0.054 0.048 0.123 0.200 0.201 0.144 0.104 0.034 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 81 K 0.284 0.183 0.168 0.124 0.094 0.073 0.034 0.017 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 82 I 0.240 0.094 0.107 0.131 0.136 0.100 0.076 0.056 0.028 0.015 0.008 0.006 0.003 0.001 83 A 0.079 0.055 0.059 0.111 0.152 0.168 0.135 0.107 0.066 0.032 0.017 0.011 0.004 0.002 84 S 0.085 0.061 0.078 0.126 0.165 0.160 0.132 0.096 0.048 0.026 0.012 0.006 0.003 0.002 85 N 0.270 0.168 0.126 0.129 0.113 0.077 0.053 0.031 0.018 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 86 S 0.145 0.118 0.124 0.146 0.161 0.127 0.076 0.047 0.029 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 87 L 0.051 0.038 0.045 0.081 0.122 0.157 0.177 0.166 0.072 0.043 0.028 0.011 0.007 0.002 88 F 0.091 0.067 0.073 0.107 0.140 0.145 0.136 0.106 0.061 0.037 0.018 0.011 0.006 0.002 89 M 0.159 0.111 0.114 0.140 0.130 0.114 0.086 0.065 0.040 0.022 0.010 0.006 0.003 0.002 90 A 0.081 0.044 0.058 0.096 0.139 0.142 0.148 0.110 0.070 0.048 0.033 0.018 0.009 0.004 91 M 0.078 0.056 0.078 0.104 0.138 0.148 0.128 0.106 0.069 0.045 0.023 0.015 0.008 0.004 92 I 0.132 0.067 0.068 0.069 0.105 0.109 0.141 0.111 0.078 0.053 0.038 0.017 0.010 0.004 93 Y 0.076 0.053 0.056 0.091 0.139 0.152 0.147 0.112 0.080 0.049 0.026 0.011 0.005 0.003 94 A 0.078 0.058 0.079 0.110 0.133 0.138 0.129 0.114 0.065 0.044 0.028 0.013 0.008 0.003 95 G 0.214 0.126 0.109 0.136 0.139 0.102 0.072 0.047 0.026 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 96 N 0.091 0.095 0.128 0.161 0.160 0.140 0.099 0.064 0.038 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 97 L 0.052 0.032 0.037 0.074 0.137 0.170 0.198 0.152 0.069 0.035 0.030 0.008 0.005 0.002 98 S 0.260 0.217 0.204 0.128 0.078 0.061 0.026 0.012 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 99 L 0.225 0.121 0.140 0.146 0.147 0.088 0.060 0.040 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 100 I 0.056 0.044 0.048 0.107 0.154 0.185 0.165 0.119 0.070 0.027 0.015 0.006 0.003 0.001 101 F 0.078 0.067 0.101 0.149 0.184 0.162 0.113 0.077 0.037 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 102 D 0.562 0.191 0.108 0.058 0.034 0.024 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 S 0.148 0.127 0.171 0.177 0.154 0.109 0.055 0.033 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 104 I 0.065 0.036 0.043 0.088 0.153 0.181 0.188 0.130 0.064 0.027 0.016 0.005 0.003 0.001 105 K 0.157 0.151 0.178 0.191 0.138 0.096 0.044 0.024 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 106 T 0.489 0.170 0.109 0.087 0.062 0.038 0.022 0.011 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 107 D 0.141 0.130 0.163 0.185 0.163 0.108 0.056 0.029 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 108 I 0.072 0.039 0.055 0.090 0.136 0.164 0.160 0.141 0.069 0.035 0.023 0.008 0.005 0.002 109 S 0.186 0.146 0.122 0.147 0.143 0.102 0.074 0.041 0.022 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 110 T 0.311 0.158 0.148 0.125 0.097 0.072 0.036 0.023 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 111 L 0.072 0.053 0.065 0.120 0.162 0.160 0.141 0.106 0.057 0.029 0.019 0.009 0.005 0.002 112 L 0.069 0.047 0.064 0.105 0.178 0.166 0.145 0.103 0.058 0.031 0.018 0.009 0.004 0.002 113 S 0.253 0.173 0.153 0.124 0.107 0.079 0.051 0.027 0.021 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 114 A 0.203 0.098 0.105 0.135 0.154 0.114 0.078 0.053 0.029 0.015 0.010 0.004 0.002 0.001 115 E 0.230 0.146 0.142 0.144 0.125 0.097 0.059 0.026 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 116 Y 0.172 0.101 0.109 0.151 0.165 0.127 0.080 0.049 0.026 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 117 K 0.291 0.169 0.133 0.134 0.114 0.072 0.042 0.022 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 118 K 0.365 0.186 0.152 0.106 0.075 0.055 0.030 0.012 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 119 N 0.274 0.160 0.142 0.149 0.112 0.078 0.043 0.021 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 120 S 0.327 0.185 0.142 0.110 0.092 0.066 0.038 0.015 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 121 F 0.141 0.089 0.091 0.129 0.150 0.145 0.098 0.075 0.039 0.021 0.011 0.007 0.003 0.001 122 S 0.376 0.156 0.140 0.096 0.076 0.059 0.043 0.019 0.018 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 123 W 0.131 0.089 0.104 0.137 0.154 0.128 0.093 0.068 0.045 0.025 0.014 0.007 0.003 0.001 124 P 0.172 0.101 0.105 0.131 0.146 0.112 0.088 0.062 0.039 0.022 0.014 0.006 0.002 0.001 125 S 0.295 0.156 0.138 0.128 0.103 0.072 0.046 0.026 0.018 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 126 L 0.151 0.083 0.075 0.117 0.163 0.129 0.107 0.079 0.044 0.026 0.014 0.007 0.003 0.001 127 D 0.250 0.143 0.139 0.134 0.121 0.080 0.058 0.033 0.021 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 128 E 0.412 0.150 0.102 0.099 0.078 0.061 0.048 0.021 0.013 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001