This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA S A 2 2 NATAA N A 3 3 NATAA A A 4 4 NATAA M A 5 5 NATAA E A 6 6 NATAA T A 7 7 NATAA L A 8 8 NATAA N A 9 9 NATAA D A 10 10 NATAA I A 11 11 NATAA K A 12 12 NATAA K A 13 13 NATAA I A 14 14 NATAA L A 15 15 NATAA I A 16 16 NATAA N A 17 17 NATAA V A 18 18 NATAA G A 19 19 NATAA L A 20 20 NATAA Y A 21 21 NATAA Q A 22 22 NATAA G A 23 23 NATAA F A 24 24 NATAA D A 25 25 NATAA L A 26 26 NATAA T A 27 27 NATAA D A 28 28 NATRO P A 29 29 NATAA K A 30 30 NATAA V A 31 31 NATAA S A 32 32 NATAA E A 33 33 NATAA E A 34 34 NATAA V A 35 35 NATAA N A 36 36 NATAA H A 37 37 NATAA E A 38 38 NATAA T A 39 39 NATAA A A 40 40 NATAA N A 41 41 NATAA M A 42 42 NATAA K A 43 43 NATAA W A 44 44 NATAA I A 45 45 NATAA K A 46 46 NATAA D A 47 47 NATAA Y A 48 48 NATAA T A 49 49 NATAA S A 50 50 NATAA D A 51 51 NATAA G A 52 52 NATAA N A 53 53 NATAA W A 54 54 NATAA D A 55 55 NATAA N A 56 56 NATAA E A 57 57 NATAA F A 58 58 NATAA K A 59 59 NATAA E A 60 60 NATAA D A 61 61 NATAA L A 62 62 NATAA K A 63 63 NATAA N A 64 64 NATAA F A 65 65 NATAA L A 66 66 NATAA D A 67 67 NATAA Y A 68 68 NATAA M A 69 69 NATAA E A 70 70 NATAA V A 71 71 NATRO C A 72 72 NATAA Q A 73 73 NATAA L A 74 74 NATAA A A 75 75 NATAA L A 76 76 NATAA N A 77 77 NATAA D A 78 78 NATAA K A 79 79 NATAA N A 80 80 NATAA F A 81 81 NATAA K A 82 82 NATAA I A 83 83 NATAA A A 84 84 NATAA S A 85 85 NATAA N A 86 86 NATAA S A 87 87 NATAA L A 88 88 NATAA F A 89 89 NATAA M A 90 90 NATAA A A 91 91 NATAA M A 92 92 NATAA I A 93 93 NATAA Y A 94 94 NATAA A A 95 95 NATAA G A 96 96 NATAA N A 97 97 NATAA L A 98 98 NATAA S A 99 99 NATAA L A 100 100 NATAA I A 101 101 NATAA F A 102 102 NATAA D A 103 103 NATAA S A 104 104 NATAA I A 105 105 NATAA K A 106 106 NATAA T A 107 107 NATAA D A 108 108 NATAA I A 109 109 NATAA S A 110 110 NATAA T A 111 111 NATAA L A 112 112 NATAA L A 113 113 NATAA S A 114 114 NATAA A A 115 115 NATAA E A 116 116 NATAA Y A 117 117 NATAA K A 118 118 NATAA K A 119 119 NATAA N A 120 120 NATAA S A 121 121 NATAA F A 122 122 NATAA S A 123 123 NATAA W A 124 124 NATRO P A 125 125 NATAA S A 126 126 NATAA L A 127 127 NATAA D A 128 128 NATAA E