# TARGET T0639 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0639.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.006 0.002 0.012 0.169 0.189 0.622 2 N 0.012 0.009 0.044 0.404 0.227 0.304 3 A 0.011 0.006 0.056 0.575 0.189 0.162 4 M 0.011 0.003 0.059 0.667 0.150 0.109 5 E 0.013 0.005 0.045 0.643 0.155 0.140 6 T 0.011 0.007 0.029 0.719 0.095 0.140 7 L 0.005 0.003 0.012 0.885 0.035 0.061 8 N 0.005 0.001 0.011 0.901 0.032 0.050 9 D 0.003 0.001 0.009 0.959 0.012 0.016 10 I 0.001 0.001 0.003 0.987 0.004 0.005 11 K 0.001 0.001 0.003 0.988 0.005 0.003 12 K 0.001 0.001 0.003 0.988 0.005 0.003 13 I 0.002 0.001 0.004 0.983 0.007 0.004 14 L 0.003 0.001 0.008 0.969 0.013 0.007 15 I 0.003 0.001 0.017 0.944 0.022 0.013 16 N 0.004 0.001 0.011 0.903 0.043 0.038 17 V 0.008 0.001 0.011 0.831 0.061 0.088 18 G 0.028 0.004 0.018 0.203 0.225 0.522 19 L 0.079 0.012 0.061 0.214 0.314 0.321 20 Y 0.150 0.017 0.078 0.214 0.347 0.196 21 Q 0.150 0.010 0.058 0.157 0.398 0.226 22 G 0.213 0.009 0.014 0.029 0.317 0.418 23 F 0.355 0.056 0.009 0.019 0.199 0.362 24 D 0.312 0.041 0.014 0.031 0.271 0.331 25 L 0.163 0.019 0.102 0.126 0.367 0.224 26 T 0.136 0.021 0.091 0.106 0.414 0.232 27 D 0.139 0.014 0.110 0.117 0.450 0.170 28 P 0.093 0.010 0.069 0.162 0.364 0.303 29 K 0.121 0.031 0.059 0.152 0.302 0.336 30 V 0.141 0.032 0.053 0.190 0.260 0.324 31 S 0.134 0.014 0.054 0.193 0.255 0.350 32 E 0.140 0.013 0.158 0.298 0.218 0.174 33 E 0.125 0.013 0.155 0.305 0.248 0.154 34 V 0.095 0.007 0.170 0.246 0.312 0.170 35 N 0.073 0.014 0.067 0.189 0.389 0.267 36 H 0.077 0.009 0.061 0.127 0.412 0.313 37 E 0.076 0.009 0.034 0.115 0.342 0.424 38 T 0.095 0.013 0.057 0.107 0.313 0.415 39 A 0.110 0.012 0.028 0.078 0.326 0.447 40 N 0.112 0.007 0.031 0.066 0.183 0.601 41 M 0.393 0.010 0.058 0.198 0.122 0.219 42 K 0.603 0.007 0.036 0.163 0.069 0.123 43 W 0.645 0.010 0.032 0.175 0.050 0.088 44 I 0.542 0.013 0.053 0.187 0.089 0.117 45 K 0.406 0.011 0.090 0.159 0.160 0.174 46 D 0.220 0.007 0.096 0.152 0.300 0.225 47 Y 0.225 0.054 0.056 0.107 0.291 0.267 48 T 0.142 0.070 0.041 0.100 0.467 0.181 49 S 0.060 0.010 0.046 0.116 0.545 0.223 50 D 0.015 0.009 0.024 0.070 0.606 0.276 51 G 0.010 0.013 0.045 0.162 0.573 0.197 52 N 0.014 0.015 0.024 0.129 0.410 0.408 53 W 0.023 0.023 0.079 0.343 0.358 0.175 54 D 0.017 0.005 0.063 0.414 0.304 0.197 55 N 0.009 0.004 0.060 0.693 0.151 0.082 56 E 0.004 0.003 0.053 0.846 0.065 0.029 57 F 0.003 0.002 0.021 0.916 0.032 0.026 58 K 0.004 0.001 0.026 0.909 0.038 0.022 59 E 0.002 0.001 0.015 0.934 0.024 0.024 60 D 0.003 0.002 0.014 0.871 0.031 0.079 61 L 0.001 0.001 0.005 0.976 0.007 0.012 62 K 0.001 0.001 0.007 0.974 0.011 0.008 63 N 0.001 0.001 0.006 0.974 0.011 0.008 64 F 0.001 0.001 0.005 0.979 0.009 0.006 65 L 0.001 0.001 0.004 0.981 0.010 0.005 66 D 0.001 0.001 0.005 0.971 0.014 0.009 67 Y 0.001 0.001 0.005 0.964 0.013 0.016 68 M 0.005 0.001 0.005 0.947 0.017 0.025 69 E 0.008 0.001 0.007 0.921 0.027 0.035 70 V 0.007 0.001 0.006 0.947 0.018 0.021 71 C 0.022 0.002 0.010 0.914 0.027 0.026 72 Q 0.052 0.002 0.020 0.833 0.048 0.044 73 L 0.082 0.006 0.031 0.763 0.061 0.057 74 A 0.109 0.011 0.036 0.614 0.117 0.114 75 L 0.129 0.018 0.029 0.414 0.183 0.227 76 N 0.074 0.014 0.015 0.192 0.289 0.415 77 D 0.009 0.003 0.082 0.468 0.353 0.084 78 K 0.007 0.002 0.077 0.585 0.281 0.049 79 N 0.016 0.006 0.079 0.521 0.294 0.084 80 F 0.029 0.007 0.028 0.720 0.130 0.087 81 K 0.055 0.008 0.020 0.725 0.077 0.115 82 I 0.069 0.012 0.044 0.688 0.101 0.085 83 A 0.047 0.006 0.047 0.712 0.098 0.089 84 S 0.027 0.004 0.041 0.759 0.092 0.078 85 N 0.009 0.001 0.033 0.834 0.072 0.051 86 S 0.011 0.003 0.025 0.864 0.051 0.047 87 L 0.017 0.004 0.015 0.917 0.026 0.021 88 F 0.021 0.001 0.011 0.926 0.020 0.020 89 M 0.010 0.001 0.011 0.959 0.012 0.007 90 A 0.011 0.001 0.012 0.959 0.012 0.007 91 M 0.010 0.001 0.010 0.960 0.013 0.006 92 I 0.012 0.001 0.015 0.938 0.021 0.014 93 Y 0.010 0.001 0.014 0.915 0.031 0.029 94 A 0.010 0.002 0.011 0.893 0.039 0.045 95 G 0.014 0.006 0.010 0.635 0.118 0.217 96 N 0.016 0.011 0.011 0.429 0.140 0.393 97 L 0.002 0.001 0.029 0.939 0.018 0.012 98 S 0.002 0.001 0.031 0.945 0.015 0.006 99 L 0.002 0.001 0.036 0.946 0.012 0.004 100 I 0.002 0.001 0.018 0.967 0.008 0.004 101 F 0.002 0.001 0.020 0.959 0.013 0.005 102 D 0.002 0.001 0.023 0.943 0.020 0.011 103 S 0.002 0.001 0.021 0.923 0.027 0.026 104 I 0.003 0.002 0.010 0.933 0.022 0.030 105 K 0.004 0.001 0.011 0.932 0.028 0.024 106 T 0.003 0.001 0.010 0.916 0.032 0.039 107 D 0.004 0.002 0.013 0.887 0.034 0.061 108 I 0.001 0.001 0.007 0.977 0.008 0.006 109 S 0.001 0.001 0.011 0.972 0.011 0.005 110 T 0.001 0.001 0.013 0.968 0.011 0.006 111 L 0.003 0.001 0.015 0.951 0.018 0.012 112 L 0.005 0.001 0.015 0.918 0.034 0.026 113 S 0.009 0.002 0.022 0.838 0.069 0.061 114 A 0.015 0.002 0.039 0.717 0.116 0.110 115 E 0.036 0.010 0.059 0.538 0.199 0.158 116 Y 0.056 0.014 0.073 0.352 0.295 0.210 117 K 0.058 0.011 0.054 0.236 0.379 0.262 118 K 0.064 0.012 0.048 0.155 0.413 0.307 119 N 0.050 0.009 0.035 0.101 0.437 0.368 120 S 0.058 0.010 0.023 0.039 0.343 0.526 121 F 0.124 0.031 0.028 0.047 0.278 0.493 122 S 0.132 0.030 0.029 0.035 0.231 0.544 123 W 0.120 0.029 0.102 0.065 0.311 0.373 124 P 0.095 0.011 0.137 0.067 0.337 0.354 125 S 0.097 0.018 0.207 0.064 0.287 0.327 126 L 0.081 0.026 0.085 0.063 0.233 0.512 127 D 0.034 0.016 0.029 0.041 0.150 0.730 128 E 0.002 0.003 0.008 0.021 0.078 0.888