# TARGET T0639 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0639.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.994 2 N 0.011 0.019 0.031 0.230 0.006 0.090 0.614 3 A 0.010 0.009 0.058 0.296 0.140 0.138 0.348 4 M 0.011 0.007 0.095 0.400 0.075 0.141 0.271 5 E 0.017 0.005 0.102 0.471 0.116 0.138 0.151 6 T 0.014 0.009 0.066 0.603 0.081 0.089 0.138 7 L 0.005 0.003 0.025 0.881 0.023 0.027 0.037 8 N 0.004 0.001 0.011 0.926 0.009 0.030 0.020 9 D 0.003 0.001 0.009 0.946 0.005 0.025 0.011 10 I 0.001 0.001 0.004 0.973 0.003 0.013 0.006 11 K 0.001 0.001 0.002 0.982 0.003 0.007 0.004 12 K 0.001 0.001 0.002 0.987 0.002 0.007 0.002 13 I 0.001 0.001 0.002 0.985 0.002 0.008 0.002 14 L 0.001 0.001 0.003 0.983 0.002 0.007 0.003 15 I 0.001 0.001 0.006 0.970 0.003 0.016 0.004 16 N 0.001 0.001 0.007 0.923 0.007 0.057 0.004 17 V 0.002 0.001 0.014 0.669 0.022 0.275 0.018 18 G 0.007 0.005 0.014 0.223 0.055 0.633 0.062 19 L 0.051 0.014 0.047 0.175 0.123 0.162 0.427 20 Y 0.119 0.022 0.098 0.221 0.132 0.124 0.283 21 Q 0.093 0.009 0.080 0.163 0.138 0.343 0.173 22 G 0.112 0.011 0.032 0.062 0.201 0.306 0.276 23 F 0.257 0.026 0.013 0.047 0.118 0.033 0.506 24 D 0.363 0.036 0.010 0.027 0.056 0.028 0.480 25 L 0.279 0.020 0.042 0.076 0.084 0.154 0.346 26 T 0.249 0.023 0.034 0.062 0.189 0.161 0.282 27 D 0.147 0.015 0.030 0.059 0.260 0.080 0.410 28 P 0.089 0.011 0.046 0.096 0.224 0.133 0.401 29 K 0.145 0.020 0.073 0.166 0.144 0.163 0.290 30 V 0.240 0.039 0.073 0.195 0.089 0.083 0.281 31 S 0.245 0.029 0.059 0.206 0.073 0.077 0.312 32 E 0.233 0.015 0.076 0.232 0.118 0.114 0.212 33 E 0.192 0.030 0.074 0.260 0.115 0.138 0.192 34 V 0.132 0.027 0.051 0.190 0.147 0.097 0.356 35 N 0.055 0.010 0.035 0.098 0.168 0.147 0.487 36 H 0.044 0.009 0.054 0.162 0.231 0.244 0.256 37 E 0.060 0.010 0.042 0.190 0.225 0.127 0.345 38 T 0.077 0.020 0.036 0.146 0.117 0.087 0.518 39 A 0.151 0.031 0.048 0.194 0.088 0.104 0.384 40 N 0.153 0.012 0.049 0.164 0.116 0.087 0.420 41 M 0.205 0.013 0.082 0.473 0.042 0.040 0.145 42 K 0.279 0.010 0.063 0.491 0.031 0.035 0.091 43 W 0.312 0.017 0.094 0.423 0.025 0.048 0.080 44 I 0.191 0.010 0.171 0.442 0.032 0.056 0.098 45 K 0.140 0.008 0.189 0.403 0.063 0.119 0.078 46 D 0.120 0.010 0.161 0.328 0.095 0.160 0.127 47 Y 0.135 0.055 0.071 0.165 0.184 0.119 0.272 48 T 0.071 0.030 0.035 0.063 0.165 0.107 0.528 49 S 0.044 0.034 0.034 0.062 0.233 0.241 0.353 50 D 0.016 0.013 0.030 0.047 0.319 0.321 0.253 51 G 0.012 0.010 0.025 0.053 0.411 0.228 0.260 52 N 0.017 0.029 0.026 0.060 0.186 0.117 0.565 53 W 0.015 0.029 0.091 0.289 0.104 0.122 0.350 54 D 0.009 0.009 0.072 0.489 0.102 0.106 0.213 55 N 0.003 0.005 0.076 0.723 0.069 0.083 0.042 56 E 0.004 0.005 0.058 0.781 0.027 0.083 0.044 57 F 0.004 0.003 0.064 0.795 0.011 0.081 0.041 58 K 0.004 0.002 0.042 0.859 0.020 0.043 0.030 59 E 0.005 0.002 0.036 0.871 0.023 0.040 0.024 60 D 0.002 0.002 0.031 0.881 0.015 0.039 0.029 61 L 0.001 0.001 0.017 0.940 0.005 0.026 0.010 62 K 0.001 0.001 0.021 0.945 0.003 0.029 0.002 63 N 0.001 0.001 0.025 0.922 0.003 0.047 0.003 64 F 0.001 0.001 0.019 0.951 0.004 0.021 0.004 65 L 0.001 0.001 0.015 0.957 0.003 0.020 0.004 66 D 0.001 0.001 0.016 0.912 0.005 0.062 0.005 67 Y 0.001 0.001 0.012 0.905 0.004 0.072 0.007 68 M 0.001 0.002 0.008 0.921 0.010 0.039 0.019 69 E 0.003 0.001 0.013 0.914 0.011 0.045 0.013 70 V 0.008 0.001 0.016 0.902 0.017 0.041 0.015 71 C 0.012 0.003 0.023 0.901 0.009 0.034 0.019 72 Q 0.035 0.006 0.035 0.819 0.020 0.057 0.028 73 L 0.065 0.004 0.048 0.731 0.032 0.081 0.039 74 A 0.063 0.005 0.043 0.675 0.048 0.110 0.056 75 L 0.078 0.017 0.023 0.494 0.109 0.143 0.136 76 N 0.034 0.006 0.013 0.248 0.149 0.163 0.387 77 D 0.012 0.004 0.039 0.385 0.149 0.196 0.214 78 K 0.007 0.003 0.059 0.491 0.086 0.306 0.049 79 N 0.009 0.006 0.077 0.458 0.075 0.291 0.085 80 F 0.011 0.008 0.053 0.746 0.046 0.056 0.081 81 K 0.019 0.005 0.044 0.800 0.031 0.049 0.052 82 I 0.016 0.004 0.079 0.747 0.032 0.083 0.038 83 A 0.014 0.004 0.071 0.741 0.029 0.086 0.054 84 S 0.010 0.004 0.054 0.756 0.024 0.099 0.053 85 N 0.007 0.001 0.034 0.784 0.038 0.098 0.038 86 S 0.007 0.002 0.015 0.849 0.023 0.057 0.048 87 L 0.003 0.002 0.007 0.942 0.011 0.018 0.017 88 F 0.006 0.001 0.004 0.960 0.005 0.011 0.012 89 M 0.005 0.001 0.004 0.970 0.005 0.010 0.005 90 A 0.006 0.001 0.004 0.972 0.005 0.008 0.003 91 M 0.009 0.001 0.005 0.968 0.004 0.008 0.005 92 I 0.009 0.001 0.012 0.945 0.005 0.023 0.005 93 Y 0.009 0.001 0.014 0.886 0.005 0.080 0.006 94 A 0.009 0.002 0.012 0.758 0.028 0.164 0.029 95 G 0.013 0.008 0.017 0.461 0.097 0.310 0.095 96 N 0.022 0.016 0.017 0.317 0.138 0.113 0.377 97 L 0.008 0.003 0.032 0.865 0.017 0.034 0.042 98 S 0.003 0.001 0.024 0.936 0.009 0.020 0.008 99 L 0.003 0.001 0.031 0.933 0.005 0.023 0.005 100 I 0.002 0.001 0.030 0.938 0.004 0.021 0.005 101 F 0.002 0.001 0.025 0.943 0.004 0.020 0.006 102 D 0.002 0.001 0.024 0.921 0.006 0.040 0.005 103 S 0.002 0.001 0.029 0.872 0.008 0.078 0.009 104 I 0.004 0.005 0.022 0.894 0.008 0.046 0.020 105 K 0.003 0.002 0.016 0.911 0.010 0.043 0.016 106 T 0.002 0.001 0.010 0.918 0.017 0.040 0.012 107 D 0.003 0.002 0.007 0.911 0.014 0.046 0.017 108 I 0.002 0.001 0.005 0.974 0.003 0.011 0.004 109 S 0.003 0.001 0.010 0.968 0.003 0.010 0.006 110 T 0.006 0.001 0.018 0.941 0.005 0.025 0.004 111 L 0.019 0.002 0.030 0.879 0.008 0.055 0.008 112 L 0.038 0.007 0.025 0.780 0.026 0.090 0.034 113 S 0.043 0.005 0.042 0.640 0.033 0.160 0.078 114 A 0.038 0.003 0.062 0.522 0.095 0.138 0.143 115 E 0.062 0.015 0.119 0.475 0.076 0.136 0.118 116 Y 0.085 0.018 0.088 0.413 0.109 0.122 0.164 117 K 0.068 0.016 0.079 0.372 0.104 0.145 0.217 118 K 0.061 0.008 0.069 0.272 0.168 0.221 0.201 119 N 0.070 0.013 0.044 0.137 0.244 0.183 0.309 120 S 0.059 0.019 0.044 0.064 0.186 0.171 0.457 121 F 0.102 0.025 0.033 0.053 0.147 0.088 0.553 122 S 0.066 0.028 0.033 0.048 0.118 0.053 0.654 123 W 0.027 0.016 0.033 0.052 0.162 0.027 0.682 124 P 0.027 0.007 0.090 0.091 0.078 0.130 0.577 125 S 0.032 0.023 0.129 0.089 0.156 0.145 0.425 126 L 0.027 0.022 0.067 0.071 0.228 0.115 0.470 127 D 0.012 0.013 0.021 0.034 0.009 0.093 0.819 128 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996