# TARGET T0635 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0635.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1143 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.061 0.004 0.005 0.011 0.127 0.792 2 S 0.216 0.023 0.010 0.019 0.154 0.578 3 L 0.382 0.021 0.013 0.028 0.150 0.407 4 N 0.510 0.018 0.023 0.034 0.156 0.258 5 T 0.583 0.015 0.015 0.031 0.122 0.234 6 E 0.561 0.012 0.014 0.030 0.156 0.228 7 I 0.398 0.022 0.019 0.037 0.206 0.317 8 E 0.280 0.025 0.014 0.044 0.219 0.419 9 M 0.104 0.009 0.029 0.113 0.351 0.395 10 N 0.013 0.002 0.077 0.548 0.238 0.122 11 E 0.013 0.003 0.077 0.725 0.139 0.043 12 L 0.011 0.002 0.039 0.855 0.068 0.025 13 L 0.016 0.003 0.022 0.890 0.039 0.031 14 E 0.023 0.003 0.026 0.890 0.037 0.021 15 K 0.021 0.002 0.029 0.876 0.041 0.030 16 A 0.026 0.002 0.057 0.834 0.052 0.029 17 K 0.026 0.003 0.079 0.723 0.100 0.069 18 K 0.060 0.005 0.089 0.425 0.188 0.234 19 I 0.204 0.007 0.061 0.138 0.244 0.345 20 K 0.474 0.004 0.039 0.066 0.144 0.273 21 C 0.788 0.007 0.020 0.037 0.046 0.102 22 L 0.875 0.004 0.008 0.023 0.030 0.060 23 I 0.920 0.003 0.003 0.009 0.023 0.041 24 C 0.907 0.008 0.001 0.003 0.025 0.055 25 D 0.702 0.015 0.003 0.005 0.205 0.069 26 V 0.240 0.006 0.012 0.013 0.608 0.121 27 D 0.159 0.003 0.009 0.006 0.728 0.095 28 G 0.375 0.014 0.010 0.007 0.521 0.073 29 V 0.766 0.025 0.003 0.008 0.095 0.103 30 L 0.817 0.036 0.005 0.009 0.085 0.048 31 S 0.586 0.011 0.010 0.011 0.252 0.130 32 D 0.272 0.007 0.008 0.004 0.502 0.207 33 G 0.174 0.005 0.009 0.006 0.564 0.243 34 L 0.472 0.012 0.008 0.005 0.200 0.303 35 L 0.890 0.014 0.003 0.003 0.031 0.061 36 H 0.933 0.004 0.002 0.002 0.021 0.038 37 I 0.939 0.015 0.001 0.001 0.015 0.028 38 D 0.578 0.014 0.004 0.005 0.358 0.041 39 N 0.105 0.003 0.012 0.015 0.801 0.064 40 H 0.036 0.003 0.009 0.008 0.901 0.044 41 G 0.069 0.007 0.016 0.020 0.829 0.059 42 N 0.440 0.039 0.008 0.037 0.191 0.286 43 E 0.618 0.084 0.017 0.044 0.123 0.114 44 L 0.516 0.015 0.043 0.055 0.200 0.171 45 K 0.359 0.012 0.066 0.062 0.315 0.187 46 S 0.227 0.011 0.064 0.063 0.428 0.207 47 F 0.269 0.021 0.034 0.066 0.330 0.281 48 H 0.190 0.027 0.015 0.034 0.264 0.470 49 V 0.130 0.017 0.089 0.101 0.404 0.259 50 Q 0.051 0.008 0.149 0.150 0.424 0.218 51 D 0.061 0.010 0.164 0.363 0.261 0.141 52 G 0.077 0.006 0.096 0.477 0.214 0.129 53 M 0.078 0.010 0.053 0.643 0.098 0.118 54 G 0.133 0.013 0.047 0.607 0.094 0.107 55 L 0.058 0.005 0.061 0.638 0.123 0.116 56 K 0.060 0.004 0.048 0.634 0.133 0.122 57 L 0.035 0.005 0.053 0.750 0.108 0.050 58 L 0.028 0.004 0.074 0.755 0.112 0.028 59 M 0.015 0.001 0.083 0.740 0.125 0.035 60 A 0.011 0.001 0.069 0.794 0.093 0.032 61 A 0.008 0.001 0.019 0.821 0.072 0.078 62 G 0.013 0.001 0.002 0.040 0.142 0.803 63 I 0.179 0.003 0.003 0.022 0.132 0.661 64 Q 0.720 0.010 0.004 0.020 0.061 0.185 65 V 0.905 0.007 0.004 0.015 0.022 0.048 66 A 0.923 0.002 0.004 0.013 0.016 0.043 67 I 0.910 0.004 0.005 0.015 0.024 0.043 68 I 0.801 0.007 0.008 0.031 0.059 0.095 69 T 0.490 0.008 0.019 0.053 0.211 0.219 70 T 0.180 0.006 0.050 0.062 0.491 0.211 71 A 0.098 0.014 0.058 0.071 0.541 0.218 72 Q 0.095 0.018 0.040 0.197 0.376 0.273 73 N 0.093 0.007 0.017 0.270 0.306 0.308 74 A 0.071 0.004 0.017 0.563 0.144 0.201 75 V 0.202 0.013 0.019 0.640 0.060 0.066 76 V 0.275 0.004 0.020 0.635 0.034 0.032 77 D 0.317 0.003 0.022 0.607 0.024 0.027 78 H 0.329 0.004 0.027 0.582 0.027 0.032 79 R 0.289 0.003 0.029 0.610 0.036 0.032 80 M 0.308 0.003 0.035 0.545 0.063 0.047 81 E 0.228 0.006 0.034 0.426 0.181 0.124 82 Q 0.152 0.007 0.042 0.180 0.442 0.177 83 L 0.103 0.004 0.028 0.064 0.569 0.232 84 G 0.260 0.008 0.023 0.025 0.467 0.217 85 I 0.651 0.010 0.015 0.022 0.160 0.142 86 T 0.850 0.009 0.008 0.016 0.044 0.073 87 H 0.904 0.006 0.006 0.013 0.028 0.042 88 Y 0.832 0.010 0.007 0.022 0.051 0.078 89 Y 0.661 0.016 0.011 0.031 0.160 0.122 90 K 0.205 0.008 0.039 0.041 0.538 0.170 91 G 0.063 0.005 0.048 0.041 0.629 0.214 92 Q 0.104 0.028 0.042 0.037 0.556 0.233 93 V 0.122 0.051 0.027 0.048 0.387 0.365 94 D 0.083 0.043 0.013 0.049 0.235 0.577 95 K 0.008 0.004 0.055 0.668 0.181 0.084 96 R 0.001 0.001 0.030 0.857 0.070 0.042 97 S 0.001 0.001 0.018 0.939 0.027 0.015 98 A 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.003 99 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 100 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 101 H 0.001 0.001 0.001 0.998 0.002 0.001 102 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 103 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.004 0.001 104 K 0.001 0.001 0.005 0.985 0.008 0.002 105 T 0.001 0.001 0.006 0.974 0.012 0.007 106 L 0.001 0.001 0.006 0.859 0.032 0.101 107 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.038 0.955 108 L 0.007 0.005 0.001 0.001 0.049 0.937 109 N 0.011 0.003 0.001 0.003 0.068 0.915 110 D 0.023 0.004 0.419 0.291 0.161 0.102 111 D 0.069 0.001 0.578 0.197 0.119 0.035 112 E 0.133 0.002 0.592 0.175 0.079 0.019 113 F 0.572 0.008 0.096 0.184 0.049 0.092 114 A 0.772 0.009 0.027 0.118 0.036 0.038 115 Y 0.771 0.007 0.019 0.114 0.036 0.053 116 I 0.469 0.003 0.015 0.124 0.137 0.252 117 G 0.173 0.019 0.026 0.095 0.343 0.344 118 D 0.121 0.026 0.016 0.043 0.469 0.324 119 D 0.040 0.019 0.037 0.143 0.564 0.196 120 L 0.012 0.003 0.110 0.357 0.470 0.049 121 P 0.008 0.003 0.113 0.406 0.427 0.043 122 D 0.007 0.004 0.071 0.553 0.303 0.063 123 L 0.006 0.003 0.059 0.651 0.188 0.093 124 P 0.012 0.007 0.074 0.740 0.104 0.063 125 L 0.011 0.005 0.123 0.807 0.046 0.009 126 I 0.007 0.001 0.124 0.824 0.037 0.007 127 Q 0.005 0.001 0.147 0.807 0.032 0.009 128 Q 0.008 0.001 0.079 0.840 0.050 0.023 129 V 0.010 0.001 0.031 0.724 0.100 0.134 130 G 0.030 0.004 0.011 0.064 0.183 0.707 131 L 0.155 0.009 0.024 0.036 0.244 0.532 132 G 0.291 0.013 0.081 0.043 0.261 0.311 133 V 0.500 0.030 0.102 0.042 0.175 0.151 134 A 0.416 0.026 0.058 0.018 0.229 0.254 135 V 0.150 0.016 0.105 0.039 0.464 0.226 136 S 0.016 0.004 0.261 0.076 0.564 0.079 137 N 0.005 0.006 0.231 0.123 0.546 0.088 138 A 0.004 0.010 0.110 0.435 0.327 0.114 139 V 0.002 0.003 0.018 0.563 0.139 0.275 140 P 0.001 0.001 0.008 0.977 0.009 0.006 141 Q 0.001 0.001 0.009 0.978 0.010 0.002 142 V 0.002 0.001 0.017 0.959 0.019 0.003 143 L 0.004 0.001 0.013 0.957 0.021 0.004 144 E 0.004 0.001 0.015 0.937 0.034 0.009 145 F 0.024 0.006 0.021 0.834 0.084 0.030 146 A 0.050 0.004 0.021 0.671 0.149 0.104 147 D 0.148 0.003 0.017 0.506 0.161 0.164 148 W 0.443 0.005 0.005 0.352 0.069 0.126 149 R 0.598 0.014 0.003 0.237 0.054 0.095 150 T 0.678 0.032 0.003 0.110 0.068 0.109 151 E 0.328 0.013 0.018 0.103 0.299 0.240 152 R 0.081 0.012 0.068 0.124 0.493 0.222 153 T 0.024 0.007 0.072 0.118 0.528 0.251 154 G 0.010 0.009 0.022 0.064 0.680 0.214 155 G 0.008 0.007 0.044 0.207 0.515 0.220 156 R 0.020 0.009 0.028 0.379 0.369 0.196 157 G 0.042 0.021 0.024 0.628 0.150 0.134 158 A 0.021 0.008 0.007 0.887 0.017 0.060 159 V 0.008 0.001 0.004 0.978 0.003 0.006 160 R 0.002 0.001 0.004 0.990 0.002 0.002 161 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 162 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 163 C 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 164 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 165 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 166 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.004 0.001 167 L 0.001 0.001 0.001 0.988 0.007 0.003 168 N 0.001 0.001 0.002 0.974 0.013 0.010 169 A 0.001 0.001 0.003 0.968 0.011 0.018 170 Q 0.001 0.001 0.001 0.928 0.012 0.059 171 N 0.001 0.001 0.004 0.519 0.053 0.423 172 K 0.001 0.002 0.016 0.800 0.046 0.136 173 A 0.001 0.001 0.016 0.946 0.018 0.019 174 E 0.001 0.001 0.013 0.962 0.012 0.013 175 L 0.001 0.001 0.012 0.974 0.007 0.006 176 A 0.001 0.001 0.010 0.982 0.004 0.003 177 I 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.002 178 T 0.001 0.001 0.004 0.985 0.008 0.003 179 G 0.001 0.001 0.005 0.970 0.017 0.008 180 Y 0.001 0.002 0.011 0.938 0.032 0.017 181 L 0.002 0.003 0.041 0.865 0.062 0.027 182 K 0.005 0.005 0.057 0.773 0.097 0.063 183 Q 0.010 0.007 0.037 0.588 0.175 0.183 184 E 0.016 0.013 0.012 0.238 0.287 0.435 185 G 0.014 0.007 0.009 0.043 0.284 0.642 186 H 0.034 0.016 0.031 0.047 0.429 0.443 187 H 0.112 0.059 0.067 0.042 0.381 0.339 188 H 0.134 0.037 0.056 0.031 0.284 0.458 189 H 0.088 0.024 0.036 0.019 0.238 0.594 190 H 0.029 0.018 0.009 0.017 0.169 0.758 191 H 0.002 0.007 0.001 0.006 0.056 0.927