# TARGET T0634 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0634.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 95.9609 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.014 0.666 0.009 0.009 0.008 0.001 0.001 0.018 0.114 0.016 0.111 0.030 2 S 0.001 0.005 0.818 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.026 0.055 0.016 0.011 0.053 3 L 0.006 0.008 0.611 0.033 0.006 0.002 0.004 0.002 0.148 0.091 0.020 0.033 0.038 4 K 0.012 0.004 0.297 0.086 0.002 0.002 0.015 0.021 0.375 0.100 0.010 0.050 0.028 5 K 0.020 0.001 0.011 0.004 0.001 0.001 0.078 0.350 0.494 0.005 0.001 0.011 0.025 6 I 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.835 0.090 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.843 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 8 I 0.021 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.119 0.679 0.171 0.001 0.001 0.003 0.004 9 I 0.028 0.006 0.169 0.004 0.001 0.001 0.056 0.198 0.445 0.034 0.005 0.022 0.033 10 D 0.003 0.010 0.481 0.003 0.003 0.006 0.005 0.007 0.137 0.272 0.049 0.007 0.017 11 Q 0.001 0.008 0.474 0.002 0.017 0.069 0.001 0.001 0.014 0.266 0.141 0.002 0.006 12 Q 0.001 0.003 0.082 0.001 0.092 0.516 0.001 0.001 0.001 0.116 0.185 0.001 0.001 13 D 0.001 0.002 0.057 0.001 0.073 0.770 0.001 0.001 0.001 0.033 0.062 0.001 0.001 14 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 15 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 16 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 20 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 21 N 0.001 0.001 0.004 0.001 0.013 0.873 0.001 0.001 0.001 0.003 0.105 0.001 0.001 22 F 0.001 0.001 0.026 0.001 0.014 0.757 0.001 0.001 0.001 0.028 0.167 0.002 0.002 23 L 0.001 0.004 0.135 0.001 0.037 0.562 0.001 0.001 0.001 0.069 0.177 0.006 0.008 24 D 0.001 0.003 0.114 0.004 0.117 0.266 0.001 0.001 0.001 0.086 0.392 0.006 0.010 25 S 0.001 0.001 0.027 0.007 0.103 0.100 0.001 0.001 0.001 0.078 0.678 0.002 0.003 26 E 0.003 0.003 0.088 0.009 0.053 0.024 0.001 0.001 0.004 0.085 0.702 0.008 0.020 27 Y 0.049 0.011 0.515 0.008 0.006 0.008 0.005 0.002 0.048 0.066 0.015 0.081 0.187 28 L 0.115 0.009 0.132 0.016 0.001 0.005 0.017 0.005 0.093 0.021 0.003 0.482 0.101 29 V 0.228 0.005 0.031 0.016 0.002 0.007 0.060 0.029 0.100 0.005 0.002 0.068 0.447 30 I 0.387 0.002 0.020 0.086 0.003 0.010 0.096 0.047 0.088 0.003 0.002 0.195 0.061 31 E 0.376 0.002 0.017 0.008 0.006 0.011 0.106 0.025 0.074 0.006 0.006 0.055 0.307 32 S 0.149 0.007 0.118 0.012 0.011 0.011 0.022 0.008 0.056 0.021 0.030 0.290 0.264 33 K 0.042 0.012 0.224 0.012 0.007 0.010 0.006 0.002 0.017 0.227 0.152 0.156 0.134 34 N 0.003 0.012 0.527 0.003 0.006 0.022 0.001 0.001 0.003 0.306 0.059 0.015 0.044 35 E 0.001 0.002 0.054 0.001 0.019 0.819 0.001 0.001 0.001 0.040 0.062 0.001 0.002 36 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.017 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 37 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 38 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 39 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 40 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 41 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 42 I 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 0.947 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.001 0.001 43 D 0.001 0.001 0.016 0.001 0.028 0.788 0.001 0.001 0.001 0.007 0.159 0.001 0.001 44 H 0.001 0.001 0.025 0.001 0.029 0.537 0.001 0.001 0.001 0.026 0.381 0.001 0.001 45 H 0.001 0.004 0.100 0.001 0.025 0.161 0.001 0.001 0.002 0.148 0.557 0.001 0.002 46 H 0.001 0.004 0.796 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.011 0.136 0.036 0.003 0.003 47 P 0.001 0.004 0.749 0.007 0.006 0.004 0.001 0.001 0.050 0.113 0.061 0.002 0.004 48 D 0.001 0.004 0.304 0.036 0.006 0.003 0.001 0.009 0.155 0.382 0.083 0.011 0.003 49 L 0.008 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.052 0.459 0.424 0.013 0.001 0.003 0.023 50 V 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.873 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 51 I 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.863 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.013 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.057 0.783 0.135 0.001 0.001 0.002 0.002 53 D 0.021 0.003 0.183 0.012 0.003 0.004 0.027 0.125 0.513 0.047 0.008 0.017 0.036 54 M 0.012 0.007 0.299 0.012 0.027 0.024 0.013 0.021 0.306 0.138 0.095 0.018 0.027 55 D 0.012 0.037 0.307 0.015 0.090 0.046 0.008 0.008 0.101 0.198 0.127 0.029 0.022 56 I 0.004 0.023 0.493 0.004 0.047 0.041 0.001 0.002 0.028 0.266 0.044 0.019 0.028 57 I 0.003 0.017 0.252 0.004 0.098 0.120 0.001 0.001 0.004 0.124 0.355 0.004 0.020 58 G 0.002 0.014 0.174 0.003 0.110 0.100 0.001 0.001 0.001 0.140 0.438 0.010 0.007 59 E 0.003 0.014 0.279 0.003 0.097 0.128 0.001 0.001 0.002 0.218 0.216 0.011 0.029 60 N 0.002 0.014 0.257 0.004 0.037 0.120 0.001 0.001 0.001 0.261 0.268 0.014 0.020 61 S 0.002 0.011 0.210 0.002 0.013 0.396 0.001 0.001 0.002 0.199 0.143 0.008 0.013 62 P 0.003 0.006 0.128 0.002 0.009 0.758 0.001 0.001 0.001 0.036 0.037 0.007 0.013 63 N 0.004 0.002 0.037 0.001 0.007 0.913 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.008 0.011 64 L 0.004 0.001 0.007 0.001 0.006 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 65 C 0.005 0.001 0.001 0.001 0.011 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 66 L 0.008 0.001 0.001 0.001 0.018 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.003 67 K 0.006 0.001 0.002 0.001 0.013 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.004 68 L 0.003 0.001 0.006 0.001 0.009 0.949 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.002 0.004 69 K 0.002 0.001 0.021 0.001 0.011 0.844 0.001 0.001 0.001 0.009 0.099 0.008 0.003 70 R 0.001 0.004 0.049 0.001 0.025 0.750 0.001 0.001 0.001 0.035 0.121 0.002 0.011 71 S 0.001 0.003 0.248 0.002 0.029 0.406 0.001 0.001 0.001 0.177 0.123 0.007 0.004 72 K 0.001 0.002 0.048 0.001 0.157 0.162 0.001 0.001 0.001 0.053 0.573 0.001 0.003 73 G 0.001 0.007 0.093 0.001 0.146 0.089 0.001 0.001 0.001 0.051 0.607 0.002 0.003 74 L 0.001 0.008 0.441 0.003 0.151 0.082 0.001 0.001 0.004 0.179 0.111 0.010 0.010 75 K 0.001 0.010 0.365 0.009 0.068 0.033 0.001 0.001 0.010 0.219 0.250 0.018 0.017 76 N 0.001 0.013 0.280 0.019 0.028 0.006 0.001 0.001 0.015 0.142 0.465 0.005 0.023 77 V 0.003 0.008 0.613 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.076 0.216 0.013 0.038 0.012 78 P 0.009 0.003 0.559 0.014 0.001 0.001 0.008 0.008 0.230 0.064 0.003 0.025 0.077 79 L 0.046 0.001 0.012 0.006 0.001 0.001 0.164 0.330 0.377 0.005 0.001 0.023 0.035 80 I 0.052 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.162 0.716 0.055 0.001 0.001 0.004 0.004 81 L 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.172 0.677 0.075 0.001 0.001 0.005 0.004 82 L 0.059 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.173 0.517 0.227 0.001 0.001 0.006 0.010 83 F 0.099 0.006 0.200 0.010 0.002 0.002 0.087 0.115 0.339 0.034 0.007 0.036 0.064 84 S 0.013 0.008 0.526 0.006 0.007 0.008 0.007 0.005 0.125 0.188 0.051 0.022 0.035 85 S 0.003 0.010 0.371 0.003 0.030 0.049 0.001 0.001 0.013 0.258 0.243 0.007 0.012 86 E 0.001 0.010 0.246 0.002 0.067 0.144 0.001 0.001 0.003 0.273 0.242 0.005 0.006 87 H 0.001 0.009 0.273 0.002 0.100 0.331 0.001 0.001 0.001 0.154 0.114 0.005 0.009 88 K 0.001 0.002 0.021 0.001 0.051 0.892 0.001 0.001 0.001 0.009 0.022 0.001 0.001 89 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.028 0.936 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.001 0.001 90 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.013 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.002 91 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.015 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 92 V 0.003 0.001 0.003 0.001 0.017 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 93 N 0.002 0.001 0.002 0.001 0.008 0.924 0.001 0.001 0.001 0.002 0.057 0.001 0.002 94 G 0.001 0.001 0.011 0.001 0.005 0.826 0.001 0.001 0.001 0.006 0.148 0.001 0.002 95 L 0.001 0.001 0.037 0.001 0.025 0.862 0.001 0.001 0.001 0.013 0.055 0.002 0.002 96 H 0.002 0.002 0.050 0.002 0.075 0.678 0.001 0.001 0.003 0.063 0.106 0.006 0.011 97 S 0.001 0.003 0.041 0.002 0.072 0.246 0.001 0.001 0.003 0.079 0.547 0.002 0.005 98 G 0.001 0.008 0.104 0.002 0.025 0.060 0.001 0.001 0.009 0.148 0.637 0.003 0.003 99 A 0.001 0.014 0.694 0.003 0.021 0.019 0.001 0.001 0.032 0.159 0.041 0.004 0.011 100 D 0.004 0.022 0.358 0.033 0.164 0.054 0.002 0.005 0.043 0.173 0.105 0.017 0.019 101 D 0.010 0.015 0.130 0.033 0.282 0.084 0.004 0.014 0.047 0.165 0.172 0.019 0.026 102 Y 0.039 0.010 0.075 0.035 0.301 0.076 0.039 0.045 0.108 0.065 0.102 0.014 0.091 103 L 0.031 0.015 0.118 0.016 0.045 0.065 0.067 0.131 0.272 0.059 0.083 0.077 0.022 104 T 0.022 0.036 0.295 0.012 0.042 0.040 0.032 0.101 0.130 0.090 0.067 0.015 0.118 105 K 0.003 0.009 0.354 0.004 0.006 0.010 0.002 0.007 0.119 0.300 0.048 0.133 0.006 106 P 0.001 0.037 0.541 0.002 0.016 0.012 0.001 0.001 0.050 0.157 0.105 0.002 0.077 107 F 0.001 0.053 0.550 0.002 0.006 0.012 0.001 0.001 0.020 0.283 0.044 0.026 0.004 108 N 0.001 0.010 0.847 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.003 0.094 0.006 0.001 0.018 109 R 0.001 0.001 0.009 0.001 0.015 0.963 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 110 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 111 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 119 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 120 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 121 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.001 0.001 122 T 0.001 0.001 0.010 0.001 0.007 0.941 0.001 0.001 0.001 0.007 0.030 0.001 0.002 123 Q 0.001 0.001 0.022 0.001 0.012 0.896 0.001 0.001 0.001 0.016 0.048 0.002 0.002 124 N 0.001 0.002 0.037 0.001 0.026 0.752 0.001 0.001 0.001 0.029 0.144 0.002 0.004 125 Y 0.001 0.003 0.078 0.001 0.035 0.773 0.001 0.001 0.001 0.032 0.068 0.002 0.005 126 Y 0.001 0.002 0.057 0.001 0.031 0.853 0.001 0.001 0.001 0.021 0.026 0.003 0.003 127 S 0.001 0.002 0.040 0.002 0.060 0.818 0.001 0.001 0.001 0.016 0.054 0.003 0.004 128 D 0.001 0.002 0.026 0.001 0.056 0.835 0.001 0.001 0.001 0.010 0.062 0.002 0.004 129 L 0.001 0.003 0.037 0.001 0.039 0.842 0.001 0.001 0.001 0.012 0.056 0.003 0.005 130 R 0.002 0.007 0.078 0.001 0.043 0.735 0.001 0.001 0.002 0.018 0.098 0.006 0.009 131 K 0.002 0.010 0.109 0.002 0.061 0.578 0.001 0.001 0.002 0.038 0.176 0.007 0.014 132 N 0.001 0.006 0.159 0.003 0.045 0.299 0.001 0.001 0.003 0.118 0.348 0.007 0.010 133 E 0.001 0.006 0.172 0.003 0.056 0.174 0.001 0.001 0.003 0.109 0.460 0.005 0.011 134 G 0.002 0.013 0.246 0.004 0.042 0.090 0.001 0.001 0.007 0.199 0.363 0.019 0.014 135 H 0.004 0.026 0.465 0.004 0.040 0.076 0.001 0.001 0.013 0.180 0.126 0.019 0.045 136 H 0.005 0.030 0.477 0.007 0.042 0.076 0.002 0.002 0.017 0.148 0.124 0.032 0.039 137 H 0.007 0.026 0.416 0.011 0.061 0.070 0.002 0.002 0.014 0.148 0.166 0.025 0.052 138 H 0.007 0.027 0.406 0.009 0.054 0.050 0.002 0.002 0.013 0.172 0.182 0.039 0.038 139 H 0.007 0.032 0.495 0.006 0.026 0.027 0.002 0.002 0.012 0.212 0.101 0.028 0.051 140 H 0.003 0.021 0.659 0.004 0.011 0.016 0.001 0.001 0.009 0.180 0.037 0.032 0.028