# TARGET T0634 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0634.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 95.9609 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.170 0.033 0.306 0.334 0.002 0.018 0.013 0.011 0.013 0.003 0.014 0.018 0.030 0.001 0.018 0.017 2 S 0.025 0.089 0.396 0.248 0.005 0.163 0.014 0.002 0.006 0.003 0.003 0.006 0.012 0.001 0.001 0.026 3 L 0.049 0.082 0.070 0.714 0.001 0.035 0.001 0.005 0.001 0.001 0.031 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 4 K 0.002 0.165 0.069 0.751 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 5 K 0.007 0.001 0.097 0.891 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 I 0.001 0.002 0.150 0.833 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.001 0.003 0.003 0.961 0.010 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 I 0.001 0.026 0.002 0.670 0.032 0.254 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 9 I 0.001 0.253 0.005 0.468 0.009 0.158 0.001 0.031 0.004 0.002 0.051 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 10 D 0.002 0.047 0.007 0.102 0.004 0.596 0.002 0.008 0.010 0.010 0.075 0.096 0.038 0.001 0.001 0.002 11 Q 0.003 0.022 0.007 0.008 0.005 0.158 0.002 0.002 0.001 0.002 0.492 0.124 0.170 0.002 0.001 0.002 12 Q 0.001 0.020 0.003 0.004 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.217 0.526 0.213 0.001 0.004 0.001 13 D 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.223 0.735 0.001 0.001 0.004 14 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.007 0.968 0.001 0.001 0.002 15 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.054 0.942 0.001 0.001 0.001 16 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.009 0.001 0.001 20 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.974 0.003 0.009 0.005 21 N 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.772 0.022 0.004 0.186 22 F 0.023 0.002 0.073 0.003 0.001 0.004 0.058 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.698 0.059 0.035 0.036 23 L 0.006 0.046 0.093 0.008 0.003 0.033 0.022 0.010 0.001 0.001 0.009 0.014 0.603 0.024 0.056 0.072 24 D 0.014 0.036 0.020 0.020 0.050 0.067 0.081 0.008 0.010 0.005 0.056 0.022 0.143 0.366 0.023 0.079 25 S 0.053 0.076 0.082 0.027 0.001 0.019 0.019 0.049 0.005 0.001 0.084 0.046 0.069 0.017 0.421 0.029 26 E 0.016 0.377 0.117 0.051 0.001 0.003 0.006 0.001 0.026 0.002 0.001 0.005 0.008 0.001 0.009 0.377 27 Y 0.295 0.007 0.511 0.166 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 28 L 0.005 0.009 0.809 0.170 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 V 0.001 0.002 0.032 0.897 0.009 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 I 0.001 0.069 0.008 0.904 0.005 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 E 0.001 0.016 0.004 0.910 0.006 0.056 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 S 0.002 0.015 0.019 0.072 0.067 0.771 0.003 0.009 0.002 0.002 0.031 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 33 K 0.001 0.405 0.012 0.100 0.043 0.038 0.005 0.077 0.003 0.007 0.265 0.035 0.004 0.003 0.001 0.001 34 N 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.742 0.001 0.011 0.005 0.004 0.022 0.186 0.014 0.001 0.006 0.001 35 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.916 0.012 0.059 0.001 0.001 0.005 36 K 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.936 0.048 0.001 0.001 0.001 37 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.962 0.001 0.001 0.003 38 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.984 0.001 0.001 0.001 39 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.986 0.001 0.001 0.001 40 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 41 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.001 0.004 42 I 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.004 0.003 0.001 43 D 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.951 0.011 0.005 0.016 44 H 0.013 0.014 0.010 0.010 0.001 0.006 0.032 0.001 0.001 0.001 0.016 0.008 0.552 0.154 0.039 0.143 45 H 0.019 0.048 0.327 0.017 0.001 0.003 0.020 0.003 0.005 0.001 0.003 0.006 0.149 0.004 0.143 0.253 46 H 0.029 0.009 0.514 0.053 0.008 0.021 0.204 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.046 0.011 0.002 0.093 47 P 0.122 0.039 0.136 0.127 0.001 0.416 0.006 0.043 0.001 0.001 0.041 0.004 0.043 0.004 0.015 0.003 48 D 0.001 0.905 0.007 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 49 L 0.054 0.003 0.042 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 50 V 0.001 0.001 0.882 0.110 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 I 0.001 0.001 0.005 0.897 0.072 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.001 0.103 0.002 0.839 0.003 0.027 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 53 D 0.001 0.019 0.004 0.344 0.014 0.562 0.002 0.004 0.018 0.012 0.008 0.002 0.007 0.001 0.001 0.002 54 M 0.033 0.162 0.042 0.320 0.015 0.036 0.003 0.024 0.004 0.002 0.326 0.015 0.013 0.001 0.001 0.002 55 D 0.005 0.217 0.044 0.394 0.023 0.076 0.005 0.013 0.022 0.008 0.010 0.159 0.012 0.002 0.003 0.007 56 I 0.005 0.009 0.044 0.085 0.515 0.031 0.194 0.005 0.002 0.004 0.018 0.005 0.018 0.060 0.002 0.003 57 I 0.012 0.049 0.058 0.122 0.008 0.027 0.011 0.494 0.003 0.003 0.023 0.011 0.024 0.002 0.146 0.007 58 G 0.005 0.009 0.005 0.020 0.027 0.202 0.005 0.009 0.239 0.271 0.058 0.042 0.058 0.003 0.003 0.042 59 E 0.170 0.027 0.009 0.014 0.014 0.017 0.010 0.014 0.002 0.004 0.501 0.123 0.063 0.024 0.003 0.004 60 N 0.006 0.057 0.038 0.014 0.001 0.090 0.003 0.045 0.009 0.005 0.053 0.402 0.174 0.001 0.096 0.006 61 S 0.002 0.002 0.011 0.002 0.001 0.059 0.002 0.001 0.004 0.012 0.197 0.100 0.589 0.001 0.001 0.018 62 P 0.011 0.008 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.151 0.328 0.491 0.001 0.001 0.001 63 N 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.260 0.718 0.001 0.001 0.001 64 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 65 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 66 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 67 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.001 0.001 69 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.007 0.004 0.013 70 R 0.003 0.008 0.010 0.005 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.773 0.046 0.025 0.106 71 S 0.004 0.002 0.010 0.001 0.015 0.015 0.064 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.157 0.679 0.019 0.014 72 K 0.008 0.021 0.023 0.003 0.001 0.004 0.005 0.044 0.001 0.001 0.073 0.008 0.160 0.007 0.619 0.023 73 G 0.014 0.040 0.015 0.009 0.002 0.014 0.010 0.002 0.063 0.025 0.010 0.127 0.148 0.014 0.011 0.495 74 L 0.326 0.006 0.090 0.008 0.009 0.038 0.081 0.004 0.001 0.001 0.042 0.016 0.265 0.073 0.022 0.019 75 K 0.009 0.285 0.209 0.027 0.001 0.051 0.004 0.067 0.004 0.001 0.054 0.052 0.106 0.002 0.112 0.017 76 N 0.022 0.250 0.061 0.280 0.001 0.006 0.004 0.001 0.060 0.003 0.002 0.006 0.014 0.001 0.001 0.290 77 V 0.107 0.003 0.690 0.191 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 78 P 0.002 0.018 0.585 0.381 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 L 0.001 0.006 0.007 0.984 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 I 0.001 0.004 0.007 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.011 0.974 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 L 0.001 0.009 0.006 0.964 0.011 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 F 0.001 0.038 0.004 0.845 0.007 0.098 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 S 0.001 0.019 0.003 0.064 0.029 0.849 0.001 0.005 0.001 0.002 0.021 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 85 S 0.003 0.179 0.004 0.028 0.007 0.162 0.001 0.016 0.002 0.001 0.556 0.034 0.004 0.001 0.001 0.001 86 E 0.002 0.351 0.013 0.033 0.003 0.020 0.002 0.008 0.009 0.004 0.092 0.441 0.009 0.001 0.004 0.007 87 H 0.021 0.022 0.076 0.027 0.001 0.228 0.008 0.004 0.006 0.002 0.056 0.242 0.268 0.002 0.016 0.021 88 K 0.010 0.039 0.050 0.008 0.001 0.026 0.003 0.002 0.001 0.001 0.316 0.050 0.467 0.002 0.004 0.023 89 E 0.010 0.022 0.011 0.018 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.502 0.366 0.002 0.003 0.002 90 A 0.001 0.011 0.032 0.014 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.027 0.878 0.001 0.002 0.009 91 I 0.002 0.005 0.024 0.030 0.001 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.009 0.017 0.888 0.001 0.001 0.010 92 V 0.002 0.002 0.030 0.022 0.003 0.014 0.016 0.001 0.001 0.001 0.009 0.017 0.866 0.013 0.002 0.002 93 N 0.001 0.023 0.016 0.042 0.001 0.011 0.001 0.006 0.001 0.001 0.010 0.019 0.846 0.001 0.012 0.009 94 G 0.002 0.011 0.008 0.082 0.004 0.011 0.018 0.001 0.005 0.003 0.009 0.012 0.720 0.023 0.001 0.090 95 L 0.025 0.008 0.068 0.022 0.004 0.010 0.010 0.004 0.001 0.001 0.013 0.010 0.784 0.004 0.028 0.008 96 H 0.001 0.002 0.007 0.004 0.100 0.006 0.061 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.048 0.752 0.001 0.004 97 S 0.008 0.009 0.006 0.012 0.001 0.003 0.002 0.242 0.001 0.001 0.012 0.005 0.042 0.003 0.649 0.005 98 G 0.002 0.010 0.019 0.011 0.004 0.009 0.008 0.001 0.116 0.093 0.003 0.011 0.032 0.005 0.004 0.671 99 A 0.802 0.007 0.029 0.011 0.001 0.028 0.004 0.004 0.001 0.001 0.026 0.009 0.059 0.002 0.006 0.009 100 D 0.010 0.296 0.169 0.042 0.001 0.164 0.004 0.005 0.010 0.003 0.050 0.089 0.136 0.002 0.005 0.015 101 D 0.043 0.156 0.052 0.166 0.001 0.043 0.004 0.003 0.004 0.001 0.142 0.128 0.235 0.002 0.003 0.019 102 Y 0.017 0.065 0.357 0.133 0.003 0.040 0.013 0.002 0.002 0.001 0.017 0.091 0.223 0.005 0.007 0.024 103 L 0.013 0.026 0.253 0.219 0.011 0.066 0.051 0.004 0.001 0.001 0.032 0.018 0.251 0.024 0.015 0.014 104 T 0.010 0.383 0.136 0.308 0.003 0.008 0.013 0.004 0.005 0.001 0.004 0.010 0.035 0.002 0.016 0.061 105 K 0.032 0.004 0.149 0.562 0.033 0.075 0.074 0.003 0.003 0.004 0.005 0.005 0.027 0.003 0.001 0.020 106 P 0.062 0.058 0.507 0.239 0.011 0.055 0.009 0.018 0.002 0.001 0.014 0.002 0.008 0.002 0.003 0.009 107 F 0.004 0.106 0.047 0.787 0.001 0.005 0.001 0.007 0.009 0.011 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.004 108 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 111 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.970 0.001 0.001 0.002 112 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.985 0.001 0.001 0.001 113 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.978 0.001 0.001 0.001 114 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 115 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 116 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 117 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 118 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 119 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.002 120 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 121 R 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.968 0.005 0.002 0.011 122 T 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.830 0.108 0.006 0.012 123 Q 0.003 0.007 0.010 0.002 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.047 0.023 0.793 0.009 0.085 0.014 124 N 0.003 0.014 0.006 0.004 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.091 0.770 0.007 0.009 0.074 125 Y 0.007 0.003 0.012 0.003 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 0.013 0.910 0.005 0.004 0.017 126 Y 0.002 0.005 0.025 0.003 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.012 0.027 0.892 0.007 0.005 0.007 127 S 0.001 0.007 0.008 0.008 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.029 0.908 0.003 0.005 0.005 128 D 0.002 0.013 0.010 0.010 0.001 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.014 0.028 0.848 0.010 0.004 0.040 129 L 0.006 0.007 0.039 0.011 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 0.001 0.015 0.015 0.852 0.006 0.012 0.018 130 R 0.005 0.013 0.061 0.018 0.006 0.017 0.078 0.002 0.001 0.001 0.008 0.020 0.647 0.093 0.008 0.023 131 K 0.014 0.040 0.052 0.046 0.008 0.018 0.023 0.031 0.003 0.001 0.030 0.014 0.508 0.023 0.138 0.051 132 N 0.005 0.009 0.022 0.014 0.078 0.033 0.143 0.006 0.010 0.011 0.017 0.034 0.103 0.461 0.010 0.044 133 E 0.063 0.031 0.054 0.024 0.004 0.011 0.016 0.135 0.004 0.002 0.061 0.011 0.100 0.009 0.459 0.017 134 G 0.017 0.055 0.077 0.052 0.004 0.032 0.016 0.009 0.145 0.088 0.018 0.060 0.101 0.011 0.019 0.297 135 H 0.495 0.029 0.119 0.059 0.004 0.046 0.011 0.008 0.008 0.003 0.028 0.023 0.122 0.006 0.012 0.028 136 H 0.020 0.075 0.365 0.109 0.011 0.114 0.018 0.012 0.006 0.004 0.067 0.040 0.126 0.007 0.010 0.016 137 H 0.024 0.136 0.129 0.270 0.019 0.090 0.019 0.019 0.008 0.005 0.051 0.061 0.135 0.007 0.010 0.018 138 H 0.020 0.057 0.104 0.231 0.044 0.112 0.046 0.019 0.012 0.009 0.065 0.056 0.172 0.014 0.012 0.028 139 H 0.024 0.087 0.110 0.128 0.073 0.073 0.100 0.040 0.011 0.009 0.077 0.051 0.136 0.035 0.020 0.025 140 H 0.026 0.059 0.077 0.117 0.045 0.104 0.072 0.075 0.023 0.020 0.095 0.058 0.129 0.021 0.051 0.028