# TARGET T0634 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0634.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 95.9609 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.001 0.024 0.009 0.018 0.182 0.016 0.745 2 S 0.006 0.001 0.119 0.019 0.039 0.149 0.049 0.619 3 L 0.001 0.001 0.321 0.031 0.031 0.145 0.035 0.435 4 K 0.001 0.001 0.865 0.015 0.032 0.011 0.033 0.044 5 K 0.001 0.001 0.887 0.014 0.029 0.008 0.029 0.033 6 I 0.001 0.001 0.967 0.011 0.011 0.002 0.004 0.006 7 L 0.001 0.001 0.936 0.010 0.008 0.005 0.017 0.022 8 I 0.004 0.001 0.838 0.013 0.023 0.032 0.018 0.072 9 I 0.010 0.007 0.512 0.022 0.024 0.135 0.043 0.247 10 D 0.119 0.202 0.075 0.016 0.016 0.122 0.153 0.297 11 Q 0.141 0.396 0.013 0.003 0.004 0.054 0.231 0.158 12 Q 0.023 0.486 0.010 0.004 0.005 0.063 0.230 0.179 13 D 0.009 0.922 0.002 0.001 0.002 0.010 0.023 0.032 14 F 0.010 0.935 0.001 0.001 0.002 0.005 0.025 0.021 15 S 0.005 0.957 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 0.013 16 R 0.008 0.936 0.002 0.002 0.003 0.003 0.028 0.018 17 I 0.014 0.489 0.037 0.005 0.005 0.009 0.418 0.024 18 E 0.024 0.863 0.010 0.005 0.007 0.012 0.040 0.040 19 L 0.059 0.755 0.012 0.006 0.009 0.014 0.032 0.113 20 K 0.052 0.539 0.025 0.017 0.029 0.038 0.101 0.199 21 N 0.065 0.088 0.041 0.030 0.038 0.099 0.318 0.320 22 F 0.076 0.024 0.080 0.025 0.029 0.089 0.317 0.362 23 L 0.343 0.011 0.016 0.017 0.019 0.089 0.037 0.467 24 D 0.168 0.009 0.004 0.004 0.007 0.066 0.024 0.720 25 S 0.021 0.008 0.013 0.007 0.018 0.192 0.025 0.716 26 E 0.009 0.010 0.027 0.035 0.160 0.138 0.030 0.590 27 Y 0.007 0.015 0.047 0.175 0.269 0.075 0.057 0.355 28 L 0.005 0.014 0.159 0.198 0.338 0.026 0.134 0.126 29 V 0.009 0.017 0.082 0.215 0.341 0.032 0.108 0.196 30 I 0.015 0.008 0.198 0.301 0.297 0.023 0.067 0.091 31 E 0.029 0.009 0.155 0.176 0.268 0.041 0.069 0.252 32 S 0.082 0.016 0.082 0.074 0.102 0.103 0.067 0.474 33 K 0.018 0.034 0.039 0.031 0.038 0.165 0.034 0.642 34 N 0.037 0.447 0.009 0.007 0.010 0.070 0.078 0.342 35 E 0.040 0.872 0.002 0.001 0.002 0.011 0.026 0.046 36 K 0.027 0.895 0.002 0.002 0.002 0.010 0.024 0.038 37 E 0.022 0.817 0.004 0.002 0.004 0.014 0.095 0.043 38 A 0.016 0.942 0.003 0.001 0.001 0.004 0.018 0.016 39 L 0.043 0.851 0.006 0.001 0.002 0.006 0.067 0.024 40 E 0.035 0.772 0.008 0.002 0.003 0.017 0.085 0.078 41 Q 0.109 0.476 0.043 0.006 0.009 0.038 0.159 0.161 42 I 0.351 0.067 0.077 0.008 0.008 0.042 0.315 0.133 43 D 0.254 0.010 0.008 0.003 0.005 0.096 0.041 0.583 44 H 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.072 0.007 0.908 45 H 0.013 0.003 0.024 0.002 0.004 0.184 0.026 0.744 46 H 0.072 0.004 0.032 0.003 0.006 0.167 0.146 0.570 47 P 0.004 0.003 0.183 0.005 0.008 0.134 0.039 0.624 48 D 0.001 0.002 0.755 0.005 0.016 0.032 0.038 0.152 49 L 0.001 0.001 0.918 0.006 0.008 0.010 0.018 0.039 50 V 0.001 0.001 0.975 0.005 0.005 0.002 0.007 0.007 51 I 0.002 0.001 0.904 0.014 0.014 0.008 0.023 0.034 52 L 0.009 0.002 0.862 0.012 0.022 0.018 0.018 0.057 53 D 0.078 0.010 0.461 0.018 0.025 0.090 0.076 0.242 54 M 0.023 0.005 0.294 0.045 0.051 0.156 0.047 0.378 55 D 0.054 0.005 0.097 0.027 0.043 0.167 0.033 0.574 56 I 0.202 0.006 0.046 0.021 0.025 0.147 0.115 0.438 57 I 0.031 0.005 0.015 0.006 0.011 0.185 0.028 0.719 58 G 0.105 0.016 0.014 0.009 0.015 0.132 0.051 0.660 59 E 0.033 0.028 0.024 0.020 0.022 0.193 0.052 0.628 60 N 0.043 0.229 0.023 0.015 0.023 0.112 0.089 0.466 61 S 0.047 0.654 0.008 0.008 0.015 0.045 0.058 0.165 62 P 0.022 0.734 0.016 0.015 0.029 0.031 0.047 0.106 63 N 0.011 0.810 0.010 0.016 0.030 0.016 0.045 0.062 64 L 0.009 0.898 0.007 0.010 0.023 0.006 0.017 0.030 65 C 0.012 0.899 0.008 0.010 0.017 0.005 0.023 0.027 66 L 0.031 0.820 0.008 0.018 0.030 0.009 0.037 0.048 67 K 0.065 0.274 0.084 0.059 0.065 0.033 0.279 0.141 68 L 0.218 0.179 0.055 0.046 0.052 0.052 0.149 0.248 69 K 0.193 0.046 0.032 0.026 0.028 0.081 0.070 0.523 70 R 0.028 0.021 0.007 0.006 0.011 0.070 0.017 0.841 71 S 0.164 0.032 0.006 0.005 0.009 0.070 0.079 0.636 72 K 0.049 0.010 0.013 0.020 0.013 0.115 0.057 0.722 73 G 0.068 0.008 0.015 0.009 0.020 0.084 0.038 0.758 74 L 0.334 0.004 0.009 0.006 0.008 0.085 0.052 0.503 75 K 0.011 0.003 0.083 0.016 0.045 0.151 0.022 0.671 76 N 0.006 0.006 0.050 0.010 0.033 0.123 0.041 0.731 77 V 0.002 0.007 0.271 0.083 0.066 0.153 0.039 0.379 78 P 0.001 0.005 0.666 0.034 0.119 0.027 0.053 0.095 79 L 0.001 0.004 0.537 0.092 0.202 0.016 0.073 0.074 80 I 0.001 0.002 0.732 0.094 0.093 0.006 0.044 0.028 81 L 0.004 0.003 0.636 0.099 0.092 0.016 0.083 0.067 82 L 0.006 0.005 0.583 0.072 0.113 0.038 0.067 0.117 83 F 0.056 0.030 0.240 0.086 0.089 0.093 0.153 0.253 84 S 0.114 0.071 0.071 0.041 0.054 0.093 0.169 0.388 85 S 0.056 0.127 0.023 0.018 0.026 0.108 0.095 0.546 86 E 0.024 0.215 0.014 0.010 0.016 0.104 0.064 0.552 87 H 0.037 0.809 0.002 0.002 0.002 0.016 0.049 0.083 88 K 0.033 0.851 0.001 0.002 0.003 0.009 0.042 0.060 89 E 0.018 0.431 0.005 0.003 0.005 0.020 0.419 0.099 90 A 0.014 0.694 0.011 0.005 0.008 0.019 0.195 0.054 91 I 0.017 0.886 0.010 0.004 0.006 0.007 0.025 0.043 92 V 0.027 0.832 0.010 0.009 0.013 0.008 0.046 0.056 93 N 0.047 0.207 0.042 0.018 0.024 0.040 0.494 0.128 94 G 0.034 0.063 0.128 0.016 0.021 0.036 0.618 0.085 95 L 0.325 0.079 0.066 0.034 0.029 0.092 0.109 0.266 96 H 0.063 0.020 0.028 0.018 0.029 0.087 0.037 0.719 97 S 0.009 0.008 0.020 0.006 0.011 0.139 0.016 0.792 98 G 0.134 0.063 0.027 0.029 0.036 0.129 0.141 0.440 99 A 0.076 0.024 0.018 0.011 0.015 0.136 0.043 0.676 100 D 0.153 0.018 0.033 0.029 0.029 0.091 0.132 0.515 101 D 0.060 0.010 0.037 0.028 0.086 0.120 0.060 0.597 102 Y 0.059 0.005 0.053 0.043 0.069 0.118 0.035 0.618 103 L 0.015 0.002 0.052 0.159 0.262 0.080 0.029 0.402 104 T 0.031 0.003 0.025 0.050 0.095 0.094 0.036 0.666 105 K 0.033 0.002 0.036 0.119 0.111 0.110 0.031 0.558 106 P 0.010 0.002 0.026 0.045 0.087 0.151 0.024 0.655 107 F 0.003 0.004 0.014 0.025 0.040 0.109 0.015 0.791 108 N 0.255 0.402 0.003 0.007 0.004 0.034 0.151 0.143 109 R 0.101 0.723 0.001 0.001 0.002 0.024 0.046 0.101 110 N 0.019 0.433 0.004 0.010 0.018 0.029 0.355 0.133 111 D 0.005 0.831 0.002 0.003 0.010 0.010 0.108 0.030 112 L 0.002 0.950 0.001 0.004 0.005 0.002 0.027 0.008 113 L 0.001 0.945 0.001 0.005 0.006 0.001 0.030 0.010 114 S 0.001 0.979 0.001 0.003 0.006 0.001 0.006 0.004 115 R 0.002 0.960 0.003 0.004 0.005 0.001 0.018 0.007 116 I 0.001 0.986 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.004 117 E 0.011 0.921 0.002 0.003 0.004 0.003 0.030 0.027 118 I 0.011 0.201 0.027 0.007 0.007 0.009 0.698 0.039 119 H 0.031 0.602 0.018 0.007 0.008 0.025 0.210 0.098 120 L 0.059 0.376 0.051 0.010 0.009 0.038 0.282 0.175 121 R 0.039 0.444 0.030 0.007 0.011 0.048 0.133 0.288 122 T 0.068 0.631 0.006 0.004 0.006 0.026 0.073 0.186 123 Q 0.069 0.375 0.032 0.007 0.008 0.048 0.251 0.210 124 N 0.040 0.466 0.021 0.008 0.011 0.069 0.119 0.265 125 Y 0.052 0.639 0.011 0.004 0.006 0.026 0.041 0.221 126 Y 0.071 0.707 0.013 0.004 0.005 0.023 0.043 0.134 127 S 0.073 0.613 0.006 0.005 0.008 0.036 0.046 0.212 128 D 0.078 0.288 0.028 0.009 0.014 0.064 0.200 0.320 129 L 0.120 0.241 0.050 0.019 0.023 0.079 0.168 0.299 130 R 0.194 0.074 0.048 0.018 0.022 0.082 0.126 0.437 131 K 0.091 0.030 0.021 0.009 0.016 0.086 0.034 0.714 132 N 0.130 0.042 0.015 0.009 0.015 0.096 0.048 0.644 133 E 0.057 0.033 0.020 0.012 0.019 0.130 0.043 0.686 134 G 0.045 0.041 0.031 0.024 0.038 0.114 0.048 0.659 135 H 0.100 0.050 0.044 0.030 0.047 0.099 0.078 0.551 136 H 0.101 0.023 0.075 0.036 0.052 0.107 0.071 0.534 137 H 0.084 0.011 0.059 0.033 0.064 0.108 0.046 0.597 138 H 0.064 0.006 0.045 0.033 0.054 0.119 0.039 0.640 139 H 0.037 0.005 0.035 0.022 0.038 0.132 0.046 0.685 140 H 0.052 0.008 0.031 0.024 0.033 0.144 0.063 0.646