# TARGET T0634 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0634.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 95.9609 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.036 0.012 0.003 0.051 0.016 0.026 0.019 0.003 0.001 0.002 0.832 2 S 0.015 0.003 0.001 0.053 0.031 0.035 0.050 0.002 0.001 0.002 0.809 3 L 0.048 0.003 0.009 0.145 0.045 0.047 0.044 0.001 0.001 0.006 0.652 4 K 0.014 0.001 0.001 0.640 0.100 0.042 0.135 0.001 0.001 0.002 0.065 5 K 0.006 0.001 0.001 0.654 0.036 0.026 0.125 0.001 0.001 0.003 0.148 6 I 0.001 0.001 0.001 0.979 0.007 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 7 L 0.001 0.001 0.001 0.964 0.004 0.007 0.010 0.001 0.001 0.001 0.014 8 I 0.001 0.001 0.001 0.979 0.002 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 9 I 0.001 0.001 0.001 0.842 0.007 0.020 0.028 0.001 0.001 0.001 0.102 10 D 0.002 0.001 0.001 0.260 0.013 0.025 0.228 0.001 0.001 0.007 0.466 11 Q 0.013 0.001 0.001 0.060 0.003 0.006 0.238 0.001 0.001 0.007 0.672 12 Q 0.010 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.486 0.001 0.001 0.004 0.489 13 D 0.081 0.009 0.001 0.004 0.001 0.002 0.410 0.001 0.001 0.008 0.485 14 F 0.125 0.292 0.003 0.006 0.003 0.005 0.162 0.002 0.001 0.005 0.398 15 S 0.036 0.660 0.004 0.004 0.004 0.007 0.086 0.002 0.001 0.002 0.196 16 R 0.019 0.817 0.003 0.002 0.003 0.003 0.040 0.001 0.001 0.001 0.112 17 I 0.009 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.022 18 E 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 19 L 0.007 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 20 K 0.010 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.013 21 N 0.060 0.866 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.001 0.001 0.035 22 F 0.078 0.850 0.012 0.001 0.003 0.003 0.005 0.022 0.001 0.001 0.027 23 L 0.084 0.707 0.017 0.004 0.004 0.008 0.024 0.054 0.001 0.001 0.097 24 D 0.133 0.459 0.016 0.007 0.010 0.012 0.033 0.067 0.001 0.003 0.261 25 S 0.233 0.216 0.022 0.010 0.006 0.007 0.029 0.054 0.001 0.007 0.417 26 E 0.318 0.025 0.029 0.029 0.012 0.010 0.186 0.026 0.001 0.013 0.353 27 Y 0.194 0.016 0.235 0.061 0.041 0.036 0.113 0.004 0.001 0.018 0.282 28 L 0.011 0.005 0.008 0.449 0.163 0.174 0.070 0.001 0.001 0.005 0.115 29 V 0.003 0.003 0.003 0.124 0.061 0.068 0.054 0.001 0.001 0.002 0.683 30 I 0.002 0.002 0.001 0.479 0.179 0.270 0.014 0.001 0.001 0.001 0.052 31 E 0.005 0.004 0.001 0.199 0.114 0.218 0.085 0.001 0.001 0.001 0.373 32 S 0.022 0.004 0.001 0.313 0.174 0.348 0.025 0.001 0.001 0.001 0.113 33 K 0.011 0.009 0.002 0.109 0.059 0.130 0.205 0.001 0.001 0.010 0.467 34 N 0.020 0.005 0.001 0.018 0.025 0.036 0.437 0.002 0.001 0.009 0.446 35 E 0.038 0.005 0.004 0.009 0.003 0.008 0.101 0.001 0.001 0.007 0.825 36 K 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.493 0.001 0.001 0.001 0.493 37 E 0.016 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.795 0.001 0.001 0.003 0.173 38 A 0.031 0.872 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.001 0.001 0.001 0.066 39 L 0.009 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.027 40 E 0.011 0.942 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.036 41 Q 0.014 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.016 42 I 0.023 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.007 43 D 0.024 0.917 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.001 0.001 0.030 44 H 0.099 0.743 0.026 0.002 0.002 0.002 0.007 0.052 0.001 0.001 0.065 45 H 0.365 0.272 0.018 0.004 0.003 0.004 0.015 0.205 0.001 0.003 0.111 46 H 0.422 0.056 0.104 0.014 0.005 0.004 0.030 0.025 0.001 0.003 0.337 47 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 48 D 0.014 0.002 0.003 0.391 0.124 0.129 0.088 0.001 0.001 0.007 0.242 49 L 0.027 0.002 0.003 0.605 0.030 0.028 0.096 0.001 0.001 0.002 0.206 50 V 0.001 0.001 0.001 0.897 0.034 0.040 0.012 0.001 0.001 0.001 0.015 51 I 0.001 0.001 0.001 0.900 0.014 0.029 0.017 0.001 0.001 0.001 0.036 52 L 0.001 0.001 0.001 0.918 0.019 0.035 0.008 0.001 0.001 0.001 0.019 53 D 0.001 0.001 0.001 0.746 0.028 0.059 0.039 0.001 0.001 0.002 0.125 54 M 0.004 0.001 0.001 0.554 0.035 0.074 0.072 0.001 0.001 0.004 0.255 55 D 0.014 0.002 0.001 0.178 0.027 0.057 0.288 0.001 0.001 0.009 0.423 56 I 0.194 0.006 0.002 0.091 0.024 0.047 0.199 0.002 0.001 0.023 0.412 57 I 0.077 0.014 0.001 0.046 0.012 0.020 0.084 0.003 0.001 0.004 0.738 58 G 0.111 0.015 0.004 0.039 0.024 0.040 0.117 0.006 0.001 0.014 0.630 59 E 0.218 0.032 0.044 0.056 0.015 0.024 0.100 0.003 0.001 0.011 0.497 60 N 0.039 0.020 0.008 0.021 0.019 0.023 0.327 0.003 0.001 0.008 0.532 61 S 0.075 0.019 0.022 0.018 0.008 0.018 0.173 0.001 0.001 0.015 0.651 62 P 0.002 0.008 0.001 0.004 0.002 0.003 0.060 0.001 0.001 0.001 0.921 63 N 0.021 0.025 0.001 0.007 0.005 0.009 0.440 0.001 0.001 0.007 0.483 64 L 0.071 0.441 0.002 0.010 0.008 0.012 0.170 0.001 0.001 0.003 0.282 65 C 0.029 0.831 0.001 0.004 0.008 0.012 0.023 0.001 0.001 0.001 0.091 66 L 0.010 0.928 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.044 67 K 0.010 0.953 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.027 68 L 0.020 0.964 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 69 K 0.010 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 70 R 0.030 0.885 0.012 0.001 0.002 0.003 0.007 0.022 0.001 0.001 0.038 71 S 0.155 0.691 0.007 0.001 0.004 0.004 0.007 0.072 0.001 0.002 0.058 72 K 0.199 0.303 0.058 0.003 0.002 0.003 0.011 0.031 0.001 0.003 0.388 73 G 0.065 0.104 0.051 0.007 0.006 0.007 0.320 0.051 0.001 0.004 0.384 74 L 0.542 0.058 0.052 0.015 0.008 0.011 0.062 0.016 0.001 0.015 0.221 75 K 0.105 0.104 0.010 0.033 0.015 0.016 0.117 0.009 0.001 0.004 0.585 76 N 0.063 0.012 0.013 0.033 0.015 0.017 0.138 0.009 0.001 0.010 0.690 77 V 0.233 0.023 0.018 0.214 0.070 0.055 0.083 0.002 0.001 0.007 0.294 78 P 0.001 0.001 0.001 0.088 0.012 0.006 0.016 0.001 0.001 0.001 0.876 79 L 0.004 0.001 0.001 0.596 0.061 0.092 0.073 0.001 0.001 0.004 0.168 80 I 0.001 0.001 0.001 0.921 0.018 0.031 0.008 0.001 0.001 0.001 0.019 81 L 0.001 0.003 0.001 0.848 0.025 0.054 0.018 0.001 0.001 0.001 0.049 82 L 0.001 0.001 0.001 0.880 0.021 0.052 0.014 0.001 0.001 0.001 0.031 83 F 0.003 0.004 0.001 0.457 0.073 0.125 0.113 0.001 0.001 0.003 0.221 84 S 0.008 0.003 0.002 0.245 0.044 0.083 0.159 0.001 0.001 0.006 0.450 85 S 0.015 0.002 0.001 0.046 0.014 0.022 0.362 0.001 0.001 0.005 0.533 86 E 0.061 0.005 0.001 0.018 0.006 0.011 0.281 0.001 0.001 0.014 0.603 87 H 0.100 0.046 0.001 0.010 0.009 0.014 0.259 0.002 0.001 0.008 0.551 88 K 0.089 0.102 0.005 0.008 0.005 0.011 0.150 0.002 0.001 0.005 0.623 89 E 0.043 0.276 0.004 0.007 0.008 0.012 0.184 0.003 0.001 0.004 0.459 90 A 0.095 0.446 0.012 0.007 0.017 0.018 0.092 0.004 0.001 0.007 0.303 91 I 0.091 0.680 0.011 0.008 0.009 0.016 0.022 0.004 0.001 0.002 0.157 92 V 0.043 0.743 0.011 0.014 0.027 0.037 0.015 0.004 0.001 0.001 0.105 93 N 0.042 0.727 0.009 0.016 0.020 0.018 0.019 0.004 0.001 0.002 0.143 94 G 0.044 0.789 0.017 0.016 0.018 0.020 0.013 0.007 0.001 0.002 0.074 95 L 0.094 0.680 0.012 0.027 0.014 0.042 0.017 0.015 0.001 0.002 0.097 96 H 0.054 0.685 0.007 0.021 0.012 0.029 0.033 0.015 0.001 0.002 0.141 97 S 0.103 0.579 0.017 0.021 0.009 0.016 0.020 0.029 0.001 0.004 0.203 98 G 0.320 0.288 0.013 0.020 0.007 0.014 0.050 0.079 0.001 0.006 0.203 99 A 0.175 0.167 0.329 0.034 0.008 0.022 0.065 0.013 0.001 0.005 0.182 100 D 0.034 0.137 0.018 0.042 0.050 0.072 0.115 0.006 0.001 0.005 0.522 101 D 0.053 0.096 0.010 0.024 0.010 0.016 0.059 0.004 0.001 0.006 0.722 102 Y 0.115 0.254 0.002 0.041 0.012 0.018 0.245 0.018 0.001 0.004 0.291 103 L 0.489 0.176 0.011 0.050 0.016 0.035 0.063 0.012 0.001 0.007 0.140 104 T 0.176 0.323 0.029 0.097 0.028 0.058 0.043 0.017 0.001 0.008 0.221 105 K 0.091 0.091 0.041 0.074 0.058 0.075 0.073 0.008 0.001 0.003 0.487 106 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 107 F 0.047 0.015 0.005 0.052 0.040 0.112 0.117 0.002 0.001 0.005 0.605 108 N 0.158 0.016 0.003 0.010 0.009 0.018 0.225 0.002 0.001 0.005 0.555 109 R 0.025 0.023 0.006 0.006 0.003 0.009 0.028 0.001 0.001 0.001 0.898 110 N 0.002 0.024 0.001 0.002 0.002 0.002 0.552 0.001 0.001 0.001 0.416 111 D 0.046 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.707 0.001 0.001 0.003 0.216 112 L 0.040 0.889 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.054 113 L 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 114 S 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 115 R 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 116 I 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 117 E 0.005 0.983 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 118 I 0.001 0.989 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 119 H 0.010 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 120 L 0.006 0.982 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 121 R 0.019 0.928 0.007 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.001 0.001 0.030 122 T 0.053 0.846 0.012 0.002 0.003 0.004 0.007 0.018 0.001 0.001 0.053 123 Q 0.070 0.762 0.011 0.003 0.003 0.003 0.010 0.019 0.001 0.001 0.117 124 N 0.072 0.517 0.017 0.004 0.005 0.005 0.065 0.019 0.001 0.002 0.293 125 Y 0.103 0.497 0.039 0.007 0.004 0.007 0.086 0.012 0.001 0.003 0.243 126 Y 0.122 0.570 0.012 0.008 0.006 0.015 0.061 0.013 0.001 0.003 0.190 127 S 0.076 0.504 0.011 0.006 0.008 0.010 0.052 0.009 0.001 0.002 0.322 128 D 0.074 0.518 0.009 0.005 0.005 0.007 0.034 0.008 0.001 0.002 0.337 129 L 0.129 0.593 0.007 0.007 0.010 0.012 0.043 0.012 0.001 0.002 0.186 130 R 0.109 0.626 0.006 0.008 0.015 0.022 0.055 0.017 0.001 0.003 0.139 131 K 0.116 0.585 0.021 0.011 0.016 0.027 0.036 0.014 0.001 0.002 0.173 132 N 0.111 0.489 0.008 0.010 0.026 0.026 0.054 0.034 0.001 0.006 0.237 133 E 0.294 0.182 0.046 0.013 0.008 0.012 0.027 0.015 0.001 0.009 0.395 134 G 0.075 0.119 0.032 0.021 0.017 0.017 0.246 0.014 0.001 0.007 0.451 135 H 0.224 0.037 0.055 0.029 0.020 0.030 0.156 0.006 0.001 0.022 0.423 136 H 0.071 0.079 0.010 0.051 0.029 0.042 0.093 0.003 0.001 0.007 0.615 137 H 0.046 0.048 0.012 0.052 0.051 0.081 0.109 0.003 0.001 0.008 0.590 138 H 0.093 0.077 0.009 0.080 0.049 0.088 0.120 0.003 0.001 0.010 0.472 139 H 0.105 0.077 0.010 0.062 0.054 0.101 0.116 0.004 0.001 0.007 0.463 140 H 0.081 0.066 0.009 0.051 0.046 0.085 0.103 0.004 0.001 0.010 0.546