# TARGET T0634 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0634.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 95.9609 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.047 0.009 0.019 0.019 0.029 0.035 0.008 0.833 2 S 0.067 0.003 0.032 0.049 0.051 0.110 0.008 0.680 3 L 0.043 0.002 0.059 0.085 0.091 0.033 0.005 0.682 4 K 0.017 0.001 0.211 0.296 0.236 0.085 0.003 0.150 5 K 0.010 0.001 0.426 0.090 0.107 0.085 0.002 0.279 6 I 0.002 0.001 0.759 0.096 0.114 0.011 0.001 0.017 7 L 0.001 0.001 0.825 0.044 0.089 0.007 0.001 0.034 8 I 0.001 0.001 0.754 0.088 0.114 0.007 0.001 0.036 9 I 0.002 0.001 0.447 0.097 0.134 0.083 0.001 0.235 10 D 0.003 0.001 0.095 0.028 0.073 0.295 0.003 0.503 11 Q 0.012 0.002 0.063 0.010 0.064 0.150 0.005 0.694 12 Q 0.010 0.003 0.007 0.001 0.004 0.220 0.004 0.751 13 D 0.067 0.007 0.003 0.001 0.002 0.542 0.009 0.368 14 F 0.158 0.234 0.008 0.002 0.007 0.177 0.005 0.410 15 S 0.030 0.575 0.002 0.001 0.005 0.116 0.002 0.268 16 R 0.032 0.687 0.001 0.001 0.003 0.107 0.005 0.164 17 I 0.025 0.925 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.039 18 E 0.010 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.010 19 L 0.009 0.972 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 20 K 0.012 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.013 21 N 0.056 0.891 0.002 0.001 0.001 0.004 0.019 0.026 22 F 0.041 0.905 0.011 0.002 0.002 0.005 0.009 0.025 23 L 0.065 0.695 0.050 0.021 0.010 0.029 0.025 0.105 24 D 0.070 0.611 0.029 0.015 0.017 0.023 0.031 0.204 25 S 0.154 0.262 0.047 0.020 0.022 0.054 0.096 0.344 26 E 0.457 0.033 0.056 0.015 0.009 0.116 0.109 0.206 27 Y 0.144 0.022 0.284 0.091 0.051 0.060 0.029 0.319 28 L 0.016 0.003 0.231 0.289 0.287 0.074 0.005 0.095 29 V 0.005 0.002 0.118 0.157 0.166 0.060 0.001 0.490 30 I 0.001 0.001 0.221 0.297 0.443 0.007 0.001 0.031 31 E 0.004 0.003 0.113 0.176 0.210 0.050 0.002 0.442 32 S 0.007 0.003 0.339 0.105 0.368 0.022 0.003 0.153 33 K 0.014 0.008 0.166 0.112 0.154 0.198 0.009 0.340 34 N 0.030 0.006 0.035 0.015 0.041 0.272 0.013 0.588 35 E 0.035 0.011 0.028 0.005 0.034 0.095 0.005 0.786 36 K 0.003 0.007 0.002 0.001 0.002 0.382 0.001 0.602 37 E 0.009 0.016 0.001 0.001 0.001 0.883 0.001 0.088 38 A 0.028 0.867 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.085 39 L 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 40 E 0.005 0.970 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.017 41 Q 0.013 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 42 I 0.018 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 43 D 0.020 0.951 0.003 0.001 0.001 0.002 0.009 0.014 44 H 0.053 0.864 0.011 0.001 0.001 0.004 0.030 0.036 45 H 0.307 0.446 0.024 0.002 0.002 0.015 0.125 0.079 46 H 0.357 0.121 0.071 0.009 0.004 0.030 0.051 0.356 47 P 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 48 D 0.058 0.012 0.239 0.084 0.060 0.116 0.010 0.422 49 L 0.117 0.021 0.495 0.047 0.063 0.038 0.006 0.214 50 V 0.006 0.005 0.809 0.086 0.062 0.011 0.001 0.019 51 I 0.002 0.003 0.866 0.033 0.064 0.008 0.001 0.024 52 L 0.002 0.002 0.822 0.069 0.081 0.006 0.001 0.017 53 D 0.003 0.008 0.584 0.087 0.155 0.036 0.003 0.124 54 M 0.014 0.011 0.366 0.094 0.211 0.082 0.006 0.215 55 D 0.026 0.021 0.164 0.093 0.147 0.180 0.013 0.356 56 I 0.078 0.029 0.086 0.051 0.125 0.101 0.013 0.517 57 I 0.059 0.030 0.054 0.036 0.069 0.101 0.009 0.642 58 G 0.071 0.017 0.029 0.021 0.047 0.101 0.011 0.704 59 E 0.159 0.025 0.033 0.019 0.032 0.141 0.013 0.577 60 N 0.078 0.016 0.014 0.009 0.014 0.232 0.013 0.624 61 S 0.223 0.015 0.018 0.010 0.021 0.080 0.010 0.623 62 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.983 63 N 0.020 0.015 0.009 0.011 0.018 0.560 0.003 0.364 64 L 0.132 0.415 0.010 0.007 0.023 0.066 0.004 0.343 65 C 0.025 0.798 0.009 0.010 0.041 0.019 0.002 0.097 66 L 0.017 0.796 0.014 0.013 0.031 0.032 0.003 0.094 67 K 0.025 0.868 0.003 0.007 0.009 0.014 0.007 0.066 68 L 0.036 0.904 0.002 0.005 0.011 0.005 0.006 0.031 69 K 0.031 0.892 0.008 0.007 0.009 0.006 0.008 0.039 70 R 0.055 0.730 0.016 0.011 0.013 0.017 0.026 0.132 71 S 0.151 0.609 0.012 0.012 0.020 0.018 0.032 0.144 72 K 0.104 0.304 0.016 0.010 0.013 0.025 0.031 0.496 73 G 0.087 0.135 0.072 0.017 0.017 0.234 0.039 0.399 74 L 0.495 0.066 0.054 0.012 0.014 0.091 0.047 0.221 75 K 0.169 0.070 0.042 0.016 0.021 0.068 0.019 0.596 76 N 0.044 0.014 0.101 0.014 0.020 0.059 0.015 0.733 77 V 0.206 0.008 0.318 0.085 0.051 0.094 0.014 0.224 78 P 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.006 0.001 0.983 79 L 0.008 0.001 0.778 0.028 0.039 0.061 0.001 0.084 80 I 0.002 0.001 0.971 0.006 0.009 0.005 0.001 0.007 81 L 0.001 0.001 0.943 0.017 0.021 0.003 0.001 0.015 82 L 0.001 0.001 0.958 0.011 0.014 0.005 0.001 0.012 83 F 0.002 0.001 0.555 0.029 0.039 0.115 0.001 0.259 84 S 0.004 0.001 0.214 0.021 0.079 0.239 0.004 0.439 85 S 0.012 0.002 0.040 0.009 0.022 0.479 0.008 0.428 86 E 0.139 0.005 0.010 0.004 0.007 0.299 0.021 0.516 87 H 0.294 0.030 0.006 0.004 0.007 0.234 0.009 0.414 88 K 0.070 0.069 0.003 0.005 0.009 0.311 0.003 0.529 89 E 0.022 0.119 0.001 0.003 0.007 0.429 0.002 0.417 90 A 0.079 0.524 0.003 0.005 0.012 0.139 0.005 0.233 91 I 0.037 0.886 0.002 0.002 0.007 0.011 0.002 0.054 92 V 0.006 0.963 0.003 0.001 0.004 0.003 0.001 0.018 93 N 0.004 0.965 0.003 0.002 0.003 0.003 0.002 0.018 94 G 0.013 0.958 0.004 0.001 0.002 0.002 0.004 0.015 95 L 0.035 0.878 0.041 0.007 0.006 0.007 0.007 0.019 96 H 0.044 0.751 0.064 0.007 0.009 0.016 0.025 0.085 97 S 0.145 0.487 0.086 0.009 0.015 0.034 0.057 0.168 98 G 0.355 0.147 0.089 0.009 0.011 0.050 0.092 0.247 99 A 0.123 0.102 0.317 0.023 0.021 0.074 0.017 0.324 100 D 0.030 0.056 0.144 0.046 0.036 0.226 0.009 0.452 101 D 0.108 0.073 0.040 0.019 0.038 0.113 0.013 0.596 102 Y 0.201 0.165 0.103 0.048 0.062 0.114 0.015 0.292 103 L 0.150 0.081 0.240 0.072 0.090 0.096 0.014 0.257 104 T 0.060 0.079 0.129 0.058 0.105 0.041 0.020 0.508 105 K 0.094 0.017 0.144 0.117 0.141 0.061 0.010 0.416 106 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 107 F 0.013 0.002 0.181 0.070 0.147 0.119 0.003 0.464 108 N 0.036 0.007 0.013 0.012 0.013 0.356 0.004 0.560 109 R 0.032 0.011 0.025 0.005 0.030 0.031 0.003 0.864 110 N 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.287 0.001 0.702 111 D 0.133 0.007 0.003 0.001 0.001 0.696 0.016 0.141 112 L 0.058 0.766 0.002 0.001 0.002 0.046 0.001 0.125 113 L 0.006 0.911 0.001 0.001 0.003 0.033 0.001 0.045 114 S 0.006 0.922 0.002 0.001 0.003 0.024 0.001 0.041 115 R 0.009 0.970 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.014 116 I 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 117 E 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 118 I 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 119 H 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 120 L 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 121 R 0.010 0.971 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 122 T 0.021 0.921 0.009 0.002 0.002 0.003 0.017 0.024 123 Q 0.035 0.896 0.009 0.002 0.003 0.005 0.012 0.038 124 N 0.049 0.674 0.025 0.006 0.005 0.055 0.023 0.163 125 Y 0.104 0.502 0.061 0.008 0.010 0.088 0.027 0.200 126 Y 0.113 0.562 0.027 0.009 0.018 0.075 0.020 0.176 127 S 0.060 0.434 0.013 0.007 0.012 0.069 0.016 0.389 128 D 0.060 0.498 0.014 0.006 0.012 0.048 0.014 0.348 129 L 0.112 0.598 0.016 0.010 0.015 0.054 0.014 0.180 130 R 0.098 0.563 0.025 0.023 0.029 0.085 0.017 0.161 131 K 0.100 0.532 0.036 0.026 0.031 0.043 0.023 0.210 132 N 0.119 0.453 0.029 0.018 0.029 0.046 0.036 0.269 133 E 0.199 0.211 0.063 0.018 0.027 0.054 0.070 0.357 134 G 0.136 0.093 0.096 0.023 0.022 0.170 0.063 0.396 135 H 0.177 0.036 0.108 0.033 0.028 0.178 0.038 0.402 136 H 0.063 0.038 0.071 0.028 0.035 0.123 0.011 0.632 137 H 0.054 0.032 0.076 0.037 0.069 0.135 0.010 0.589 138 H 0.091 0.032 0.074 0.045 0.076 0.113 0.013 0.556 139 H 0.103 0.039 0.065 0.060 0.090 0.112 0.013 0.519 140 H 0.066 0.030 0.042 0.041 0.062 0.100 0.010 0.650