# TARGET T0634 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0634.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 95.9609 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.153 0.111 0.145 0.200 0.159 0.115 0.059 0.030 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 2 S 0.192 0.208 0.167 0.159 0.105 0.066 0.050 0.023 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 3 L 0.018 0.018 0.044 0.097 0.147 0.198 0.163 0.145 0.087 0.038 0.023 0.012 0.006 0.003 4 K 0.007 0.009 0.017 0.045 0.088 0.128 0.182 0.165 0.157 0.090 0.063 0.027 0.014 0.008 5 K 0.003 0.003 0.005 0.013 0.028 0.044 0.080 0.125 0.175 0.172 0.155 0.119 0.047 0.033 6 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.019 0.060 0.166 0.264 0.277 0.136 0.063 7 L 0.002 0.002 0.003 0.003 0.006 0.011 0.026 0.053 0.110 0.199 0.207 0.189 0.140 0.049 8 I 0.003 0.004 0.004 0.007 0.017 0.022 0.036 0.078 0.164 0.221 0.185 0.120 0.092 0.048 9 I 0.008 0.016 0.027 0.074 0.118 0.118 0.130 0.145 0.140 0.097 0.062 0.035 0.015 0.017 10 D 0.011 0.030 0.057 0.113 0.145 0.162 0.155 0.112 0.084 0.067 0.034 0.017 0.007 0.006 11 Q 0.075 0.156 0.162 0.148 0.138 0.112 0.087 0.046 0.046 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 12 Q 0.363 0.281 0.166 0.081 0.050 0.027 0.016 0.006 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 13 D 0.341 0.258 0.163 0.108 0.068 0.029 0.018 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 F 0.068 0.057 0.116 0.184 0.236 0.167 0.092 0.046 0.022 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 15 S 0.280 0.182 0.155 0.146 0.099 0.074 0.037 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 16 R 0.403 0.295 0.140 0.067 0.043 0.023 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 I 0.087 0.055 0.081 0.135 0.222 0.172 0.088 0.078 0.048 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 18 E 0.102 0.085 0.110 0.163 0.187 0.147 0.104 0.058 0.025 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 19 L 0.206 0.120 0.115 0.156 0.138 0.102 0.069 0.046 0.026 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 20 K 0.391 0.230 0.140 0.104 0.064 0.034 0.018 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 21 N 0.116 0.100 0.134 0.195 0.195 0.131 0.063 0.035 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 22 F 0.080 0.050 0.083 0.128 0.184 0.186 0.141 0.086 0.039 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 23 L 0.314 0.193 0.158 0.157 0.087 0.047 0.026 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 D 0.521 0.196 0.107 0.079 0.044 0.022 0.020 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 S 0.151 0.134 0.175 0.214 0.141 0.096 0.051 0.020 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 26 E 0.255 0.223 0.154 0.112 0.095 0.060 0.059 0.020 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 27 Y 0.034 0.022 0.039 0.077 0.135 0.171 0.154 0.160 0.104 0.048 0.028 0.019 0.008 0.002 28 L 0.031 0.027 0.044 0.096 0.155 0.139 0.141 0.131 0.096 0.065 0.040 0.021 0.008 0.005 29 V 0.014 0.009 0.014 0.019 0.031 0.049 0.073 0.114 0.133 0.196 0.170 0.110 0.048 0.020 30 I 0.048 0.047 0.053 0.057 0.078 0.088 0.081 0.098 0.140 0.119 0.098 0.050 0.033 0.011 31 E 0.050 0.052 0.065 0.118 0.149 0.137 0.123 0.113 0.087 0.051 0.030 0.014 0.007 0.004 32 S 0.025 0.025 0.041 0.069 0.127 0.145 0.166 0.134 0.108 0.082 0.044 0.020 0.009 0.005 33 K 0.224 0.233 0.165 0.145 0.104 0.052 0.038 0.017 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 34 N 0.290 0.202 0.149 0.140 0.089 0.055 0.038 0.013 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 35 E 0.137 0.146 0.192 0.168 0.140 0.102 0.075 0.022 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 36 K 0.494 0.309 0.105 0.050 0.026 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 E 0.330 0.330 0.162 0.082 0.052 0.026 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 A 0.029 0.022 0.052 0.118 0.193 0.224 0.193 0.112 0.041 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 39 L 0.034 0.062 0.121 0.216 0.253 0.149 0.092 0.045 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 40 E 0.812 0.136 0.034 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 Q 0.098 0.179 0.227 0.222 0.145 0.075 0.035 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 I 0.034 0.023 0.051 0.112 0.237 0.211 0.159 0.118 0.041 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 43 D 0.316 0.279 0.173 0.132 0.063 0.023 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 H 0.636 0.166 0.090 0.060 0.024 0.012 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 H 0.099 0.121 0.179 0.230 0.168 0.102 0.064 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 46 H 0.050 0.109 0.162 0.217 0.186 0.128 0.074 0.038 0.022 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 47 P 0.009 0.014 0.029 0.071 0.137 0.200 0.198 0.163 0.098 0.045 0.021 0.010 0.005 0.002 48 D 0.005 0.007 0.015 0.042 0.093 0.115 0.136 0.167 0.175 0.109 0.071 0.032 0.019 0.014 49 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.018 0.035 0.099 0.185 0.266 0.258 0.084 0.046 50 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.015 0.059 0.152 0.235 0.268 0.160 0.101 51 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 0.048 0.128 0.204 0.274 0.214 0.112 52 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.032 0.094 0.169 0.205 0.189 0.191 0.098 53 D 0.001 0.002 0.004 0.015 0.031 0.042 0.083 0.149 0.169 0.146 0.139 0.109 0.052 0.058 54 M 0.001 0.002 0.004 0.007 0.015 0.029 0.068 0.105 0.151 0.227 0.188 0.109 0.053 0.042 55 D 0.014 0.034 0.071 0.110 0.131 0.140 0.121 0.136 0.116 0.065 0.034 0.018 0.007 0.004 56 I 0.020 0.034 0.074 0.117 0.147 0.163 0.127 0.111 0.104 0.059 0.027 0.011 0.005 0.002 57 I 0.046 0.062 0.108 0.144 0.185 0.174 0.128 0.081 0.042 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 58 G 0.270 0.225 0.170 0.127 0.090 0.053 0.034 0.014 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 59 E 0.511 0.189 0.113 0.068 0.049 0.030 0.021 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 60 N 0.429 0.216 0.133 0.098 0.060 0.029 0.019 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 61 S 0.196 0.133 0.138 0.150 0.140 0.105 0.070 0.033 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 62 P 0.102 0.089 0.114 0.141 0.197 0.158 0.105 0.052 0.024 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 63 N 0.302 0.260 0.151 0.099 0.076 0.044 0.032 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 64 L 0.035 0.020 0.043 0.090 0.148 0.177 0.155 0.157 0.089 0.040 0.024 0.017 0.005 0.001 65 C 0.029 0.024 0.040 0.080 0.146 0.175 0.168 0.164 0.086 0.052 0.022 0.008 0.003 0.001 66 L 0.158 0.120 0.121 0.126 0.120 0.105 0.089 0.069 0.038 0.028 0.015 0.006 0.003 0.001 67 K 0.116 0.194 0.183 0.177 0.138 0.079 0.051 0.032 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 68 L 0.025 0.020 0.041 0.075 0.156 0.198 0.182 0.159 0.078 0.040 0.015 0.008 0.003 0.001 69 K 0.124 0.136 0.180 0.214 0.163 0.096 0.050 0.021 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.603 0.194 0.082 0.056 0.032 0.015 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 S 0.520 0.204 0.109 0.082 0.044 0.021 0.013 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.563 0.190 0.115 0.067 0.036 0.015 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 G 0.452 0.263 0.129 0.080 0.040 0.018 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 L 0.098 0.079 0.137 0.196 0.194 0.149 0.087 0.036 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 75 K 0.063 0.127 0.161 0.210 0.154 0.123 0.085 0.041 0.020 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 76 N 0.024 0.049 0.085 0.128 0.165 0.171 0.123 0.109 0.079 0.034 0.018 0.007 0.005 0.003 77 V 0.001 0.002 0.006 0.016 0.038 0.084 0.133 0.159 0.180 0.142 0.121 0.072 0.031 0.015 78 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.016 0.040 0.073 0.148 0.216 0.203 0.151 0.084 0.056 79 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.015 0.061 0.157 0.219 0.256 0.164 0.117 80 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.038 0.124 0.192 0.271 0.221 0.143 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.019 0.064 0.160 0.201 0.231 0.200 0.114 82 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.009 0.022 0.054 0.122 0.206 0.205 0.166 0.115 0.090 83 F 0.001 0.003 0.006 0.017 0.035 0.058 0.088 0.158 0.166 0.172 0.139 0.084 0.039 0.034 84 S 0.002 0.008 0.020 0.048 0.091 0.135 0.174 0.186 0.150 0.105 0.047 0.020 0.009 0.006 85 S 0.041 0.116 0.173 0.182 0.155 0.125 0.093 0.047 0.042 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 86 E 0.347 0.246 0.174 0.096 0.064 0.032 0.024 0.007 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 87 H 0.289 0.244 0.193 0.142 0.074 0.032 0.015 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 K 0.410 0.218 0.154 0.097 0.063 0.031 0.017 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 E 0.373 0.257 0.145 0.104 0.056 0.034 0.019 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 A 0.292 0.203 0.153 0.116 0.093 0.059 0.046 0.018 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 91 I 0.045 0.057 0.099 0.142 0.188 0.170 0.122 0.090 0.044 0.022 0.011 0.006 0.004 0.001 92 V 0.048 0.045 0.061 0.070 0.127 0.134 0.116 0.126 0.102 0.081 0.046 0.025 0.014 0.004 93 N 0.123 0.120 0.124 0.156 0.127 0.098 0.076 0.068 0.049 0.028 0.016 0.008 0.005 0.002 94 G 0.070 0.044 0.057 0.092 0.117 0.121 0.105 0.112 0.114 0.069 0.047 0.029 0.015 0.007 95 L 0.042 0.042 0.057 0.077 0.112 0.139 0.171 0.131 0.083 0.061 0.045 0.025 0.011 0.005 96 H 0.139 0.136 0.123 0.129 0.125 0.097 0.082 0.062 0.050 0.028 0.017 0.007 0.005 0.002 97 S 0.068 0.045 0.061 0.085 0.129 0.140 0.130 0.124 0.099 0.054 0.033 0.020 0.008 0.004 98 G 0.056 0.071 0.092 0.143 0.150 0.140 0.127 0.091 0.052 0.035 0.023 0.012 0.005 0.002 99 A 0.024 0.028 0.048 0.085 0.125 0.152 0.137 0.150 0.107 0.072 0.040 0.018 0.008 0.005 100 D 0.030 0.039 0.055 0.082 0.127 0.158 0.150 0.132 0.101 0.059 0.037 0.016 0.009 0.005 101 D 0.045 0.038 0.045 0.070 0.097 0.110 0.123 0.127 0.135 0.086 0.063 0.034 0.019 0.009 102 Y 0.020 0.013 0.019 0.035 0.055 0.078 0.111 0.126 0.146 0.133 0.118 0.091 0.036 0.019 103 L 0.010 0.009 0.012 0.012 0.021 0.042 0.081 0.100 0.135 0.186 0.166 0.126 0.069 0.031 104 T 0.032 0.036 0.049 0.057 0.085 0.095 0.108 0.132 0.141 0.110 0.075 0.042 0.028 0.011 105 K 0.078 0.072 0.077 0.120 0.144 0.118 0.104 0.100 0.078 0.051 0.030 0.015 0.008 0.004 106 P 0.046 0.051 0.078 0.128 0.160 0.164 0.140 0.104 0.060 0.033 0.020 0.010 0.004 0.003 107 F 0.053 0.053 0.074 0.129 0.189 0.166 0.142 0.101 0.053 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 108 N 0.309 0.225 0.167 0.123 0.068 0.042 0.037 0.011 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 109 R 0.171 0.120 0.180 0.205 0.155 0.090 0.040 0.019 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 110 N 0.530 0.207 0.106 0.076 0.038 0.023 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 D 0.246 0.215 0.195 0.124 0.090 0.068 0.035 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 112 L 0.078 0.037 0.047 0.079 0.139 0.190 0.169 0.140 0.072 0.031 0.010 0.004 0.002 0.001 113 L 0.067 0.076 0.123 0.193 0.232 0.145 0.073 0.050 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 114 S 0.387 0.129 0.104 0.107 0.090 0.073 0.048 0.030 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 115 R 0.060 0.071 0.099 0.182 0.216 0.167 0.103 0.063 0.024 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 116 I 0.043 0.018 0.022 0.044 0.082 0.162 0.203 0.217 0.124 0.052 0.021 0.009 0.002 0.001 117 E 0.112 0.147 0.170 0.193 0.170 0.102 0.057 0.027 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 118 I 0.218 0.081 0.098 0.137 0.151 0.117 0.070 0.054 0.036 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 119 H 0.043 0.044 0.083 0.171 0.247 0.182 0.114 0.069 0.028 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 120 L 0.097 0.050 0.068 0.101 0.143 0.150 0.129 0.118 0.085 0.038 0.015 0.006 0.002 0.001 121 R 0.292 0.207 0.156 0.139 0.091 0.055 0.036 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 122 T 0.196 0.125 0.158 0.167 0.146 0.097 0.059 0.027 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 123 Q 0.223 0.169 0.156 0.169 0.132 0.080 0.039 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 124 N 0.517 0.252 0.109 0.057 0.034 0.016 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 Y 0.260 0.144 0.145 0.161 0.132 0.083 0.045 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 126 Y 0.201 0.112 0.145 0.186 0.161 0.092 0.062 0.023 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 127 S 0.678 0.164 0.073 0.044 0.021 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 D 0.514 0.236 0.111 0.067 0.037 0.018 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 L 0.112 0.080 0.143 0.201 0.188 0.145 0.074 0.036 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 130 R 0.355 0.164 0.148 0.136 0.097 0.052 0.029 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 131 K 0.645 0.151 0.075 0.060 0.035 0.018 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 N 0.517 0.167 0.111 0.088 0.055 0.029 0.021 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 E 0.407 0.168 0.142 0.117 0.075 0.044 0.029 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 134 G 0.563 0.150 0.097 0.075 0.053 0.028 0.020 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 H 0.432 0.140 0.113 0.114 0.089 0.051 0.032 0.014 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 136 H 0.279 0.118 0.126 0.138 0.125 0.090 0.058 0.031 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 137 H 0.294 0.134 0.123 0.121 0.111 0.084 0.055 0.034 0.023 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 138 H 0.192 0.083 0.099 0.117 0.141 0.125 0.088 0.063 0.040 0.025 0.015 0.007 0.003 0.001 139 H 0.170 0.091 0.104 0.123 0.145 0.121 0.087 0.064 0.039 0.027 0.016 0.008 0.003 0.002 140 H 0.195 0.099 0.099 0.115 0.140 0.110 0.080 0.061 0.041 0.029 0.016 0.008 0.003 0.002