# TARGET T0634 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0634.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 927.31 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.159 0.047 0.183 0.216 0.046 0.073 0.050 0.011 0.027 0.029 0.032 0.020 0.040 0.013 0.005 0.048 2 S 0.089 0.125 0.170 0.186 0.013 0.199 0.014 0.070 0.007 0.006 0.033 0.032 0.026 0.002 0.021 0.007 3 L 0.019 0.199 0.130 0.389 0.002 0.048 0.002 0.015 0.057 0.008 0.053 0.014 0.014 0.002 0.004 0.043 4 K 0.131 0.095 0.174 0.550 0.001 0.010 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 0.013 0.004 0.001 0.001 0.007 5 K 0.016 0.012 0.417 0.544 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 6 I 0.003 0.002 0.112 0.878 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.001 0.001 0.022 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 I 0.001 0.002 0.004 0.967 0.009 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 I 0.001 0.025 0.005 0.842 0.047 0.074 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 D 0.001 0.058 0.001 0.100 0.013 0.784 0.001 0.017 0.002 0.005 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 11 Q 0.002 0.171 0.005 0.037 0.004 0.088 0.001 0.015 0.007 0.011 0.612 0.042 0.004 0.001 0.001 0.001 12 Q 0.004 0.017 0.006 0.006 0.001 0.136 0.001 0.004 0.003 0.003 0.104 0.690 0.024 0.001 0.002 0.001 13 D 0.002 0.005 0.007 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.610 0.152 0.194 0.001 0.002 0.002 14 F 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.572 0.335 0.001 0.001 0.002 15 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.056 0.934 0.001 0.001 0.001 16 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.989 0.001 0.001 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.989 0.001 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 20 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 21 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 22 F 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.678 0.140 0.009 0.150 23 L 0.002 0.002 0.029 0.001 0.001 0.002 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.794 0.018 0.091 0.018 24 D 0.005 0.012 0.033 0.002 0.004 0.008 0.085 0.003 0.002 0.002 0.004 0.002 0.236 0.344 0.030 0.227 25 S 0.090 0.052 0.036 0.022 0.001 0.015 0.035 0.038 0.006 0.003 0.053 0.010 0.183 0.016 0.373 0.067 26 E 0.044 0.167 0.325 0.027 0.001 0.002 0.006 0.001 0.050 0.002 0.002 0.010 0.026 0.001 0.009 0.328 27 Y 0.324 0.015 0.371 0.267 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.010 28 L 0.004 0.005 0.713 0.271 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 V 0.001 0.003 0.023 0.862 0.009 0.093 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 I 0.001 0.105 0.010 0.865 0.005 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 E 0.001 0.012 0.009 0.921 0.010 0.032 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 32 S 0.014 0.041 0.131 0.203 0.071 0.481 0.006 0.010 0.003 0.006 0.018 0.003 0.008 0.001 0.001 0.003 33 K 0.009 0.329 0.042 0.388 0.015 0.030 0.002 0.036 0.003 0.009 0.114 0.015 0.004 0.001 0.001 0.003 34 N 0.001 0.004 0.001 0.007 0.001 0.921 0.001 0.004 0.001 0.004 0.005 0.048 0.004 0.001 0.001 0.001 35 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 36 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.972 0.012 0.001 0.001 0.001 37 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.032 0.958 0.001 0.001 0.001 38 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 39 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.985 0.001 0.001 0.001 40 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 41 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.026 0.002 0.019 42 I 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.006 0.017 0.005 43 D 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.881 0.025 0.010 0.055 44 H 0.063 0.017 0.031 0.008 0.001 0.003 0.035 0.002 0.005 0.001 0.007 0.006 0.344 0.238 0.054 0.185 45 H 0.023 0.032 0.425 0.011 0.001 0.007 0.046 0.003 0.001 0.001 0.006 0.006 0.190 0.006 0.167 0.077 46 H 0.023 0.112 0.385 0.050 0.001 0.023 0.014 0.002 0.004 0.002 0.010 0.005 0.095 0.004 0.008 0.263 47 P 0.106 0.009 0.055 0.063 0.001 0.629 0.004 0.002 0.002 0.001 0.033 0.015 0.074 0.001 0.001 0.003 48 D 0.001 0.957 0.021 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 49 L 0.003 0.001 0.036 0.942 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 50 V 0.001 0.001 0.941 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 51 I 0.001 0.003 0.007 0.913 0.038 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 52 L 0.001 0.060 0.006 0.877 0.005 0.036 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 53 D 0.001 0.014 0.002 0.128 0.033 0.778 0.002 0.004 0.006 0.011 0.008 0.003 0.009 0.001 0.001 0.002 54 M 0.007 0.046 0.016 0.072 0.014 0.027 0.003 0.053 0.002 0.001 0.728 0.013 0.012 0.001 0.004 0.001 55 D 0.006 0.231 0.068 0.182 0.004 0.015 0.002 0.015 0.037 0.009 0.011 0.352 0.029 0.004 0.015 0.021 56 I 0.031 0.004 0.038 0.032 0.222 0.046 0.329 0.001 0.004 0.005 0.007 0.005 0.060 0.182 0.003 0.029 57 I 0.007 0.060 0.115 0.026 0.004 0.047 0.012 0.400 0.001 0.001 0.061 0.014 0.044 0.002 0.201 0.004 58 G 0.004 0.043 0.013 0.015 0.005 0.061 0.007 0.012 0.209 0.212 0.072 0.073 0.055 0.005 0.004 0.211 59 E 0.548 0.042 0.050 0.036 0.001 0.006 0.004 0.005 0.006 0.004 0.057 0.128 0.093 0.001 0.008 0.011 60 N 0.006 0.004 0.050 0.004 0.001 0.562 0.002 0.001 0.001 0.008 0.020 0.134 0.200 0.001 0.002 0.005 61 S 0.002 0.006 0.003 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.731 0.035 0.210 0.001 0.001 0.001 62 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.814 0.156 0.001 0.001 0.001 63 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.022 0.966 0.001 0.001 0.001 64 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.982 0.001 0.001 0.001 65 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 66 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 67 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.024 0.001 0.014 68 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.007 0.031 0.007 69 K 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.869 0.017 0.005 0.070 70 R 0.024 0.016 0.038 0.018 0.002 0.008 0.021 0.004 0.001 0.001 0.012 0.007 0.689 0.065 0.025 0.069 71 S 0.006 0.011 0.024 0.003 0.040 0.026 0.295 0.002 0.001 0.001 0.022 0.010 0.200 0.321 0.017 0.021 72 K 0.008 0.040 0.041 0.010 0.001 0.006 0.009 0.193 0.002 0.001 0.071 0.014 0.131 0.007 0.443 0.023 73 G 0.025 0.037 0.031 0.020 0.004 0.019 0.010 0.008 0.184 0.103 0.024 0.104 0.129 0.012 0.013 0.278 74 L 0.521 0.018 0.076 0.016 0.011 0.035 0.070 0.006 0.004 0.003 0.047 0.024 0.117 0.021 0.014 0.017 75 K 0.023 0.137 0.308 0.075 0.002 0.067 0.022 0.071 0.005 0.003 0.044 0.063 0.079 0.002 0.078 0.020 76 N 0.026 0.211 0.148 0.352 0.001 0.003 0.002 0.002 0.091 0.003 0.001 0.007 0.010 0.001 0.002 0.143 77 V 0.141 0.003 0.285 0.553 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 78 P 0.003 0.025 0.576 0.390 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 L 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 I 0.001 0.003 0.030 0.964 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 L 0.001 0.009 0.005 0.971 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 F 0.001 0.016 0.003 0.862 0.017 0.097 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 S 0.001 0.030 0.003 0.107 0.017 0.805 0.001 0.013 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 S 0.001 0.171 0.003 0.037 0.008 0.136 0.001 0.017 0.006 0.005 0.583 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 86 E 0.014 0.241 0.027 0.096 0.002 0.015 0.002 0.019 0.016 0.004 0.103 0.431 0.016 0.001 0.009 0.004 87 H 0.010 0.014 0.073 0.018 0.003 0.276 0.009 0.004 0.004 0.007 0.041 0.183 0.333 0.001 0.008 0.015 88 K 0.005 0.010 0.014 0.004 0.002 0.037 0.005 0.004 0.001 0.001 0.514 0.043 0.352 0.004 0.001 0.006 89 E 0.002 0.021 0.006 0.009 0.001 0.014 0.003 0.002 0.002 0.001 0.030 0.599 0.304 0.002 0.006 0.002 90 A 0.002 0.009 0.021 0.015 0.001 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.006 0.036 0.855 0.001 0.007 0.037 91 I 0.007 0.004 0.067 0.020 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.022 0.009 0.823 0.003 0.002 0.028 92 V 0.006 0.006 0.081 0.016 0.005 0.046 0.027 0.002 0.001 0.001 0.014 0.021 0.758 0.013 0.002 0.003 93 N 0.001 0.101 0.012 0.052 0.001 0.033 0.003 0.006 0.001 0.001 0.011 0.036 0.725 0.001 0.014 0.004 94 G 0.002 0.006 0.011 0.108 0.003 0.017 0.007 0.001 0.005 0.001 0.031 0.018 0.720 0.007 0.002 0.062 95 L 0.012 0.005 0.066 0.028 0.003 0.009 0.003 0.004 0.001 0.001 0.020 0.024 0.815 0.001 0.007 0.004 96 H 0.001 0.004 0.007 0.010 0.046 0.003 0.032 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.040 0.840 0.001 0.010 97 S 0.003 0.005 0.013 0.031 0.001 0.005 0.004 0.083 0.001 0.001 0.002 0.002 0.062 0.001 0.784 0.002 98 G 0.002 0.011 0.020 0.014 0.004 0.027 0.011 0.002 0.047 0.110 0.013 0.004 0.091 0.005 0.001 0.638 99 A 0.688 0.008 0.006 0.015 0.003 0.035 0.005 0.013 0.001 0.001 0.067 0.054 0.094 0.003 0.005 0.002 100 D 0.006 0.198 0.106 0.021 0.002 0.094 0.010 0.015 0.010 0.007 0.074 0.189 0.212 0.018 0.020 0.017 101 D 0.027 0.045 0.037 0.092 0.002 0.035 0.013 0.008 0.009 0.003 0.089 0.089 0.442 0.007 0.066 0.036 102 Y 0.038 0.049 0.310 0.066 0.002 0.021 0.028 0.002 0.015 0.002 0.023 0.056 0.221 0.019 0.008 0.140 103 L 0.044 0.029 0.312 0.127 0.003 0.034 0.058 0.003 0.002 0.001 0.014 0.040 0.286 0.009 0.015 0.021 104 T 0.011 0.147 0.355 0.237 0.003 0.020 0.041 0.001 0.006 0.001 0.003 0.008 0.079 0.010 0.006 0.073 105 K 0.037 0.028 0.162 0.651 0.003 0.019 0.019 0.004 0.002 0.002 0.008 0.005 0.024 0.002 0.007 0.027 106 P 0.023 0.057 0.364 0.235 0.013 0.220 0.011 0.002 0.006 0.003 0.007 0.004 0.015 0.001 0.002 0.038 107 F 0.012 0.294 0.084 0.582 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 108 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 109 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 111 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.001 0.001 112 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.991 0.001 0.001 0.001 113 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.993 0.001 0.001 0.001 114 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 115 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 116 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 117 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 118 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 119 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.006 0.001 0.005 120 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.008 0.002 121 R 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.875 0.021 0.005 0.077 122 T 0.010 0.004 0.019 0.005 0.001 0.010 0.023 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.806 0.053 0.029 0.027 123 Q 0.005 0.026 0.064 0.007 0.001 0.013 0.024 0.007 0.001 0.001 0.044 0.019 0.658 0.032 0.051 0.048 124 N 0.015 0.032 0.033 0.022 0.001 0.033 0.018 0.004 0.004 0.002 0.031 0.078 0.635 0.008 0.026 0.056 125 Y 0.040 0.046 0.080 0.031 0.002 0.026 0.016 0.004 0.004 0.002 0.058 0.057 0.526 0.015 0.014 0.079 126 Y 0.025 0.036 0.166 0.055 0.006 0.066 0.044 0.006 0.003 0.002 0.036 0.074 0.418 0.020 0.019 0.024 127 S 0.014 0.072 0.133 0.107 0.003 0.054 0.022 0.019 0.005 0.003 0.066 0.049 0.388 0.009 0.029 0.027 128 D 0.020 0.092 0.119 0.223 0.004 0.043 0.018 0.006 0.019 0.004 0.030 0.051 0.270 0.009 0.012 0.080 129 L 0.046 0.040 0.333 0.245 0.006 0.022 0.019 0.003 0.004 0.002 0.020 0.025 0.188 0.004 0.009 0.034 130 R 0.018 0.029 0.188 0.147 0.119 0.176 0.087 0.006 0.002 0.004 0.018 0.023 0.128 0.034 0.004 0.018 131 K 0.012 0.112 0.071 0.183 0.070 0.101 0.022 0.128 0.004 0.004 0.104 0.019 0.110 0.014 0.034 0.011 132 N 0.007 0.072 0.026 0.072 0.130 0.115 0.096 0.037 0.053 0.041 0.080 0.077 0.062 0.089 0.014 0.029 133 E 0.064 0.108 0.080 0.092 0.003 0.018 0.008 0.179 0.024 0.006 0.054 0.051 0.072 0.003 0.214 0.025 134 G 0.048 0.035 0.188 0.139 0.003 0.035 0.006 0.006 0.127 0.064 0.031 0.066 0.069 0.003 0.006 0.173 135 H 0.353 0.033 0.211 0.180 0.019 0.039 0.019 0.004 0.003 0.002 0.028 0.023 0.062 0.008 0.003 0.013 136 H 0.010 0.068 0.298 0.403 0.013 0.064 0.009 0.024 0.003 0.002 0.017 0.023 0.047 0.003 0.009 0.006 137 H 0.007 0.062 0.067 0.366 0.039 0.263 0.014 0.015 0.016 0.015 0.021 0.025 0.066 0.004 0.004 0.017 138 H 0.031 0.086 0.064 0.259 0.046 0.115 0.015 0.031 0.010 0.007 0.190 0.034 0.088 0.006 0.006 0.012 139 H 0.018 0.092 0.101 0.137 0.081 0.105 0.041 0.033 0.016 0.012 0.069 0.171 0.067 0.030 0.013 0.014 140 H 0.024 0.086 0.105 0.126 0.035 0.079 0.040 0.078 0.016 0.011 0.085 0.062 0.122 0.021 0.075 0.034