# TARGET T0634 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0634.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1409.93 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.134 0.003 0.005 0.010 0.015 0.018 0.116 0.002 0.002 0.038 0.657 2 S 0.062 0.001 0.001 0.021 0.012 0.029 0.172 0.001 0.001 0.022 0.680 3 L 0.003 0.001 0.001 0.064 0.013 0.058 0.132 0.001 0.001 0.029 0.700 4 K 0.002 0.001 0.001 0.184 0.065 0.097 0.119 0.001 0.001 0.093 0.438 5 K 0.001 0.001 0.001 0.547 0.085 0.128 0.019 0.001 0.001 0.120 0.100 6 I 0.001 0.001 0.001 0.631 0.087 0.083 0.008 0.001 0.001 0.103 0.087 7 L 0.001 0.001 0.001 0.808 0.105 0.059 0.001 0.001 0.001 0.017 0.010 8 I 0.001 0.001 0.001 0.885 0.040 0.032 0.003 0.001 0.001 0.021 0.019 9 I 0.001 0.001 0.001 0.880 0.041 0.030 0.006 0.001 0.001 0.015 0.028 10 D 0.024 0.027 0.001 0.450 0.046 0.061 0.075 0.003 0.001 0.059 0.253 11 Q 0.053 0.051 0.001 0.019 0.003 0.005 0.081 0.005 0.001 0.591 0.191 12 Q 0.019 0.548 0.001 0.003 0.001 0.002 0.050 0.007 0.001 0.194 0.174 13 D 0.017 0.835 0.001 0.002 0.001 0.002 0.015 0.003 0.001 0.053 0.071 14 F 0.005 0.849 0.003 0.003 0.003 0.002 0.010 0.001 0.001 0.079 0.046 15 S 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.012 0.009 16 R 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 17 I 0.003 0.515 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.452 0.017 18 E 0.006 0.831 0.008 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.120 0.018 19 L 0.027 0.894 0.009 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 0.001 0.017 0.013 20 K 0.043 0.690 0.012 0.002 0.002 0.002 0.022 0.009 0.002 0.065 0.152 21 N 0.051 0.368 0.012 0.003 0.002 0.003 0.052 0.006 0.004 0.253 0.245 22 F 0.036 0.044 0.156 0.005 0.003 0.003 0.089 0.015 0.056 0.406 0.188 23 L 0.546 0.013 0.018 0.004 0.004 0.004 0.081 0.012 0.011 0.061 0.246 24 D 0.050 0.003 0.002 0.003 0.001 0.002 0.060 0.001 0.001 0.012 0.864 25 S 0.018 0.001 0.002 0.009 0.002 0.005 0.153 0.001 0.001 0.006 0.804 26 E 0.009 0.002 0.002 0.029 0.010 0.053 0.157 0.003 0.001 0.038 0.695 27 Y 0.006 0.003 0.001 0.024 0.044 0.048 0.116 0.001 0.001 0.039 0.718 28 L 0.003 0.003 0.001 0.481 0.063 0.148 0.044 0.001 0.001 0.049 0.207 29 V 0.008 0.005 0.001 0.260 0.097 0.094 0.048 0.001 0.001 0.079 0.407 30 I 0.002 0.003 0.001 0.631 0.113 0.134 0.016 0.001 0.001 0.028 0.071 31 E 0.026 0.013 0.001 0.299 0.058 0.113 0.049 0.001 0.001 0.105 0.334 32 S 0.074 0.020 0.001 0.141 0.064 0.110 0.096 0.003 0.001 0.039 0.452 33 K 0.007 0.028 0.001 0.030 0.027 0.024 0.092 0.001 0.001 0.005 0.786 34 N 0.025 0.777 0.001 0.003 0.002 0.003 0.017 0.006 0.001 0.008 0.159 35 E 0.022 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.006 36 K 0.016 0.919 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.023 0.030 37 E 0.012 0.883 0.006 0.002 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 0.026 0.058 38 A 0.023 0.933 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 0.013 0.011 39 L 0.023 0.909 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.028 0.023 40 E 0.035 0.602 0.007 0.001 0.002 0.002 0.015 0.003 0.002 0.151 0.180 41 Q 0.076 0.186 0.106 0.003 0.003 0.004 0.058 0.031 0.033 0.279 0.220 42 I 0.473 0.027 0.020 0.002 0.004 0.003 0.067 0.037 0.017 0.107 0.243 43 D 0.110 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.042 0.001 0.002 0.012 0.826 44 H 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.063 0.001 0.001 0.002 0.923 45 H 0.022 0.001 0.002 0.006 0.001 0.002 0.154 0.001 0.001 0.013 0.798 46 H 0.017 0.001 0.001 0.015 0.003 0.004 0.192 0.001 0.001 0.027 0.741 47 P 0.002 0.001 0.001 0.258 0.003 0.006 0.125 0.001 0.001 0.054 0.551 48 D 0.001 0.001 0.001 0.831 0.005 0.012 0.018 0.001 0.001 0.054 0.080 49 L 0.001 0.001 0.001 0.958 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.018 0.015 50 V 0.001 0.001 0.001 0.983 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 51 I 0.001 0.001 0.001 0.961 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.013 0.011 52 L 0.002 0.001 0.001 0.885 0.021 0.034 0.008 0.001 0.001 0.021 0.027 53 D 0.059 0.001 0.001 0.473 0.017 0.046 0.071 0.002 0.001 0.087 0.244 54 M 0.006 0.001 0.001 0.298 0.031 0.079 0.157 0.001 0.001 0.048 0.377 55 D 0.008 0.002 0.001 0.125 0.017 0.054 0.149 0.001 0.001 0.047 0.596 56 I 0.166 0.005 0.003 0.043 0.037 0.034 0.146 0.008 0.002 0.158 0.400 57 I 0.111 0.006 0.001 0.044 0.013 0.019 0.118 0.004 0.001 0.068 0.615 58 G 0.067 0.007 0.001 0.011 0.003 0.012 0.096 0.001 0.001 0.036 0.766 59 E 0.005 0.014 0.001 0.012 0.013 0.014 0.127 0.001 0.001 0.020 0.795 60 N 0.019 0.507 0.001 0.006 0.009 0.007 0.054 0.004 0.001 0.043 0.351 61 S 0.015 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.012 0.014 62 P 0.005 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.010 0.019 63 N 0.005 0.912 0.001 0.002 0.004 0.006 0.006 0.001 0.001 0.037 0.027 64 L 0.005 0.948 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.002 0.001 0.018 0.012 65 C 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.005 0.006 66 L 0.020 0.849 0.003 0.004 0.005 0.008 0.007 0.002 0.001 0.043 0.060 67 K 0.042 0.479 0.017 0.007 0.010 0.014 0.037 0.007 0.002 0.270 0.116 68 L 0.110 0.132 0.041 0.011 0.011 0.012 0.117 0.024 0.010 0.321 0.210 69 K 0.136 0.059 0.024 0.008 0.011 0.015 0.103 0.010 0.013 0.076 0.544 70 R 0.037 0.023 0.001 0.002 0.002 0.004 0.053 0.003 0.001 0.010 0.864 71 S 0.224 0.019 0.004 0.002 0.003 0.003 0.074 0.007 0.002 0.020 0.641 72 K 0.149 0.004 0.005 0.002 0.003 0.003 0.080 0.004 0.002 0.031 0.718 73 G 0.030 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.054 0.001 0.001 0.008 0.901 74 L 0.080 0.001 0.001 0.005 0.004 0.003 0.085 0.001 0.001 0.015 0.806 75 K 0.015 0.001 0.001 0.017 0.004 0.005 0.121 0.001 0.001 0.015 0.822 76 N 0.006 0.001 0.001 0.028 0.003 0.007 0.119 0.001 0.001 0.022 0.813 77 V 0.005 0.001 0.001 0.163 0.027 0.034 0.185 0.001 0.001 0.050 0.533 78 P 0.001 0.001 0.001 0.617 0.031 0.078 0.045 0.001 0.001 0.077 0.150 79 L 0.001 0.001 0.001 0.709 0.035 0.076 0.017 0.001 0.001 0.074 0.087 80 I 0.001 0.001 0.001 0.867 0.037 0.050 0.004 0.001 0.001 0.022 0.018 81 L 0.002 0.001 0.001 0.755 0.069 0.079 0.009 0.001 0.001 0.035 0.049 82 L 0.001 0.001 0.001 0.701 0.093 0.110 0.016 0.001 0.001 0.019 0.058 83 F 0.025 0.022 0.004 0.311 0.074 0.151 0.077 0.004 0.002 0.079 0.250 84 S 0.203 0.050 0.003 0.077 0.029 0.048 0.110 0.013 0.002 0.068 0.397 85 S 0.095 0.075 0.002 0.021 0.009 0.017 0.118 0.006 0.001 0.042 0.612 86 E 0.032 0.184 0.003 0.024 0.005 0.009 0.125 0.004 0.001 0.025 0.588 87 H 0.060 0.695 0.002 0.003 0.004 0.003 0.020 0.016 0.001 0.047 0.149 88 K 0.050 0.872 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.005 0.001 0.016 0.043 89 E 0.015 0.229 0.003 0.003 0.003 0.004 0.018 0.001 0.001 0.650 0.076 90 A 0.013 0.702 0.011 0.007 0.004 0.006 0.024 0.005 0.001 0.154 0.073 91 I 0.065 0.854 0.003 0.001 0.002 0.001 0.005 0.026 0.001 0.012 0.032 92 V 0.048 0.710 0.006 0.004 0.005 0.006 0.017 0.008 0.001 0.030 0.165 93 N 0.025 0.347 0.005 0.009 0.004 0.009 0.047 0.003 0.002 0.330 0.220 94 G 0.026 0.091 0.122 0.010 0.005 0.006 0.075 0.011 0.033 0.503 0.118 95 L 0.604 0.072 0.006 0.004 0.005 0.005 0.046 0.023 0.003 0.041 0.191 96 H 0.111 0.041 0.003 0.007 0.003 0.005 0.060 0.004 0.002 0.031 0.735 97 S 0.031 0.029 0.004 0.025 0.005 0.008 0.149 0.001 0.001 0.031 0.718 98 G 0.055 0.086 0.007 0.016 0.007 0.017 0.115 0.009 0.001 0.116 0.573 99 A 0.087 0.078 0.003 0.016 0.021 0.011 0.151 0.017 0.001 0.039 0.577 100 D 0.030 0.024 0.003 0.136 0.009 0.029 0.126 0.003 0.001 0.265 0.373 101 D 0.027 0.028 0.003 0.149 0.041 0.112 0.120 0.004 0.001 0.205 0.310 102 Y 0.038 0.009 0.003 0.238 0.037 0.058 0.096 0.004 0.001 0.109 0.406 103 L 0.012 0.007 0.003 0.283 0.087 0.150 0.101 0.002 0.001 0.055 0.299 104 T 0.016 0.011 0.001 0.087 0.038 0.098 0.097 0.003 0.001 0.063 0.584 105 K 0.061 0.008 0.001 0.114 0.067 0.093 0.125 0.002 0.001 0.056 0.473 106 P 0.015 0.005 0.001 0.027 0.015 0.045 0.174 0.001 0.001 0.057 0.661 107 F 0.003 0.018 0.001 0.059 0.013 0.015 0.175 0.001 0.001 0.008 0.706 108 N 0.189 0.715 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.022 0.001 0.028 0.035 109 R 0.025 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.005 0.020 110 N 0.003 0.212 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.739 0.038 111 D 0.002 0.814 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.158 0.015 112 L 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 113 L 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 114 S 0.001 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.006 115 R 0.003 0.883 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.099 0.005 116 I 0.005 0.950 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.024 0.006 117 E 0.010 0.899 0.005 0.002 0.001 0.002 0.009 0.002 0.001 0.039 0.030 118 I 0.013 0.244 0.006 0.005 0.002 0.005 0.025 0.002 0.001 0.628 0.068 119 H 0.030 0.357 0.018 0.008 0.004 0.006 0.076 0.011 0.004 0.385 0.102 120 L 0.089 0.242 0.076 0.020 0.008 0.010 0.086 0.026 0.020 0.162 0.261 121 R 0.115 0.204 0.017 0.010 0.006 0.011 0.076 0.012 0.006 0.052 0.491 122 T 0.099 0.156 0.004 0.007 0.003 0.006 0.066 0.013 0.001 0.026 0.619 123 Q 0.107 0.063 0.008 0.014 0.007 0.010 0.110 0.005 0.001 0.073 0.600 124 N 0.025 0.070 0.005 0.018 0.006 0.016 0.119 0.003 0.001 0.072 0.663 125 Y 0.055 0.107 0.003 0.014 0.010 0.011 0.101 0.006 0.001 0.030 0.662 126 Y 0.192 0.265 0.006 0.020 0.016 0.014 0.064 0.021 0.002 0.050 0.351 127 S 0.109 0.302 0.003 0.012 0.007 0.012 0.063 0.011 0.001 0.043 0.438 128 D 0.083 0.243 0.007 0.022 0.014 0.028 0.074 0.010 0.001 0.108 0.409 129 L 0.102 0.175 0.008 0.023 0.026 0.033 0.095 0.013 0.003 0.086 0.436 130 R 0.130 0.076 0.026 0.026 0.028 0.037 0.097 0.016 0.012 0.079 0.473 131 K 0.141 0.025 0.004 0.018 0.016 0.024 0.078 0.006 0.002 0.031 0.654 132 N 0.177 0.017 0.002 0.014 0.009 0.016 0.077 0.005 0.001 0.033 0.648 133 E 0.049 0.011 0.001 0.013 0.008 0.011 0.096 0.002 0.001 0.022 0.786 134 G 0.046 0.015 0.001 0.008 0.006 0.010 0.097 0.003 0.001 0.030 0.784 135 H 0.053 0.013 0.002 0.011 0.017 0.011 0.113 0.004 0.001 0.027 0.748 136 H 0.153 0.013 0.003 0.021 0.012 0.014 0.098 0.006 0.002 0.046 0.632 137 H 0.179 0.006 0.001 0.017 0.009 0.012 0.097 0.003 0.001 0.033 0.643 138 H 0.038 0.004 0.001 0.028 0.006 0.012 0.105 0.001 0.001 0.023 0.781 139 H 0.023 0.006 0.001 0.031 0.009 0.014 0.117 0.001 0.001 0.024 0.774 140 H 0.043 0.011 0.001 0.030 0.017 0.018 0.139 0.003 0.001 0.044 0.693