# TARGET T0634 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0634.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 927.31 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.356 0.087 0.024 0.070 0.077 0.076 0.106 0.078 0.058 0.038 0.030 2 S 0.304 0.363 0.054 0.138 0.079 0.024 0.017 0.008 0.006 0.004 0.002 3 L 0.167 0.097 0.034 0.144 0.136 0.111 0.133 0.080 0.052 0.024 0.021 4 K 0.092 0.092 0.046 0.161 0.193 0.151 0.128 0.059 0.043 0.023 0.012 5 K 0.011 0.035 0.030 0.177 0.205 0.220 0.180 0.078 0.043 0.015 0.007 6 I 0.001 0.002 0.005 0.007 0.010 0.020 0.072 0.176 0.243 0.264 0.201 7 L 0.001 0.004 0.009 0.021 0.030 0.047 0.135 0.231 0.219 0.193 0.109 8 I 0.001 0.004 0.016 0.016 0.018 0.025 0.069 0.134 0.232 0.285 0.199 9 I 0.003 0.006 0.017 0.024 0.036 0.056 0.153 0.163 0.194 0.212 0.135 10 D 0.015 0.031 0.039 0.077 0.094 0.083 0.183 0.167 0.126 0.125 0.060 11 Q 0.006 0.023 0.014 0.052 0.073 0.127 0.205 0.203 0.138 0.102 0.057 12 Q 0.211 0.270 0.080 0.177 0.132 0.054 0.035 0.020 0.010 0.007 0.003 13 D 0.762 0.088 0.045 0.059 0.026 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 14 F 0.054 0.077 0.049 0.196 0.202 0.168 0.127 0.057 0.037 0.023 0.010 15 S 0.001 0.004 0.011 0.011 0.011 0.023 0.104 0.104 0.248 0.269 0.213 16 R 0.002 0.007 0.045 0.074 0.155 0.246 0.288 0.102 0.050 0.022 0.009 17 I 0.052 0.049 0.643 0.144 0.045 0.031 0.019 0.007 0.005 0.003 0.001 18 E 0.002 0.006 0.029 0.065 0.089 0.225 0.341 0.118 0.071 0.039 0.016 19 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 0.023 0.085 0.202 0.282 0.398 20 K 0.001 0.005 0.111 0.164 0.306 0.192 0.137 0.041 0.022 0.017 0.004 21 N 0.007 0.022 0.575 0.158 0.123 0.056 0.038 0.012 0.006 0.003 0.001 22 F 0.006 0.012 0.026 0.031 0.036 0.098 0.286 0.183 0.153 0.112 0.057 23 L 0.008 0.005 0.009 0.009 0.008 0.021 0.091 0.149 0.237 0.233 0.230 24 D 0.064 0.172 0.241 0.240 0.161 0.052 0.033 0.018 0.009 0.007 0.003 25 S 0.125 0.145 0.113 0.134 0.112 0.151 0.118 0.049 0.029 0.015 0.008 26 E 0.436 0.183 0.054 0.151 0.084 0.038 0.026 0.010 0.008 0.006 0.002 27 Y 0.022 0.017 0.011 0.027 0.035 0.064 0.137 0.197 0.201 0.174 0.114 28 L 0.027 0.149 0.113 0.242 0.197 0.105 0.080 0.041 0.024 0.016 0.006 29 V 0.006 0.011 0.024 0.039 0.035 0.061 0.134 0.153 0.203 0.195 0.140 30 I 0.034 0.044 0.068 0.145 0.159 0.137 0.180 0.089 0.077 0.046 0.021 31 E 0.033 0.129 0.093 0.204 0.187 0.109 0.113 0.047 0.044 0.031 0.011 32 S 0.006 0.006 0.010 0.028 0.032 0.062 0.140 0.157 0.199 0.177 0.182 33 K 0.193 0.171 0.129 0.218 0.156 0.039 0.043 0.025 0.014 0.010 0.004 34 N 0.076 0.571 0.081 0.114 0.071 0.030 0.031 0.012 0.008 0.004 0.002 35 E 0.153 0.123 0.030 0.097 0.130 0.126 0.179 0.086 0.045 0.021 0.010 36 K 0.692 0.082 0.076 0.077 0.027 0.019 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 37 E 0.031 0.051 0.118 0.354 0.195 0.135 0.079 0.027 0.006 0.002 0.001 38 A 0.001 0.002 0.007 0.006 0.008 0.020 0.119 0.128 0.243 0.251 0.217 39 L 0.001 0.002 0.019 0.041 0.081 0.213 0.348 0.131 0.098 0.040 0.027 40 E 0.005 0.010 0.781 0.118 0.051 0.021 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 41 Q 0.001 0.006 0.068 0.068 0.107 0.229 0.346 0.100 0.045 0.021 0.009 42 I 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.006 0.039 0.126 0.224 0.287 0.307 43 D 0.022 0.040 0.233 0.202 0.209 0.124 0.100 0.036 0.016 0.013 0.004 44 H 0.067 0.083 0.521 0.173 0.086 0.033 0.021 0.008 0.004 0.003 0.002 45 H 0.164 0.070 0.056 0.107 0.098 0.146 0.194 0.069 0.051 0.030 0.016 46 H 0.244 0.153 0.049 0.118 0.104 0.084 0.110 0.053 0.044 0.024 0.016 47 P 0.020 0.030 0.047 0.057 0.074 0.098 0.165 0.151 0.156 0.108 0.092 48 D 0.016 0.045 0.073 0.103 0.143 0.162 0.213 0.105 0.077 0.039 0.023 49 L 0.001 0.002 0.006 0.005 0.009 0.018 0.077 0.147 0.250 0.243 0.242 50 V 0.001 0.002 0.005 0.006 0.011 0.022 0.087 0.154 0.237 0.232 0.244 51 I 0.001 0.002 0.007 0.005 0.008 0.014 0.046 0.097 0.196 0.264 0.361 52 L 0.001 0.001 0.005 0.005 0.010 0.018 0.062 0.142 0.237 0.251 0.269 53 D 0.002 0.003 0.008 0.012 0.022 0.030 0.100 0.168 0.233 0.212 0.210 54 M 0.003 0.006 0.010 0.021 0.035 0.052 0.134 0.173 0.219 0.205 0.142 55 D 0.016 0.022 0.030 0.085 0.119 0.120 0.186 0.166 0.122 0.083 0.050 56 I 0.015 0.015 0.016 0.042 0.051 0.074 0.164 0.189 0.186 0.145 0.103 57 I 0.029 0.050 0.035 0.094 0.097 0.121 0.147 0.128 0.119 0.112 0.068 58 G 0.249 0.136 0.060 0.150 0.136 0.090 0.071 0.042 0.029 0.023 0.015 59 E 0.289 0.097 0.041 0.093 0.097 0.087 0.091 0.060 0.057 0.054 0.035 60 N 0.110 0.203 0.058 0.176 0.170 0.086 0.074 0.044 0.038 0.027 0.014 61 S 0.067 0.045 0.019 0.034 0.041 0.038 0.118 0.152 0.188 0.165 0.132 62 P 0.028 0.047 0.031 0.112 0.170 0.212 0.195 0.090 0.058 0.041 0.015 63 N 0.127 0.132 0.180 0.293 0.121 0.054 0.049 0.024 0.011 0.006 0.002 64 L 0.001 0.002 0.005 0.015 0.018 0.052 0.206 0.159 0.228 0.186 0.127 65 C 0.001 0.001 0.007 0.010 0.013 0.027 0.126 0.101 0.261 0.185 0.267 66 L 0.001 0.005 0.125 0.199 0.258 0.215 0.136 0.032 0.018 0.009 0.003 67 K 0.001 0.007 0.187 0.164 0.232 0.174 0.173 0.037 0.016 0.007 0.003 68 L 0.001 0.001 0.006 0.003 0.004 0.008 0.064 0.196 0.246 0.265 0.206 69 K 0.004 0.010 0.057 0.039 0.051 0.089 0.246 0.197 0.134 0.130 0.043 70 R 0.016 0.042 0.548 0.178 0.105 0.047 0.033 0.015 0.006 0.006 0.002 71 S 0.057 0.050 0.085 0.151 0.189 0.193 0.200 0.046 0.018 0.007 0.003 72 K 0.733 0.129 0.040 0.033 0.017 0.011 0.014 0.008 0.007 0.006 0.002 73 G 0.599 0.170 0.033 0.085 0.044 0.031 0.024 0.007 0.004 0.002 0.001 74 L 0.095 0.069 0.065 0.087 0.093 0.093 0.118 0.092 0.101 0.067 0.119 75 K 0.137 0.244 0.070 0.231 0.137 0.091 0.062 0.015 0.008 0.003 0.002 76 N 0.162 0.142 0.094 0.207 0.143 0.106 0.079 0.033 0.019 0.009 0.006 77 V 0.001 0.002 0.004 0.006 0.013 0.024 0.075 0.210 0.204 0.218 0.241 78 P 0.010 0.034 0.033 0.108 0.113 0.231 0.257 0.084 0.062 0.043 0.025 79 L 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.005 0.025 0.083 0.200 0.352 0.326 80 I 0.001 0.001 0.005 0.004 0.008 0.017 0.072 0.166 0.210 0.270 0.245 81 L 0.001 0.001 0.005 0.005 0.006 0.009 0.032 0.077 0.165 0.347 0.352 82 L 0.001 0.003 0.007 0.009 0.013 0.027 0.070 0.148 0.209 0.242 0.272 83 F 0.004 0.008 0.017 0.029 0.044 0.063 0.160 0.154 0.194 0.188 0.138 84 S 0.005 0.009 0.014 0.033 0.047 0.090 0.203 0.182 0.180 0.146 0.091 85 S 0.091 0.126 0.085 0.187 0.199 0.101 0.097 0.056 0.029 0.020 0.010 86 E 0.236 0.277 0.073 0.126 0.104 0.053 0.062 0.032 0.017 0.013 0.006 87 H 0.228 0.259 0.055 0.123 0.092 0.067 0.071 0.042 0.029 0.023 0.012 88 K 0.395 0.168 0.070 0.117 0.077 0.060 0.058 0.028 0.014 0.008 0.004 89 E 0.408 0.131 0.131 0.170 0.063 0.048 0.027 0.011 0.005 0.003 0.001 90 A 0.024 0.032 0.051 0.104 0.106 0.178 0.216 0.122 0.086 0.053 0.029 91 I 0.006 0.017 0.043 0.083 0.114 0.111 0.192 0.148 0.133 0.094 0.058 92 V 0.005 0.015 0.127 0.090 0.129 0.151 0.169 0.099 0.096 0.077 0.042 93 N 0.015 0.037 0.330 0.241 0.200 0.082 0.059 0.017 0.011 0.006 0.002 94 G 0.007 0.012 0.034 0.025 0.025 0.054 0.149 0.143 0.187 0.198 0.165 95 L 0.004 0.006 0.015 0.026 0.029 0.061 0.139 0.195 0.204 0.183 0.136 96 H 0.102 0.136 0.238 0.243 0.127 0.061 0.042 0.023 0.015 0.010 0.004 97 S 0.034 0.029 0.053 0.058 0.075 0.107 0.201 0.142 0.127 0.106 0.067 98 G 0.215 0.159 0.049 0.118 0.097 0.084 0.101 0.054 0.057 0.038 0.028 99 A 0.010 0.006 0.007 0.013 0.014 0.029 0.075 0.099 0.216 0.256 0.275 100 D 0.087 0.136 0.105 0.220 0.190 0.096 0.070 0.039 0.029 0.019 0.011 101 D 0.049 0.070 0.052 0.113 0.119 0.119 0.151 0.102 0.098 0.074 0.052 102 Y 0.027 0.027 0.024 0.063 0.072 0.093 0.129 0.139 0.159 0.145 0.122 103 L 0.014 0.014 0.021 0.036 0.039 0.060 0.136 0.183 0.186 0.179 0.132 104 T 0.018 0.043 0.063 0.142 0.126 0.116 0.146 0.118 0.110 0.083 0.035 105 K 0.027 0.038 0.043 0.073 0.095 0.118 0.181 0.126 0.138 0.109 0.052 106 P 0.124 0.093 0.068 0.180 0.160 0.100 0.120 0.059 0.046 0.035 0.016 107 F 0.048 0.030 0.022 0.052 0.062 0.075 0.146 0.162 0.157 0.139 0.109 108 N 0.073 0.575 0.062 0.122 0.078 0.030 0.029 0.013 0.010 0.007 0.003 109 R 0.157 0.174 0.032 0.124 0.164 0.113 0.125 0.068 0.026 0.011 0.006 110 N 0.881 0.054 0.029 0.024 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 111 D 0.021 0.049 0.037 0.294 0.257 0.186 0.109 0.031 0.011 0.004 0.001 112 L 0.001 0.001 0.004 0.004 0.005 0.009 0.056 0.099 0.247 0.282 0.292 113 L 0.001 0.006 0.049 0.136 0.255 0.232 0.216 0.051 0.034 0.015 0.006 114 S 0.005 0.020 0.666 0.125 0.082 0.039 0.032 0.014 0.010 0.005 0.002 115 R 0.002 0.009 0.045 0.068 0.099 0.201 0.364 0.101 0.064 0.034 0.012 116 I 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.005 0.035 0.094 0.239 0.305 0.314 117 E 0.004 0.011 0.159 0.236 0.344 0.099 0.084 0.029 0.017 0.013 0.003 118 I 0.004 0.021 0.305 0.169 0.172 0.132 0.123 0.037 0.023 0.011 0.004 119 H 0.004 0.008 0.036 0.030 0.033 0.077 0.247 0.155 0.183 0.140 0.088 120 L 0.004 0.004 0.020 0.012 0.013 0.026 0.121 0.192 0.247 0.201 0.160 121 R 0.007 0.027 0.306 0.184 0.183 0.090 0.090 0.053 0.030 0.023 0.008 122 T 0.011 0.031 0.145 0.117 0.142 0.165 0.220 0.080 0.048 0.029 0.011 123 Q 0.079 0.043 0.099 0.124 0.128 0.120 0.202 0.087 0.062 0.041 0.016 124 N 0.359 0.118 0.139 0.106 0.068 0.055 0.066 0.034 0.026 0.020 0.008 125 Y 0.068 0.115 0.113 0.145 0.106 0.124 0.149 0.073 0.054 0.033 0.020 126 Y 0.042 0.064 0.053 0.105 0.106 0.139 0.186 0.125 0.092 0.055 0.034 127 S 0.295 0.150 0.154 0.141 0.105 0.062 0.051 0.022 0.012 0.007 0.003 128 D 0.234 0.201 0.130 0.228 0.116 0.049 0.026 0.009 0.004 0.002 0.001 129 L 0.008 0.005 0.006 0.011 0.013 0.032 0.092 0.143 0.234 0.208 0.246 130 R 0.104 0.276 0.107 0.224 0.156 0.051 0.044 0.017 0.011 0.007 0.003 131 K 0.070 0.127 0.131 0.160 0.130 0.109 0.108 0.064 0.050 0.033 0.020 132 N 0.485 0.198 0.075 0.110 0.059 0.029 0.021 0.009 0.006 0.004 0.002 133 E 0.268 0.215 0.045 0.154 0.113 0.070 0.071 0.032 0.018 0.010 0.004 134 G 0.211 0.100 0.046 0.114 0.105 0.086 0.111 0.084 0.068 0.046 0.030 135 H 0.091 0.129 0.077 0.205 0.168 0.123 0.108 0.043 0.031 0.017 0.007 136 H 0.062 0.070 0.077 0.120 0.101 0.112 0.161 0.109 0.095 0.059 0.035 137 H 0.245 0.165 0.080 0.167 0.126 0.073 0.068 0.033 0.022 0.014 0.007 138 H 0.184 0.134 0.062 0.124 0.095 0.100 0.109 0.069 0.058 0.039 0.027 139 H 0.300 0.200 0.065 0.148 0.108 0.061 0.051 0.028 0.019 0.012 0.007 140 H 0.524 0.150 0.056 0.092 0.061 0.038 0.036 0.019 0.013 0.008 0.004