# TARGET T0634 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0634.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 927.31 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.120 0.141 0.127 0.063 0.195 0.045 0.028 0.044 0.063 0.128 0.046 2 S 0.142 0.217 0.157 0.029 0.252 0.028 0.043 0.045 0.035 0.028 0.023 3 L 0.218 0.105 0.027 0.011 0.214 0.022 0.074 0.063 0.079 0.105 0.082 4 K 0.151 0.190 0.021 0.008 0.392 0.028 0.107 0.024 0.020 0.031 0.028 5 K 0.248 0.034 0.002 0.001 0.693 0.002 0.009 0.002 0.001 0.002 0.006 6 I 0.218 0.035 0.001 0.001 0.730 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 7 L 0.223 0.054 0.003 0.001 0.701 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 8 I 0.331 0.053 0.003 0.001 0.567 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.041 9 I 0.234 0.152 0.029 0.023 0.292 0.016 0.008 0.004 0.003 0.022 0.218 10 D 0.122 0.157 0.114 0.084 0.167 0.073 0.073 0.044 0.022 0.065 0.079 11 Q 0.055 0.181 0.117 0.070 0.103 0.033 0.025 0.107 0.078 0.196 0.036 12 Q 0.029 0.087 0.043 0.023 0.059 0.019 0.015 0.452 0.183 0.073 0.018 13 D 0.004 0.008 0.005 0.002 0.006 0.004 0.009 0.783 0.153 0.021 0.004 14 F 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.005 0.912 0.056 0.011 0.002 15 S 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.043 0.009 0.001 16 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.035 0.001 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.019 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.011 0.001 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.030 0.001 0.001 20 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.916 0.083 0.001 0.001 21 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.935 0.048 0.002 0.001 22 F 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.086 0.802 0.072 0.023 0.003 23 L 0.030 0.072 0.019 0.006 0.039 0.008 0.035 0.452 0.210 0.109 0.021 24 D 0.037 0.015 0.016 0.019 0.022 0.048 0.123 0.362 0.143 0.149 0.065 25 S 0.013 0.278 0.163 0.025 0.061 0.035 0.212 0.101 0.058 0.044 0.008 26 E 0.091 0.036 0.014 0.017 0.053 0.018 0.043 0.029 0.025 0.437 0.236 27 Y 0.164 0.232 0.022 0.004 0.495 0.004 0.007 0.008 0.007 0.015 0.042 28 L 0.156 0.119 0.009 0.002 0.667 0.008 0.016 0.006 0.003 0.004 0.010 29 V 0.474 0.037 0.003 0.001 0.451 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.026 30 I 0.171 0.164 0.032 0.008 0.534 0.017 0.010 0.010 0.006 0.007 0.041 31 E 0.360 0.085 0.017 0.007 0.339 0.008 0.016 0.014 0.011 0.033 0.109 32 S 0.148 0.158 0.054 0.036 0.238 0.023 0.027 0.047 0.040 0.106 0.124 33 K 0.031 0.112 0.063 0.101 0.052 0.172 0.212 0.052 0.043 0.138 0.024 34 N 0.033 0.383 0.428 0.014 0.100 0.003 0.001 0.006 0.003 0.017 0.012 35 E 0.006 0.017 0.004 0.002 0.011 0.005 0.006 0.589 0.332 0.024 0.004 36 K 0.001 0.006 0.003 0.001 0.003 0.002 0.010 0.806 0.156 0.010 0.001 37 E 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.896 0.062 0.025 0.004 38 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.933 0.046 0.013 0.001 39 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.911 0.086 0.001 0.001 40 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.945 0.052 0.001 0.001 41 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.941 0.044 0.004 0.001 42 I 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 0.784 0.166 0.022 0.003 43 D 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.004 0.024 0.702 0.226 0.028 0.003 44 H 0.012 0.038 0.012 0.003 0.022 0.007 0.155 0.482 0.169 0.091 0.010 45 H 0.048 0.139 0.151 0.009 0.087 0.017 0.063 0.071 0.081 0.285 0.049 46 H 0.208 0.258 0.139 0.005 0.304 0.004 0.008 0.018 0.011 0.017 0.028 47 P 0.073 0.111 0.021 0.009 0.100 0.058 0.099 0.201 0.213 0.064 0.051 48 D 0.064 0.102 0.025 0.015 0.143 0.034 0.302 0.106 0.054 0.128 0.027 49 L 0.298 0.049 0.003 0.001 0.610 0.001 0.002 0.013 0.005 0.005 0.013 50 V 0.112 0.082 0.004 0.002 0.731 0.007 0.012 0.033 0.006 0.004 0.008 51 I 0.475 0.022 0.001 0.001 0.447 0.002 0.002 0.012 0.003 0.003 0.032 52 L 0.162 0.199 0.041 0.011 0.431 0.014 0.010 0.041 0.013 0.020 0.058 53 D 0.267 0.099 0.017 0.006 0.474 0.005 0.010 0.027 0.011 0.024 0.060 54 M 0.157 0.160 0.022 0.008 0.268 0.012 0.027 0.130 0.117 0.047 0.051 55 D 0.073 0.061 0.042 0.021 0.089 0.039 0.180 0.159 0.111 0.180 0.046 56 I 0.066 0.300 0.248 0.022 0.195 0.016 0.026 0.062 0.033 0.020 0.011 57 I 0.036 0.336 0.097 0.064 0.073 0.048 0.081 0.123 0.087 0.031 0.025 58 G 0.035 0.029 0.051 0.065 0.028 0.032 0.062 0.103 0.080 0.385 0.129 59 E 0.023 0.234 0.124 0.025 0.088 0.024 0.065 0.210 0.095 0.079 0.031 60 N 0.028 0.122 0.114 0.056 0.030 0.050 0.035 0.069 0.046 0.387 0.062 61 S 0.053 0.206 0.169 0.031 0.116 0.010 0.006 0.205 0.089 0.088 0.027 62 P 0.004 0.013 0.004 0.002 0.007 0.006 0.009 0.746 0.191 0.015 0.003 63 N 0.006 0.014 0.007 0.001 0.013 0.002 0.009 0.864 0.068 0.013 0.003 64 L 0.008 0.014 0.003 0.001 0.007 0.001 0.004 0.874 0.058 0.026 0.005 65 C 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.917 0.075 0.002 0.001 66 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.058 0.001 0.001 67 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.943 0.044 0.003 0.001 68 L 0.005 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.022 0.821 0.119 0.019 0.003 69 K 0.003 0.004 0.002 0.001 0.004 0.002 0.018 0.797 0.148 0.018 0.002 70 R 0.007 0.019 0.008 0.002 0.012 0.005 0.109 0.464 0.181 0.182 0.010 71 S 0.045 0.292 0.326 0.007 0.178 0.006 0.021 0.073 0.022 0.016 0.013 72 K 0.011 0.067 0.018 0.008 0.020 0.030 0.124 0.406 0.248 0.054 0.012 73 G 0.027 0.025 0.015 0.016 0.019 0.012 0.059 0.241 0.145 0.387 0.053 74 L 0.098 0.068 0.033 0.020 0.118 0.018 0.014 0.170 0.152 0.234 0.075 75 K 0.044 0.136 0.059 0.023 0.081 0.053 0.092 0.302 0.139 0.053 0.017 76 N 0.088 0.026 0.022 0.013 0.077 0.017 0.042 0.107 0.096 0.432 0.080 77 V 0.082 0.427 0.105 0.008 0.257 0.009 0.021 0.040 0.018 0.016 0.016 78 P 0.202 0.116 0.010 0.004 0.490 0.016 0.076 0.038 0.013 0.013 0.021 79 L 0.280 0.046 0.002 0.001 0.635 0.002 0.006 0.009 0.005 0.002 0.011 80 I 0.192 0.063 0.003 0.001 0.702 0.004 0.006 0.008 0.002 0.002 0.016 81 L 0.292 0.037 0.002 0.001 0.640 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.019 82 L 0.256 0.125 0.014 0.006 0.399 0.005 0.006 0.008 0.004 0.025 0.152 83 F 0.208 0.194 0.058 0.016 0.355 0.011 0.017 0.017 0.010 0.033 0.079 84 S 0.062 0.182 0.072 0.028 0.131 0.024 0.040 0.153 0.188 0.082 0.038 85 S 0.027 0.094 0.050 0.019 0.065 0.028 0.075 0.357 0.193 0.077 0.016 86 E 0.022 0.080 0.038 0.008 0.039 0.014 0.052 0.403 0.188 0.140 0.017 87 H 0.039 0.092 0.046 0.006 0.059 0.006 0.015 0.480 0.123 0.100 0.034 88 K 0.010 0.027 0.011 0.003 0.017 0.004 0.011 0.730 0.154 0.027 0.007 89 E 0.004 0.014 0.005 0.002 0.008 0.005 0.019 0.833 0.094 0.013 0.003 90 A 0.008 0.013 0.005 0.002 0.011 0.002 0.013 0.828 0.081 0.032 0.006 91 I 0.005 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.902 0.066 0.008 0.002 92 V 0.015 0.011 0.003 0.001 0.022 0.005 0.015 0.831 0.086 0.007 0.004 93 N 0.019 0.036 0.022 0.007 0.029 0.018 0.058 0.696 0.072 0.031 0.012 94 G 0.075 0.033 0.013 0.006 0.082 0.008 0.055 0.544 0.076 0.078 0.030 95 L 0.051 0.082 0.020 0.007 0.102 0.009 0.029 0.468 0.167 0.040 0.026 96 H 0.063 0.035 0.032 0.026 0.072 0.055 0.180 0.326 0.080 0.074 0.057 97 S 0.023 0.317 0.179 0.068 0.063 0.045 0.126 0.094 0.035 0.037 0.014 98 G 0.074 0.058 0.122 0.140 0.053 0.033 0.016 0.035 0.020 0.288 0.162 99 A 0.077 0.129 0.063 0.045 0.144 0.032 0.035 0.179 0.149 0.090 0.056 100 D 0.059 0.086 0.052 0.042 0.083 0.092 0.056 0.175 0.164 0.153 0.038 101 D 0.052 0.066 0.037 0.026 0.073 0.029 0.060 0.210 0.224 0.186 0.037 102 Y 0.101 0.163 0.039 0.007 0.275 0.010 0.036 0.179 0.093 0.073 0.026 103 L 0.179 0.125 0.019 0.005 0.281 0.007 0.022 0.124 0.092 0.066 0.080 104 T 0.131 0.177 0.077 0.014 0.232 0.025 0.033 0.073 0.106 0.071 0.061 105 K 0.033 0.452 0.235 0.014 0.142 0.017 0.025 0.029 0.023 0.017 0.013 106 P 0.156 0.150 0.044 0.011 0.143 0.009 0.044 0.102 0.071 0.178 0.093 107 F 0.028 0.347 0.123 0.024 0.132 0.041 0.077 0.051 0.046 0.107 0.024 108 N 0.042 0.491 0.327 0.002 0.123 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.008 109 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.657 0.331 0.004 0.001 110 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.903 0.085 0.005 0.001 111 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.031 0.015 0.001 112 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.018 0.003 0.001 113 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.039 0.001 0.001 114 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.014 0.001 0.001 115 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.009 0.001 0.001 116 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.023 0.001 0.001 117 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.043 0.001 0.001 118 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.971 0.023 0.001 0.001 119 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.938 0.035 0.005 0.001 120 L 0.005 0.006 0.002 0.001 0.007 0.002 0.009 0.803 0.144 0.018 0.004 121 R 0.007 0.013 0.005 0.001 0.011 0.005 0.043 0.788 0.099 0.021 0.007 122 T 0.019 0.039 0.018 0.004 0.032 0.007 0.081 0.614 0.124 0.050 0.012 123 Q 0.040 0.080 0.028 0.010 0.069 0.021 0.066 0.412 0.149 0.091 0.034 124 N 0.053 0.044 0.023 0.013 0.059 0.021 0.059 0.380 0.135 0.161 0.051 125 Y 0.056 0.080 0.035 0.013 0.080 0.014 0.049 0.348 0.124 0.158 0.041 126 Y 0.100 0.099 0.045 0.018 0.141 0.020 0.030 0.255 0.132 0.106 0.053 127 S 0.035 0.110 0.055 0.023 0.076 0.044 0.070 0.331 0.163 0.071 0.022 128 D 0.095 0.079 0.034 0.014 0.151 0.014 0.046 0.219 0.115 0.184 0.051 129 L 0.123 0.163 0.051 0.013 0.235 0.015 0.032 0.145 0.086 0.084 0.053 130 R 0.133 0.157 0.116 0.028 0.233 0.031 0.049 0.110 0.038 0.059 0.047 131 K 0.064 0.209 0.106 0.065 0.106 0.055 0.087 0.125 0.077 0.074 0.032 132 N 0.055 0.124 0.212 0.133 0.108 0.057 0.040 0.068 0.041 0.119 0.045 133 E 0.054 0.079 0.038 0.027 0.075 0.024 0.065 0.256 0.202 0.134 0.045 134 G 0.065 0.140 0.069 0.022 0.133 0.028 0.041 0.159 0.097 0.185 0.062 135 H 0.145 0.164 0.043 0.013 0.287 0.014 0.026 0.105 0.057 0.089 0.058 136 H 0.153 0.184 0.049 0.013 0.309 0.021 0.027 0.084 0.057 0.053 0.050 137 H 0.148 0.174 0.091 0.024 0.290 0.027 0.030 0.077 0.038 0.050 0.050 138 H 0.091 0.116 0.051 0.022 0.131 0.024 0.058 0.220 0.143 0.099 0.045 139 H 0.063 0.154 0.102 0.044 0.120 0.039 0.067 0.147 0.081 0.143 0.039 140 H 0.096 0.229 0.117 0.027 0.206 0.019 0.029 0.091 0.054 0.086 0.046