# TARGET T0634 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0634.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1409.93 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.153 0.132 0.140 0.187 0.145 0.109 0.060 0.036 0.021 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 2 S 0.162 0.220 0.199 0.166 0.117 0.059 0.036 0.022 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 3 L 0.049 0.103 0.119 0.180 0.175 0.145 0.087 0.064 0.035 0.027 0.012 0.002 0.001 0.001 4 K 0.007 0.017 0.031 0.074 0.126 0.159 0.182 0.122 0.123 0.068 0.052 0.022 0.010 0.007 5 K 0.001 0.002 0.006 0.018 0.038 0.066 0.105 0.182 0.188 0.156 0.139 0.050 0.030 0.018 6 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.018 0.054 0.106 0.140 0.223 0.243 0.138 0.066 7 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.059 0.094 0.171 0.243 0.198 0.144 0.074 8 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.048 0.090 0.168 0.219 0.219 0.142 0.097 9 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.014 0.029 0.091 0.118 0.195 0.214 0.170 0.102 0.057 10 D 0.004 0.013 0.018 0.048 0.081 0.100 0.131 0.163 0.175 0.108 0.088 0.039 0.015 0.017 11 Q 0.010 0.030 0.041 0.098 0.141 0.175 0.131 0.093 0.142 0.067 0.050 0.014 0.004 0.004 12 Q 0.108 0.237 0.190 0.155 0.113 0.074 0.050 0.032 0.027 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 13 D 0.382 0.344 0.159 0.057 0.028 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 F 0.220 0.221 0.232 0.114 0.102 0.057 0.030 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 S 0.073 0.068 0.100 0.123 0.221 0.162 0.124 0.079 0.034 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 16 R 0.096 0.133 0.175 0.180 0.195 0.106 0.061 0.032 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 17 I 0.551 0.222 0.103 0.056 0.037 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.056 0.083 0.122 0.220 0.225 0.128 0.089 0.055 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 19 L 0.007 0.007 0.017 0.045 0.096 0.200 0.242 0.196 0.141 0.039 0.008 0.002 0.001 0.001 20 K 0.103 0.181 0.219 0.249 0.145 0.058 0.026 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 21 N 0.592 0.260 0.105 0.026 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 F 0.038 0.049 0.080 0.198 0.298 0.168 0.086 0.057 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.020 0.037 0.077 0.171 0.204 0.173 0.192 0.087 0.028 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 24 D 0.439 0.290 0.144 0.062 0.031 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 S 0.298 0.219 0.196 0.125 0.079 0.045 0.021 0.006 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 26 E 0.183 0.159 0.156 0.151 0.165 0.091 0.042 0.016 0.019 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 27 Y 0.039 0.034 0.047 0.092 0.136 0.172 0.147 0.142 0.094 0.049 0.029 0.012 0.006 0.003 28 L 0.028 0.034 0.044 0.095 0.122 0.124 0.132 0.191 0.106 0.054 0.036 0.021 0.008 0.004 29 V 0.011 0.009 0.015 0.023 0.044 0.074 0.093 0.187 0.155 0.158 0.109 0.072 0.040 0.010 30 I 0.051 0.046 0.067 0.103 0.123 0.124 0.115 0.107 0.088 0.076 0.049 0.032 0.013 0.008 31 E 0.067 0.068 0.105 0.138 0.181 0.135 0.098 0.061 0.064 0.033 0.029 0.013 0.004 0.005 32 S 0.038 0.028 0.042 0.094 0.129 0.197 0.163 0.101 0.094 0.060 0.033 0.012 0.006 0.003 33 K 0.270 0.263 0.168 0.155 0.073 0.033 0.020 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 N 0.322 0.259 0.183 0.116 0.057 0.034 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 E 0.214 0.214 0.166 0.142 0.128 0.079 0.029 0.013 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 36 K 0.468 0.306 0.126 0.059 0.027 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 E 0.422 0.359 0.152 0.041 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 A 0.017 0.020 0.039 0.098 0.225 0.262 0.165 0.114 0.051 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 39 L 0.012 0.043 0.090 0.284 0.277 0.132 0.095 0.039 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 40 E 0.708 0.248 0.038 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 Q 0.045 0.119 0.223 0.239 0.219 0.094 0.041 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 I 0.006 0.008 0.029 0.121 0.249 0.224 0.201 0.109 0.042 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 43 D 0.200 0.278 0.247 0.174 0.069 0.022 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 H 0.602 0.254 0.082 0.041 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 H 0.061 0.183 0.198 0.244 0.172 0.081 0.035 0.016 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 46 H 0.063 0.153 0.172 0.151 0.138 0.148 0.087 0.055 0.022 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 47 P 0.003 0.009 0.019 0.058 0.167 0.191 0.200 0.130 0.117 0.054 0.025 0.013 0.010 0.004 48 D 0.001 0.003 0.008 0.022 0.041 0.087 0.149 0.199 0.152 0.135 0.121 0.040 0.030 0.012 49 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.020 0.035 0.103 0.150 0.215 0.260 0.108 0.091 50 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.038 0.088 0.179 0.243 0.232 0.125 0.080 51 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.031 0.076 0.136 0.213 0.276 0.157 0.102 52 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.070 0.100 0.199 0.262 0.152 0.130 0.073 53 D 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.019 0.043 0.127 0.184 0.215 0.146 0.116 0.052 0.082 54 M 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.031 0.052 0.154 0.167 0.214 0.183 0.092 0.054 0.034 55 D 0.008 0.031 0.055 0.089 0.153 0.142 0.136 0.145 0.112 0.066 0.031 0.016 0.007 0.009 56 I 0.014 0.031 0.045 0.094 0.135 0.167 0.151 0.126 0.112 0.071 0.036 0.012 0.004 0.003 57 I 0.045 0.074 0.096 0.156 0.176 0.168 0.120 0.083 0.051 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 58 G 0.217 0.233 0.176 0.138 0.094 0.060 0.039 0.022 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 59 E 0.389 0.220 0.169 0.093 0.067 0.031 0.015 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 60 N 0.449 0.244 0.152 0.074 0.038 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 S 0.205 0.138 0.125 0.121 0.175 0.115 0.054 0.028 0.027 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 62 P 0.102 0.119 0.115 0.201 0.205 0.114 0.073 0.035 0.018 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 63 N 0.484 0.258 0.136 0.056 0.026 0.018 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 L 0.031 0.032 0.060 0.108 0.192 0.197 0.153 0.109 0.070 0.024 0.016 0.005 0.002 0.001 65 C 0.014 0.018 0.034 0.082 0.142 0.172 0.187 0.162 0.110 0.048 0.020 0.007 0.003 0.001 66 L 0.335 0.308 0.148 0.096 0.055 0.027 0.015 0.009 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 67 K 0.184 0.207 0.205 0.147 0.111 0.061 0.045 0.022 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 68 L 0.010 0.010 0.032 0.097 0.210 0.233 0.195 0.146 0.043 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 69 K 0.117 0.115 0.217 0.226 0.184 0.076 0.037 0.014 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.691 0.142 0.067 0.055 0.027 0.011 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 S 0.452 0.265 0.107 0.114 0.042 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.586 0.229 0.111 0.046 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 G 0.499 0.237 0.153 0.057 0.033 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 L 0.252 0.157 0.160 0.161 0.139 0.072 0.034 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 75 K 0.158 0.193 0.142 0.167 0.146 0.088 0.054 0.032 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 76 N 0.043 0.087 0.103 0.156 0.176 0.153 0.115 0.085 0.042 0.019 0.013 0.004 0.002 0.001 77 V 0.004 0.009 0.019 0.050 0.091 0.145 0.194 0.168 0.133 0.081 0.051 0.032 0.016 0.008 78 P 0.001 0.002 0.006 0.011 0.024 0.062 0.116 0.145 0.167 0.167 0.146 0.086 0.043 0.024 79 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.019 0.032 0.066 0.114 0.152 0.247 0.170 0.115 0.073 80 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.026 0.078 0.132 0.221 0.278 0.145 0.099 81 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.032 0.123 0.160 0.196 0.198 0.138 0.086 0.049 82 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.022 0.036 0.175 0.149 0.191 0.200 0.097 0.076 0.039 83 F 0.002 0.005 0.009 0.030 0.069 0.080 0.116 0.216 0.151 0.172 0.069 0.046 0.016 0.020 84 S 0.002 0.007 0.013 0.039 0.085 0.129 0.145 0.182 0.201 0.132 0.040 0.015 0.005 0.004 85 S 0.025 0.068 0.107 0.216 0.226 0.156 0.078 0.050 0.050 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 86 E 0.282 0.289 0.154 0.138 0.065 0.031 0.017 0.011 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 87 H 0.258 0.260 0.173 0.148 0.087 0.042 0.016 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 K 0.406 0.225 0.164 0.101 0.062 0.023 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 E 0.572 0.196 0.133 0.052 0.029 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 A 0.552 0.182 0.110 0.069 0.052 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 I 0.124 0.101 0.108 0.181 0.223 0.106 0.068 0.050 0.024 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 92 V 0.104 0.082 0.088 0.137 0.165 0.146 0.100 0.100 0.040 0.023 0.009 0.004 0.001 0.001 93 N 0.288 0.156 0.136 0.131 0.098 0.071 0.047 0.030 0.019 0.010 0.008 0.004 0.001 0.001 94 G 0.083 0.054 0.069 0.112 0.149 0.148 0.124 0.089 0.079 0.047 0.024 0.014 0.005 0.002 95 L 0.042 0.034 0.052 0.086 0.121 0.168 0.148 0.128 0.084 0.060 0.041 0.020 0.011 0.003 96 H 0.137 0.125 0.128 0.144 0.130 0.106 0.091 0.052 0.037 0.020 0.017 0.008 0.004 0.003 97 S 0.057 0.038 0.059 0.089 0.124 0.155 0.131 0.092 0.091 0.075 0.048 0.025 0.011 0.005 98 G 0.057 0.058 0.066 0.117 0.137 0.151 0.132 0.112 0.076 0.042 0.026 0.014 0.007 0.004 99 A 0.033 0.037 0.046 0.085 0.112 0.137 0.139 0.138 0.109 0.079 0.045 0.025 0.010 0.005 100 D 0.032 0.041 0.056 0.091 0.122 0.141 0.144 0.125 0.103 0.066 0.041 0.022 0.011 0.005 101 D 0.051 0.039 0.060 0.074 0.094 0.117 0.137 0.099 0.112 0.082 0.067 0.037 0.017 0.014 102 Y 0.025 0.014 0.024 0.038 0.070 0.104 0.113 0.153 0.141 0.120 0.092 0.053 0.034 0.019 103 L 0.024 0.011 0.014 0.025 0.044 0.061 0.088 0.111 0.139 0.136 0.119 0.125 0.071 0.031 104 T 0.030 0.024 0.029 0.057 0.065 0.090 0.137 0.156 0.133 0.109 0.084 0.050 0.025 0.010 105 K 0.040 0.048 0.062 0.102 0.124 0.138 0.134 0.116 0.086 0.058 0.054 0.022 0.009 0.006 106 P 0.048 0.041 0.053 0.093 0.133 0.157 0.154 0.118 0.095 0.057 0.030 0.013 0.005 0.003 107 F 0.054 0.058 0.082 0.130 0.186 0.163 0.121 0.095 0.061 0.031 0.012 0.005 0.002 0.001 108 N 0.162 0.150 0.156 0.179 0.144 0.088 0.051 0.031 0.024 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 109 R 0.164 0.136 0.144 0.168 0.150 0.108 0.056 0.031 0.026 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 110 N 0.494 0.234 0.117 0.070 0.042 0.021 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 D 0.281 0.222 0.168 0.132 0.102 0.048 0.024 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 112 L 0.044 0.031 0.052 0.104 0.182 0.203 0.164 0.123 0.064 0.022 0.007 0.002 0.001 0.001 113 L 0.074 0.085 0.147 0.191 0.215 0.137 0.080 0.036 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 114 S 0.448 0.198 0.118 0.090 0.063 0.036 0.021 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 115 R 0.068 0.085 0.105 0.181 0.198 0.145 0.117 0.066 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 116 I 0.014 0.013 0.033 0.065 0.122 0.206 0.239 0.165 0.087 0.038 0.013 0.004 0.001 0.001 117 E 0.146 0.164 0.192 0.179 0.165 0.080 0.040 0.018 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 118 I 0.212 0.160 0.150 0.164 0.130 0.082 0.042 0.026 0.016 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 119 H 0.036 0.035 0.052 0.145 0.194 0.187 0.161 0.117 0.047 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 120 L 0.043 0.044 0.073 0.130 0.172 0.172 0.166 0.106 0.057 0.023 0.010 0.003 0.001 0.001 121 R 0.323 0.213 0.153 0.130 0.079 0.048 0.027 0.015 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 122 T 0.257 0.161 0.150 0.148 0.121 0.081 0.040 0.015 0.014 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 123 Q 0.295 0.155 0.149 0.148 0.126 0.063 0.032 0.014 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 124 N 0.500 0.193 0.139 0.078 0.049 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 Y 0.311 0.127 0.137 0.147 0.138 0.069 0.036 0.018 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 126 Y 0.249 0.128 0.136 0.171 0.154 0.076 0.041 0.022 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 127 S 0.607 0.180 0.092 0.059 0.033 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 D 0.514 0.183 0.116 0.086 0.056 0.023 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 L 0.198 0.100 0.111 0.169 0.178 0.114 0.061 0.040 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 130 R 0.291 0.146 0.144 0.153 0.130 0.066 0.034 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 131 K 0.514 0.141 0.113 0.101 0.063 0.034 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 132 N 0.513 0.161 0.116 0.095 0.063 0.028 0.012 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 133 E 0.396 0.155 0.122 0.139 0.094 0.050 0.023 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 134 G 0.619 0.180 0.087 0.057 0.030 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 H 0.638 0.170 0.099 0.050 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 H 0.637 0.167 0.104 0.043 0.027 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 H 0.382 0.138 0.137 0.114 0.113 0.059 0.030 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 138 H 0.420 0.157 0.110 0.109 0.094 0.052 0.030 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 139 H 0.356 0.154 0.130 0.122 0.100 0.063 0.035 0.019 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 140 H 0.294 0.132 0.130 0.129 0.116 0.084 0.051 0.030 0.016 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001