# TARGET T0634 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0634.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.1933 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.106 0.089 0.300 0.218 0.013 0.048 0.020 0.019 0.011 0.003 0.025 0.025 0.070 0.004 0.018 0.030 2 S 0.045 0.112 0.227 0.236 0.023 0.140 0.023 0.019 0.017 0.010 0.029 0.018 0.053 0.006 0.006 0.034 3 L 0.038 0.248 0.119 0.471 0.003 0.030 0.003 0.015 0.017 0.001 0.016 0.007 0.009 0.002 0.005 0.016 4 K 0.020 0.138 0.210 0.575 0.001 0.027 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.005 5 K 0.012 0.045 0.221 0.717 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 I 0.005 0.002 0.086 0.901 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.001 0.005 0.056 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 I 0.001 0.001 0.001 0.972 0.020 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 I 0.001 0.013 0.004 0.863 0.045 0.062 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 D 0.001 0.049 0.002 0.552 0.041 0.298 0.001 0.026 0.006 0.009 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 11 Q 0.007 0.125 0.006 0.163 0.132 0.328 0.002 0.020 0.012 0.009 0.160 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 12 Q 0.015 0.175 0.033 0.121 0.015 0.124 0.002 0.103 0.007 0.007 0.213 0.166 0.008 0.001 0.009 0.002 13 D 0.012 0.069 0.040 0.059 0.005 0.214 0.005 0.006 0.037 0.016 0.148 0.291 0.063 0.002 0.005 0.028 14 F 0.047 0.038 0.066 0.043 0.003 0.057 0.010 0.005 0.004 0.002 0.256 0.218 0.226 0.004 0.007 0.014 15 S 0.010 0.131 0.090 0.060 0.001 0.035 0.006 0.007 0.003 0.002 0.028 0.241 0.353 0.002 0.014 0.015 16 R 0.009 0.011 0.083 0.120 0.001 0.031 0.012 0.001 0.005 0.001 0.043 0.025 0.612 0.007 0.003 0.036 17 I 0.013 0.023 0.195 0.219 0.001 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.018 0.053 0.445 0.001 0.009 0.007 18 E 0.002 0.007 0.040 0.220 0.002 0.076 0.007 0.001 0.001 0.001 0.010 0.024 0.592 0.002 0.001 0.015 19 L 0.004 0.003 0.008 0.074 0.008 0.066 0.008 0.002 0.001 0.001 0.043 0.009 0.761 0.011 0.001 0.002 20 K 0.001 0.106 0.010 0.095 0.004 0.017 0.008 0.012 0.002 0.001 0.030 0.096 0.578 0.020 0.017 0.005 21 N 0.002 0.009 0.009 0.093 0.002 0.018 0.009 0.003 0.007 0.002 0.018 0.023 0.735 0.006 0.024 0.040 22 F 0.016 0.015 0.132 0.040 0.006 0.011 0.020 0.002 0.005 0.001 0.017 0.017 0.572 0.022 0.007 0.117 23 L 0.041 0.030 0.073 0.084 0.010 0.032 0.041 0.009 0.002 0.002 0.022 0.030 0.520 0.036 0.035 0.034 24 D 0.009 0.057 0.120 0.054 0.011 0.069 0.046 0.015 0.008 0.004 0.036 0.024 0.424 0.028 0.030 0.067 25 S 0.028 0.063 0.057 0.109 0.012 0.048 0.050 0.031 0.014 0.005 0.125 0.038 0.276 0.052 0.042 0.050 26 E 0.041 0.161 0.204 0.164 0.002 0.020 0.022 0.020 0.027 0.003 0.018 0.071 0.096 0.014 0.056 0.082 27 Y 0.058 0.046 0.365 0.325 0.001 0.022 0.006 0.003 0.011 0.002 0.006 0.010 0.050 0.001 0.010 0.083 28 L 0.051 0.032 0.468 0.369 0.001 0.036 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.015 0.001 0.001 0.018 29 V 0.018 0.036 0.142 0.632 0.007 0.129 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.019 0.001 0.001 0.002 30 I 0.001 0.073 0.062 0.812 0.005 0.021 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 31 E 0.001 0.014 0.025 0.859 0.014 0.049 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 0.006 0.016 0.001 0.001 0.002 32 S 0.005 0.019 0.038 0.215 0.172 0.403 0.023 0.015 0.003 0.002 0.039 0.013 0.043 0.006 0.001 0.003 33 K 0.005 0.216 0.029 0.251 0.072 0.059 0.019 0.157 0.005 0.007 0.092 0.041 0.024 0.009 0.011 0.004 34 N 0.008 0.029 0.008 0.025 0.005 0.524 0.006 0.047 0.017 0.060 0.049 0.121 0.071 0.002 0.022 0.007 35 E 0.009 0.004 0.003 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 0.003 0.003 0.788 0.029 0.130 0.002 0.001 0.006 36 K 0.010 0.024 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.761 0.136 0.001 0.006 0.001 37 E 0.001 0.002 0.017 0.004 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.088 0.851 0.002 0.005 0.011 38 A 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 0.958 0.001 0.001 0.004 39 L 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.021 0.955 0.004 0.001 0.002 40 E 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.973 0.002 0.003 0.004 41 Q 0.001 0.002 0.006 0.007 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.917 0.010 0.003 0.038 42 I 0.005 0.004 0.025 0.011 0.001 0.004 0.033 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.837 0.024 0.019 0.025 43 D 0.006 0.017 0.054 0.013 0.004 0.032 0.041 0.008 0.001 0.001 0.010 0.007 0.665 0.047 0.034 0.061 44 H 0.025 0.051 0.041 0.036 0.007 0.026 0.043 0.015 0.011 0.002 0.095 0.015 0.291 0.099 0.112 0.132 45 H 0.068 0.183 0.212 0.046 0.001 0.010 0.020 0.011 0.014 0.003 0.014 0.061 0.102 0.007 0.089 0.160 46 H 0.091 0.045 0.358 0.053 0.005 0.090 0.030 0.002 0.011 0.002 0.006 0.008 0.063 0.006 0.008 0.221 47 P 0.102 0.029 0.214 0.071 0.003 0.369 0.012 0.013 0.002 0.001 0.115 0.010 0.043 0.004 0.005 0.008 48 D 0.001 0.877 0.031 0.077 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 49 L 0.023 0.003 0.077 0.880 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 50 V 0.002 0.003 0.811 0.180 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 I 0.001 0.001 0.004 0.942 0.018 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.001 0.029 0.005 0.904 0.012 0.036 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 D 0.001 0.017 0.004 0.726 0.117 0.086 0.002 0.007 0.008 0.015 0.009 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 54 M 0.010 0.072 0.037 0.705 0.014 0.032 0.001 0.057 0.005 0.001 0.037 0.012 0.009 0.001 0.007 0.002 55 D 0.004 0.031 0.076 0.687 0.028 0.052 0.002 0.007 0.030 0.029 0.008 0.013 0.013 0.001 0.001 0.021 56 I 0.026 0.019 0.032 0.112 0.541 0.108 0.054 0.007 0.002 0.005 0.023 0.008 0.020 0.040 0.001 0.002 57 I 0.003 0.100 0.024 0.089 0.008 0.075 0.003 0.517 0.003 0.002 0.065 0.024 0.022 0.001 0.061 0.003 58 G 0.006 0.023 0.011 0.038 0.029 0.212 0.024 0.010 0.166 0.222 0.077 0.081 0.047 0.009 0.003 0.040 59 E 0.164 0.042 0.023 0.013 0.026 0.036 0.045 0.029 0.004 0.003 0.362 0.092 0.099 0.036 0.021 0.006 60 N 0.012 0.189 0.087 0.027 0.001 0.037 0.006 0.050 0.020 0.011 0.029 0.370 0.089 0.001 0.046 0.026 61 S 0.092 0.008 0.114 0.022 0.002 0.075 0.025 0.001 0.023 0.023 0.132 0.065 0.356 0.005 0.004 0.054 62 P 0.048 0.019 0.053 0.023 0.001 0.022 0.002 0.004 0.001 0.001 0.276 0.158 0.381 0.001 0.008 0.003 63 N 0.001 0.043 0.032 0.100 0.001 0.023 0.004 0.001 0.002 0.001 0.023 0.364 0.394 0.002 0.001 0.010 64 L 0.006 0.002 0.020 0.065 0.001 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.026 0.835 0.001 0.003 0.003 65 C 0.001 0.003 0.010 0.017 0.001 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.025 0.893 0.002 0.001 0.002 66 L 0.001 0.005 0.002 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.937 0.001 0.001 0.001 67 K 0.001 0.003 0.009 0.082 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.859 0.005 0.001 0.019 68 L 0.002 0.002 0.022 0.025 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.909 0.004 0.005 0.008 69 K 0.001 0.025 0.040 0.067 0.008 0.027 0.016 0.008 0.001 0.001 0.007 0.005 0.739 0.015 0.010 0.030 70 R 0.011 0.041 0.030 0.103 0.048 0.050 0.055 0.019 0.005 0.004 0.042 0.011 0.353 0.144 0.029 0.058 71 S 0.007 0.021 0.019 0.007 0.070 0.020 0.220 0.013 0.004 0.003 0.023 0.016 0.072 0.444 0.046 0.015 72 K 0.009 0.020 0.030 0.016 0.002 0.007 0.010 0.109 0.004 0.002 0.040 0.013 0.059 0.005 0.651 0.023 73 G 0.042 0.021 0.054 0.021 0.006 0.017 0.016 0.002 0.147 0.078 0.013 0.032 0.057 0.006 0.006 0.483 74 L 0.569 0.034 0.087 0.024 0.019 0.039 0.042 0.005 0.006 0.002 0.026 0.023 0.074 0.016 0.010 0.026 75 K 0.014 0.262 0.286 0.112 0.003 0.070 0.010 0.089 0.011 0.005 0.018 0.029 0.047 0.002 0.029 0.014 76 N 0.016 0.356 0.098 0.394 0.001 0.003 0.001 0.002 0.076 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.044 77 V 0.143 0.007 0.294 0.543 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 P 0.003 0.008 0.631 0.352 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 I 0.001 0.002 0.006 0.988 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.001 0.002 0.003 0.903 0.057 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 L 0.001 0.031 0.005 0.794 0.017 0.125 0.001 0.018 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 F 0.001 0.066 0.004 0.810 0.008 0.064 0.001 0.009 0.007 0.007 0.014 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 84 S 0.017 0.086 0.028 0.364 0.030 0.366 0.002 0.008 0.010 0.006 0.037 0.035 0.010 0.001 0.001 0.003 85 S 0.011 0.067 0.056 0.240 0.148 0.132 0.017 0.027 0.003 0.004 0.211 0.035 0.036 0.008 0.003 0.003 86 E 0.006 0.247 0.051 0.206 0.015 0.102 0.009 0.067 0.009 0.006 0.050 0.147 0.043 0.006 0.025 0.011 87 H 0.018 0.044 0.046 0.097 0.007 0.155 0.019 0.015 0.051 0.018 0.137 0.071 0.239 0.006 0.022 0.054 88 K 0.066 0.136 0.087 0.088 0.004 0.051 0.012 0.013 0.014 0.004 0.189 0.111 0.177 0.007 0.011 0.030 89 E 0.043 0.129 0.200 0.162 0.003 0.051 0.017 0.006 0.014 0.003 0.026 0.142 0.152 0.012 0.013 0.027 90 A 0.028 0.027 0.421 0.262 0.002 0.027 0.009 0.004 0.003 0.001 0.020 0.019 0.140 0.002 0.013 0.022 91 I 0.013 0.035 0.251 0.525 0.009 0.028 0.007 0.002 0.004 0.001 0.010 0.010 0.065 0.002 0.001 0.038 92 V 0.009 0.008 0.054 0.280 0.348 0.099 0.071 0.006 0.001 0.001 0.011 0.005 0.038 0.066 0.001 0.002 93 N 0.003 0.124 0.042 0.358 0.006 0.041 0.003 0.266 0.003 0.002 0.019 0.017 0.057 0.001 0.056 0.004 94 G 0.007 0.015 0.014 0.343 0.021 0.104 0.012 0.007 0.208 0.060 0.059 0.027 0.078 0.004 0.002 0.040 95 L 0.225 0.058 0.154 0.224 0.019 0.025 0.008 0.060 0.003 0.003 0.039 0.049 0.111 0.002 0.017 0.004 96 H 0.002 0.010 0.023 0.053 0.391 0.073 0.166 0.005 0.006 0.012 0.010 0.009 0.018 0.216 0.001 0.005 97 S 0.019 0.038 0.048 0.138 0.002 0.011 0.003 0.422 0.001 0.001 0.019 0.008 0.020 0.001 0.267 0.003 98 G 0.004 0.011 0.018 0.064 0.005 0.082 0.006 0.001 0.207 0.428 0.017 0.025 0.034 0.002 0.001 0.096 99 A 0.458 0.035 0.027 0.077 0.007 0.032 0.003 0.009 0.001 0.001 0.209 0.032 0.099 0.002 0.004 0.004 100 D 0.004 0.164 0.104 0.090 0.017 0.112 0.012 0.009 0.015 0.009 0.029 0.289 0.110 0.019 0.004 0.012 101 D 0.023 0.086 0.123 0.172 0.007 0.040 0.019 0.019 0.005 0.001 0.111 0.043 0.263 0.010 0.052 0.026 102 Y 0.008 0.073 0.182 0.142 0.002 0.061 0.010 0.004 0.018 0.002 0.028 0.094 0.159 0.004 0.008 0.204 103 L 0.062 0.020 0.141 0.062 0.017 0.103 0.077 0.003 0.006 0.002 0.027 0.037 0.354 0.041 0.007 0.042 104 T 0.010 0.423 0.285 0.107 0.002 0.008 0.006 0.019 0.002 0.001 0.004 0.011 0.075 0.002 0.023 0.023 105 K 0.033 0.019 0.157 0.396 0.017 0.097 0.040 0.003 0.015 0.035 0.017 0.010 0.084 0.014 0.003 0.060 106 P 0.066 0.048 0.290 0.113 0.029 0.232 0.019 0.014 0.002 0.001 0.065 0.019 0.068 0.008 0.016 0.011 107 F 0.004 0.215 0.053 0.649 0.001 0.005 0.001 0.012 0.004 0.002 0.015 0.021 0.006 0.001 0.003 0.010 108 N 0.006 0.001 0.002 0.004 0.002 0.931 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.016 0.024 0.001 0.001 0.001 109 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 110 N 0.001 0.039 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.004 0.001 0.001 0.001 111 D 0.001 0.001 0.047 0.003 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.877 0.001 0.003 0.043 112 L 0.004 0.002 0.061 0.005 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.896 0.001 0.001 0.007 113 L 0.001 0.003 0.005 0.016 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.931 0.001 0.001 0.002 114 S 0.001 0.004 0.006 0.048 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.929 0.001 0.001 0.002 115 R 0.001 0.010 0.025 0.273 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.652 0.002 0.001 0.015 116 I 0.003 0.001 0.015 0.041 0.001 0.090 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.831 0.001 0.001 0.001 117 E 0.001 0.073 0.017 0.161 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.727 0.001 0.001 0.002 118 I 0.001 0.001 0.002 0.283 0.001 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.683 0.004 0.001 0.002 119 H 0.001 0.011 0.078 0.107 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.759 0.004 0.004 0.007 120 L 0.001 0.010 0.013 0.247 0.003 0.072 0.013 0.002 0.002 0.001 0.011 0.010 0.585 0.006 0.008 0.015 121 R 0.010 0.093 0.078 0.180 0.010 0.035 0.014 0.009 0.002 0.001 0.018 0.010 0.471 0.011 0.011 0.048 122 T 0.021 0.047 0.061 0.233 0.028 0.108 0.034 0.011 0.009 0.005 0.042 0.022 0.259 0.052 0.014 0.054 123 Q 0.020 0.073 0.202 0.116 0.007 0.074 0.020 0.021 0.004 0.002 0.048 0.040 0.278 0.011 0.054 0.028 124 N 0.019 0.088 0.077 0.157 0.010 0.122 0.018 0.011 0.016 0.008 0.081 0.061 0.229 0.008 0.018 0.078 125 Y 0.065 0.075 0.080 0.156 0.011 0.063 0.022 0.009 0.009 0.003 0.113 0.082 0.245 0.014 0.014 0.039 126 Y 0.020 0.095 0.183 0.130 0.012 0.117 0.029 0.014 0.007 0.004 0.041 0.102 0.187 0.015 0.017 0.027 127 S 0.019 0.079 0.114 0.177 0.005 0.095 0.013 0.016 0.010 0.004 0.073 0.054 0.278 0.005 0.022 0.035 128 D 0.034 0.067 0.082 0.152 0.016 0.101 0.028 0.006 0.019 0.005 0.105 0.078 0.235 0.019 0.007 0.044 129 L 0.041 0.077 0.161 0.168 0.007 0.031 0.015 0.018 0.005 0.002 0.075 0.092 0.248 0.009 0.032 0.021 130 R 0.011 0.044 0.132 0.120 0.036 0.135 0.053 0.011 0.014 0.009 0.022 0.061 0.266 0.024 0.012 0.051 131 K 0.032 0.050 0.088 0.130 0.038 0.065 0.044 0.051 0.006 0.003 0.134 0.026 0.235 0.028 0.041 0.028 132 N 0.010 0.072 0.042 0.055 0.092 0.054 0.170 0.030 0.033 0.017 0.039 0.073 0.065 0.197 0.022 0.029 133 E 0.062 0.053 0.134 0.124 0.005 0.020 0.013 0.166 0.018 0.004 0.026 0.016 0.059 0.004 0.260 0.036 134 G 0.062 0.027 0.149 0.155 0.005 0.038 0.011 0.005 0.134 0.129 0.031 0.027 0.054 0.004 0.005 0.163 135 H 0.328 0.075 0.162 0.245 0.013 0.046 0.006 0.007 0.006 0.002 0.024 0.022 0.043 0.003 0.005 0.015 136 H 0.014 0.083 0.193 0.519 0.010 0.072 0.005 0.012 0.005 0.004 0.015 0.022 0.029 0.002 0.003 0.011 137 H 0.017 0.063 0.100 0.297 0.030 0.330 0.012 0.012 0.009 0.006 0.031 0.027 0.051 0.003 0.003 0.009 138 H 0.015 0.077 0.048 0.255 0.040 0.097 0.013 0.027 0.008 0.002 0.288 0.041 0.072 0.006 0.004 0.009 139 H 0.013 0.111 0.071 0.149 0.063 0.088 0.050 0.034 0.016 0.009 0.057 0.227 0.059 0.029 0.015 0.011 140 H 0.026 0.078 0.153 0.137 0.015 0.087 0.035 0.067 0.018 0.008 0.069 0.058 0.135 0.007 0.069 0.038