# TARGET T0634 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0634.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.26 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.069 0.028 0.020 0.025 0.017 0.092 0.052 0.697 2 S 0.068 0.017 0.033 0.009 0.020 0.111 0.036 0.707 3 L 0.043 0.014 0.065 0.018 0.023 0.137 0.055 0.645 4 K 0.003 0.006 0.141 0.023 0.049 0.140 0.073 0.565 5 K 0.001 0.005 0.534 0.084 0.141 0.053 0.058 0.124 6 I 0.001 0.002 0.601 0.079 0.103 0.034 0.022 0.158 7 L 0.001 0.001 0.868 0.061 0.043 0.004 0.012 0.011 8 I 0.006 0.001 0.729 0.045 0.087 0.020 0.025 0.087 9 I 0.002 0.001 0.782 0.039 0.061 0.031 0.032 0.053 10 D 0.074 0.010 0.201 0.018 0.039 0.113 0.038 0.508 11 Q 0.576 0.024 0.010 0.004 0.005 0.072 0.120 0.188 12 Q 0.031 0.070 0.012 0.008 0.008 0.157 0.091 0.623 13 D 0.070 0.176 0.009 0.006 0.016 0.095 0.073 0.555 14 F 0.160 0.192 0.008 0.027 0.021 0.089 0.122 0.380 15 S 0.017 0.364 0.017 0.042 0.050 0.071 0.050 0.389 16 R 0.034 0.467 0.011 0.022 0.064 0.043 0.139 0.221 17 I 0.020 0.257 0.016 0.133 0.086 0.039 0.307 0.141 18 E 0.036 0.312 0.039 0.158 0.160 0.034 0.133 0.128 19 L 0.113 0.502 0.026 0.047 0.106 0.024 0.049 0.132 20 K 0.098 0.296 0.036 0.064 0.107 0.057 0.091 0.251 21 N 0.043 0.083 0.043 0.114 0.159 0.083 0.189 0.287 22 F 0.051 0.077 0.065 0.105 0.173 0.083 0.150 0.297 23 L 0.116 0.044 0.063 0.074 0.080 0.080 0.156 0.387 24 D 0.234 0.033 0.024 0.071 0.047 0.087 0.095 0.409 25 S 0.072 0.021 0.022 0.021 0.053 0.108 0.043 0.661 26 E 0.008 0.009 0.042 0.039 0.096 0.134 0.029 0.642 27 Y 0.014 0.024 0.042 0.079 0.206 0.109 0.048 0.478 28 L 0.008 0.022 0.077 0.305 0.204 0.074 0.114 0.197 29 V 0.012 0.017 0.076 0.213 0.212 0.073 0.057 0.339 30 I 0.015 0.019 0.254 0.209 0.183 0.044 0.135 0.140 31 E 0.054 0.032 0.109 0.102 0.080 0.085 0.066 0.472 32 S 0.228 0.094 0.023 0.040 0.048 0.089 0.066 0.411 33 K 0.057 0.097 0.012 0.013 0.014 0.087 0.037 0.683 34 N 0.036 0.613 0.003 0.003 0.007 0.031 0.040 0.267 35 E 0.024 0.881 0.001 0.002 0.002 0.010 0.036 0.043 36 K 0.013 0.891 0.002 0.006 0.003 0.007 0.042 0.036 37 E 0.020 0.862 0.003 0.003 0.008 0.006 0.055 0.042 38 A 0.010 0.913 0.005 0.004 0.006 0.005 0.036 0.020 39 L 0.035 0.785 0.008 0.009 0.007 0.009 0.113 0.033 40 E 0.074 0.545 0.010 0.013 0.009 0.027 0.089 0.232 41 Q 0.140 0.262 0.029 0.013 0.010 0.051 0.089 0.406 42 I 0.472 0.050 0.020 0.006 0.003 0.034 0.068 0.346 43 D 0.264 0.004 0.004 0.001 0.001 0.041 0.022 0.663 44 H 0.005 0.002 0.011 0.001 0.001 0.086 0.007 0.886 45 H 0.008 0.002 0.021 0.001 0.001 0.113 0.006 0.847 46 H 0.218 0.030 0.026 0.005 0.003 0.104 0.059 0.556 47 P 0.006 0.004 0.210 0.003 0.006 0.107 0.060 0.603 48 D 0.001 0.002 0.831 0.012 0.019 0.019 0.031 0.086 49 L 0.001 0.001 0.934 0.007 0.015 0.005 0.004 0.032 50 V 0.001 0.001 0.955 0.019 0.014 0.002 0.005 0.004 51 I 0.008 0.005 0.721 0.037 0.083 0.018 0.043 0.085 52 L 0.011 0.009 0.799 0.033 0.042 0.013 0.048 0.044 53 D 0.042 0.012 0.443 0.039 0.085 0.065 0.051 0.262 54 M 0.013 0.010 0.355 0.088 0.140 0.083 0.070 0.242 55 D 0.037 0.009 0.154 0.061 0.110 0.119 0.048 0.462 56 I 0.088 0.009 0.086 0.050 0.063 0.152 0.098 0.453 57 I 0.056 0.008 0.039 0.019 0.019 0.119 0.048 0.691 58 G 0.310 0.026 0.007 0.004 0.007 0.084 0.050 0.512 59 E 0.054 0.021 0.005 0.004 0.004 0.135 0.027 0.750 60 N 0.024 0.115 0.004 0.003 0.007 0.104 0.022 0.722 61 S 0.037 0.688 0.003 0.005 0.006 0.038 0.053 0.170 62 P 0.020 0.765 0.003 0.010 0.010 0.023 0.075 0.093 63 N 0.009 0.837 0.005 0.014 0.013 0.009 0.079 0.034 64 L 0.020 0.862 0.006 0.008 0.023 0.007 0.039 0.035 65 C 0.014 0.867 0.008 0.024 0.022 0.007 0.038 0.020 66 L 0.021 0.810 0.009 0.021 0.039 0.009 0.049 0.043 67 K 0.033 0.498 0.024 0.046 0.087 0.023 0.187 0.103 68 L 0.038 0.256 0.072 0.123 0.107 0.058 0.194 0.152 69 K 0.120 0.159 0.048 0.061 0.080 0.065 0.172 0.295 70 R 0.129 0.082 0.009 0.016 0.010 0.054 0.029 0.670 71 S 0.302 0.059 0.008 0.007 0.008 0.060 0.036 0.520 72 K 0.045 0.010 0.019 0.010 0.007 0.087 0.047 0.776 73 G 0.282 0.006 0.005 0.003 0.003 0.044 0.012 0.645 74 L 0.294 0.008 0.011 0.004 0.006 0.063 0.038 0.575 75 K 0.003 0.003 0.031 0.005 0.006 0.101 0.008 0.843 76 N 0.011 0.012 0.034 0.011 0.026 0.113 0.055 0.737 77 V 0.001 0.011 0.416 0.141 0.053 0.068 0.051 0.258 78 P 0.003 0.014 0.766 0.040 0.098 0.009 0.024 0.046 79 L 0.003 0.011 0.750 0.056 0.091 0.011 0.028 0.049 80 I 0.001 0.003 0.866 0.029 0.054 0.007 0.021 0.020 81 L 0.013 0.013 0.587 0.096 0.159 0.018 0.065 0.048 82 L 0.067 0.034 0.386 0.071 0.108 0.053 0.076 0.206 83 F 0.060 0.037 0.253 0.096 0.105 0.086 0.083 0.279 84 S 0.086 0.015 0.050 0.043 0.085 0.127 0.074 0.520 85 S 0.035 0.005 0.036 0.042 0.060 0.185 0.072 0.565 86 E 0.094 0.011 0.018 0.033 0.037 0.117 0.050 0.640 87 H 0.362 0.019 0.006 0.012 0.019 0.063 0.050 0.469 88 K 0.044 0.017 0.017 0.021 0.032 0.108 0.047 0.714 89 E 0.007 0.009 0.028 0.027 0.076 0.114 0.068 0.672 90 A 0.006 0.014 0.100 0.144 0.157 0.100 0.073 0.406 91 I 0.028 0.050 0.088 0.194 0.196 0.074 0.058 0.311 92 V 0.043 0.032 0.062 0.086 0.111 0.075 0.052 0.538 93 N 0.022 0.037 0.205 0.111 0.187 0.066 0.114 0.258 94 G 0.020 0.018 0.382 0.082 0.109 0.055 0.172 0.162 95 L 0.123 0.026 0.114 0.091 0.079 0.071 0.091 0.406 96 H 0.132 0.024 0.076 0.032 0.056 0.093 0.100 0.487 97 S 0.023 0.015 0.057 0.024 0.035 0.099 0.024 0.723 98 G 0.088 0.045 0.034 0.022 0.048 0.122 0.050 0.590 99 A 0.139 0.041 0.035 0.031 0.040 0.104 0.031 0.580 100 D 0.100 0.024 0.034 0.029 0.061 0.093 0.227 0.432 101 D 0.018 0.019 0.093 0.088 0.127 0.111 0.111 0.432 102 Y 0.068 0.007 0.112 0.051 0.139 0.090 0.082 0.451 103 L 0.015 0.005 0.126 0.156 0.067 0.131 0.042 0.459 104 T 0.043 0.003 0.052 0.017 0.040 0.095 0.030 0.720 105 K 0.121 0.008 0.069 0.044 0.038 0.101 0.076 0.543 106 P 0.006 0.001 0.009 0.004 0.006 0.091 0.010 0.873 107 F 0.007 0.013 0.043 0.016 0.024 0.135 0.029 0.734 108 N 0.205 0.410 0.008 0.010 0.012 0.058 0.070 0.227 109 R 0.192 0.393 0.006 0.005 0.006 0.060 0.082 0.256 110 N 0.020 0.431 0.013 0.010 0.014 0.042 0.308 0.161 111 D 0.017 0.544 0.024 0.018 0.042 0.033 0.221 0.101 112 L 0.023 0.818 0.014 0.016 0.033 0.010 0.055 0.030 113 L 0.007 0.799 0.009 0.026 0.034 0.011 0.076 0.037 114 S 0.002 0.803 0.009 0.034 0.044 0.007 0.079 0.023 115 R 0.006 0.752 0.012 0.047 0.053 0.005 0.112 0.013 116 I 0.012 0.710 0.014 0.084 0.046 0.007 0.105 0.022 117 E 0.026 0.597 0.022 0.053 0.119 0.016 0.122 0.046 118 I 0.018 0.266 0.060 0.110 0.173 0.041 0.235 0.097 119 H 0.016 0.169 0.090 0.140 0.187 0.046 0.246 0.106 120 L 0.023 0.088 0.125 0.160 0.115 0.067 0.217 0.205 121 R 0.050 0.116 0.117 0.145 0.100 0.073 0.134 0.265 122 T 0.151 0.085 0.035 0.031 0.042 0.095 0.061 0.500 123 Q 0.058 0.035 0.025 0.024 0.032 0.119 0.068 0.638 124 N 0.050 0.086 0.032 0.032 0.052 0.118 0.121 0.510 125 Y 0.092 0.099 0.013 0.021 0.031 0.089 0.051 0.604 126 Y 0.156 0.127 0.014 0.033 0.033 0.084 0.094 0.458 127 S 0.111 0.119 0.012 0.025 0.040 0.075 0.055 0.563 128 D 0.140 0.047 0.021 0.021 0.045 0.087 0.121 0.518 129 L 0.100 0.026 0.025 0.054 0.052 0.110 0.094 0.539 130 R 0.255 0.022 0.015 0.020 0.044 0.070 0.057 0.517 131 K 0.117 0.010 0.010 0.020 0.025 0.093 0.030 0.695 132 N 0.069 0.015 0.018 0.025 0.060 0.109 0.031 0.672 133 E 0.023 0.009 0.021 0.041 0.067 0.109 0.026 0.702 134 G 0.039 0.010 0.031 0.082 0.120 0.089 0.036 0.592 135 H 0.048 0.010 0.050 0.161 0.158 0.092 0.051 0.430 136 H 0.054 0.004 0.049 0.073 0.104 0.074 0.035 0.608 137 H 0.198 0.007 0.039 0.072 0.097 0.065 0.055 0.466 138 H 0.133 0.004 0.026 0.032 0.054 0.081 0.030 0.640 139 H 0.027 0.003 0.023 0.037 0.063 0.108 0.020 0.720 140 H 0.049 0.006 0.013 0.045 0.072 0.109 0.028 0.678