# TARGET T0634 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0634.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.26 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.185 0.332 0.244 0.079 0.078 0.022 0.027 0.005 0.025 0.004 0.001 2 S 0.199 0.223 0.322 0.079 0.047 0.052 0.040 0.005 0.027 0.004 0.002 3 L 0.160 0.284 0.285 0.148 0.044 0.039 0.018 0.002 0.017 0.001 0.001 4 K 0.109 0.418 0.262 0.089 0.071 0.020 0.013 0.002 0.014 0.001 0.001 5 K 0.030 0.619 0.153 0.037 0.108 0.013 0.015 0.001 0.023 0.001 0.001 6 I 0.002 0.821 0.102 0.003 0.050 0.009 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 7 L 0.002 0.735 0.144 0.001 0.089 0.021 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 8 I 0.002 0.536 0.310 0.003 0.018 0.108 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 9 I 0.022 0.680 0.170 0.011 0.022 0.066 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 10 D 0.128 0.255 0.298 0.066 0.076 0.079 0.034 0.006 0.033 0.021 0.003 11 Q 0.252 0.154 0.217 0.104 0.083 0.040 0.085 0.012 0.038 0.012 0.002 12 Q 0.640 0.076 0.159 0.080 0.017 0.009 0.007 0.001 0.005 0.002 0.002 13 D 0.329 0.080 0.103 0.404 0.017 0.031 0.023 0.002 0.008 0.001 0.001 14 F 0.518 0.106 0.140 0.154 0.025 0.020 0.018 0.003 0.016 0.001 0.001 15 S 0.589 0.118 0.158 0.072 0.019 0.019 0.011 0.002 0.010 0.002 0.001 16 R 0.726 0.054 0.091 0.076 0.008 0.024 0.015 0.002 0.004 0.001 0.001 17 I 0.762 0.101 0.078 0.028 0.013 0.009 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 18 E 0.705 0.074 0.126 0.025 0.006 0.052 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 19 L 0.862 0.047 0.035 0.036 0.005 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 20 K 0.923 0.031 0.025 0.011 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 21 N 0.742 0.044 0.026 0.126 0.034 0.006 0.013 0.003 0.005 0.001 0.001 22 F 0.656 0.067 0.109 0.103 0.016 0.020 0.012 0.002 0.013 0.001 0.001 23 L 0.611 0.111 0.122 0.112 0.007 0.013 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 24 D 0.542 0.092 0.123 0.121 0.021 0.022 0.056 0.006 0.009 0.005 0.002 25 S 0.391 0.135 0.130 0.217 0.064 0.015 0.024 0.007 0.014 0.002 0.001 26 E 0.205 0.206 0.183 0.250 0.025 0.025 0.086 0.005 0.012 0.001 0.001 27 Y 0.026 0.486 0.264 0.039 0.126 0.024 0.016 0.002 0.016 0.001 0.001 28 L 0.036 0.457 0.362 0.013 0.019 0.090 0.010 0.001 0.012 0.001 0.001 29 V 0.039 0.599 0.243 0.013 0.020 0.072 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 30 I 0.118 0.628 0.129 0.020 0.037 0.046 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 31 E 0.061 0.552 0.204 0.029 0.080 0.041 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 32 S 0.180 0.366 0.191 0.048 0.098 0.058 0.019 0.005 0.027 0.006 0.002 33 K 0.399 0.176 0.187 0.134 0.051 0.012 0.018 0.003 0.011 0.006 0.001 34 N 0.183 0.052 0.146 0.209 0.125 0.086 0.074 0.052 0.023 0.049 0.001 35 E 0.731 0.026 0.092 0.085 0.018 0.014 0.013 0.004 0.009 0.006 0.001 36 K 0.972 0.006 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 E 0.972 0.008 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 A 0.980 0.003 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 L 0.992 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 E 0.993 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 Q 0.969 0.003 0.004 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 I 0.899 0.010 0.020 0.063 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 43 D 0.789 0.015 0.029 0.120 0.006 0.007 0.023 0.005 0.003 0.002 0.001 44 H 0.396 0.029 0.031 0.471 0.014 0.009 0.037 0.006 0.004 0.001 0.001 45 H 0.214 0.060 0.118 0.508 0.013 0.027 0.040 0.008 0.011 0.001 0.001 46 H 0.025 0.196 0.310 0.011 0.035 0.016 0.035 0.001 0.367 0.003 0.001 47 P 0.424 0.003 0.521 0.016 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 48 D 0.323 0.119 0.102 0.356 0.042 0.014 0.023 0.008 0.012 0.001 0.001 49 L 0.029 0.664 0.190 0.018 0.052 0.011 0.017 0.001 0.021 0.001 0.001 50 V 0.033 0.764 0.130 0.002 0.033 0.027 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 51 I 0.011 0.384 0.402 0.003 0.010 0.172 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 52 L 0.104 0.666 0.088 0.021 0.028 0.072 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 53 D 0.130 0.258 0.268 0.031 0.059 0.170 0.028 0.003 0.048 0.005 0.002 54 M 0.435 0.227 0.125 0.120 0.026 0.037 0.009 0.001 0.019 0.001 0.001 55 D 0.332 0.124 0.221 0.137 0.056 0.053 0.036 0.006 0.026 0.007 0.003 56 I 0.333 0.202 0.227 0.069 0.029 0.036 0.016 0.001 0.084 0.002 0.001 57 I 0.319 0.053 0.456 0.075 0.010 0.025 0.033 0.001 0.013 0.004 0.011 58 G 0.146 0.009 0.051 0.045 0.079 0.011 0.038 0.374 0.005 0.241 0.002 59 E 0.483 0.088 0.202 0.168 0.014 0.015 0.013 0.003 0.010 0.003 0.003 60 N 0.139 0.032 0.079 0.634 0.034 0.030 0.024 0.010 0.010 0.006 0.002 61 S 0.156 0.098 0.276 0.044 0.114 0.021 0.092 0.017 0.143 0.039 0.001 62 P 0.721 0.007 0.227 0.022 0.003 0.006 0.004 0.001 0.001 0.003 0.005 63 N 0.748 0.092 0.080 0.035 0.021 0.012 0.006 0.002 0.005 0.001 0.001 64 L 0.794 0.070 0.085 0.014 0.003 0.024 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 65 C 0.931 0.027 0.019 0.014 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 66 L 0.951 0.023 0.010 0.008 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 67 K 0.908 0.042 0.015 0.016 0.008 0.004 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 68 L 0.793 0.066 0.074 0.040 0.005 0.009 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 69 K 0.719 0.066 0.104 0.054 0.017 0.016 0.008 0.002 0.012 0.002 0.001 70 R 0.561 0.067 0.115 0.184 0.020 0.022 0.015 0.002 0.009 0.002 0.002 71 S 0.597 0.074 0.098 0.143 0.017 0.021 0.014 0.006 0.027 0.004 0.001 72 K 0.472 0.036 0.115 0.294 0.007 0.006 0.056 0.001 0.009 0.001 0.003 73 G 0.055 0.007 0.028 0.023 0.049 0.007 0.131 0.546 0.004 0.148 0.001 74 L 0.159 0.199 0.418 0.152 0.017 0.019 0.010 0.002 0.021 0.001 0.002 75 K 0.340 0.148 0.260 0.133 0.027 0.019 0.037 0.007 0.016 0.007 0.007 76 N 0.054 0.089 0.124 0.274 0.046 0.096 0.261 0.039 0.011 0.003 0.002 77 V 0.006 0.511 0.293 0.002 0.121 0.008 0.002 0.001 0.056 0.002 0.001 78 P 0.027 0.009 0.845 0.004 0.003 0.085 0.002 0.001 0.001 0.001 0.023 79 L 0.019 0.796 0.100 0.008 0.038 0.021 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 80 I 0.016 0.766 0.138 0.002 0.019 0.046 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 81 L 0.020 0.639 0.219 0.006 0.036 0.062 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 82 L 0.059 0.578 0.171 0.022 0.056 0.079 0.006 0.001 0.026 0.001 0.001 83 F 0.044 0.596 0.128 0.039 0.131 0.027 0.004 0.001 0.030 0.001 0.001 84 S 0.037 0.353 0.260 0.064 0.138 0.062 0.028 0.003 0.048 0.004 0.002 85 S 0.143 0.344 0.246 0.048 0.128 0.028 0.013 0.004 0.034 0.010 0.002 86 E 0.352 0.161 0.219 0.162 0.021 0.030 0.030 0.002 0.015 0.003 0.004 87 H 0.178 0.103 0.143 0.186 0.108 0.033 0.156 0.043 0.034 0.014 0.001 88 K 0.475 0.098 0.279 0.082 0.012 0.019 0.022 0.002 0.009 0.001 0.001 89 E 0.323 0.254 0.175 0.194 0.010 0.015 0.019 0.001 0.009 0.001 0.001 90 A 0.126 0.351 0.288 0.089 0.060 0.041 0.024 0.003 0.015 0.001 0.001 91 I 0.068 0.517 0.256 0.031 0.048 0.047 0.015 0.001 0.016 0.001 0.001 92 V 0.040 0.490 0.332 0.013 0.009 0.099 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 93 N 0.140 0.324 0.229 0.194 0.033 0.044 0.011 0.001 0.023 0.002 0.001 94 G 0.065 0.113 0.098 0.024 0.465 0.034 0.039 0.069 0.018 0.075 0.001 95 L 0.122 0.500 0.239 0.040 0.044 0.034 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 96 H 0.119 0.432 0.239 0.058 0.057 0.034 0.009 0.001 0.047 0.002 0.002 97 S 0.138 0.213 0.254 0.203 0.048 0.027 0.068 0.004 0.036 0.006 0.004 98 G 0.018 0.015 0.046 0.018 0.154 0.012 0.103 0.355 0.005 0.274 0.001 99 A 0.201 0.189 0.358 0.087 0.094 0.021 0.013 0.006 0.016 0.013 0.002 100 D 0.299 0.142 0.296 0.126 0.038 0.052 0.014 0.004 0.021 0.005 0.003 101 D 0.451 0.087 0.109 0.250 0.048 0.020 0.018 0.005 0.009 0.002 0.001 102 Y 0.378 0.264 0.104 0.133 0.058 0.016 0.025 0.004 0.016 0.001 0.001 103 L 0.194 0.471 0.202 0.042 0.008 0.042 0.017 0.001 0.024 0.001 0.001 104 T 0.140 0.356 0.317 0.084 0.028 0.035 0.016 0.001 0.021 0.001 0.001 105 K 0.016 0.402 0.268 0.006 0.106 0.021 0.006 0.001 0.169 0.005 0.001 106 P 0.098 0.009 0.749 0.013 0.007 0.054 0.005 0.001 0.002 0.004 0.060 107 F 0.098 0.274 0.249 0.173 0.131 0.032 0.008 0.010 0.020 0.004 0.001 108 N 0.019 0.135 0.506 0.010 0.036 0.098 0.010 0.001 0.180 0.005 0.001 109 R 0.877 0.005 0.088 0.019 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 110 N 0.820 0.018 0.017 0.110 0.004 0.004 0.021 0.005 0.001 0.001 0.001 111 D 0.817 0.049 0.053 0.044 0.014 0.009 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 112 L 0.937 0.015 0.021 0.020 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 L 0.978 0.008 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 S 0.940 0.019 0.010 0.015 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 115 R 0.919 0.037 0.014 0.011 0.006 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 116 I 0.903 0.064 0.018 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 117 E 0.944 0.027 0.012 0.008 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 118 I 0.647 0.167 0.039 0.046 0.079 0.005 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 119 H 0.722 0.145 0.058 0.026 0.010 0.022 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 120 L 0.523 0.180 0.136 0.087 0.017 0.029 0.013 0.001 0.014 0.001 0.001 121 R 0.535 0.175 0.089 0.067 0.079 0.021 0.014 0.003 0.014 0.003 0.001 122 T 0.278 0.278 0.188 0.140 0.035 0.044 0.012 0.001 0.022 0.001 0.001 123 Q 0.283 0.231 0.147 0.204 0.042 0.038 0.025 0.004 0.023 0.002 0.001 124 N 0.260 0.157 0.197 0.150 0.072 0.037 0.074 0.014 0.029 0.009 0.001 125 Y 0.377 0.171 0.209 0.119 0.034 0.036 0.029 0.004 0.015 0.003 0.002 126 Y 0.287 0.222 0.218 0.155 0.044 0.029 0.017 0.003 0.020 0.002 0.001 127 S 0.413 0.160 0.193 0.106 0.052 0.023 0.020 0.007 0.018 0.006 0.002 128 D 0.399 0.118 0.144 0.198 0.037 0.047 0.027 0.005 0.019 0.002 0.002 129 L 0.433 0.181 0.174 0.133 0.027 0.018 0.013 0.002 0.017 0.001 0.001 130 R 0.407 0.153 0.209 0.090 0.027 0.042 0.033 0.005 0.029 0.004 0.002 131 K 0.441 0.165 0.210 0.114 0.024 0.013 0.013 0.002 0.013 0.002 0.002 132 N 0.271 0.133 0.175 0.240 0.046 0.039 0.036 0.016 0.030 0.010 0.003 133 E 0.164 0.152 0.210 0.223 0.041 0.012 0.151 0.008 0.031 0.005 0.003 134 G 0.030 0.019 0.078 0.018 0.118 0.013 0.086 0.431 0.004 0.201 0.002 135 H 0.091 0.355 0.341 0.088 0.062 0.031 0.010 0.003 0.016 0.002 0.002 136 H 0.054 0.419 0.344 0.056 0.054 0.039 0.005 0.001 0.024 0.001 0.002 137 H 0.130 0.276 0.281 0.078 0.058 0.104 0.025 0.007 0.032 0.006 0.003 138 H 0.294 0.237 0.211 0.130 0.055 0.027 0.018 0.004 0.019 0.004 0.002 139 H 0.215 0.232 0.185 0.215 0.053 0.035 0.037 0.005 0.019 0.003 0.002 140 H 0.119 0.319 0.239 0.095 0.111 0.026 0.041 0.007 0.038 0.004 0.001