# TARGET T0634 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0634.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.26 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.737 0.156 0.075 0.023 0.007 0.002 0.001 2 S 0.567 0.220 0.137 0.052 0.019 0.005 0.001 3 L 0.379 0.286 0.192 0.099 0.030 0.012 0.001 4 K 0.240 0.241 0.255 0.150 0.079 0.031 0.003 5 K 0.087 0.197 0.248 0.261 0.144 0.056 0.007 6 I 0.014 0.027 0.066 0.142 0.331 0.351 0.069 7 L 0.010 0.024 0.049 0.095 0.199 0.490 0.133 8 I 0.013 0.032 0.065 0.141 0.253 0.388 0.109 9 I 0.015 0.030 0.072 0.203 0.327 0.281 0.073 10 D 0.050 0.156 0.262 0.270 0.166 0.084 0.012 11 Q 0.116 0.205 0.245 0.235 0.132 0.063 0.004 12 Q 0.442 0.278 0.182 0.073 0.020 0.005 0.001 13 D 0.514 0.381 0.076 0.023 0.005 0.001 0.001 14 F 0.078 0.117 0.204 0.356 0.203 0.041 0.001 15 S 0.295 0.308 0.226 0.130 0.033 0.007 0.001 16 R 0.548 0.338 0.081 0.027 0.006 0.001 0.001 17 I 0.194 0.177 0.222 0.263 0.118 0.025 0.001 18 E 0.299 0.324 0.243 0.093 0.030 0.010 0.001 19 L 0.101 0.132 0.168 0.276 0.241 0.076 0.005 20 K 0.322 0.340 0.185 0.116 0.030 0.007 0.001 21 N 0.212 0.311 0.224 0.146 0.079 0.027 0.001 22 F 0.150 0.194 0.261 0.242 0.114 0.037 0.002 23 L 0.070 0.102 0.188 0.322 0.241 0.074 0.003 24 D 0.467 0.346 0.134 0.041 0.009 0.002 0.001 25 S 0.398 0.321 0.158 0.082 0.034 0.007 0.001 26 E 0.463 0.342 0.126 0.053 0.011 0.004 0.001 27 Y 0.058 0.105 0.186 0.363 0.228 0.057 0.003 28 L 0.183 0.272 0.317 0.153 0.058 0.017 0.001 29 V 0.038 0.070 0.119 0.239 0.327 0.195 0.012 30 I 0.126 0.208 0.245 0.223 0.129 0.064 0.005 31 E 0.159 0.292 0.264 0.173 0.080 0.030 0.002 32 S 0.139 0.137 0.195 0.283 0.190 0.054 0.003 33 K 0.379 0.286 0.193 0.107 0.027 0.007 0.001 34 N 0.661 0.224 0.086 0.021 0.006 0.002 0.001 35 E 0.453 0.295 0.157 0.068 0.021 0.006 0.001 36 K 0.466 0.295 0.152 0.068 0.016 0.003 0.001 37 E 0.255 0.380 0.220 0.107 0.031 0.007 0.001 38 A 0.039 0.055 0.118 0.259 0.349 0.174 0.006 39 L 0.038 0.090 0.203 0.321 0.269 0.075 0.004 40 E 0.256 0.435 0.203 0.079 0.021 0.006 0.001 41 Q 0.107 0.214 0.270 0.247 0.132 0.029 0.002 42 I 0.053 0.064 0.128 0.284 0.318 0.145 0.008 43 D 0.330 0.313 0.226 0.097 0.026 0.007 0.001 44 H 0.491 0.324 0.128 0.040 0.014 0.004 0.001 45 H 0.155 0.250 0.245 0.200 0.112 0.035 0.004 46 H 0.142 0.269 0.235 0.213 0.086 0.046 0.009 47 P 0.056 0.128 0.172 0.251 0.259 0.120 0.014 48 D 0.023 0.077 0.169 0.279 0.272 0.141 0.038 49 L 0.002 0.004 0.009 0.022 0.095 0.469 0.399 50 V 0.001 0.003 0.006 0.019 0.059 0.381 0.531 51 I 0.001 0.002 0.004 0.014 0.047 0.221 0.711 52 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.163 0.812 53 D 0.001 0.003 0.007 0.025 0.066 0.255 0.642 54 M 0.004 0.011 0.021 0.065 0.155 0.366 0.379 55 D 0.028 0.070 0.127 0.179 0.232 0.233 0.130 56 I 0.029 0.043 0.070 0.143 0.241 0.351 0.121 57 I 0.072 0.115 0.166 0.229 0.235 0.152 0.031 58 G 0.272 0.273 0.197 0.139 0.072 0.040 0.007 59 E 0.404 0.235 0.166 0.112 0.057 0.022 0.004 60 N 0.293 0.295 0.188 0.125 0.061 0.033 0.005 61 S 0.130 0.147 0.143 0.189 0.192 0.172 0.027 62 P 0.112 0.196 0.251 0.271 0.124 0.040 0.006 63 N 0.151 0.334 0.300 0.135 0.051 0.025 0.004 64 L 0.010 0.027 0.085 0.222 0.375 0.254 0.028 65 C 0.006 0.012 0.043 0.132 0.383 0.365 0.059 66 L 0.046 0.288 0.364 0.198 0.077 0.024 0.003 67 K 0.028 0.215 0.335 0.294 0.107 0.019 0.001 68 L 0.008 0.014 0.034 0.141 0.492 0.298 0.013 69 K 0.059 0.198 0.298 0.306 0.114 0.023 0.001 70 R 0.412 0.387 0.148 0.042 0.010 0.002 0.001 71 S 0.409 0.306 0.187 0.075 0.021 0.003 0.001 72 K 0.662 0.258 0.055 0.021 0.003 0.001 0.001 73 G 0.516 0.280 0.127 0.050 0.023 0.003 0.001 74 L 0.289 0.247 0.201 0.183 0.064 0.016 0.001 75 K 0.420 0.272 0.191 0.081 0.028 0.007 0.001 76 N 0.251 0.321 0.199 0.135 0.066 0.024 0.004 77 V 0.027 0.054 0.112 0.208 0.327 0.236 0.037 78 P 0.020 0.042 0.071 0.147 0.256 0.338 0.127 79 L 0.014 0.017 0.032 0.062 0.128 0.375 0.372 80 I 0.013 0.015 0.020 0.041 0.098 0.317 0.497 81 L 0.016 0.020 0.033 0.066 0.129 0.320 0.416 82 L 0.019 0.016 0.032 0.065 0.171 0.416 0.281 83 F 0.045 0.088 0.157 0.240 0.221 0.208 0.042 84 S 0.102 0.191 0.258 0.170 0.164 0.107 0.009 85 S 0.080 0.116 0.209 0.321 0.200 0.072 0.003 86 E 0.517 0.314 0.115 0.042 0.009 0.002 0.001 87 H 0.686 0.212 0.074 0.023 0.005 0.001 0.001 88 K 0.796 0.155 0.038 0.009 0.001 0.001 0.001 89 E 0.570 0.270 0.117 0.035 0.007 0.001 0.001 90 A 0.181 0.218 0.267 0.206 0.110 0.017 0.001 91 I 0.195 0.335 0.247 0.157 0.050 0.015 0.001 92 V 0.054 0.075 0.134 0.212 0.300 0.206 0.019 93 N 0.175 0.234 0.218 0.221 0.100 0.044 0.008 94 G 0.103 0.117 0.130 0.175 0.237 0.176 0.063 95 L 0.108 0.085 0.095 0.141 0.183 0.248 0.140 96 H 0.208 0.207 0.169 0.190 0.111 0.078 0.037 97 S 0.238 0.168 0.144 0.146 0.139 0.111 0.055 98 G 0.163 0.156 0.154 0.147 0.162 0.148 0.069 99 A 0.114 0.086 0.091 0.124 0.156 0.252 0.177 100 D 0.155 0.134 0.147 0.167 0.173 0.148 0.077 101 D 0.145 0.141 0.160 0.164 0.146 0.149 0.094 102 Y 0.098 0.083 0.127 0.153 0.199 0.221 0.118 103 L 0.059 0.048 0.063 0.104 0.196 0.344 0.186 104 T 0.091 0.124 0.176 0.202 0.194 0.163 0.050 105 K 0.087 0.116 0.166 0.225 0.205 0.163 0.037 106 P 0.129 0.154 0.181 0.203 0.182 0.129 0.022 107 F 0.139 0.144 0.193 0.247 0.175 0.087 0.014 108 N 0.485 0.287 0.136 0.060 0.021 0.009 0.002 109 R 0.346 0.238 0.177 0.140 0.066 0.029 0.004 110 N 0.381 0.216 0.195 0.118 0.059 0.027 0.004 111 D 0.269 0.258 0.221 0.139 0.069 0.037 0.008 112 L 0.075 0.087 0.100 0.174 0.227 0.281 0.056 113 L 0.090 0.136 0.226 0.241 0.175 0.107 0.026 114 S 0.067 0.111 0.133 0.198 0.220 0.210 0.061 115 R 0.062 0.113 0.181 0.211 0.220 0.163 0.050 116 I 0.026 0.040 0.054 0.143 0.270 0.335 0.132 117 E 0.071 0.169 0.296 0.229 0.129 0.078 0.029 118 I 0.043 0.105 0.126 0.228 0.244 0.204 0.050 119 H 0.052 0.116 0.171 0.224 0.225 0.168 0.045 120 L 0.034 0.045 0.062 0.131 0.234 0.364 0.130 121 R 0.081 0.150 0.210 0.247 0.185 0.103 0.023 122 T 0.089 0.129 0.161 0.228 0.217 0.152 0.024 123 Q 0.154 0.182 0.209 0.228 0.142 0.073 0.011 124 N 0.428 0.290 0.169 0.069 0.027 0.014 0.002 125 Y 0.218 0.208 0.199 0.197 0.130 0.044 0.004 126 Y 0.246 0.192 0.202 0.220 0.102 0.036 0.002 127 S 0.599 0.226 0.122 0.039 0.011 0.003 0.001 128 D 0.572 0.266 0.112 0.036 0.011 0.003 0.001 129 L 0.327 0.235 0.187 0.166 0.071 0.014 0.001 130 R 0.586 0.282 0.086 0.037 0.007 0.002 0.001 131 K 0.611 0.219 0.106 0.047 0.015 0.002 0.001 132 N 0.579 0.234 0.114 0.057 0.014 0.002 0.001 133 E 0.736 0.191 0.054 0.015 0.003 0.001 0.001 134 G 0.464 0.249 0.165 0.086 0.031 0.005 0.001 135 H 0.494 0.281 0.151 0.055 0.016 0.003 0.001 136 H 0.297 0.248 0.199 0.169 0.074 0.012 0.001 137 H 0.553 0.280 0.110 0.043 0.011 0.002 0.001 138 H 0.492 0.249 0.150 0.077 0.029 0.004 0.001 139 H 0.714 0.211 0.050 0.020 0.004 0.001 0.001 140 H 0.704 0.199 0.064 0.025 0.007 0.001 0.001