# TARGET T0634 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0634.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.26 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.179 0.155 0.140 0.162 0.146 0.100 0.058 0.029 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 2 S 0.138 0.162 0.154 0.170 0.131 0.104 0.062 0.035 0.024 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 3 L 0.029 0.056 0.072 0.147 0.175 0.157 0.128 0.114 0.057 0.031 0.020 0.009 0.004 0.003 4 K 0.009 0.022 0.035 0.063 0.105 0.133 0.147 0.155 0.148 0.080 0.057 0.027 0.010 0.010 5 K 0.002 0.004 0.008 0.015 0.038 0.059 0.100 0.124 0.194 0.192 0.116 0.083 0.041 0.026 6 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.014 0.033 0.052 0.134 0.179 0.278 0.144 0.098 0.056 7 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.020 0.047 0.108 0.184 0.238 0.196 0.131 0.059 8 I 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.016 0.034 0.067 0.141 0.190 0.159 0.188 0.122 0.068 9 I 0.002 0.004 0.004 0.012 0.020 0.046 0.074 0.129 0.181 0.173 0.137 0.113 0.069 0.033 10 D 0.007 0.030 0.041 0.101 0.139 0.150 0.169 0.175 0.085 0.045 0.039 0.009 0.004 0.006 11 Q 0.026 0.081 0.128 0.190 0.151 0.173 0.097 0.067 0.054 0.017 0.011 0.004 0.001 0.001 12 Q 0.433 0.162 0.236 0.068 0.041 0.024 0.020 0.004 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 13 D 0.410 0.212 0.269 0.049 0.024 0.017 0.009 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 F 0.099 0.134 0.107 0.196 0.189 0.124 0.091 0.038 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 15 S 0.258 0.164 0.196 0.143 0.107 0.055 0.045 0.013 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 16 R 0.473 0.217 0.151 0.059 0.040 0.031 0.014 0.004 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 17 I 0.145 0.117 0.101 0.173 0.180 0.144 0.062 0.042 0.019 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 18 E 0.184 0.200 0.157 0.159 0.118 0.090 0.051 0.018 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 19 L 0.042 0.029 0.037 0.101 0.166 0.204 0.161 0.125 0.076 0.030 0.016 0.008 0.004 0.001 20 K 0.195 0.182 0.221 0.137 0.105 0.075 0.040 0.019 0.019 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 21 N 0.275 0.139 0.137 0.144 0.127 0.084 0.041 0.024 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 22 F 0.053 0.075 0.071 0.173 0.201 0.164 0.124 0.078 0.037 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 23 L 0.051 0.038 0.047 0.093 0.177 0.175 0.148 0.128 0.075 0.030 0.017 0.013 0.006 0.002 24 D 0.344 0.276 0.156 0.077 0.050 0.049 0.025 0.009 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 25 S 0.292 0.144 0.148 0.136 0.103 0.091 0.046 0.017 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 26 E 0.139 0.124 0.142 0.165 0.158 0.128 0.081 0.027 0.023 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 27 Y 0.082 0.063 0.075 0.120 0.164 0.173 0.121 0.094 0.051 0.030 0.013 0.008 0.004 0.001 28 L 0.117 0.103 0.086 0.134 0.176 0.133 0.107 0.072 0.038 0.020 0.010 0.003 0.001 0.001 29 V 0.038 0.028 0.041 0.069 0.107 0.117 0.138 0.148 0.115 0.080 0.063 0.031 0.017 0.006 30 I 0.080 0.074 0.083 0.117 0.138 0.134 0.113 0.090 0.075 0.045 0.027 0.014 0.005 0.003 31 E 0.137 0.121 0.147 0.145 0.140 0.110 0.075 0.052 0.037 0.018 0.012 0.004 0.001 0.001 32 S 0.081 0.066 0.061 0.125 0.173 0.147 0.125 0.105 0.058 0.028 0.018 0.007 0.004 0.002 33 K 0.181 0.186 0.171 0.177 0.131 0.077 0.039 0.022 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 34 N 0.490 0.176 0.125 0.074 0.054 0.038 0.025 0.006 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 35 E 0.294 0.184 0.215 0.106 0.077 0.063 0.038 0.008 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 36 K 0.545 0.197 0.110 0.065 0.039 0.024 0.014 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 E 0.361 0.251 0.206 0.084 0.048 0.032 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 A 0.037 0.036 0.049 0.131 0.220 0.174 0.158 0.112 0.056 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 39 L 0.050 0.086 0.105 0.215 0.239 0.139 0.079 0.042 0.033 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 40 E 0.644 0.216 0.069 0.030 0.014 0.019 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 Q 0.103 0.137 0.158 0.210 0.184 0.131 0.044 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 42 I 0.049 0.059 0.072 0.156 0.251 0.181 0.120 0.072 0.027 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 43 D 0.376 0.251 0.154 0.097 0.053 0.042 0.017 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 H 0.521 0.192 0.134 0.069 0.037 0.026 0.013 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 H 0.120 0.149 0.215 0.199 0.151 0.093 0.046 0.014 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 46 H 0.066 0.118 0.180 0.201 0.176 0.125 0.067 0.036 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 47 P 0.014 0.024 0.026 0.083 0.141 0.165 0.200 0.177 0.085 0.043 0.021 0.013 0.006 0.002 48 D 0.006 0.009 0.014 0.030 0.068 0.103 0.152 0.166 0.175 0.126 0.062 0.059 0.021 0.011 49 L 0.002 0.001 0.003 0.004 0.012 0.023 0.057 0.083 0.155 0.186 0.224 0.135 0.074 0.041 50 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.019 0.041 0.106 0.152 0.227 0.221 0.138 0.079 51 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.019 0.042 0.108 0.168 0.158 0.219 0.174 0.095 52 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.014 0.034 0.064 0.133 0.199 0.204 0.183 0.096 0.063 53 D 0.001 0.003 0.005 0.014 0.030 0.055 0.108 0.154 0.166 0.161 0.130 0.081 0.044 0.049 54 M 0.002 0.004 0.006 0.013 0.025 0.047 0.091 0.122 0.159 0.166 0.196 0.087 0.055 0.025 55 D 0.019 0.056 0.088 0.126 0.149 0.152 0.126 0.114 0.080 0.046 0.025 0.011 0.005 0.004 56 I 0.022 0.040 0.059 0.092 0.134 0.145 0.146 0.147 0.100 0.054 0.034 0.016 0.008 0.004 57 I 0.039 0.074 0.079 0.160 0.213 0.177 0.103 0.080 0.043 0.019 0.006 0.004 0.002 0.001 58 G 0.287 0.223 0.185 0.119 0.066 0.066 0.025 0.013 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 59 E 0.389 0.161 0.167 0.103 0.077 0.047 0.031 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 60 N 0.408 0.169 0.200 0.094 0.056 0.033 0.021 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 61 S 0.214 0.131 0.114 0.147 0.133 0.117 0.075 0.034 0.022 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 62 P 0.165 0.124 0.136 0.162 0.152 0.104 0.075 0.040 0.024 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 63 N 0.388 0.212 0.179 0.089 0.055 0.034 0.019 0.010 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 64 L 0.041 0.045 0.058 0.129 0.172 0.173 0.126 0.122 0.066 0.035 0.015 0.010 0.005 0.002 65 C 0.019 0.026 0.035 0.088 0.137 0.162 0.183 0.169 0.096 0.041 0.027 0.011 0.006 0.002 66 L 0.169 0.150 0.153 0.153 0.120 0.099 0.064 0.036 0.032 0.012 0.009 0.002 0.001 0.001 67 K 0.163 0.195 0.201 0.149 0.106 0.096 0.039 0.023 0.017 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 68 L 0.041 0.041 0.051 0.123 0.173 0.189 0.155 0.124 0.055 0.023 0.014 0.006 0.005 0.001 69 K 0.095 0.150 0.157 0.256 0.170 0.098 0.041 0.020 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.547 0.180 0.126 0.065 0.039 0.023 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 S 0.463 0.181 0.207 0.070 0.040 0.020 0.012 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.584 0.179 0.120 0.056 0.028 0.016 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 G 0.420 0.241 0.131 0.088 0.053 0.033 0.025 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 L 0.109 0.138 0.136 0.205 0.196 0.117 0.055 0.024 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 75 K 0.150 0.192 0.224 0.161 0.107 0.079 0.042 0.018 0.017 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 76 N 0.032 0.067 0.090 0.185 0.209 0.155 0.106 0.081 0.040 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 77 V 0.003 0.006 0.011 0.032 0.072 0.119 0.188 0.191 0.162 0.101 0.048 0.039 0.020 0.008 78 P 0.001 0.002 0.004 0.008 0.023 0.049 0.100 0.145 0.197 0.191 0.112 0.099 0.049 0.021 79 L 0.001 0.002 0.002 0.004 0.010 0.019 0.046 0.072 0.139 0.174 0.189 0.182 0.096 0.064 80 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.018 0.034 0.119 0.168 0.202 0.232 0.141 0.069 81 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.016 0.044 0.081 0.144 0.193 0.213 0.123 0.094 0.081 82 L 0.001 0.002 0.003 0.008 0.014 0.033 0.065 0.118 0.177 0.187 0.155 0.109 0.080 0.050 83 F 0.006 0.015 0.017 0.044 0.078 0.101 0.153 0.169 0.134 0.127 0.072 0.043 0.025 0.018 84 S 0.006 0.027 0.045 0.098 0.129 0.161 0.153 0.140 0.122 0.060 0.032 0.016 0.006 0.005 85 S 0.013 0.022 0.028 0.069 0.150 0.175 0.183 0.181 0.084 0.040 0.034 0.011 0.008 0.003 86 E 0.096 0.197 0.264 0.177 0.118 0.081 0.032 0.015 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 87 H 0.212 0.184 0.171 0.168 0.126 0.078 0.036 0.012 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 88 K 0.417 0.201 0.179 0.081 0.047 0.042 0.021 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 E 0.478 0.198 0.133 0.069 0.047 0.043 0.022 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 90 A 0.160 0.136 0.098 0.142 0.161 0.143 0.092 0.039 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 91 I 0.079 0.064 0.076 0.143 0.208 0.152 0.105 0.086 0.044 0.026 0.010 0.006 0.002 0.001 92 V 0.059 0.027 0.035 0.058 0.091 0.110 0.123 0.133 0.126 0.096 0.067 0.047 0.021 0.007 93 N 0.110 0.059 0.065 0.084 0.109 0.112 0.102 0.104 0.080 0.062 0.062 0.034 0.011 0.006 94 G 0.074 0.055 0.062 0.083 0.109 0.103 0.113 0.114 0.088 0.076 0.060 0.034 0.017 0.011 95 L 0.028 0.021 0.023 0.045 0.072 0.110 0.124 0.139 0.140 0.121 0.082 0.051 0.030 0.011 96 H 0.074 0.068 0.088 0.119 0.146 0.130 0.126 0.094 0.070 0.045 0.022 0.009 0.003 0.003 97 S 0.060 0.046 0.054 0.074 0.115 0.115 0.135 0.119 0.099 0.078 0.060 0.027 0.012 0.006 98 G 0.060 0.074 0.088 0.113 0.144 0.132 0.119 0.102 0.070 0.048 0.029 0.012 0.006 0.004 99 A 0.031 0.032 0.037 0.075 0.105 0.134 0.141 0.158 0.113 0.083 0.046 0.026 0.013 0.007 100 D 0.030 0.046 0.052 0.102 0.129 0.146 0.143 0.136 0.093 0.063 0.027 0.021 0.008 0.005 101 D 0.097 0.086 0.092 0.107 0.135 0.126 0.109 0.075 0.073 0.044 0.030 0.015 0.006 0.005 102 Y 0.024 0.019 0.033 0.042 0.074 0.105 0.145 0.148 0.129 0.110 0.096 0.042 0.023 0.009 103 L 0.017 0.013 0.020 0.033 0.060 0.095 0.131 0.168 0.130 0.107 0.107 0.057 0.043 0.019 104 T 0.061 0.054 0.045 0.078 0.077 0.106 0.103 0.111 0.127 0.107 0.040 0.055 0.028 0.009 105 K 0.093 0.080 0.088 0.121 0.145 0.127 0.123 0.101 0.052 0.031 0.025 0.009 0.003 0.003 106 P 0.049 0.054 0.078 0.112 0.163 0.155 0.131 0.102 0.072 0.035 0.030 0.010 0.005 0.003 107 F 0.057 0.066 0.082 0.141 0.209 0.168 0.116 0.082 0.042 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 108 N 0.336 0.198 0.191 0.107 0.066 0.046 0.026 0.011 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 109 R 0.149 0.126 0.162 0.160 0.153 0.113 0.065 0.036 0.023 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 110 N 0.175 0.148 0.159 0.154 0.133 0.101 0.068 0.030 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 111 D 0.166 0.124 0.122 0.154 0.151 0.115 0.080 0.046 0.025 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 112 L 0.057 0.031 0.032 0.064 0.114 0.144 0.177 0.149 0.094 0.065 0.038 0.019 0.011 0.003 113 L 0.039 0.039 0.058 0.095 0.142 0.154 0.136 0.146 0.085 0.047 0.030 0.016 0.007 0.005 114 S 0.059 0.026 0.024 0.043 0.064 0.082 0.117 0.114 0.124 0.138 0.086 0.075 0.037 0.011 115 R 0.025 0.035 0.040 0.082 0.121 0.150 0.158 0.149 0.101 0.055 0.043 0.021 0.010 0.010 116 I 0.009 0.006 0.008 0.014 0.036 0.065 0.125 0.129 0.144 0.154 0.194 0.062 0.037 0.016 117 E 0.020 0.042 0.051 0.120 0.158 0.171 0.153 0.136 0.069 0.041 0.018 0.009 0.005 0.006 118 I 0.027 0.017 0.023 0.035 0.058 0.085 0.115 0.113 0.140 0.151 0.115 0.072 0.039 0.011 119 H 0.018 0.030 0.038 0.096 0.151 0.176 0.174 0.156 0.075 0.046 0.020 0.011 0.005 0.004 120 L 0.036 0.026 0.038 0.051 0.081 0.107 0.132 0.132 0.125 0.102 0.096 0.042 0.023 0.009 121 R 0.093 0.106 0.099 0.159 0.175 0.134 0.096 0.069 0.036 0.017 0.009 0.003 0.002 0.001 122 T 0.091 0.089 0.124 0.148 0.170 0.134 0.096 0.059 0.046 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 123 Q 0.128 0.106 0.110 0.148 0.172 0.132 0.093 0.054 0.032 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 124 N 0.399 0.184 0.156 0.100 0.065 0.048 0.024 0.010 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 125 Y 0.217 0.143 0.128 0.147 0.155 0.092 0.060 0.032 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 126 Y 0.188 0.148 0.141 0.151 0.151 0.090 0.063 0.033 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 127 S 0.497 0.189 0.106 0.077 0.049 0.040 0.025 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 128 D 0.494 0.195 0.121 0.071 0.048 0.035 0.022 0.005 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 129 L 0.214 0.146 0.128 0.167 0.153 0.102 0.047 0.024 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 130 R 0.417 0.175 0.166 0.106 0.067 0.033 0.020 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 131 K 0.426 0.183 0.122 0.097 0.070 0.047 0.032 0.010 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 132 N 0.376 0.161 0.145 0.111 0.086 0.052 0.040 0.011 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 133 E 0.472 0.212 0.122 0.065 0.045 0.043 0.023 0.007 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 134 G 0.188 0.123 0.115 0.162 0.149 0.124 0.067 0.035 0.017 0.012 0.003 0.003 0.001 0.001 135 H 0.245 0.134 0.136 0.141 0.138 0.081 0.062 0.029 0.019 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 136 H 0.203 0.103 0.113 0.141 0.142 0.109 0.074 0.053 0.029 0.018 0.008 0.005 0.002 0.001 137 H 0.373 0.148 0.123 0.113 0.095 0.054 0.045 0.021 0.014 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 138 H 0.283 0.141 0.120 0.130 0.116 0.083 0.058 0.031 0.017 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 139 H 0.360 0.148 0.120 0.110 0.095 0.060 0.054 0.022 0.014 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 140 H 0.402 0.166 0.115 0.103 0.078 0.058 0.039 0.017 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001