# TARGET T0634 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0634.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5985 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.005 0.582 0.005 0.037 0.017 0.001 0.001 0.004 0.244 0.091 0.009 0.006 2 S 0.001 0.025 0.819 0.003 0.014 0.006 0.002 0.001 0.017 0.041 0.053 0.002 0.017 3 L 0.001 0.011 0.717 0.005 0.004 0.003 0.004 0.006 0.104 0.101 0.024 0.013 0.006 4 K 0.001 0.001 0.239 0.028 0.001 0.001 0.014 0.064 0.379 0.242 0.015 0.003 0.011 5 K 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.045 0.561 0.379 0.001 0.001 0.001 0.001 6 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.892 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.909 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 8 I 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.020 0.706 0.258 0.001 0.001 0.001 0.002 9 I 0.001 0.005 0.294 0.002 0.001 0.001 0.008 0.099 0.508 0.066 0.013 0.002 0.004 10 D 0.001 0.004 0.597 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.061 0.307 0.020 0.001 0.002 11 Q 0.001 0.006 0.345 0.001 0.016 0.239 0.001 0.001 0.008 0.339 0.045 0.001 0.001 12 Q 0.001 0.001 0.004 0.001 0.030 0.934 0.001 0.001 0.001 0.010 0.021 0.001 0.001 13 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 0.960 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 14 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 15 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 16 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 20 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 21 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 22 F 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.957 0.001 0.001 0.001 0.006 0.027 0.001 0.001 23 L 0.001 0.001 0.021 0.001 0.014 0.874 0.001 0.001 0.001 0.007 0.081 0.001 0.001 24 D 0.001 0.001 0.029 0.001 0.048 0.606 0.001 0.001 0.001 0.035 0.280 0.001 0.001 25 S 0.001 0.001 0.042 0.001 0.034 0.123 0.001 0.001 0.001 0.080 0.719 0.001 0.001 26 E 0.001 0.001 0.090 0.003 0.017 0.006 0.001 0.001 0.003 0.170 0.710 0.001 0.001 27 Y 0.001 0.007 0.663 0.001 0.003 0.006 0.004 0.002 0.162 0.089 0.007 0.007 0.049 28 L 0.001 0.008 0.111 0.012 0.001 0.002 0.009 0.004 0.682 0.021 0.002 0.125 0.022 29 V 0.003 0.006 0.048 0.008 0.001 0.001 0.039 0.020 0.641 0.002 0.001 0.004 0.226 30 I 0.006 0.005 0.046 0.144 0.001 0.001 0.050 0.043 0.321 0.003 0.001 0.370 0.011 31 E 0.007 0.006 0.094 0.017 0.002 0.001 0.064 0.038 0.401 0.014 0.003 0.007 0.346 32 S 0.003 0.009 0.518 0.013 0.016 0.003 0.012 0.005 0.266 0.061 0.009 0.055 0.031 33 K 0.002 0.019 0.269 0.002 0.022 0.015 0.005 0.001 0.037 0.437 0.131 0.021 0.040 34 N 0.001 0.009 0.501 0.001 0.011 0.037 0.001 0.001 0.006 0.272 0.145 0.001 0.018 35 E 0.001 0.001 0.063 0.001 0.009 0.746 0.001 0.001 0.001 0.071 0.108 0.001 0.001 36 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.947 0.001 0.001 0.001 0.011 0.029 0.001 0.001 37 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 38 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 39 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 40 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 41 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 42 I 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.958 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.001 0.001 43 D 0.001 0.001 0.010 0.001 0.014 0.931 0.001 0.001 0.001 0.004 0.040 0.001 0.001 44 H 0.001 0.001 0.022 0.001 0.018 0.737 0.001 0.001 0.001 0.016 0.205 0.001 0.001 45 H 0.001 0.001 0.157 0.001 0.013 0.355 0.001 0.001 0.001 0.138 0.334 0.001 0.001 46 H 0.001 0.004 0.508 0.001 0.012 0.018 0.001 0.001 0.001 0.193 0.261 0.001 0.002 47 P 0.001 0.002 0.752 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.009 0.175 0.050 0.001 0.001 48 D 0.001 0.001 0.149 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 0.779 0.022 0.001 0.001 49 L 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.029 0.315 0.626 0.005 0.001 0.001 0.002 50 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.851 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 51 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.900 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.020 0.713 0.260 0.001 0.001 0.001 0.001 53 D 0.001 0.002 0.196 0.005 0.001 0.001 0.014 0.166 0.567 0.038 0.005 0.002 0.003 54 M 0.001 0.008 0.363 0.008 0.009 0.005 0.005 0.029 0.385 0.137 0.044 0.001 0.007 55 D 0.005 0.054 0.386 0.008 0.041 0.013 0.004 0.007 0.156 0.230 0.065 0.016 0.016 56 I 0.002 0.041 0.507 0.002 0.053 0.009 0.002 0.001 0.037 0.251 0.054 0.023 0.018 57 I 0.001 0.004 0.406 0.001 0.055 0.008 0.001 0.001 0.005 0.233 0.276 0.001 0.010 58 G 0.001 0.012 0.330 0.001 0.048 0.015 0.001 0.001 0.002 0.274 0.315 0.001 0.002 59 E 0.001 0.023 0.289 0.001 0.063 0.075 0.001 0.001 0.001 0.280 0.264 0.002 0.002 60 N 0.001 0.012 0.263 0.001 0.049 0.169 0.001 0.001 0.001 0.221 0.276 0.002 0.007 61 S 0.001 0.005 0.264 0.001 0.029 0.575 0.001 0.001 0.001 0.056 0.060 0.001 0.007 62 P 0.001 0.001 0.016 0.001 0.006 0.959 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.001 0.001 63 N 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 64 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 65 C 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 66 L 0.002 0.001 0.002 0.001 0.007 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.002 67 K 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 68 L 0.002 0.001 0.006 0.001 0.006 0.931 0.001 0.001 0.001 0.006 0.044 0.001 0.004 69 K 0.001 0.002 0.046 0.002 0.024 0.717 0.001 0.001 0.001 0.031 0.168 0.005 0.002 70 R 0.001 0.004 0.062 0.001 0.020 0.564 0.001 0.001 0.001 0.077 0.268 0.001 0.003 71 S 0.001 0.002 0.527 0.001 0.022 0.161 0.001 0.001 0.001 0.173 0.112 0.001 0.002 72 K 0.001 0.001 0.159 0.001 0.085 0.141 0.001 0.001 0.001 0.133 0.481 0.001 0.001 73 G 0.001 0.004 0.101 0.001 0.127 0.077 0.001 0.001 0.001 0.106 0.585 0.001 0.001 74 L 0.001 0.005 0.388 0.001 0.226 0.065 0.001 0.001 0.001 0.226 0.084 0.002 0.003 75 K 0.001 0.005 0.226 0.005 0.176 0.066 0.001 0.001 0.003 0.123 0.391 0.001 0.002 76 N 0.001 0.017 0.316 0.008 0.066 0.009 0.002 0.001 0.025 0.117 0.431 0.001 0.007 77 V 0.001 0.001 0.720 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.079 0.179 0.005 0.004 0.001 78 P 0.001 0.001 0.308 0.007 0.001 0.001 0.004 0.055 0.449 0.165 0.003 0.001 0.005 79 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.755 0.230 0.001 0.001 0.001 0.001 80 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.970 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.941 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 82 L 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.040 0.772 0.173 0.001 0.001 0.001 0.002 83 F 0.002 0.003 0.317 0.002 0.001 0.001 0.021 0.129 0.468 0.039 0.006 0.009 0.005 84 S 0.001 0.003 0.414 0.002 0.004 0.003 0.002 0.009 0.236 0.255 0.055 0.001 0.016 85 S 0.001 0.031 0.375 0.003 0.031 0.015 0.001 0.001 0.021 0.311 0.196 0.008 0.007 86 E 0.001 0.025 0.371 0.001 0.029 0.041 0.001 0.001 0.004 0.373 0.148 0.002 0.006 87 H 0.001 0.009 0.537 0.001 0.016 0.126 0.001 0.001 0.002 0.249 0.058 0.001 0.004 88 K 0.001 0.001 0.037 0.001 0.031 0.877 0.001 0.001 0.001 0.023 0.030 0.001 0.001 89 E 0.001 0.001 0.015 0.001 0.050 0.899 0.001 0.001 0.001 0.013 0.020 0.001 0.001 90 A 0.001 0.001 0.011 0.001 0.034 0.926 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 0.001 0.002 91 I 0.003 0.003 0.010 0.001 0.011 0.944 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.001 0.004 92 V 0.007 0.002 0.018 0.001 0.006 0.924 0.001 0.002 0.002 0.011 0.014 0.006 0.006 93 N 0.008 0.001 0.016 0.006 0.005 0.913 0.001 0.001 0.002 0.012 0.028 0.002 0.005 94 G 0.003 0.001 0.013 0.001 0.007 0.932 0.001 0.003 0.002 0.009 0.024 0.002 0.004 95 L 0.002 0.003 0.016 0.001 0.014 0.908 0.001 0.007 0.003 0.012 0.028 0.002 0.003 96 H 0.002 0.003 0.042 0.001 0.037 0.769 0.002 0.006 0.006 0.022 0.100 0.008 0.003 97 S 0.001 0.001 0.025 0.001 0.027 0.260 0.001 0.004 0.007 0.042 0.628 0.001 0.004 98 G 0.001 0.006 0.065 0.001 0.014 0.031 0.001 0.001 0.007 0.041 0.829 0.001 0.002 99 A 0.001 0.012 0.791 0.001 0.008 0.015 0.001 0.002 0.020 0.110 0.026 0.005 0.009 100 D 0.002 0.008 0.302 0.030 0.021 0.008 0.002 0.004 0.049 0.496 0.055 0.011 0.013 101 D 0.012 0.023 0.176 0.003 0.041 0.015 0.036 0.178 0.309 0.086 0.048 0.032 0.041 102 Y 0.046 0.017 0.131 0.009 0.033 0.038 0.091 0.250 0.212 0.047 0.052 0.016 0.058 103 L 0.037 0.020 0.155 0.002 0.014 0.021 0.088 0.203 0.293 0.036 0.039 0.065 0.026 104 T 0.027 0.021 0.362 0.012 0.012 0.011 0.041 0.025 0.240 0.100 0.055 0.019 0.075 105 K 0.001 0.010 0.609 0.005 0.008 0.005 0.002 0.002 0.079 0.199 0.046 0.023 0.011 106 P 0.001 0.014 0.705 0.006 0.007 0.006 0.001 0.001 0.016 0.141 0.077 0.002 0.026 107 F 0.001 0.058 0.643 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.007 0.233 0.019 0.016 0.009 108 N 0.001 0.024 0.735 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.004 0.172 0.004 0.001 0.024 109 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 110 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 111 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 116 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 119 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 120 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 121 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.001 0.001 122 T 0.001 0.001 0.008 0.001 0.005 0.910 0.001 0.001 0.001 0.007 0.069 0.001 0.001 123 Q 0.001 0.001 0.019 0.001 0.005 0.909 0.001 0.001 0.001 0.021 0.045 0.001 0.001 124 N 0.001 0.001 0.025 0.001 0.006 0.889 0.001 0.001 0.001 0.017 0.060 0.001 0.001 125 Y 0.001 0.001 0.050 0.001 0.009 0.872 0.001 0.001 0.001 0.017 0.050 0.001 0.001 126 Y 0.001 0.001 0.037 0.001 0.014 0.891 0.001 0.001 0.001 0.019 0.036 0.001 0.001 127 S 0.001 0.001 0.029 0.001 0.017 0.888 0.001 0.001 0.001 0.023 0.040 0.001 0.001 128 D 0.001 0.002 0.023 0.001 0.019 0.893 0.001 0.001 0.001 0.019 0.042 0.001 0.001 129 L 0.001 0.002 0.021 0.001 0.018 0.910 0.001 0.001 0.001 0.014 0.030 0.001 0.002 130 R 0.001 0.003 0.032 0.001 0.027 0.862 0.001 0.001 0.002 0.015 0.053 0.001 0.002 131 K 0.001 0.002 0.031 0.001 0.016 0.800 0.001 0.001 0.002 0.038 0.107 0.001 0.002 132 N 0.001 0.005 0.127 0.001 0.014 0.572 0.001 0.001 0.002 0.081 0.195 0.001 0.003 133 E 0.001 0.007 0.151 0.001 0.019 0.288 0.001 0.001 0.001 0.167 0.364 0.001 0.002 134 G 0.001 0.007 0.240 0.001 0.033 0.164 0.001 0.001 0.002 0.169 0.377 0.002 0.004 135 H 0.001 0.017 0.523 0.001 0.061 0.111 0.001 0.001 0.006 0.165 0.091 0.009 0.013 136 H 0.004 0.053 0.384 0.002 0.072 0.131 0.002 0.001 0.011 0.189 0.103 0.018 0.029 137 H 0.008 0.038 0.317 0.004 0.083 0.129 0.002 0.001 0.012 0.193 0.153 0.024 0.036 138 H 0.005 0.028 0.369 0.003 0.049 0.079 0.003 0.001 0.012 0.198 0.199 0.019 0.037 139 H 0.001 0.039 0.643 0.001 0.023 0.044 0.001 0.001 0.012 0.087 0.121 0.007 0.022 140 H 0.001 0.006 0.932 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.002 0.030 0.010 0.001 0.005