# TARGET T0634 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0634.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 104.141 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.153 0.082 0.060 0.077 0.061 0.079 0.117 0.100 0.107 0.089 0.075 2 S 0.292 0.278 0.107 0.170 0.075 0.035 0.024 0.009 0.006 0.003 0.002 3 L 0.071 0.053 0.045 0.103 0.128 0.113 0.154 0.122 0.105 0.066 0.040 4 K 0.045 0.064 0.052 0.155 0.177 0.149 0.185 0.092 0.049 0.022 0.011 5 K 0.004 0.019 0.039 0.181 0.218 0.218 0.172 0.079 0.040 0.020 0.008 6 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.024 0.101 0.196 0.254 0.246 0.160 7 L 0.001 0.003 0.007 0.025 0.038 0.065 0.179 0.206 0.207 0.160 0.110 8 I 0.001 0.002 0.004 0.006 0.009 0.018 0.098 0.139 0.251 0.260 0.211 9 I 0.018 0.039 0.035 0.142 0.152 0.130 0.180 0.127 0.083 0.054 0.039 10 D 0.006 0.048 0.021 0.071 0.106 0.117 0.202 0.161 0.122 0.094 0.051 11 Q 0.052 0.179 0.097 0.252 0.209 0.108 0.066 0.022 0.010 0.004 0.002 12 Q 0.669 0.155 0.056 0.080 0.029 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 13 D 0.389 0.162 0.094 0.170 0.077 0.054 0.036 0.011 0.006 0.002 0.001 14 F 0.005 0.006 0.011 0.023 0.037 0.103 0.236 0.185 0.197 0.127 0.070 15 S 0.009 0.011 0.047 0.040 0.048 0.142 0.304 0.172 0.121 0.069 0.037 16 R 0.007 0.031 0.392 0.300 0.145 0.076 0.031 0.010 0.005 0.002 0.001 17 I 0.010 0.014 0.140 0.061 0.064 0.091 0.168 0.129 0.135 0.111 0.076 18 E 0.002 0.004 0.042 0.033 0.032 0.049 0.149 0.148 0.213 0.190 0.137 19 L 0.001 0.004 0.112 0.062 0.090 0.143 0.258 0.141 0.102 0.060 0.027 20 K 0.005 0.021 0.423 0.206 0.148 0.106 0.057 0.018 0.010 0.004 0.001 21 N 0.007 0.019 0.076 0.069 0.102 0.160 0.288 0.126 0.090 0.044 0.020 22 F 0.003 0.003 0.012 0.009 0.009 0.016 0.066 0.111 0.228 0.279 0.263 23 L 0.012 0.027 0.073 0.141 0.185 0.203 0.204 0.081 0.041 0.020 0.012 24 D 0.077 0.144 0.439 0.186 0.088 0.038 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 25 S 0.058 0.044 0.037 0.099 0.124 0.176 0.232 0.113 0.061 0.038 0.016 26 E 0.476 0.223 0.068 0.135 0.058 0.023 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 27 Y 0.001 0.003 0.003 0.011 0.022 0.052 0.147 0.181 0.246 0.197 0.137 28 L 0.058 0.173 0.153 0.348 0.164 0.065 0.027 0.006 0.003 0.001 0.001 29 V 0.003 0.002 0.003 0.006 0.008 0.015 0.067 0.117 0.245 0.243 0.292 30 I 0.010 0.022 0.036 0.130 0.181 0.211 0.225 0.092 0.055 0.024 0.015 31 E 0.019 0.084 0.049 0.166 0.153 0.136 0.194 0.094 0.062 0.030 0.013 32 S 0.005 0.004 0.009 0.017 0.025 0.047 0.145 0.143 0.217 0.190 0.197 33 K 0.329 0.237 0.129 0.147 0.086 0.037 0.022 0.008 0.004 0.002 0.001 34 N 0.081 0.530 0.076 0.139 0.063 0.044 0.034 0.014 0.009 0.007 0.003 35 E 0.127 0.137 0.063 0.158 0.194 0.164 0.099 0.033 0.016 0.006 0.002 36 K 0.666 0.183 0.060 0.062 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 37 E 0.065 0.114 0.223 0.340 0.159 0.065 0.028 0.005 0.002 0.001 0.001 38 A 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.026 0.138 0.201 0.254 0.231 0.136 39 L 0.001 0.002 0.023 0.058 0.126 0.278 0.297 0.123 0.059 0.025 0.009 40 E 0.003 0.018 0.723 0.169 0.053 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 41 Q 0.001 0.003 0.016 0.031 0.073 0.207 0.380 0.160 0.074 0.038 0.018 42 I 0.001 0.001 0.007 0.003 0.002 0.005 0.035 0.086 0.209 0.324 0.329 43 D 0.016 0.045 0.278 0.242 0.210 0.119 0.067 0.015 0.006 0.002 0.001 44 H 0.057 0.090 0.616 0.145 0.052 0.024 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 45 H 0.091 0.102 0.072 0.135 0.134 0.147 0.193 0.066 0.033 0.018 0.008 46 H 0.053 0.156 0.058 0.208 0.179 0.144 0.124 0.039 0.023 0.010 0.005 47 P 0.002 0.001 0.002 0.006 0.013 0.020 0.075 0.144 0.252 0.252 0.232 48 D 0.004 0.017 0.025 0.117 0.175 0.216 0.249 0.111 0.052 0.022 0.013 49 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.016 0.090 0.208 0.266 0.239 0.171 50 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.043 0.123 0.220 0.277 0.327 51 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.076 0.186 0.299 0.408 52 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.044 0.127 0.260 0.306 0.249 53 D 0.001 0.002 0.002 0.012 0.020 0.044 0.148 0.210 0.226 0.190 0.146 54 M 0.002 0.003 0.005 0.015 0.024 0.040 0.107 0.167 0.223 0.235 0.179 55 D 0.008 0.020 0.012 0.098 0.165 0.165 0.208 0.153 0.100 0.044 0.025 56 I 0.005 0.009 0.005 0.024 0.041 0.061 0.129 0.170 0.219 0.191 0.146 57 I 0.062 0.076 0.036 0.147 0.153 0.135 0.146 0.094 0.077 0.047 0.027 58 G 0.284 0.103 0.029 0.126 0.106 0.101 0.112 0.056 0.042 0.024 0.016 59 E 0.181 0.097 0.039 0.123 0.110 0.102 0.119 0.088 0.068 0.047 0.026 60 N 0.066 0.289 0.053 0.150 0.111 0.091 0.081 0.055 0.047 0.034 0.021 61 S 0.016 0.076 0.015 0.072 0.102 0.143 0.176 0.131 0.117 0.088 0.063 62 P 0.079 0.052 0.014 0.090 0.172 0.191 0.200 0.091 0.061 0.031 0.018 63 N 0.145 0.165 0.072 0.286 0.165 0.085 0.054 0.016 0.008 0.003 0.002 64 L 0.001 0.001 0.001 0.015 0.018 0.029 0.114 0.188 0.245 0.235 0.153 65 C 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.060 0.114 0.199 0.275 0.330 66 L 0.001 0.005 0.138 0.247 0.225 0.174 0.128 0.047 0.024 0.009 0.002 67 K 0.001 0.005 0.037 0.132 0.208 0.269 0.231 0.075 0.027 0.012 0.004 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.046 0.112 0.240 0.338 0.256 69 K 0.002 0.003 0.004 0.038 0.087 0.143 0.316 0.223 0.123 0.047 0.016 70 R 0.015 0.071 0.374 0.238 0.146 0.087 0.042 0.015 0.006 0.003 0.001 71 S 0.032 0.078 0.055 0.137 0.140 0.182 0.212 0.089 0.042 0.024 0.008 72 K 0.694 0.119 0.023 0.048 0.025 0.021 0.026 0.017 0.013 0.009 0.005 73 G 0.560 0.198 0.050 0.087 0.040 0.025 0.020 0.008 0.005 0.003 0.003 74 L 0.039 0.041 0.028 0.068 0.067 0.091 0.166 0.142 0.147 0.116 0.095 75 K 0.119 0.178 0.113 0.260 0.147 0.097 0.056 0.016 0.008 0.004 0.002 76 N 0.081 0.149 0.129 0.243 0.182 0.108 0.065 0.023 0.012 0.005 0.002 77 V 0.001 0.001 0.002 0.011 0.027 0.044 0.138 0.217 0.240 0.201 0.117 78 P 0.001 0.005 0.007 0.051 0.134 0.218 0.285 0.148 0.087 0.041 0.024 79 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.052 0.143 0.248 0.285 0.258 80 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.012 0.076 0.181 0.228 0.264 0.230 81 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.039 0.106 0.235 0.300 0.308 82 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.014 0.066 0.122 0.249 0.290 0.246 83 F 0.001 0.006 0.007 0.035 0.052 0.069 0.174 0.202 0.208 0.159 0.087 84 S 0.003 0.008 0.008 0.033 0.056 0.075 0.182 0.196 0.206 0.146 0.087 85 S 0.076 0.127 0.076 0.227 0.216 0.127 0.099 0.033 0.013 0.004 0.001 86 E 0.394 0.208 0.069 0.144 0.086 0.048 0.029 0.011 0.006 0.003 0.002 87 H 0.082 0.116 0.041 0.109 0.105 0.128 0.149 0.091 0.082 0.060 0.037 88 K 0.327 0.175 0.079 0.150 0.095 0.071 0.058 0.022 0.014 0.006 0.003 89 E 0.426 0.148 0.123 0.157 0.072 0.037 0.023 0.007 0.004 0.002 0.001 90 A 0.105 0.079 0.110 0.139 0.112 0.138 0.146 0.073 0.049 0.029 0.020 91 I 0.016 0.026 0.062 0.129 0.133 0.164 0.190 0.111 0.084 0.054 0.031 92 V 0.011 0.018 0.107 0.060 0.084 0.121 0.194 0.139 0.129 0.083 0.053 93 N 0.028 0.076 0.345 0.271 0.153 0.072 0.035 0.011 0.005 0.002 0.001 94 G 0.065 0.057 0.057 0.091 0.099 0.108 0.161 0.108 0.102 0.089 0.063 95 L 0.012 0.023 0.032 0.063 0.075 0.085 0.143 0.149 0.173 0.134 0.112 96 H 0.137 0.153 0.176 0.164 0.124 0.098 0.081 0.030 0.020 0.009 0.006 97 S 0.081 0.068 0.073 0.115 0.099 0.110 0.156 0.101 0.085 0.066 0.046 98 G 0.282 0.181 0.063 0.121 0.100 0.075 0.076 0.037 0.029 0.020 0.016 99 A 0.028 0.024 0.016 0.032 0.027 0.030 0.069 0.090 0.167 0.210 0.308 100 D 0.054 0.112 0.066 0.170 0.169 0.151 0.117 0.058 0.046 0.032 0.025 101 D 0.063 0.069 0.035 0.100 0.114 0.121 0.184 0.127 0.091 0.056 0.041 102 Y 0.050 0.023 0.017 0.063 0.085 0.118 0.196 0.145 0.127 0.106 0.068 103 L 0.012 0.009 0.010 0.023 0.026 0.038 0.105 0.118 0.205 0.228 0.227 104 T 0.012 0.043 0.028 0.148 0.159 0.126 0.145 0.117 0.107 0.070 0.045 105 K 0.064 0.053 0.028 0.062 0.068 0.097 0.165 0.152 0.138 0.116 0.059 106 P 0.090 0.058 0.043 0.175 0.159 0.144 0.175 0.078 0.049 0.021 0.008 107 F 0.009 0.008 0.004 0.014 0.026 0.038 0.126 0.176 0.231 0.218 0.149 108 N 0.032 0.519 0.098 0.202 0.077 0.034 0.020 0.008 0.005 0.003 0.002 109 R 0.085 0.088 0.046 0.177 0.230 0.202 0.113 0.035 0.015 0.005 0.001 110 N 0.879 0.087 0.017 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 D 0.008 0.043 0.039 0.349 0.261 0.166 0.103 0.023 0.006 0.001 0.001 112 L 0.003 0.002 0.005 0.005 0.006 0.011 0.058 0.136 0.246 0.288 0.240 113 L 0.002 0.006 0.071 0.122 0.197 0.290 0.217 0.059 0.025 0.009 0.003 114 S 0.002 0.019 0.619 0.219 0.081 0.034 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 115 R 0.001 0.002 0.011 0.024 0.046 0.139 0.377 0.192 0.108 0.070 0.030 116 I 0.001 0.001 0.019 0.004 0.003 0.006 0.071 0.162 0.277 0.292 0.163 117 E 0.001 0.007 0.187 0.203 0.246 0.192 0.107 0.035 0.013 0.006 0.002 118 I 0.003 0.020 0.393 0.142 0.117 0.121 0.125 0.043 0.022 0.010 0.003 119 H 0.003 0.008 0.060 0.047 0.054 0.085 0.249 0.179 0.169 0.104 0.043 120 L 0.008 0.007 0.064 0.019 0.016 0.028 0.157 0.169 0.210 0.200 0.122 121 R 0.007 0.027 0.313 0.214 0.200 0.112 0.076 0.030 0.014 0.006 0.002 122 T 0.007 0.031 0.206 0.081 0.076 0.105 0.195 0.118 0.102 0.060 0.021 123 Q 0.028 0.038 0.161 0.204 0.177 0.128 0.141 0.060 0.041 0.017 0.005 124 N 0.193 0.133 0.269 0.124 0.086 0.067 0.072 0.029 0.016 0.007 0.003 125 Y 0.024 0.054 0.131 0.131 0.112 0.136 0.180 0.103 0.069 0.044 0.016 126 Y 0.020 0.049 0.095 0.091 0.103 0.134 0.222 0.129 0.089 0.049 0.018 127 S 0.158 0.143 0.428 0.158 0.066 0.025 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 128 D 0.174 0.140 0.260 0.201 0.112 0.059 0.035 0.011 0.005 0.002 0.001 129 L 0.033 0.027 0.057 0.056 0.058 0.085 0.186 0.154 0.164 0.118 0.061 130 R 0.038 0.055 0.140 0.147 0.142 0.155 0.182 0.077 0.041 0.016 0.006 131 K 0.041 0.089 0.439 0.197 0.115 0.061 0.035 0.013 0.006 0.003 0.001 132 N 0.188 0.184 0.196 0.144 0.097 0.075 0.063 0.025 0.015 0.008 0.004 133 E 0.320 0.152 0.101 0.120 0.088 0.063 0.073 0.037 0.027 0.014 0.006 134 G 0.526 0.177 0.066 0.079 0.054 0.035 0.033 0.014 0.009 0.005 0.002 135 H 0.112 0.156 0.103 0.180 0.133 0.099 0.101 0.054 0.036 0.019 0.008 136 H 0.109 0.098 0.066 0.140 0.136 0.125 0.139 0.081 0.058 0.032 0.015 137 H 0.135 0.132 0.085 0.171 0.133 0.106 0.100 0.063 0.043 0.023 0.011 138 H 0.080 0.065 0.046 0.101 0.106 0.116 0.157 0.131 0.104 0.066 0.029 139 H 0.084 0.071 0.039 0.092 0.101 0.103 0.144 0.131 0.117 0.076 0.043 140 H 0.110 0.100 0.052 0.122 0.113 0.100 0.131 0.102 0.085 0.056 0.030