# TARGET T0634 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0634.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5985 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 S 0.059 0.015 0.002 0.002 0.004 0.012 0.907 3 L 0.080 0.009 0.020 0.006 0.276 0.157 0.452 4 K 0.372 0.005 0.018 0.003 0.220 0.092 0.290 5 K 0.866 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.120 6 I 0.967 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 7 L 0.977 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 8 I 0.866 0.003 0.001 0.001 0.011 0.002 0.116 9 I 0.256 0.009 0.002 0.002 0.160 0.017 0.555 10 D 0.033 0.010 0.002 0.007 0.335 0.026 0.588 11 Q 0.004 0.003 0.013 0.122 0.206 0.077 0.576 12 Q 0.001 0.001 0.038 0.874 0.025 0.058 0.005 13 D 0.001 0.001 0.019 0.946 0.008 0.023 0.004 14 F 0.001 0.001 0.005 0.983 0.002 0.007 0.002 15 S 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.002 16 R 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 20 K 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 21 N 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.011 0.003 22 F 0.003 0.001 0.002 0.969 0.004 0.017 0.005 23 L 0.004 0.001 0.009 0.917 0.006 0.052 0.010 24 D 0.009 0.001 0.023 0.736 0.045 0.146 0.038 25 S 0.001 0.001 0.012 0.139 0.044 0.797 0.008 26 E 0.002 0.001 0.002 0.002 0.029 0.944 0.020 27 Y 0.182 0.003 0.001 0.001 0.040 0.006 0.767 28 L 0.808 0.013 0.001 0.001 0.026 0.001 0.151 29 V 0.939 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.050 30 I 0.955 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.034 31 E 0.891 0.004 0.002 0.001 0.008 0.002 0.092 32 S 0.586 0.006 0.007 0.002 0.049 0.055 0.295 33 K 0.133 0.013 0.010 0.007 0.396 0.232 0.210 34 N 0.030 0.005 0.002 0.005 0.626 0.056 0.276 35 E 0.012 0.009 0.012 0.426 0.204 0.057 0.281 36 K 0.001 0.001 0.012 0.955 0.011 0.014 0.006 37 E 0.001 0.001 0.008 0.979 0.003 0.008 0.002 38 A 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.006 0.002 39 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.004 0.001 40 E 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.006 0.002 41 Q 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.008 0.002 42 I 0.001 0.001 0.004 0.976 0.002 0.014 0.002 43 D 0.001 0.001 0.011 0.921 0.002 0.064 0.002 44 H 0.001 0.001 0.015 0.663 0.013 0.297 0.012 45 H 0.003 0.006 0.012 0.441 0.193 0.229 0.115 46 H 0.016 0.023 0.002 0.015 0.170 0.035 0.740 47 P 0.021 0.001 0.001 0.004 0.074 0.007 0.893 48 D 0.092 0.001 0.001 0.002 0.806 0.004 0.096 49 L 0.981 0.005 0.001 0.003 0.003 0.001 0.007 50 V 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 51 I 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 52 L 0.974 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.018 53 D 0.684 0.002 0.006 0.009 0.072 0.013 0.214 54 M 0.301 0.010 0.031 0.029 0.180 0.087 0.363 55 D 0.113 0.080 0.058 0.039 0.242 0.118 0.350 56 I 0.075 0.041 0.035 0.015 0.324 0.062 0.447 57 I 0.018 0.011 0.071 0.018 0.251 0.424 0.207 58 G 0.010 0.012 0.037 0.010 0.248 0.508 0.175 59 E 0.012 0.016 0.037 0.020 0.269 0.210 0.437 60 N 0.022 0.014 0.013 0.036 0.318 0.152 0.445 61 S 0.010 0.005 0.065 0.700 0.092 0.068 0.059 62 P 0.002 0.001 0.024 0.943 0.011 0.010 0.010 63 N 0.002 0.001 0.014 0.970 0.002 0.007 0.004 64 L 0.003 0.001 0.009 0.974 0.002 0.008 0.004 65 C 0.004 0.001 0.005 0.975 0.002 0.010 0.003 66 L 0.004 0.001 0.008 0.969 0.003 0.012 0.004 67 K 0.004 0.001 0.010 0.949 0.005 0.027 0.004 68 L 0.009 0.003 0.016 0.907 0.013 0.035 0.016 69 K 0.013 0.005 0.046 0.780 0.020 0.105 0.031 70 R 0.010 0.003 0.036 0.583 0.073 0.233 0.062 71 S 0.009 0.004 0.052 0.191 0.128 0.193 0.421 72 K 0.002 0.003 0.131 0.114 0.090 0.574 0.086 73 G 0.004 0.005 0.198 0.053 0.104 0.535 0.102 74 L 0.012 0.016 0.316 0.044 0.142 0.110 0.360 75 K 0.019 0.011 0.150 0.047 0.148 0.427 0.198 76 N 0.046 0.008 0.062 0.029 0.202 0.461 0.192 77 V 0.232 0.008 0.002 0.004 0.272 0.010 0.472 78 P 0.558 0.005 0.001 0.001 0.046 0.003 0.387 79 L 0.962 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.028 80 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 81 L 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 82 L 0.964 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.029 83 F 0.767 0.013 0.004 0.002 0.020 0.003 0.192 84 S 0.474 0.007 0.036 0.011 0.098 0.059 0.315 85 S 0.130 0.010 0.074 0.025 0.214 0.224 0.323 86 E 0.024 0.015 0.057 0.052 0.371 0.161 0.319 87 H 0.025 0.012 0.014 0.151 0.294 0.047 0.457 88 K 0.002 0.001 0.015 0.925 0.020 0.019 0.018 89 E 0.002 0.001 0.006 0.961 0.010 0.011 0.010 90 A 0.001 0.001 0.004 0.975 0.005 0.008 0.007 91 I 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.005 0.003 92 V 0.002 0.001 0.001 0.979 0.002 0.012 0.004 93 N 0.003 0.001 0.002 0.931 0.004 0.056 0.005 94 G 0.005 0.001 0.004 0.886 0.013 0.074 0.017 95 L 0.015 0.006 0.025 0.818 0.030 0.051 0.054 96 H 0.048 0.007 0.083 0.535 0.090 0.160 0.077 97 S 0.024 0.005 0.052 0.174 0.133 0.515 0.098 98 G 0.027 0.026 0.033 0.052 0.104 0.495 0.263 99 A 0.054 0.011 0.028 0.030 0.219 0.084 0.574 100 D 0.085 0.010 0.073 0.042 0.504 0.069 0.216 101 D 0.269 0.050 0.132 0.079 0.064 0.129 0.276 102 Y 0.452 0.012 0.078 0.069 0.028 0.258 0.102 103 L 0.556 0.020 0.035 0.074 0.059 0.171 0.085 104 T 0.399 0.009 0.009 0.017 0.216 0.065 0.286 105 K 0.234 0.010 0.002 0.002 0.280 0.019 0.454 106 P 0.176 0.043 0.002 0.001 0.115 0.014 0.649 107 F 0.058 0.059 0.002 0.002 0.219 0.011 0.650 108 N 0.017 0.008 0.001 0.005 0.173 0.005 0.791 109 R 0.001 0.001 0.028 0.904 0.022 0.029 0.017 110 N 0.001 0.001 0.010 0.974 0.005 0.010 0.002 111 D 0.001 0.001 0.007 0.983 0.002 0.005 0.003 112 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 113 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 114 S 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 115 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 116 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 117 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 118 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 119 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 120 L 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.009 0.001 121 R 0.001 0.001 0.001 0.956 0.003 0.037 0.003 122 T 0.001 0.001 0.002 0.901 0.009 0.076 0.011 123 Q 0.001 0.001 0.005 0.835 0.025 0.095 0.037 124 N 0.002 0.003 0.011 0.733 0.043 0.130 0.080 125 Y 0.002 0.004 0.017 0.655 0.067 0.080 0.174 126 Y 0.003 0.004 0.022 0.730 0.052 0.075 0.115 127 S 0.004 0.001 0.020 0.782 0.036 0.094 0.061 128 D 0.005 0.003 0.028 0.778 0.032 0.080 0.074 129 L 0.010 0.007 0.030 0.726 0.053 0.077 0.097 130 R 0.018 0.008 0.037 0.666 0.051 0.118 0.101 131 K 0.011 0.005 0.035 0.560 0.069 0.236 0.085 132 N 0.009 0.005 0.027 0.318 0.106 0.379 0.157 133 E 0.008 0.004 0.042 0.212 0.134 0.395 0.205 134 G 0.017 0.006 0.084 0.146 0.189 0.341 0.216 135 H 0.067 0.028 0.102 0.149 0.172 0.138 0.344 136 H 0.115 0.041 0.076 0.128 0.140 0.083 0.417 137 H 0.180 0.031 0.062 0.119 0.121 0.110 0.378 138 H 0.207 0.032 0.051 0.093 0.127 0.134 0.355 139 H 0.114 0.040 0.021 0.052 0.063 0.098 0.611 140 H 0.007 0.004 0.004 0.011 0.024 0.007 0.944