# TARGET T0634 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0634.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5985 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.792 0.161 0.038 0.008 0.001 0.001 0.001 2 S 0.771 0.191 0.031 0.007 0.001 0.001 0.001 3 L 0.360 0.309 0.177 0.107 0.039 0.007 0.001 4 K 0.128 0.226 0.234 0.240 0.130 0.038 0.003 5 K 0.027 0.054 0.127 0.259 0.310 0.192 0.032 6 I 0.015 0.022 0.047 0.114 0.262 0.417 0.124 7 L 0.031 0.052 0.087 0.154 0.266 0.364 0.046 8 I 0.021 0.045 0.110 0.252 0.306 0.241 0.024 9 I 0.092 0.249 0.252 0.219 0.135 0.048 0.005 10 D 0.167 0.323 0.240 0.193 0.067 0.010 0.001 11 Q 0.168 0.289 0.267 0.195 0.069 0.012 0.001 12 Q 0.600 0.300 0.079 0.019 0.003 0.001 0.001 13 D 0.324 0.410 0.198 0.056 0.011 0.001 0.001 14 F 0.011 0.039 0.100 0.273 0.411 0.160 0.005 15 S 0.012 0.095 0.236 0.335 0.253 0.068 0.002 16 R 0.087 0.505 0.312 0.081 0.013 0.002 0.001 17 I 0.009 0.068 0.230 0.398 0.244 0.049 0.002 18 E 0.002 0.004 0.010 0.056 0.311 0.568 0.049 19 L 0.010 0.092 0.276 0.412 0.175 0.033 0.002 20 K 0.113 0.517 0.259 0.082 0.025 0.005 0.001 21 N 0.009 0.070 0.228 0.401 0.230 0.060 0.002 22 F 0.006 0.024 0.082 0.314 0.435 0.136 0.003 23 L 0.285 0.467 0.184 0.055 0.009 0.001 0.001 24 D 0.536 0.345 0.085 0.028 0.005 0.001 0.001 25 S 0.258 0.383 0.255 0.089 0.013 0.001 0.001 26 E 0.393 0.433 0.131 0.035 0.008 0.001 0.001 27 Y 0.020 0.067 0.172 0.416 0.280 0.044 0.001 28 L 0.074 0.267 0.315 0.232 0.092 0.020 0.001 29 V 0.008 0.019 0.053 0.181 0.388 0.324 0.025 30 I 0.033 0.105 0.164 0.262 0.279 0.144 0.012 31 E 0.060 0.192 0.261 0.265 0.155 0.062 0.005 32 S 0.023 0.074 0.141 0.279 0.315 0.156 0.011 33 K 0.197 0.347 0.226 0.134 0.067 0.027 0.003 34 N 0.119 0.362 0.278 0.175 0.054 0.011 0.001 35 E 0.026 0.096 0.186 0.272 0.285 0.125 0.010 36 K 0.261 0.431 0.224 0.067 0.015 0.003 0.001 37 E 0.078 0.417 0.352 0.123 0.025 0.004 0.001 38 A 0.004 0.012 0.033 0.144 0.464 0.331 0.014 39 L 0.003 0.035 0.147 0.391 0.337 0.084 0.003 40 E 0.088 0.599 0.239 0.061 0.011 0.002 0.001 41 Q 0.008 0.075 0.312 0.444 0.144 0.017 0.001 42 I 0.003 0.009 0.023 0.142 0.506 0.308 0.009 43 D 0.123 0.371 0.325 0.150 0.028 0.003 0.001 44 H 0.483 0.414 0.081 0.018 0.003 0.001 0.001 45 H 0.034 0.226 0.369 0.278 0.083 0.011 0.001 46 H 0.042 0.306 0.327 0.224 0.087 0.014 0.001 47 P 0.002 0.010 0.042 0.170 0.413 0.341 0.022 48 D 0.001 0.007 0.033 0.174 0.409 0.324 0.053 49 L 0.001 0.001 0.002 0.008 0.065 0.443 0.482 50 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.187 0.793 51 I 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 0.157 0.815 52 L 0.001 0.001 0.002 0.007 0.026 0.165 0.798 53 D 0.001 0.003 0.007 0.025 0.079 0.306 0.579 54 M 0.001 0.003 0.008 0.035 0.127 0.413 0.412 55 D 0.007 0.036 0.076 0.155 0.284 0.307 0.134 56 I 0.020 0.043 0.085 0.149 0.246 0.327 0.131 57 I 0.084 0.140 0.139 0.197 0.200 0.185 0.055 58 G 0.127 0.193 0.225 0.225 0.138 0.076 0.016 59 E 0.101 0.192 0.224 0.215 0.168 0.084 0.017 60 N 0.061 0.167 0.230 0.268 0.187 0.072 0.014 61 S 0.016 0.037 0.062 0.131 0.261 0.378 0.113 62 P 0.021 0.076 0.155 0.267 0.267 0.173 0.041 63 N 0.028 0.156 0.268 0.283 0.177 0.079 0.009 64 L 0.003 0.008 0.025 0.098 0.323 0.478 0.065 65 C 0.002 0.005 0.013 0.070 0.267 0.534 0.109 66 L 0.018 0.148 0.289 0.319 0.161 0.058 0.008 67 K 0.028 0.157 0.348 0.319 0.122 0.024 0.001 68 L 0.004 0.022 0.055 0.218 0.467 0.226 0.008 69 K 0.041 0.159 0.303 0.323 0.148 0.026 0.001 70 R 0.487 0.363 0.107 0.036 0.007 0.001 0.001 71 S 0.463 0.358 0.129 0.041 0.008 0.001 0.001 72 K 0.604 0.274 0.089 0.028 0.005 0.001 0.001 73 G 0.518 0.290 0.123 0.052 0.015 0.002 0.001 74 L 0.171 0.207 0.228 0.256 0.121 0.016 0.001 75 K 0.204 0.303 0.231 0.169 0.078 0.014 0.001 76 N 0.066 0.228 0.265 0.264 0.136 0.038 0.002 77 V 0.005 0.017 0.048 0.177 0.343 0.360 0.050 78 P 0.003 0.017 0.053 0.173 0.322 0.348 0.083 79 L 0.001 0.003 0.011 0.038 0.139 0.454 0.353 80 I 0.001 0.001 0.005 0.017 0.063 0.387 0.526 81 L 0.001 0.002 0.009 0.035 0.103 0.406 0.445 82 L 0.001 0.003 0.008 0.025 0.104 0.448 0.410 83 F 0.006 0.027 0.075 0.185 0.291 0.322 0.094 84 S 0.016 0.054 0.115 0.237 0.334 0.213 0.031 85 S 0.097 0.217 0.244 0.242 0.140 0.054 0.006 86 E 0.400 0.288 0.164 0.097 0.040 0.011 0.001 87 H 0.477 0.287 0.137 0.066 0.025 0.007 0.001 88 K 0.435 0.258 0.153 0.099 0.042 0.011 0.001 89 E 0.438 0.271 0.160 0.090 0.034 0.007 0.001 90 A 0.425 0.297 0.152 0.080 0.036 0.009 0.001 91 I 0.206 0.252 0.234 0.206 0.083 0.018 0.001 92 V 0.213 0.167 0.169 0.212 0.170 0.064 0.004 93 N 0.267 0.309 0.228 0.135 0.048 0.011 0.001 94 G 0.301 0.210 0.157 0.156 0.117 0.053 0.005 95 L 0.127 0.121 0.148 0.231 0.223 0.133 0.019 96 H 0.198 0.248 0.209 0.177 0.108 0.053 0.009 97 S 0.151 0.189 0.201 0.198 0.166 0.079 0.015 98 G 0.156 0.197 0.184 0.190 0.144 0.103 0.026 99 A 0.104 0.081 0.090 0.177 0.250 0.230 0.068 100 D 0.147 0.168 0.191 0.201 0.166 0.103 0.024 101 D 0.108 0.130 0.142 0.176 0.192 0.187 0.065 102 Y 0.054 0.060 0.093 0.196 0.249 0.232 0.115 103 L 0.059 0.066 0.087 0.152 0.242 0.271 0.123 104 T 0.175 0.148 0.150 0.175 0.148 0.138 0.066 105 K 0.099 0.125 0.136 0.190 0.177 0.190 0.082 106 P 0.161 0.126 0.113 0.145 0.185 0.212 0.057 107 F 0.125 0.140 0.149 0.195 0.225 0.145 0.021 108 N 0.235 0.325 0.219 0.160 0.049 0.010 0.001 109 R 0.196 0.295 0.248 0.165 0.073 0.021 0.003 110 N 0.624 0.285 0.071 0.016 0.004 0.001 0.001 111 D 0.115 0.268 0.296 0.215 0.084 0.020 0.003 112 L 0.012 0.027 0.069 0.195 0.391 0.289 0.015 113 L 0.017 0.145 0.291 0.321 0.180 0.043 0.002 114 S 0.102 0.357 0.292 0.162 0.063 0.022 0.001 115 R 0.010 0.034 0.124 0.317 0.344 0.157 0.014 116 I 0.008 0.011 0.022 0.099 0.329 0.468 0.062 117 E 0.038 0.205 0.330 0.291 0.111 0.023 0.002 118 I 0.078 0.274 0.278 0.215 0.112 0.039 0.003 119 H 0.016 0.037 0.084 0.217 0.330 0.289 0.028 120 L 0.039 0.078 0.130 0.255 0.306 0.180 0.012 121 R 0.173 0.333 0.257 0.162 0.061 0.013 0.001 122 T 0.228 0.251 0.196 0.172 0.117 0.035 0.002 123 Q 0.295 0.290 0.220 0.139 0.047 0.009 0.001 124 N 0.570 0.290 0.099 0.033 0.007 0.001 0.001 125 Y 0.591 0.249 0.101 0.047 0.011 0.001 0.001 126 Y 0.589 0.220 0.110 0.061 0.019 0.002 0.001 127 S 0.750 0.186 0.047 0.014 0.002 0.001 0.001 128 D 0.811 0.148 0.031 0.008 0.002 0.001 0.001 129 L 0.631 0.216 0.092 0.046 0.014 0.002 0.001 130 R 0.686 0.202 0.079 0.027 0.006 0.001 0.001 131 K 0.829 0.140 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 132 N 0.850 0.117 0.025 0.007 0.001 0.001 0.001 133 E 0.707 0.182 0.069 0.033 0.008 0.001 0.001 134 G 0.671 0.205 0.078 0.034 0.011 0.001 0.001 135 H 0.567 0.268 0.106 0.044 0.013 0.002 0.001 136 H 0.386 0.269 0.171 0.108 0.048 0.016 0.001 137 H 0.389 0.289 0.180 0.097 0.036 0.009 0.001 138 H 0.545 0.266 0.118 0.050 0.016 0.004 0.001 139 H 0.594 0.227 0.101 0.059 0.016 0.003 0.001 140 H 0.630 0.201 0.087 0.060 0.019 0.002 0.001