# TARGET T0634 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0634.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.1379 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.103 0.013 0.024 0.026 0.260 0.573 2 S 0.157 0.020 0.028 0.017 0.249 0.527 3 L 0.158 0.013 0.063 0.016 0.323 0.428 4 K 0.339 0.004 0.031 0.007 0.251 0.367 5 K 0.841 0.003 0.004 0.002 0.057 0.093 6 I 0.977 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 7 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 8 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 9 I 0.959 0.001 0.001 0.002 0.008 0.030 10 D 0.663 0.003 0.002 0.004 0.110 0.218 11 Q 0.109 0.007 0.029 0.021 0.427 0.406 12 Q 0.029 0.011 0.109 0.079 0.516 0.256 13 D 0.014 0.008 0.200 0.201 0.392 0.185 14 F 0.005 0.003 0.119 0.740 0.095 0.038 15 S 0.017 0.003 0.058 0.774 0.089 0.058 16 R 0.018 0.003 0.030 0.861 0.058 0.030 17 I 0.033 0.003 0.023 0.859 0.051 0.030 18 E 0.030 0.004 0.017 0.902 0.027 0.020 19 L 0.020 0.001 0.019 0.931 0.018 0.011 20 K 0.016 0.001 0.022 0.918 0.022 0.021 21 N 0.019 0.002 0.029 0.833 0.049 0.067 22 F 0.041 0.010 0.073 0.602 0.159 0.115 23 L 0.059 0.007 0.096 0.508 0.165 0.164 24 D 0.054 0.008 0.154 0.320 0.359 0.105 25 S 0.046 0.004 0.111 0.193 0.482 0.165 26 E 0.069 0.003 0.024 0.042 0.430 0.432 27 Y 0.512 0.014 0.006 0.017 0.187 0.263 28 L 0.809 0.004 0.002 0.011 0.036 0.139 29 V 0.943 0.003 0.002 0.010 0.012 0.031 30 I 0.959 0.001 0.001 0.009 0.008 0.021 31 E 0.921 0.003 0.002 0.014 0.023 0.037 32 S 0.690 0.008 0.006 0.018 0.158 0.119 33 K 0.243 0.012 0.012 0.023 0.394 0.316 34 N 0.057 0.006 0.009 0.042 0.378 0.508 35 E 0.016 0.003 0.021 0.791 0.104 0.065 36 K 0.025 0.003 0.017 0.879 0.041 0.035 37 E 0.014 0.002 0.013 0.928 0.031 0.012 38 A 0.007 0.001 0.009 0.965 0.010 0.008 39 L 0.005 0.001 0.009 0.973 0.006 0.005 40 E 0.004 0.001 0.011 0.969 0.009 0.008 41 Q 0.002 0.001 0.008 0.968 0.009 0.012 42 I 0.002 0.002 0.011 0.943 0.021 0.022 43 D 0.003 0.002 0.026 0.761 0.130 0.079 44 H 0.003 0.002 0.026 0.651 0.173 0.145 45 H 0.004 0.005 0.022 0.449 0.258 0.261 46 H 0.006 0.006 0.008 0.030 0.399 0.551 47 P 0.007 0.003 0.010 0.011 0.486 0.482 48 D 0.091 0.006 0.013 0.005 0.436 0.449 49 L 0.867 0.012 0.006 0.007 0.042 0.067 50 V 0.985 0.002 0.001 0.004 0.003 0.006 51 I 0.991 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 52 L 0.966 0.001 0.002 0.014 0.005 0.012 53 D 0.750 0.004 0.017 0.067 0.043 0.120 54 M 0.299 0.005 0.181 0.142 0.162 0.211 55 D 0.095 0.005 0.397 0.131 0.176 0.197 56 I 0.033 0.011 0.367 0.341 0.160 0.088 57 I 0.019 0.015 0.168 0.437 0.214 0.147 58 G 0.008 0.007 0.036 0.125 0.440 0.383 59 E 0.009 0.015 0.014 0.081 0.474 0.407 60 N 0.008 0.015 0.006 0.060 0.288 0.623 61 S 0.007 0.007 0.015 0.337 0.247 0.387 62 P 0.002 0.001 0.018 0.923 0.030 0.026 63 N 0.004 0.001 0.013 0.961 0.013 0.009 64 L 0.011 0.001 0.018 0.948 0.015 0.008 65 C 0.012 0.001 0.007 0.964 0.008 0.008 66 L 0.008 0.001 0.008 0.971 0.008 0.005 67 K 0.008 0.001 0.010 0.968 0.008 0.006 68 L 0.005 0.001 0.013 0.958 0.014 0.009 69 K 0.004 0.002 0.010 0.952 0.017 0.015 70 R 0.003 0.002 0.012 0.919 0.030 0.035 71 S 0.002 0.004 0.019 0.745 0.122 0.108 72 K 0.002 0.003 0.061 0.376 0.281 0.278 73 G 0.007 0.009 0.080 0.055 0.471 0.378 74 L 0.017 0.018 0.121 0.039 0.664 0.140 75 K 0.023 0.012 0.070 0.036 0.610 0.250 76 N 0.041 0.018 0.029 0.023 0.534 0.354 77 V 0.108 0.007 0.004 0.003 0.519 0.359 78 P 0.275 0.005 0.005 0.002 0.184 0.529 79 L 0.944 0.012 0.001 0.002 0.012 0.030 80 I 0.987 0.002 0.001 0.001 0.003 0.006 81 L 0.985 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 82 L 0.896 0.004 0.001 0.003 0.023 0.073 83 F 0.434 0.005 0.007 0.005 0.160 0.388 84 S 0.118 0.004 0.013 0.003 0.243 0.619 85 S 0.082 0.012 0.123 0.010 0.397 0.377 86 E 0.099 0.028 0.142 0.027 0.413 0.291 87 H 0.055 0.018 0.206 0.042 0.489 0.191 88 K 0.081 0.009 0.166 0.063 0.520 0.161 89 E 0.216 0.009 0.118 0.088 0.368 0.202 90 A 0.362 0.017 0.051 0.062 0.247 0.261 91 I 0.559 0.016 0.009 0.031 0.112 0.272 92 V 0.581 0.017 0.007 0.072 0.076 0.246 93 N 0.497 0.012 0.008 0.105 0.116 0.262 94 G 0.577 0.006 0.008 0.092 0.103 0.214 95 L 0.605 0.011 0.013 0.128 0.089 0.153 96 H 0.589 0.015 0.011 0.068 0.145 0.172 97 S 0.449 0.017 0.015 0.078 0.213 0.228 98 G 0.219 0.016 0.013 0.014 0.394 0.344 99 A 0.116 0.013 0.020 0.011 0.550 0.291 100 D 0.173 0.014 0.026 0.006 0.462 0.318 101 D 0.478 0.020 0.043 0.014 0.294 0.151 102 Y 0.644 0.019 0.030 0.022 0.145 0.141 103 L 0.746 0.017 0.020 0.017 0.068 0.132 104 T 0.569 0.039 0.018 0.020 0.086 0.267 105 K 0.195 0.023 0.013 0.013 0.254 0.502 106 P 0.058 0.012 0.013 0.007 0.348 0.562 107 F 0.038 0.024 0.009 0.007 0.365 0.557 108 N 0.023 0.014 0.005 0.021 0.300 0.637 109 R 0.001 0.001 0.054 0.882 0.040 0.021 110 N 0.001 0.001 0.046 0.933 0.015 0.004 111 D 0.002 0.001 0.057 0.925 0.013 0.002 112 L 0.013 0.002 0.022 0.940 0.014 0.009 113 L 0.017 0.001 0.017 0.949 0.010 0.006 114 S 0.032 0.001 0.015 0.924 0.016 0.013 115 R 0.050 0.001 0.009 0.898 0.019 0.023 116 I 0.050 0.001 0.003 0.920 0.013 0.013 117 E 0.126 0.001 0.003 0.819 0.028 0.022 118 I 0.166 0.001 0.003 0.794 0.019 0.016 119 H 0.255 0.002 0.005 0.685 0.021 0.032 120 L 0.309 0.005 0.009 0.550 0.047 0.080 121 R 0.345 0.009 0.009 0.375 0.087 0.175 122 T 0.214 0.008 0.013 0.150 0.144 0.470 123 Q 0.089 0.011 0.026 0.175 0.217 0.482 124 N 0.092 0.012 0.037 0.119 0.305 0.436 125 Y 0.108 0.015 0.062 0.195 0.324 0.296 126 Y 0.119 0.017 0.077 0.260 0.269 0.259 127 S 0.100 0.011 0.087 0.265 0.267 0.269 128 D 0.099 0.012 0.118 0.224 0.285 0.262 129 L 0.103 0.024 0.099 0.212 0.289 0.272 130 R 0.114 0.017 0.071 0.147 0.353 0.299 131 K 0.136 0.020 0.085 0.128 0.343 0.287 132 N 0.150 0.018 0.046 0.079 0.349 0.358 133 E 0.111 0.010 0.041 0.044 0.361 0.433 134 G 0.097 0.007 0.009 0.005 0.195 0.686 135 H 0.269 0.043 0.012 0.011 0.139 0.526 136 H 0.245 0.050 0.015 0.010 0.167 0.513 137 H 0.135 0.026 0.013 0.008 0.273 0.545 138 H 0.069 0.012 0.030 0.016 0.310 0.563 139 H 0.060 0.019 0.012 0.016 0.212 0.680 140 H 0.033 0.009 0.003 0.008 0.117 0.831