# TARGET T0634 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0634.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.1379 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.213 0.095 0.067 0.086 0.064 0.080 0.104 0.080 0.084 0.067 0.060 2 S 0.193 0.201 0.090 0.176 0.100 0.075 0.075 0.035 0.026 0.017 0.011 3 L 0.082 0.062 0.055 0.122 0.126 0.096 0.128 0.107 0.098 0.070 0.056 4 K 0.053 0.087 0.094 0.202 0.194 0.129 0.130 0.063 0.032 0.012 0.005 5 K 0.004 0.022 0.043 0.177 0.244 0.230 0.170 0.066 0.029 0.012 0.005 6 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.064 0.165 0.250 0.276 0.224 7 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 0.044 0.172 0.243 0.241 0.170 0.106 8 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.009 0.058 0.115 0.234 0.283 0.291 9 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.012 0.061 0.128 0.225 0.291 0.275 10 D 0.017 0.061 0.027 0.147 0.179 0.148 0.184 0.115 0.065 0.036 0.022 11 Q 0.003 0.018 0.011 0.060 0.094 0.106 0.209 0.189 0.155 0.102 0.052 12 Q 0.356 0.172 0.063 0.184 0.128 0.053 0.027 0.010 0.005 0.002 0.001 13 D 0.431 0.245 0.056 0.147 0.066 0.031 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 14 F 0.026 0.029 0.016 0.058 0.076 0.116 0.176 0.150 0.166 0.119 0.069 15 S 0.095 0.071 0.034 0.079 0.082 0.149 0.199 0.107 0.093 0.053 0.037 16 R 0.148 0.183 0.198 0.273 0.109 0.051 0.025 0.007 0.004 0.002 0.001 17 I 0.029 0.022 0.043 0.050 0.052 0.079 0.147 0.145 0.168 0.153 0.114 18 E 0.021 0.028 0.061 0.104 0.098 0.115 0.182 0.123 0.122 0.086 0.061 19 L 0.010 0.017 0.088 0.118 0.122 0.151 0.202 0.115 0.091 0.056 0.031 20 K 0.027 0.054 0.323 0.200 0.141 0.118 0.076 0.029 0.018 0.009 0.004 21 N 0.017 0.035 0.079 0.119 0.133 0.151 0.212 0.109 0.082 0.044 0.020 22 F 0.006 0.006 0.016 0.014 0.015 0.021 0.072 0.111 0.224 0.264 0.252 23 L 0.018 0.049 0.123 0.210 0.215 0.174 0.127 0.045 0.023 0.010 0.005 24 D 0.072 0.140 0.265 0.209 0.140 0.084 0.054 0.019 0.010 0.004 0.002 25 S 0.073 0.048 0.034 0.084 0.099 0.143 0.215 0.133 0.084 0.059 0.028 26 E 0.449 0.198 0.068 0.144 0.072 0.034 0.021 0.007 0.004 0.002 0.001 27 Y 0.002 0.005 0.005 0.014 0.023 0.046 0.127 0.162 0.241 0.215 0.160 28 L 0.083 0.193 0.160 0.308 0.137 0.063 0.033 0.011 0.007 0.003 0.002 29 V 0.014 0.011 0.013 0.028 0.037 0.056 0.150 0.162 0.217 0.170 0.142 30 I 0.018 0.027 0.040 0.112 0.143 0.175 0.214 0.112 0.085 0.046 0.028 31 E 0.026 0.073 0.066 0.175 0.169 0.147 0.177 0.081 0.053 0.025 0.010 32 S 0.017 0.016 0.029 0.043 0.050 0.073 0.181 0.151 0.182 0.142 0.115 33 K 0.203 0.179 0.145 0.160 0.128 0.077 0.059 0.024 0.013 0.007 0.003 34 N 0.108 0.534 0.095 0.124 0.052 0.034 0.025 0.011 0.008 0.006 0.003 35 E 0.127 0.142 0.062 0.165 0.195 0.153 0.095 0.033 0.017 0.006 0.003 36 K 0.677 0.169 0.062 0.060 0.021 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 37 E 0.085 0.141 0.214 0.322 0.148 0.058 0.025 0.005 0.002 0.001 0.001 38 A 0.003 0.002 0.003 0.005 0.009 0.032 0.145 0.205 0.250 0.218 0.129 39 L 0.002 0.004 0.030 0.082 0.152 0.267 0.268 0.109 0.055 0.023 0.008 40 E 0.007 0.026 0.778 0.127 0.036 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 41 Q 0.002 0.006 0.031 0.050 0.091 0.214 0.342 0.139 0.070 0.037 0.017 42 I 0.001 0.001 0.009 0.005 0.005 0.011 0.067 0.124 0.227 0.292 0.257 43 D 0.030 0.077 0.308 0.229 0.168 0.101 0.061 0.016 0.007 0.003 0.001 44 H 0.105 0.115 0.530 0.138 0.056 0.030 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 45 H 0.141 0.122 0.077 0.134 0.124 0.127 0.152 0.056 0.033 0.020 0.012 46 H 0.062 0.146 0.057 0.176 0.161 0.137 0.138 0.056 0.038 0.019 0.011 47 P 0.013 0.013 0.015 0.038 0.072 0.091 0.178 0.176 0.185 0.130 0.087 48 D 0.010 0.031 0.038 0.140 0.186 0.198 0.217 0.097 0.048 0.022 0.014 49 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.018 0.093 0.206 0.258 0.240 0.173 50 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.061 0.148 0.238 0.259 0.278 51 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.031 0.090 0.198 0.299 0.373 52 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.042 0.123 0.253 0.311 0.260 53 D 0.001 0.001 0.002 0.010 0.015 0.034 0.127 0.192 0.231 0.214 0.174 54 M 0.001 0.002 0.004 0.011 0.018 0.034 0.099 0.160 0.228 0.250 0.193 55 D 0.005 0.015 0.010 0.075 0.134 0.141 0.210 0.180 0.129 0.064 0.037 56 I 0.004 0.008 0.005 0.023 0.040 0.059 0.131 0.170 0.218 0.193 0.148 57 I 0.033 0.052 0.028 0.138 0.166 0.154 0.169 0.105 0.080 0.047 0.027 58 G 0.244 0.116 0.033 0.151 0.127 0.109 0.106 0.050 0.034 0.019 0.011 59 E 0.220 0.108 0.045 0.133 0.111 0.099 0.108 0.071 0.051 0.035 0.018 60 N 0.127 0.364 0.063 0.153 0.096 0.068 0.054 0.029 0.023 0.015 0.009 61 S 0.026 0.105 0.022 0.090 0.111 0.146 0.169 0.115 0.098 0.069 0.050 62 P 0.104 0.079 0.021 0.116 0.184 0.175 0.170 0.071 0.045 0.022 0.013 63 N 0.167 0.181 0.083 0.284 0.150 0.075 0.042 0.011 0.005 0.002 0.001 64 L 0.001 0.002 0.002 0.019 0.024 0.038 0.140 0.203 0.237 0.211 0.124 65 C 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.021 0.084 0.142 0.211 0.258 0.271 66 L 0.001 0.008 0.156 0.262 0.220 0.163 0.114 0.043 0.022 0.009 0.002 67 K 0.001 0.008 0.054 0.152 0.212 0.250 0.211 0.070 0.027 0.012 0.004 68 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.057 0.125 0.248 0.321 0.237 69 K 0.004 0.006 0.011 0.059 0.108 0.153 0.309 0.187 0.105 0.043 0.016 70 R 0.020 0.078 0.375 0.239 0.143 0.080 0.041 0.014 0.007 0.003 0.001 71 S 0.042 0.081 0.075 0.141 0.143 0.172 0.190 0.082 0.041 0.024 0.009 72 K 0.534 0.162 0.038 0.066 0.038 0.034 0.048 0.032 0.025 0.016 0.009 73 G 0.547 0.193 0.059 0.083 0.044 0.029 0.023 0.010 0.006 0.004 0.003 74 L 0.057 0.079 0.047 0.103 0.100 0.114 0.174 0.116 0.098 0.068 0.045 75 K 0.195 0.183 0.113 0.212 0.132 0.076 0.049 0.019 0.012 0.006 0.004 76 N 0.219 0.177 0.109 0.203 0.136 0.071 0.047 0.020 0.010 0.005 0.003 77 V 0.001 0.005 0.005 0.025 0.063 0.118 0.239 0.230 0.169 0.101 0.046 78 P 0.003 0.010 0.009 0.041 0.083 0.143 0.213 0.173 0.146 0.102 0.078 79 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.015 0.072 0.142 0.225 0.266 0.267 80 I 0.001 0.001 0.002 0.007 0.010 0.023 0.090 0.169 0.241 0.248 0.207 81 L 0.002 0.005 0.004 0.014 0.013 0.018 0.066 0.134 0.236 0.252 0.257 82 L 0.005 0.005 0.005 0.023 0.030 0.054 0.126 0.166 0.206 0.208 0.172 83 F 0.008 0.019 0.022 0.071 0.106 0.134 0.208 0.159 0.137 0.091 0.045 84 S 0.017 0.041 0.027 0.106 0.116 0.101 0.168 0.149 0.136 0.086 0.052 85 S 0.017 0.013 0.011 0.025 0.031 0.046 0.105 0.129 0.190 0.212 0.221 86 E 0.094 0.183 0.087 0.225 0.171 0.098 0.081 0.031 0.017 0.009 0.005 87 H 0.252 0.162 0.070 0.160 0.112 0.090 0.068 0.036 0.025 0.015 0.008 88 K 0.329 0.151 0.071 0.147 0.099 0.071 0.057 0.027 0.022 0.015 0.011 89 E 0.309 0.133 0.070 0.149 0.093 0.068 0.080 0.041 0.029 0.017 0.012 90 A 0.189 0.108 0.051 0.111 0.099 0.111 0.121 0.080 0.062 0.041 0.028 91 I 0.055 0.110 0.077 0.237 0.191 0.135 0.097 0.043 0.028 0.016 0.010 92 V 0.016 0.010 0.014 0.021 0.025 0.036 0.084 0.120 0.202 0.209 0.263 93 N 0.047 0.097 0.109 0.247 0.208 0.130 0.098 0.035 0.019 0.007 0.004 94 G 0.111 0.125 0.056 0.159 0.130 0.118 0.120 0.072 0.054 0.036 0.021 95 L 0.011 0.014 0.011 0.030 0.036 0.044 0.087 0.135 0.205 0.202 0.225 96 H 0.148 0.164 0.098 0.169 0.126 0.100 0.093 0.043 0.031 0.016 0.013 97 S 0.084 0.078 0.041 0.126 0.116 0.121 0.157 0.103 0.080 0.056 0.037 98 G 0.220 0.157 0.047 0.133 0.121 0.099 0.092 0.049 0.037 0.025 0.022 99 A 0.040 0.032 0.021 0.047 0.040 0.040 0.081 0.099 0.163 0.191 0.246 100 D 0.040 0.092 0.046 0.153 0.162 0.149 0.133 0.076 0.065 0.047 0.037 101 D 0.084 0.088 0.037 0.112 0.119 0.114 0.158 0.109 0.082 0.054 0.042 102 Y 0.080 0.033 0.023 0.082 0.106 0.132 0.195 0.126 0.100 0.079 0.045 103 L 0.014 0.011 0.011 0.029 0.033 0.048 0.126 0.131 0.208 0.208 0.181 104 T 0.016 0.060 0.036 0.192 0.172 0.126 0.125 0.097 0.083 0.057 0.036 105 K 0.080 0.060 0.026 0.058 0.064 0.089 0.151 0.148 0.143 0.120 0.062 106 P 0.106 0.074 0.047 0.206 0.172 0.142 0.140 0.059 0.033 0.014 0.006 107 F 0.017 0.013 0.006 0.018 0.027 0.037 0.113 0.155 0.223 0.223 0.168 108 N 0.060 0.382 0.102 0.259 0.109 0.043 0.024 0.010 0.006 0.003 0.002 109 R 0.214 0.154 0.048 0.158 0.164 0.130 0.082 0.029 0.014 0.005 0.002 110 N 0.657 0.164 0.051 0.068 0.031 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 111 D 0.033 0.083 0.058 0.303 0.231 0.149 0.101 0.027 0.010 0.003 0.001 112 L 0.023 0.013 0.015 0.027 0.023 0.029 0.099 0.167 0.229 0.221 0.155 113 L 0.011 0.021 0.064 0.143 0.206 0.234 0.179 0.074 0.043 0.019 0.007 114 S 0.012 0.032 0.378 0.170 0.096 0.077 0.100 0.055 0.041 0.025 0.012 115 R 0.004 0.011 0.033 0.086 0.130 0.206 0.273 0.123 0.070 0.045 0.021 116 I 0.009 0.009 0.045 0.016 0.010 0.012 0.078 0.146 0.239 0.269 0.166 117 E 0.009 0.025 0.102 0.201 0.233 0.187 0.122 0.058 0.033 0.019 0.010 118 I 0.017 0.030 0.186 0.058 0.046 0.065 0.173 0.129 0.141 0.106 0.049 119 H 0.010 0.027 0.097 0.170 0.167 0.144 0.173 0.094 0.064 0.037 0.016 120 L 0.012 0.012 0.045 0.019 0.015 0.025 0.101 0.124 0.214 0.243 0.190 121 R 0.017 0.037 0.086 0.188 0.219 0.164 0.142 0.073 0.045 0.021 0.009 122 T 0.014 0.034 0.067 0.055 0.053 0.079 0.177 0.154 0.176 0.129 0.061 123 Q 0.041 0.053 0.101 0.207 0.200 0.135 0.129 0.064 0.043 0.020 0.007 124 N 0.215 0.163 0.122 0.144 0.101 0.076 0.083 0.043 0.029 0.016 0.007 125 Y 0.086 0.093 0.084 0.141 0.109 0.111 0.137 0.090 0.073 0.054 0.023 126 Y 0.062 0.081 0.063 0.108 0.111 0.125 0.172 0.112 0.087 0.054 0.026 127 S 0.255 0.182 0.165 0.143 0.089 0.055 0.049 0.026 0.019 0.011 0.005 128 D 0.268 0.196 0.119 0.174 0.101 0.056 0.044 0.019 0.013 0.007 0.003 129 L 0.093 0.055 0.036 0.073 0.075 0.092 0.152 0.125 0.131 0.106 0.061 130 R 0.177 0.189 0.118 0.188 0.118 0.080 0.064 0.031 0.020 0.010 0.005 131 K 0.150 0.119 0.158 0.179 0.130 0.095 0.084 0.041 0.027 0.013 0.006 132 N 0.373 0.148 0.089 0.105 0.070 0.057 0.065 0.037 0.029 0.018 0.009 133 E 0.366 0.203 0.069 0.126 0.083 0.051 0.046 0.024 0.018 0.010 0.004 134 G 0.395 0.144 0.048 0.092 0.074 0.063 0.066 0.044 0.038 0.023 0.012 135 H 0.208 0.178 0.076 0.150 0.108 0.078 0.086 0.049 0.036 0.021 0.009 136 H 0.143 0.099 0.058 0.128 0.121 0.106 0.128 0.090 0.070 0.041 0.016 137 H 0.167 0.166 0.070 0.169 0.129 0.088 0.085 0.058 0.039 0.021 0.009 138 H 0.263 0.125 0.083 0.132 0.107 0.088 0.081 0.053 0.037 0.021 0.009 139 H 0.324 0.147 0.069 0.121 0.091 0.070 0.070 0.046 0.034 0.020 0.009 140 H 0.305 0.169 0.059 0.123 0.089 0.065 0.070 0.049 0.037 0.023 0.011