# TARGET T0634 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0634.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.1379 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.018 0.002 0.004 0.011 0.017 0.011 0.937 2 S 0.079 0.026 0.027 0.020 0.024 0.030 0.794 3 L 0.171 0.027 0.103 0.011 0.115 0.084 0.490 4 K 0.207 0.003 0.034 0.002 0.144 0.052 0.558 5 K 0.766 0.002 0.009 0.001 0.070 0.014 0.137 6 I 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 7 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 8 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 9 I 0.939 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.055 10 D 0.377 0.003 0.002 0.001 0.138 0.021 0.459 11 Q 0.068 0.008 0.016 0.008 0.381 0.060 0.459 12 Q 0.030 0.009 0.056 0.070 0.315 0.129 0.391 13 D 0.020 0.009 0.071 0.180 0.119 0.155 0.446 14 F 0.016 0.007 0.069 0.667 0.035 0.070 0.136 15 S 0.023 0.004 0.030 0.774 0.029 0.067 0.073 16 R 0.029 0.003 0.015 0.845 0.021 0.041 0.045 17 I 0.065 0.006 0.011 0.829 0.015 0.016 0.057 18 E 0.093 0.005 0.010 0.808 0.012 0.021 0.050 19 L 0.070 0.002 0.019 0.835 0.014 0.031 0.030 20 K 0.065 0.002 0.030 0.800 0.021 0.053 0.029 21 N 0.080 0.004 0.033 0.748 0.025 0.059 0.050 22 F 0.120 0.015 0.044 0.608 0.048 0.059 0.105 23 L 0.059 0.008 0.065 0.610 0.047 0.132 0.079 24 D 0.076 0.004 0.096 0.373 0.131 0.213 0.106 25 S 0.036 0.003 0.041 0.089 0.159 0.607 0.064 26 E 0.102 0.003 0.018 0.009 0.142 0.603 0.123 27 Y 0.573 0.012 0.003 0.006 0.035 0.008 0.364 28 L 0.918 0.006 0.001 0.003 0.006 0.001 0.064 29 V 0.972 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.019 30 I 0.952 0.004 0.001 0.005 0.005 0.001 0.031 31 E 0.898 0.003 0.005 0.009 0.010 0.004 0.070 32 S 0.567 0.012 0.015 0.023 0.068 0.044 0.271 33 K 0.195 0.010 0.011 0.025 0.317 0.189 0.254 34 N 0.056 0.011 0.003 0.016 0.568 0.059 0.287 35 E 0.016 0.004 0.011 0.756 0.048 0.053 0.112 36 K 0.002 0.001 0.005 0.981 0.002 0.006 0.003 37 E 0.002 0.001 0.010 0.977 0.001 0.004 0.005 38 A 0.002 0.001 0.007 0.977 0.001 0.005 0.007 39 L 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.003 0.002 40 E 0.001 0.001 0.007 0.977 0.001 0.012 0.002 41 Q 0.001 0.001 0.010 0.959 0.002 0.023 0.005 42 I 0.003 0.002 0.018 0.916 0.008 0.042 0.011 43 D 0.001 0.001 0.031 0.766 0.010 0.174 0.016 44 H 0.002 0.001 0.027 0.552 0.032 0.354 0.033 45 H 0.005 0.003 0.020 0.311 0.229 0.280 0.153 46 H 0.009 0.006 0.007 0.012 0.282 0.028 0.656 47 P 0.029 0.005 0.050 0.014 0.165 0.268 0.469 48 D 0.145 0.003 0.035 0.011 0.479 0.220 0.108 49 L 0.937 0.003 0.009 0.005 0.004 0.005 0.036 50 V 0.989 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 51 I 0.992 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 52 L 0.940 0.003 0.001 0.007 0.002 0.001 0.047 53 D 0.303 0.002 0.004 0.011 0.053 0.007 0.619 54 M 0.116 0.007 0.124 0.077 0.268 0.074 0.334 55 D 0.066 0.020 0.230 0.141 0.132 0.140 0.272 56 I 0.031 0.032 0.241 0.095 0.127 0.112 0.361 57 I 0.014 0.015 0.167 0.083 0.132 0.419 0.170 58 G 0.006 0.004 0.101 0.039 0.168 0.541 0.140 59 E 0.008 0.015 0.053 0.044 0.372 0.248 0.261 60 N 0.008 0.018 0.029 0.062 0.318 0.137 0.428 61 S 0.005 0.004 0.033 0.518 0.076 0.048 0.316 62 P 0.003 0.002 0.022 0.885 0.011 0.018 0.057 63 N 0.003 0.001 0.009 0.970 0.003 0.006 0.008 64 L 0.003 0.001 0.003 0.987 0.001 0.003 0.003 65 C 0.005 0.001 0.002 0.986 0.001 0.003 0.002 66 L 0.005 0.001 0.004 0.984 0.001 0.004 0.001 67 K 0.009 0.001 0.006 0.968 0.001 0.013 0.002 68 L 0.020 0.003 0.016 0.895 0.006 0.046 0.013 69 K 0.033 0.005 0.034 0.714 0.025 0.144 0.044 70 R 0.058 0.012 0.043 0.414 0.068 0.206 0.198 71 S 0.021 0.005 0.061 0.178 0.132 0.142 0.461 72 K 0.008 0.003 0.140 0.105 0.141 0.486 0.116 73 G 0.013 0.008 0.149 0.046 0.132 0.534 0.119 74 L 0.045 0.028 0.145 0.027 0.136 0.169 0.451 75 K 0.049 0.011 0.032 0.019 0.152 0.339 0.398 76 N 0.074 0.011 0.017 0.008 0.247 0.292 0.351 77 V 0.251 0.008 0.002 0.003 0.356 0.008 0.373 78 P 0.612 0.004 0.002 0.003 0.068 0.005 0.306 79 L 0.983 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 80 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 81 L 0.988 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 82 L 0.920 0.001 0.003 0.006 0.007 0.003 0.059 83 F 0.762 0.006 0.006 0.007 0.042 0.014 0.163 84 S 0.444 0.017 0.014 0.012 0.105 0.017 0.391 85 S 0.140 0.014 0.107 0.098 0.265 0.160 0.216 86 E 0.059 0.008 0.143 0.087 0.153 0.325 0.225 87 H 0.042 0.010 0.174 0.072 0.195 0.217 0.290 88 K 0.074 0.010 0.127 0.109 0.183 0.295 0.202 89 E 0.157 0.014 0.109 0.134 0.153 0.194 0.240 90 A 0.299 0.013 0.034 0.134 0.086 0.063 0.371 91 I 0.501 0.019 0.009 0.092 0.036 0.019 0.324 92 V 0.673 0.030 0.007 0.056 0.023 0.013 0.198 93 N 0.611 0.011 0.010 0.075 0.062 0.081 0.150 94 G 0.442 0.014 0.019 0.058 0.116 0.128 0.223 95 L 0.360 0.036 0.021 0.045 0.104 0.055 0.381 96 H 0.281 0.028 0.024 0.029 0.132 0.094 0.411 97 S 0.131 0.045 0.042 0.046 0.155 0.353 0.228 98 G 0.079 0.017 0.026 0.031 0.188 0.255 0.405 99 A 0.061 0.016 0.053 0.052 0.143 0.149 0.525 100 D 0.092 0.032 0.110 0.087 0.205 0.208 0.265 101 D 0.165 0.016 0.169 0.094 0.163 0.192 0.202 102 Y 0.400 0.032 0.107 0.069 0.071 0.120 0.201 103 L 0.566 0.054 0.024 0.034 0.058 0.043 0.221 104 T 0.466 0.033 0.015 0.021 0.128 0.033 0.305 105 K 0.291 0.017 0.003 0.002 0.242 0.018 0.427 106 P 0.138 0.014 0.003 0.002 0.074 0.048 0.722 107 F 0.088 0.075 0.002 0.004 0.218 0.041 0.572 108 N 0.045 0.012 0.001 0.005 0.120 0.008 0.807 109 R 0.002 0.001 0.063 0.730 0.013 0.175 0.017 110 N 0.003 0.001 0.032 0.827 0.008 0.126 0.003 111 D 0.013 0.003 0.031 0.906 0.006 0.018 0.023 112 L 0.042 0.003 0.004 0.922 0.004 0.007 0.018 113 L 0.041 0.001 0.002 0.943 0.002 0.004 0.008 114 S 0.074 0.001 0.001 0.909 0.003 0.003 0.008 115 R 0.076 0.001 0.001 0.910 0.003 0.005 0.004 116 I 0.125 0.001 0.002 0.859 0.002 0.007 0.004 117 E 0.076 0.001 0.001 0.913 0.002 0.005 0.002 118 I 0.075 0.001 0.002 0.906 0.003 0.011 0.003 119 H 0.056 0.001 0.003 0.908 0.003 0.024 0.005 120 L 0.095 0.003 0.006 0.814 0.007 0.052 0.023 121 R 0.147 0.006 0.013 0.640 0.026 0.096 0.071 122 T 0.176 0.008 0.017 0.498 0.049 0.116 0.136 123 Q 0.091 0.009 0.026 0.415 0.112 0.144 0.203 124 N 0.077 0.011 0.041 0.236 0.152 0.171 0.311 125 Y 0.085 0.013 0.057 0.218 0.135 0.163 0.329 126 Y 0.100 0.017 0.088 0.220 0.098 0.108 0.368 127 S 0.105 0.010 0.120 0.212 0.133 0.140 0.280 128 D 0.124 0.010 0.138 0.238 0.100 0.141 0.250 129 L 0.155 0.021 0.117 0.262 0.095 0.120 0.230 130 R 0.155 0.013 0.124 0.176 0.061 0.155 0.316 131 K 0.109 0.012 0.151 0.182 0.097 0.226 0.223 132 N 0.086 0.010 0.104 0.104 0.108 0.359 0.227 133 E 0.083 0.009 0.055 0.041 0.138 0.401 0.275 134 G 0.113 0.008 0.027 0.019 0.116 0.155 0.563 135 H 0.397 0.038 0.020 0.032 0.067 0.045 0.401 136 H 0.526 0.048 0.017 0.039 0.066 0.036 0.269 137 H 0.260 0.013 0.028 0.024 0.097 0.060 0.519 138 H 0.148 0.012 0.050 0.028 0.202 0.153 0.407 139 H 0.094 0.022 0.026 0.025 0.106 0.091 0.636 140 H 0.016 0.003 0.006 0.007 0.030 0.010 0.929