# TARGET T0634 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0634.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.1379 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.203 0.220 0.232 0.111 0.098 0.027 0.056 0.014 0.029 0.008 0.001 2 S 0.183 0.209 0.272 0.128 0.071 0.046 0.048 0.011 0.022 0.008 0.002 3 L 0.138 0.291 0.362 0.071 0.057 0.042 0.013 0.004 0.019 0.002 0.001 4 K 0.278 0.227 0.232 0.188 0.029 0.023 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 5 K 0.016 0.613 0.232 0.011 0.070 0.021 0.008 0.001 0.029 0.001 0.001 6 I 0.007 0.723 0.203 0.002 0.009 0.019 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 7 L 0.004 0.693 0.225 0.001 0.006 0.040 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 8 I 0.006 0.648 0.253 0.002 0.005 0.060 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 9 I 0.011 0.662 0.164 0.007 0.018 0.070 0.001 0.001 0.066 0.001 0.001 10 D 0.032 0.264 0.361 0.017 0.062 0.182 0.010 0.001 0.063 0.006 0.001 11 Q 0.468 0.032 0.059 0.214 0.026 0.110 0.041 0.004 0.039 0.004 0.004 12 Q 0.833 0.011 0.031 0.097 0.007 0.007 0.006 0.003 0.003 0.002 0.001 13 D 0.648 0.018 0.046 0.193 0.005 0.035 0.024 0.005 0.022 0.001 0.002 14 F 0.768 0.025 0.039 0.122 0.004 0.015 0.018 0.003 0.005 0.001 0.001 15 S 0.890 0.020 0.032 0.033 0.005 0.004 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 16 R 0.916 0.015 0.015 0.033 0.004 0.006 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 17 I 0.931 0.028 0.017 0.016 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 18 E 0.945 0.023 0.011 0.015 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.952 0.013 0.013 0.013 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 20 K 0.927 0.014 0.010 0.039 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 21 N 0.717 0.014 0.018 0.171 0.005 0.017 0.037 0.003 0.017 0.001 0.001 22 F 0.539 0.084 0.107 0.208 0.010 0.023 0.008 0.002 0.017 0.001 0.001 23 L 0.559 0.113 0.164 0.098 0.020 0.021 0.014 0.002 0.005 0.005 0.001 24 D 0.266 0.054 0.135 0.366 0.029 0.042 0.056 0.015 0.034 0.003 0.001 25 S 0.255 0.150 0.331 0.144 0.050 0.019 0.025 0.009 0.011 0.004 0.001 26 E 0.171 0.129 0.104 0.371 0.038 0.029 0.105 0.027 0.019 0.006 0.001 27 Y 0.013 0.418 0.377 0.021 0.124 0.012 0.012 0.004 0.017 0.003 0.001 28 L 0.010 0.532 0.390 0.005 0.021 0.029 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 29 V 0.017 0.534 0.380 0.001 0.005 0.051 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 30 I 0.128 0.675 0.074 0.029 0.031 0.034 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 31 E 0.031 0.693 0.164 0.011 0.058 0.026 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 32 S 0.090 0.468 0.190 0.032 0.139 0.040 0.009 0.003 0.022 0.005 0.001 33 K 0.470 0.176 0.073 0.131 0.098 0.011 0.011 0.002 0.015 0.013 0.001 34 N 0.115 0.091 0.207 0.140 0.142 0.130 0.059 0.006 0.095 0.015 0.001 35 E 0.873 0.008 0.018 0.074 0.003 0.008 0.008 0.003 0.003 0.002 0.001 36 K 0.965 0.003 0.010 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 E 0.976 0.002 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 A 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 E 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 Q 0.970 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 I 0.910 0.006 0.015 0.061 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 43 D 0.859 0.009 0.019 0.077 0.002 0.009 0.019 0.002 0.002 0.001 0.001 44 H 0.808 0.040 0.028 0.100 0.010 0.006 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 45 H 0.347 0.064 0.039 0.479 0.018 0.020 0.012 0.007 0.013 0.001 0.001 46 H 0.022 0.092 0.070 0.015 0.012 0.031 0.092 0.001 0.664 0.001 0.001 47 P 0.167 0.009 0.736 0.009 0.005 0.023 0.001 0.001 0.001 0.003 0.045 48 D 0.390 0.009 0.029 0.548 0.002 0.017 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 49 L 0.003 0.779 0.057 0.003 0.150 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 50 V 0.003 0.887 0.063 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 51 I 0.002 0.716 0.184 0.001 0.007 0.037 0.001 0.001 0.052 0.001 0.001 52 L 0.015 0.658 0.184 0.004 0.017 0.087 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 53 D 0.023 0.344 0.294 0.017 0.024 0.194 0.005 0.001 0.096 0.001 0.002 54 M 0.132 0.353 0.248 0.075 0.069 0.063 0.021 0.002 0.031 0.004 0.002 55 D 0.101 0.108 0.299 0.074 0.031 0.174 0.127 0.006 0.070 0.004 0.004 56 I 0.147 0.267 0.312 0.081 0.017 0.072 0.019 0.004 0.075 0.002 0.004 57 I 0.153 0.065 0.557 0.083 0.011 0.040 0.053 0.009 0.013 0.012 0.003 58 G 0.053 0.010 0.050 0.046 0.037 0.007 0.139 0.552 0.002 0.103 0.001 59 E 0.410 0.164 0.214 0.111 0.044 0.026 0.011 0.004 0.010 0.005 0.001 60 N 0.179 0.064 0.151 0.428 0.025 0.075 0.042 0.006 0.025 0.003 0.001 61 S 0.401 0.079 0.246 0.033 0.081 0.026 0.022 0.007 0.072 0.032 0.001 62 P 0.941 0.001 0.041 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 63 N 0.963 0.003 0.006 0.019 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 64 L 0.979 0.006 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 C 0.985 0.004 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 L 0.991 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 K 0.988 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 L 0.921 0.004 0.003 0.070 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 K 0.872 0.023 0.038 0.046 0.003 0.006 0.006 0.002 0.005 0.001 0.001 70 R 0.730 0.035 0.078 0.124 0.006 0.012 0.008 0.002 0.003 0.002 0.001 71 S 0.473 0.087 0.188 0.149 0.029 0.020 0.015 0.007 0.023 0.008 0.001 72 K 0.596 0.031 0.118 0.154 0.017 0.013 0.048 0.008 0.011 0.004 0.001 73 G 0.289 0.015 0.059 0.147 0.036 0.008 0.118 0.268 0.004 0.055 0.001 74 L 0.300 0.146 0.288 0.156 0.013 0.058 0.009 0.002 0.027 0.001 0.001 75 K 0.302 0.219 0.210 0.167 0.047 0.017 0.018 0.004 0.007 0.008 0.001 76 N 0.088 0.098 0.100 0.279 0.040 0.041 0.295 0.023 0.031 0.004 0.001 77 V 0.002 0.566 0.324 0.001 0.011 0.013 0.001 0.001 0.082 0.001 0.001 78 P 0.022 0.019 0.894 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 79 L 0.010 0.725 0.199 0.002 0.022 0.020 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 80 I 0.010 0.748 0.176 0.001 0.008 0.030 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 81 L 0.016 0.475 0.318 0.004 0.012 0.105 0.002 0.001 0.067 0.001 0.001 82 L 0.067 0.392 0.348 0.021 0.029 0.111 0.003 0.001 0.025 0.001 0.002 83 F 0.069 0.408 0.223 0.065 0.094 0.086 0.012 0.002 0.037 0.003 0.001 84 S 0.115 0.231 0.186 0.189 0.169 0.032 0.027 0.012 0.028 0.010 0.001 85 S 0.141 0.168 0.391 0.063 0.133 0.034 0.017 0.015 0.014 0.022 0.001 86 E 0.360 0.118 0.165 0.263 0.024 0.027 0.016 0.005 0.016 0.006 0.001 87 H 0.207 0.119 0.201 0.137 0.148 0.027 0.068 0.040 0.020 0.031 0.001 88 K 0.493 0.140 0.124 0.122 0.032 0.026 0.029 0.010 0.019 0.004 0.001 89 E 0.347 0.199 0.235 0.112 0.027 0.035 0.019 0.004 0.019 0.001 0.002 90 A 0.214 0.280 0.226 0.099 0.127 0.016 0.013 0.006 0.012 0.005 0.001 91 I 0.107 0.564 0.179 0.027 0.091 0.014 0.005 0.002 0.010 0.002 0.001 92 V 0.095 0.474 0.288 0.010 0.014 0.079 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 93 N 0.367 0.199 0.097 0.242 0.015 0.021 0.013 0.001 0.044 0.001 0.001 94 G 0.106 0.027 0.046 0.022 0.306 0.004 0.118 0.225 0.004 0.141 0.001 95 L 0.297 0.305 0.248 0.052 0.064 0.019 0.001 0.001 0.006 0.004 0.003 96 H 0.196 0.374 0.186 0.072 0.077 0.036 0.020 0.004 0.027 0.007 0.001 97 S 0.152 0.202 0.425 0.135 0.045 0.019 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 98 G 0.033 0.006 0.051 0.029 0.055 0.003 0.043 0.565 0.006 0.210 0.001 99 A 0.134 0.081 0.591 0.040 0.030 0.078 0.014 0.003 0.015 0.009 0.004 100 D 0.465 0.071 0.088 0.301 0.023 0.020 0.015 0.006 0.005 0.005 0.001 101 D 0.194 0.217 0.120 0.233 0.105 0.026 0.060 0.007 0.034 0.002 0.001 102 Y 0.168 0.363 0.183 0.126 0.055 0.034 0.029 0.006 0.034 0.001 0.001 103 L 0.105 0.375 0.348 0.038 0.023 0.080 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 104 T 0.163 0.286 0.267 0.164 0.035 0.047 0.004 0.001 0.029 0.001 0.002 105 K 0.024 0.318 0.325 0.003 0.184 0.011 0.019 0.002 0.101 0.012 0.001 106 P 0.142 0.018 0.551 0.036 0.001 0.056 0.002 0.001 0.002 0.001 0.191 107 F 0.049 0.312 0.303 0.130 0.129 0.041 0.013 0.004 0.018 0.001 0.001 108 N 0.003 0.201 0.588 0.003 0.098 0.056 0.002 0.001 0.041 0.007 0.001 109 R 0.976 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 N 0.892 0.001 0.001 0.105 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 D 0.765 0.013 0.016 0.182 0.004 0.006 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 112 L 0.850 0.040 0.061 0.026 0.003 0.012 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 113 L 0.863 0.061 0.025 0.032 0.006 0.007 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 114 S 0.861 0.044 0.038 0.024 0.021 0.004 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 115 R 0.829 0.069 0.034 0.036 0.011 0.012 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 116 I 0.714 0.189 0.048 0.018 0.011 0.011 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 117 E 0.896 0.046 0.029 0.019 0.002 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 118 I 0.764 0.146 0.026 0.027 0.027 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 119 H 0.712 0.137 0.056 0.047 0.009 0.014 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 120 L 0.566 0.137 0.151 0.102 0.013 0.015 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 121 R 0.468 0.150 0.151 0.114 0.043 0.030 0.019 0.005 0.015 0.004 0.001 122 T 0.345 0.224 0.198 0.137 0.040 0.030 0.009 0.002 0.013 0.002 0.001 123 Q 0.357 0.204 0.173 0.136 0.060 0.029 0.012 0.004 0.020 0.004 0.001 124 N 0.220 0.221 0.194 0.110 0.094 0.055 0.040 0.005 0.055 0.005 0.001 125 Y 0.426 0.169 0.158 0.147 0.027 0.033 0.012 0.004 0.019 0.002 0.001 126 Y 0.380 0.177 0.157 0.174 0.032 0.033 0.012 0.005 0.024 0.004 0.001 127 S 0.505 0.117 0.144 0.113 0.050 0.015 0.021 0.008 0.013 0.012 0.001 128 D 0.378 0.085 0.188 0.159 0.032 0.056 0.054 0.007 0.036 0.003 0.003 129 L 0.472 0.146 0.166 0.164 0.017 0.016 0.005 0.002 0.011 0.001 0.001 130 R 0.279 0.188 0.225 0.105 0.034 0.085 0.037 0.006 0.034 0.004 0.001 131 K 0.364 0.245 0.207 0.113 0.023 0.021 0.005 0.002 0.016 0.002 0.001 132 N 0.249 0.185 0.183 0.136 0.037 0.073 0.064 0.010 0.059 0.005 0.001 133 E 0.283 0.127 0.172 0.295 0.028 0.014 0.049 0.005 0.022 0.004 0.001 134 G 0.093 0.019 0.097 0.050 0.092 0.007 0.085 0.425 0.003 0.127 0.001 135 H 0.188 0.296 0.325 0.105 0.035 0.024 0.005 0.002 0.017 0.002 0.001 136 H 0.162 0.339 0.289 0.093 0.027 0.046 0.008 0.001 0.031 0.002 0.001 137 H 0.124 0.203 0.278 0.100 0.050 0.126 0.040 0.003 0.072 0.003 0.001 138 H 0.342 0.164 0.191 0.202 0.027 0.035 0.012 0.004 0.020 0.002 0.002 139 H 0.195 0.217 0.253 0.205 0.033 0.036 0.018 0.008 0.031 0.003 0.001 140 H 0.160 0.205 0.303 0.097 0.093 0.023 0.041 0.031 0.019 0.029 0.001