# TARGET T0634 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0634.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.1379 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.145 0.124 0.035 0.012 0.171 0.013 0.028 0.119 0.139 0.146 0.065 2 S 0.108 0.172 0.071 0.015 0.217 0.016 0.045 0.109 0.106 0.108 0.033 3 L 0.328 0.101 0.033 0.006 0.320 0.007 0.014 0.020 0.023 0.052 0.097 4 K 0.107 0.178 0.034 0.032 0.347 0.074 0.091 0.053 0.019 0.027 0.037 5 K 0.314 0.045 0.008 0.010 0.458 0.013 0.020 0.015 0.012 0.045 0.061 6 I 0.122 0.091 0.005 0.001 0.776 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 7 L 0.108 0.048 0.001 0.001 0.831 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 8 I 0.308 0.042 0.003 0.001 0.563 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.079 9 I 0.127 0.287 0.056 0.005 0.336 0.007 0.021 0.011 0.010 0.060 0.082 10 D 0.278 0.152 0.039 0.003 0.404 0.002 0.009 0.006 0.007 0.021 0.078 11 Q 0.086 0.177 0.058 0.005 0.189 0.003 0.004 0.083 0.183 0.154 0.057 12 Q 0.005 0.020 0.020 0.012 0.011 0.050 0.100 0.367 0.364 0.047 0.003 13 D 0.061 0.050 0.030 0.007 0.068 0.005 0.037 0.362 0.160 0.161 0.057 14 F 0.008 0.011 0.002 0.001 0.011 0.001 0.005 0.553 0.283 0.116 0.008 15 S 0.002 0.007 0.002 0.001 0.006 0.003 0.007 0.819 0.137 0.016 0.002 16 R 0.004 0.009 0.002 0.001 0.009 0.001 0.006 0.871 0.076 0.018 0.003 17 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.906 0.061 0.017 0.002 18 E 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.889 0.078 0.013 0.002 19 L 0.004 0.007 0.001 0.001 0.008 0.003 0.015 0.828 0.116 0.014 0.002 20 K 0.003 0.011 0.007 0.004 0.008 0.013 0.071 0.773 0.093 0.015 0.002 21 N 0.013 0.017 0.013 0.005 0.016 0.006 0.041 0.677 0.114 0.088 0.010 22 F 0.022 0.020 0.009 0.005 0.018 0.011 0.029 0.586 0.185 0.100 0.016 23 L 0.015 0.074 0.020 0.012 0.028 0.026 0.085 0.537 0.153 0.038 0.013 24 D 0.045 0.052 0.037 0.010 0.058 0.008 0.033 0.282 0.245 0.194 0.038 25 S 0.016 0.318 0.185 0.016 0.089 0.023 0.070 0.184 0.064 0.027 0.007 26 E 0.125 0.059 0.015 0.013 0.074 0.007 0.027 0.058 0.054 0.378 0.192 27 Y 0.136 0.355 0.079 0.006 0.353 0.003 0.004 0.008 0.006 0.019 0.031 28 L 0.074 0.351 0.027 0.001 0.513 0.001 0.003 0.012 0.005 0.005 0.008 29 V 0.603 0.025 0.005 0.001 0.286 0.001 0.003 0.005 0.003 0.005 0.063 30 I 0.101 0.162 0.050 0.033 0.363 0.071 0.105 0.056 0.024 0.013 0.021 31 E 0.324 0.120 0.022 0.002 0.388 0.002 0.004 0.018 0.007 0.025 0.088 32 S 0.196 0.221 0.062 0.011 0.283 0.009 0.008 0.077 0.019 0.046 0.067 33 K 0.025 0.052 0.018 0.058 0.060 0.281 0.165 0.185 0.053 0.080 0.025 34 N 0.156 0.231 0.232 0.019 0.182 0.003 0.004 0.028 0.011 0.067 0.068 35 E 0.006 0.008 0.007 0.004 0.011 0.002 0.002 0.768 0.132 0.053 0.008 36 K 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 0.002 0.010 0.906 0.061 0.007 0.001 37 E 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.923 0.045 0.017 0.002 38 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.035 0.007 0.001 39 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.938 0.053 0.003 0.001 40 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.939 0.044 0.003 0.001 41 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.865 0.075 0.024 0.001 42 I 0.007 0.014 0.005 0.002 0.011 0.003 0.010 0.693 0.182 0.067 0.006 43 D 0.010 0.016 0.005 0.005 0.014 0.015 0.060 0.534 0.291 0.042 0.006 44 H 0.009 0.014 0.006 0.006 0.012 0.008 0.077 0.400 0.227 0.230 0.012 45 H 0.059 0.097 0.117 0.023 0.133 0.027 0.109 0.112 0.131 0.148 0.043 46 H 0.283 0.125 0.038 0.010 0.283 0.010 0.036 0.041 0.024 0.035 0.114 47 P 0.134 0.258 0.074 0.003 0.411 0.001 0.002 0.013 0.022 0.037 0.044 48 D 0.011 0.002 0.001 0.004 0.020 0.071 0.687 0.151 0.040 0.010 0.004 49 L 0.215 0.065 0.002 0.001 0.701 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 50 V 0.116 0.018 0.001 0.001 0.859 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 51 I 0.270 0.011 0.001 0.001 0.700 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 52 L 0.245 0.094 0.006 0.006 0.499 0.004 0.006 0.006 0.002 0.012 0.122 53 D 0.252 0.158 0.013 0.003 0.452 0.002 0.006 0.011 0.004 0.015 0.082 54 M 0.071 0.109 0.023 0.006 0.106 0.019 0.027 0.125 0.265 0.169 0.082 55 D 0.207 0.079 0.029 0.009 0.144 0.010 0.057 0.038 0.062 0.236 0.128 56 I 0.085 0.321 0.163 0.030 0.195 0.016 0.021 0.033 0.043 0.059 0.035 57 I 0.041 0.227 0.107 0.070 0.093 0.108 0.187 0.070 0.048 0.030 0.019 58 G 0.025 0.101 0.155 0.116 0.045 0.055 0.043 0.077 0.116 0.208 0.059 59 E 0.059 0.063 0.050 0.061 0.080 0.142 0.162 0.119 0.071 0.114 0.079 60 N 0.039 0.169 0.141 0.080 0.081 0.031 0.054 0.065 0.054 0.218 0.068 61 S 0.036 0.211 0.243 0.056 0.088 0.011 0.007 0.167 0.063 0.091 0.027 62 P 0.005 0.020 0.007 0.001 0.016 0.003 0.008 0.752 0.165 0.019 0.003 63 N 0.009 0.010 0.003 0.001 0.017 0.001 0.010 0.870 0.061 0.013 0.005 64 L 0.005 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.887 0.066 0.025 0.002 65 C 0.004 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.916 0.057 0.009 0.001 66 L 0.003 0.005 0.001 0.001 0.007 0.002 0.008 0.930 0.041 0.002 0.001 67 K 0.005 0.006 0.003 0.001 0.009 0.001 0.014 0.912 0.034 0.013 0.002 68 L 0.009 0.009 0.003 0.001 0.014 0.004 0.015 0.833 0.080 0.028 0.004 69 K 0.014 0.036 0.009 0.003 0.027 0.005 0.023 0.703 0.138 0.036 0.007 70 R 0.019 0.028 0.018 0.004 0.018 0.007 0.067 0.616 0.155 0.055 0.013 71 S 0.027 0.227 0.118 0.025 0.112 0.026 0.081 0.240 0.084 0.047 0.013 72 K 0.029 0.360 0.197 0.052 0.076 0.041 0.042 0.074 0.056 0.051 0.022 73 G 0.061 0.025 0.020 0.052 0.029 0.024 0.037 0.131 0.079 0.349 0.193 74 L 0.116 0.090 0.034 0.016 0.140 0.016 0.014 0.081 0.149 0.234 0.110 75 K 0.008 0.054 0.049 0.051 0.039 0.084 0.203 0.346 0.139 0.022 0.006 76 N 0.166 0.042 0.041 0.007 0.105 0.005 0.015 0.038 0.088 0.374 0.120 77 V 0.022 0.595 0.182 0.002 0.192 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 78 P 0.151 0.184 0.006 0.001 0.646 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 79 L 0.258 0.051 0.002 0.002 0.666 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.009 80 I 0.208 0.053 0.003 0.005 0.700 0.007 0.005 0.004 0.001 0.002 0.014 81 L 0.249 0.087 0.007 0.003 0.611 0.002 0.004 0.007 0.001 0.004 0.026 82 L 0.266 0.125 0.012 0.004 0.378 0.008 0.020 0.025 0.008 0.053 0.100 83 F 0.203 0.171 0.040 0.007 0.313 0.010 0.022 0.022 0.013 0.054 0.145 84 S 0.128 0.202 0.083 0.027 0.221 0.019 0.017 0.040 0.045 0.130 0.088 85 S 0.064 0.304 0.206 0.033 0.114 0.017 0.024 0.096 0.085 0.037 0.022 86 E 0.029 0.070 0.031 0.023 0.049 0.059 0.172 0.348 0.156 0.047 0.017 87 H 0.054 0.323 0.143 0.032 0.162 0.014 0.031 0.084 0.055 0.071 0.032 88 K 0.064 0.065 0.027 0.013 0.081 0.012 0.024 0.261 0.174 0.205 0.074 89 E 0.122 0.094 0.015 0.010 0.179 0.015 0.055 0.270 0.121 0.073 0.046 90 A 0.172 0.129 0.025 0.009 0.316 0.009 0.018 0.132 0.067 0.073 0.050 91 I 0.169 0.169 0.029 0.004 0.413 0.006 0.020 0.121 0.025 0.020 0.022 92 V 0.461 0.052 0.008 0.004 0.336 0.005 0.009 0.031 0.006 0.014 0.074 93 N 0.035 0.105 0.067 0.158 0.076 0.152 0.152 0.145 0.039 0.049 0.022 94 G 0.131 0.153 0.118 0.075 0.254 0.022 0.010 0.084 0.027 0.073 0.054 95 L 0.203 0.114 0.018 0.011 0.239 0.016 0.025 0.156 0.092 0.052 0.074 96 H 0.194 0.087 0.044 0.028 0.235 0.031 0.051 0.114 0.044 0.074 0.096 97 S 0.029 0.267 0.155 0.079 0.117 0.077 0.110 0.065 0.036 0.047 0.019 98 G 0.169 0.052 0.059 0.030 0.082 0.009 0.008 0.013 0.020 0.310 0.247 99 A 0.133 0.179 0.060 0.015 0.230 0.013 0.011 0.071 0.117 0.099 0.072 100 D 0.057 0.054 0.018 0.018 0.122 0.052 0.120 0.312 0.165 0.054 0.028 101 D 0.114 0.135 0.039 0.009 0.222 0.007 0.022 0.131 0.154 0.125 0.041 102 Y 0.153 0.150 0.032 0.009 0.335 0.012 0.019 0.104 0.058 0.085 0.045 103 L 0.204 0.136 0.031 0.005 0.422 0.004 0.013 0.054 0.026 0.039 0.067 104 T 0.147 0.156 0.097 0.022 0.241 0.020 0.037 0.053 0.046 0.090 0.091 105 K 0.019 0.459 0.306 0.013 0.138 0.005 0.016 0.028 0.008 0.004 0.004 106 P 0.185 0.220 0.058 0.003 0.220 0.008 0.016 0.038 0.036 0.109 0.107 107 F 0.040 0.338 0.187 0.044 0.207 0.035 0.047 0.019 0.023 0.040 0.020 108 N 0.133 0.387 0.130 0.001 0.323 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.018 109 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.366 0.621 0.008 0.001 110 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.890 0.095 0.004 0.001 111 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.821 0.137 0.036 0.001 112 L 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.908 0.071 0.010 0.002 113 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.012 0.831 0.123 0.019 0.002 114 S 0.006 0.017 0.005 0.001 0.017 0.001 0.008 0.892 0.046 0.007 0.002 115 R 0.006 0.009 0.001 0.001 0.012 0.001 0.006 0.928 0.033 0.002 0.001 116 I 0.036 0.006 0.001 0.001 0.027 0.003 0.011 0.846 0.057 0.008 0.005 117 E 0.009 0.003 0.001 0.002 0.010 0.008 0.031 0.875 0.055 0.004 0.002 118 I 0.038 0.033 0.003 0.002 0.067 0.003 0.011 0.783 0.049 0.007 0.004 119 H 0.035 0.018 0.002 0.001 0.057 0.004 0.020 0.798 0.046 0.013 0.005 120 L 0.090 0.044 0.005 0.003 0.112 0.009 0.037 0.560 0.068 0.049 0.024 121 R 0.073 0.110 0.026 0.007 0.133 0.016 0.061 0.384 0.088 0.057 0.045 122 T 0.078 0.102 0.025 0.010 0.109 0.013 0.054 0.363 0.115 0.102 0.030 123 Q 0.035 0.108 0.047 0.021 0.075 0.038 0.084 0.313 0.175 0.084 0.021 124 N 0.065 0.190 0.108 0.031 0.137 0.024 0.058 0.180 0.088 0.087 0.032 125 Y 0.096 0.095 0.040 0.015 0.108 0.019 0.051 0.247 0.118 0.140 0.070 126 Y 0.099 0.129 0.051 0.025 0.147 0.022 0.041 0.189 0.122 0.110 0.065 127 S 0.047 0.172 0.086 0.034 0.121 0.038 0.056 0.255 0.118 0.052 0.021 128 D 0.138 0.094 0.043 0.008 0.174 0.008 0.031 0.208 0.094 0.139 0.063 129 L 0.090 0.171 0.050 0.013 0.154 0.015 0.030 0.218 0.124 0.092 0.043 130 R 0.113 0.147 0.071 0.021 0.201 0.018 0.037 0.194 0.085 0.068 0.047 131 K 0.070 0.099 0.034 0.013 0.100 0.021 0.056 0.310 0.171 0.091 0.033 132 N 0.075 0.091 0.066 0.035 0.104 0.031 0.063 0.192 0.117 0.177 0.048 133 E 0.076 0.177 0.088 0.056 0.129 0.043 0.087 0.131 0.081 0.093 0.038 134 G 0.070 0.104 0.093 0.084 0.093 0.036 0.024 0.105 0.091 0.217 0.084 135 H 0.123 0.168 0.050 0.015 0.231 0.021 0.049 0.142 0.077 0.079 0.044 136 H 0.140 0.188 0.063 0.020 0.224 0.019 0.028 0.105 0.068 0.084 0.061 137 H 0.147 0.175 0.091 0.026 0.259 0.018 0.027 0.098 0.051 0.058 0.050 138 H 0.127 0.110 0.038 0.013 0.158 0.015 0.033 0.205 0.141 0.111 0.051 139 H 0.095 0.129 0.057 0.025 0.144 0.025 0.052 0.194 0.116 0.112 0.051 140 H 0.097 0.168 0.075 0.027 0.170 0.023 0.047 0.172 0.088 0.091 0.041