# TARGET T0634 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0634.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.1379 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.599 0.229 0.090 0.051 0.023 0.007 0.001 2 S 0.291 0.253 0.214 0.162 0.069 0.012 0.001 3 L 0.176 0.244 0.261 0.226 0.078 0.015 0.001 4 K 0.128 0.317 0.299 0.178 0.065 0.013 0.001 5 K 0.042 0.106 0.259 0.326 0.212 0.051 0.003 6 I 0.004 0.009 0.029 0.084 0.285 0.527 0.062 7 L 0.001 0.006 0.013 0.045 0.202 0.593 0.140 8 I 0.002 0.010 0.029 0.104 0.273 0.421 0.161 9 I 0.004 0.022 0.069 0.228 0.373 0.263 0.041 10 D 0.059 0.279 0.294 0.223 0.103 0.037 0.004 11 Q 0.217 0.356 0.235 0.132 0.048 0.011 0.001 12 Q 0.494 0.271 0.138 0.066 0.025 0.005 0.001 13 D 0.582 0.263 0.103 0.039 0.011 0.002 0.001 14 F 0.174 0.170 0.226 0.248 0.136 0.043 0.003 15 S 0.203 0.247 0.243 0.180 0.091 0.032 0.003 16 R 0.342 0.359 0.183 0.081 0.027 0.007 0.001 17 I 0.091 0.097 0.164 0.268 0.259 0.111 0.010 18 E 0.068 0.116 0.178 0.228 0.243 0.154 0.012 19 L 0.143 0.227 0.254 0.217 0.120 0.037 0.002 20 K 0.271 0.374 0.222 0.099 0.029 0.005 0.001 21 N 0.057 0.170 0.258 0.299 0.166 0.047 0.002 22 F 0.023 0.030 0.075 0.282 0.424 0.161 0.004 23 L 0.283 0.414 0.228 0.064 0.010 0.001 0.001 24 D 0.601 0.305 0.077 0.016 0.002 0.001 0.001 25 S 0.363 0.309 0.207 0.093 0.024 0.003 0.001 26 E 0.479 0.351 0.126 0.035 0.007 0.001 0.001 27 Y 0.038 0.068 0.189 0.367 0.280 0.057 0.001 28 L 0.123 0.318 0.301 0.176 0.065 0.017 0.001 29 V 0.043 0.102 0.175 0.276 0.261 0.133 0.010 30 I 0.037 0.061 0.115 0.246 0.335 0.187 0.017 31 E 0.074 0.239 0.283 0.219 0.124 0.053 0.007 32 S 0.057 0.105 0.170 0.292 0.254 0.114 0.009 33 K 0.204 0.313 0.232 0.141 0.076 0.029 0.004 34 N 0.290 0.362 0.191 0.107 0.038 0.011 0.001 35 E 0.118 0.187 0.231 0.256 0.157 0.048 0.004 36 K 0.460 0.306 0.145 0.061 0.021 0.006 0.001 37 E 0.249 0.429 0.235 0.071 0.014 0.002 0.001 38 A 0.045 0.040 0.085 0.287 0.392 0.146 0.005 39 L 0.058 0.149 0.281 0.320 0.159 0.031 0.001 40 E 0.324 0.488 0.145 0.036 0.007 0.001 0.001 41 Q 0.075 0.240 0.345 0.252 0.075 0.012 0.001 42 I 0.022 0.047 0.129 0.299 0.371 0.127 0.004 43 D 0.258 0.357 0.238 0.112 0.030 0.005 0.001 44 H 0.628 0.278 0.071 0.019 0.004 0.001 0.001 45 H 0.192 0.298 0.297 0.163 0.045 0.005 0.001 46 H 0.197 0.439 0.237 0.102 0.022 0.003 0.001 47 P 0.006 0.029 0.119 0.333 0.408 0.101 0.004 48 D 0.024 0.093 0.203 0.324 0.268 0.080 0.007 49 L 0.001 0.002 0.006 0.032 0.166 0.605 0.188 50 V 0.001 0.003 0.006 0.023 0.103 0.490 0.373 51 I 0.004 0.009 0.016 0.036 0.087 0.353 0.495 52 L 0.004 0.008 0.013 0.037 0.098 0.348 0.493 53 D 0.003 0.009 0.020 0.057 0.136 0.422 0.352 54 M 0.015 0.030 0.054 0.123 0.257 0.377 0.143 55 D 0.073 0.158 0.175 0.219 0.204 0.146 0.026 56 I 0.134 0.191 0.233 0.226 0.151 0.059 0.006 57 I 0.254 0.238 0.236 0.157 0.088 0.025 0.002 58 G 0.618 0.238 0.088 0.040 0.013 0.003 0.001 59 E 0.672 0.217 0.075 0.025 0.008 0.002 0.001 60 N 0.660 0.207 0.079 0.040 0.012 0.003 0.001 61 S 0.407 0.207 0.152 0.151 0.068 0.014 0.001 62 P 0.343 0.263 0.202 0.129 0.050 0.012 0.001 63 N 0.371 0.400 0.164 0.050 0.012 0.002 0.001 64 L 0.064 0.081 0.146 0.305 0.304 0.097 0.004 65 C 0.042 0.079 0.158 0.343 0.299 0.077 0.003 66 L 0.206 0.429 0.236 0.098 0.026 0.005 0.001 67 K 0.058 0.223 0.373 0.280 0.060 0.006 0.001 68 L 0.015 0.034 0.097 0.309 0.419 0.122 0.004 69 K 0.120 0.339 0.324 0.169 0.043 0.005 0.001 70 R 0.534 0.353 0.085 0.023 0.005 0.001 0.001 71 S 0.519 0.269 0.142 0.054 0.014 0.002 0.001 72 K 0.784 0.158 0.041 0.013 0.003 0.001 0.001 73 G 0.596 0.253 0.102 0.038 0.009 0.001 0.001 74 L 0.360 0.299 0.205 0.108 0.026 0.002 0.001 75 K 0.325 0.326 0.200 0.114 0.031 0.003 0.001 76 N 0.164 0.374 0.271 0.148 0.037 0.005 0.001 77 V 0.004 0.020 0.085 0.299 0.401 0.180 0.012 78 P 0.002 0.008 0.030 0.126 0.338 0.423 0.073 79 L 0.002 0.004 0.008 0.026 0.101 0.453 0.407 80 I 0.002 0.003 0.003 0.008 0.038 0.270 0.676 81 L 0.001 0.003 0.007 0.022 0.070 0.270 0.627 82 L 0.002 0.006 0.014 0.045 0.141 0.376 0.416 83 F 0.014 0.052 0.108 0.225 0.281 0.246 0.075 84 S 0.038 0.147 0.217 0.265 0.205 0.104 0.022 85 S 0.090 0.156 0.224 0.254 0.185 0.077 0.014 86 E 0.482 0.328 0.119 0.048 0.017 0.006 0.001 87 H 0.614 0.238 0.087 0.042 0.015 0.004 0.001 88 K 0.657 0.218 0.074 0.034 0.013 0.003 0.001 89 E 0.545 0.269 0.122 0.048 0.013 0.002 0.001 90 A 0.277 0.283 0.227 0.145 0.051 0.014 0.002 91 I 0.185 0.311 0.256 0.160 0.068 0.018 0.002 92 V 0.061 0.074 0.126 0.265 0.316 0.138 0.020 93 N 0.147 0.209 0.218 0.227 0.136 0.054 0.008 94 G 0.077 0.131 0.179 0.214 0.195 0.156 0.048 95 L 0.043 0.046 0.068 0.166 0.259 0.304 0.114 96 H 0.091 0.151 0.160 0.186 0.184 0.161 0.067 97 S 0.071 0.133 0.170 0.201 0.192 0.164 0.070 98 G 0.073 0.110 0.157 0.194 0.198 0.189 0.079 99 A 0.038 0.030 0.039 0.088 0.214 0.369 0.222 100 D 0.056 0.101 0.152 0.223 0.211 0.174 0.083 101 D 0.102 0.137 0.158 0.171 0.147 0.192 0.092 102 Y 0.070 0.083 0.134 0.184 0.211 0.213 0.105 103 L 0.052 0.039 0.045 0.094 0.184 0.421 0.165 104 T 0.143 0.156 0.149 0.206 0.185 0.123 0.039 105 K 0.088 0.124 0.123 0.201 0.227 0.204 0.033 106 P 0.165 0.255 0.269 0.195 0.085 0.028 0.003 107 F 0.235 0.271 0.235 0.166 0.074 0.018 0.001 108 N 0.677 0.225 0.069 0.022 0.006 0.001 0.001 109 R 0.560 0.225 0.135 0.058 0.018 0.003 0.001 110 N 0.651 0.198 0.093 0.042 0.013 0.002 0.001 111 D 0.404 0.330 0.163 0.072 0.023 0.006 0.001 112 L 0.214 0.135 0.153 0.226 0.193 0.073 0.005 113 L 0.274 0.244 0.238 0.149 0.065 0.027 0.004 114 S 0.320 0.180 0.122 0.155 0.130 0.079 0.013 115 R 0.337 0.209 0.190 0.141 0.075 0.036 0.013 116 I 0.301 0.140 0.105 0.155 0.153 0.119 0.027 117 E 0.237 0.228 0.223 0.164 0.078 0.049 0.021 118 I 0.255 0.194 0.129 0.123 0.123 0.141 0.035 119 H 0.177 0.165 0.192 0.212 0.146 0.080 0.028 120 L 0.152 0.125 0.104 0.166 0.195 0.212 0.047 121 R 0.193 0.247 0.227 0.192 0.094 0.037 0.010 122 T 0.188 0.206 0.182 0.194 0.152 0.071 0.006 123 Q 0.239 0.221 0.223 0.181 0.100 0.031 0.005 124 N 0.432 0.295 0.150 0.080 0.032 0.009 0.001 125 Y 0.421 0.238 0.178 0.111 0.042 0.009 0.001 126 Y 0.392 0.245 0.173 0.129 0.049 0.010 0.001 127 S 0.618 0.229 0.094 0.041 0.015 0.003 0.001 128 D 0.607 0.228 0.097 0.047 0.017 0.004 0.001 129 L 0.362 0.216 0.182 0.156 0.068 0.015 0.001 130 R 0.643 0.227 0.081 0.036 0.011 0.002 0.001 131 K 0.640 0.216 0.089 0.041 0.012 0.002 0.001 132 N 0.667 0.192 0.085 0.041 0.013 0.002 0.001 133 E 0.640 0.224 0.085 0.037 0.011 0.002 0.001 134 G 0.434 0.233 0.165 0.112 0.045 0.010 0.001 135 H 0.352 0.300 0.184 0.112 0.042 0.010 0.001 136 H 0.242 0.183 0.191 0.215 0.130 0.035 0.002 137 H 0.359 0.278 0.187 0.119 0.045 0.011 0.001 138 H 0.437 0.267 0.163 0.089 0.034 0.009 0.001 139 H 0.566 0.213 0.118 0.069 0.028 0.006 0.001 140 H 0.629 0.208 0.101 0.043 0.014 0.004 0.001