# TARGET T0634 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0634.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1163 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.018 0.002 0.004 0.078 0.887 2 S 0.057 0.065 0.010 0.007 0.384 0.476 3 L 0.163 0.004 0.008 0.005 0.452 0.368 4 K 0.546 0.006 0.009 0.003 0.316 0.120 5 K 0.968 0.008 0.001 0.001 0.013 0.011 6 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 7 L 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 8 I 0.948 0.002 0.001 0.001 0.007 0.043 9 I 0.658 0.008 0.001 0.001 0.053 0.278 10 D 0.084 0.008 0.002 0.001 0.146 0.759 11 Q 0.004 0.003 0.004 0.005 0.210 0.774 12 Q 0.001 0.001 0.151 0.569 0.224 0.055 13 D 0.001 0.001 0.092 0.761 0.134 0.012 14 F 0.001 0.002 0.042 0.893 0.055 0.007 15 S 0.001 0.001 0.004 0.974 0.014 0.007 16 R 0.001 0.001 0.004 0.974 0.015 0.006 17 I 0.002 0.002 0.004 0.978 0.011 0.003 18 E 0.005 0.001 0.004 0.963 0.017 0.010 19 L 0.003 0.001 0.003 0.968 0.016 0.009 20 K 0.001 0.001 0.002 0.978 0.011 0.008 21 N 0.001 0.001 0.001 0.984 0.008 0.006 22 F 0.001 0.001 0.008 0.959 0.021 0.010 23 L 0.001 0.001 0.022 0.919 0.038 0.019 24 D 0.003 0.001 0.034 0.852 0.071 0.038 25 S 0.004 0.001 0.017 0.746 0.095 0.137 26 E 0.006 0.001 0.001 0.008 0.103 0.882 27 Y 0.148 0.003 0.001 0.003 0.127 0.719 28 L 0.744 0.006 0.001 0.002 0.048 0.200 29 V 0.978 0.002 0.001 0.001 0.004 0.016 30 I 0.981 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 31 E 0.969 0.003 0.001 0.001 0.005 0.023 32 S 0.794 0.007 0.004 0.002 0.079 0.115 33 K 0.167 0.010 0.007 0.006 0.304 0.507 34 N 0.023 0.008 0.002 0.010 0.353 0.603 35 E 0.001 0.001 0.010 0.920 0.053 0.016 36 K 0.001 0.001 0.001 0.988 0.008 0.002 37 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 38 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 39 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 40 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 41 Q 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 42 I 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 43 D 0.001 0.001 0.009 0.984 0.005 0.002 44 H 0.001 0.001 0.013 0.931 0.036 0.019 45 H 0.001 0.001 0.019 0.683 0.112 0.183 46 H 0.007 0.004 0.014 0.032 0.458 0.485 47 P 0.017 0.003 0.011 0.005 0.610 0.355 48 D 0.114 0.004 0.020 0.003 0.561 0.298 49 L 0.949 0.002 0.001 0.001 0.025 0.023 50 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 51 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 52 L 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 53 D 0.722 0.003 0.015 0.001 0.064 0.194 54 M 0.355 0.011 0.067 0.005 0.274 0.288 55 D 0.160 0.027 0.123 0.007 0.414 0.270 56 I 0.077 0.020 0.122 0.005 0.710 0.066 57 I 0.040 0.011 0.076 0.004 0.785 0.085 58 G 0.018 0.009 0.043 0.004 0.845 0.080 59 E 0.014 0.017 0.024 0.017 0.825 0.102 60 N 0.011 0.018 0.009 0.028 0.434 0.500 61 S 0.006 0.008 0.011 0.766 0.128 0.081 62 P 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 63 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 64 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 65 C 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 66 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 67 K 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 68 L 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 69 K 0.001 0.001 0.005 0.986 0.004 0.005 70 R 0.001 0.001 0.007 0.864 0.040 0.086 71 S 0.002 0.005 0.016 0.175 0.376 0.426 72 K 0.003 0.007 0.086 0.070 0.661 0.173 73 G 0.003 0.010 0.132 0.052 0.735 0.068 74 L 0.004 0.013 0.157 0.017 0.794 0.015 75 K 0.007 0.002 0.048 0.015 0.853 0.074 76 N 0.019 0.007 0.029 0.007 0.707 0.232 77 V 0.102 0.032 0.003 0.004 0.560 0.299 78 P 0.238 0.004 0.002 0.005 0.095 0.657 79 L 0.953 0.010 0.001 0.002 0.008 0.026 80 I 0.981 0.001 0.001 0.003 0.004 0.010 81 L 0.971 0.002 0.002 0.005 0.006 0.013 82 L 0.845 0.004 0.007 0.011 0.035 0.099 83 F 0.624 0.010 0.023 0.018 0.166 0.158 84 S 0.252 0.007 0.062 0.043 0.406 0.229 85 S 0.129 0.016 0.065 0.051 0.527 0.212 86 E 0.047 0.029 0.036 0.046 0.596 0.246 87 H 0.030 0.005 0.024 0.209 0.383 0.349 88 K 0.006 0.001 0.019 0.864 0.083 0.027 89 E 0.006 0.001 0.017 0.894 0.061 0.022 90 A 0.006 0.001 0.008 0.929 0.024 0.032 91 I 0.004 0.001 0.002 0.985 0.003 0.006 92 V 0.002 0.001 0.001 0.993 0.003 0.002 93 N 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 94 G 0.002 0.001 0.003 0.984 0.008 0.003 95 L 0.001 0.001 0.010 0.970 0.014 0.004 96 H 0.001 0.001 0.012 0.954 0.021 0.011 97 S 0.001 0.002 0.019 0.882 0.037 0.058 98 G 0.014 0.016 0.006 0.065 0.200 0.698 99 A 0.018 0.010 0.039 0.071 0.394 0.468 100 D 0.048 0.009 0.075 0.061 0.580 0.225 101 D 0.268 0.016 0.065 0.042 0.503 0.106 102 Y 0.568 0.024 0.031 0.059 0.216 0.102 103 L 0.569 0.053 0.018 0.056 0.229 0.074 104 T 0.468 0.034 0.015 0.037 0.257 0.190 105 K 0.088 0.005 0.008 0.012 0.424 0.463 106 P 0.029 0.017 0.016 0.011 0.477 0.450 107 F 0.013 0.044 0.019 0.019 0.356 0.549 108 N 0.007 0.025 0.010 0.046 0.243 0.669 109 R 0.001 0.001 0.025 0.945 0.020 0.009 110 N 0.001 0.001 0.005 0.986 0.007 0.002 111 D 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 112 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 113 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 114 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 115 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 116 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 117 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 118 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 119 H 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 120 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.005 0.005 121 R 0.001 0.001 0.001 0.948 0.020 0.030 122 T 0.001 0.001 0.001 0.915 0.032 0.052 123 Q 0.001 0.001 0.001 0.891 0.037 0.069 124 N 0.001 0.001 0.005 0.757 0.080 0.156 125 Y 0.001 0.002 0.009 0.797 0.075 0.116 126 Y 0.002 0.001 0.010 0.863 0.059 0.065 127 S 0.002 0.001 0.008 0.891 0.052 0.047 128 D 0.002 0.001 0.009 0.880 0.049 0.059 129 L 0.004 0.002 0.014 0.821 0.070 0.089 130 R 0.005 0.003 0.024 0.832 0.080 0.056 131 K 0.006 0.003 0.025 0.821 0.087 0.058 132 N 0.008 0.002 0.025 0.665 0.145 0.155 133 E 0.016 0.006 0.038 0.591 0.167 0.183 134 G 0.035 0.013 0.049 0.466 0.201 0.237 135 H 0.048 0.021 0.083 0.401 0.241 0.207 136 H 0.078 0.020 0.104 0.236 0.359 0.203 137 H 0.071 0.011 0.078 0.163 0.370 0.306 138 H 0.066 0.019 0.028 0.125 0.274 0.489 139 H 0.049 0.032 0.007 0.067 0.170 0.676 140 H 0.002 0.005 0.001 0.007 0.021 0.965