# TARGET T0634 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0634.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1163 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 S 0.062 0.017 0.003 0.002 0.004 0.013 0.900 3 L 0.075 0.007 0.019 0.004 0.263 0.154 0.478 4 K 0.365 0.004 0.014 0.002 0.251 0.078 0.286 5 K 0.894 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.095 6 I 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 7 L 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 8 I 0.897 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.091 9 I 0.305 0.007 0.001 0.002 0.125 0.013 0.547 10 D 0.038 0.009 0.002 0.006 0.242 0.028 0.675 11 Q 0.004 0.003 0.012 0.078 0.212 0.083 0.609 12 Q 0.001 0.001 0.046 0.779 0.059 0.103 0.012 13 D 0.001 0.001 0.023 0.912 0.019 0.037 0.010 14 F 0.001 0.001 0.005 0.974 0.005 0.010 0.006 15 S 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.004 0.003 16 R 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.002 17 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 20 K 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.009 0.001 21 N 0.001 0.001 0.001 0.980 0.001 0.014 0.003 22 F 0.003 0.001 0.002 0.962 0.005 0.022 0.006 23 L 0.005 0.001 0.011 0.895 0.008 0.066 0.012 24 D 0.011 0.002 0.032 0.680 0.061 0.158 0.056 25 S 0.001 0.001 0.016 0.132 0.058 0.782 0.010 26 E 0.002 0.001 0.003 0.002 0.033 0.936 0.023 27 Y 0.196 0.003 0.001 0.001 0.042 0.006 0.751 28 L 0.819 0.011 0.001 0.001 0.027 0.001 0.141 29 V 0.947 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.043 30 I 0.964 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.027 31 E 0.906 0.004 0.001 0.001 0.006 0.002 0.080 32 S 0.583 0.006 0.005 0.002 0.045 0.049 0.310 33 K 0.114 0.012 0.008 0.005 0.416 0.251 0.195 34 N 0.024 0.005 0.001 0.005 0.666 0.060 0.238 35 E 0.012 0.009 0.011 0.422 0.207 0.061 0.278 36 K 0.001 0.001 0.012 0.951 0.011 0.016 0.007 37 E 0.001 0.001 0.009 0.978 0.003 0.008 0.002 38 A 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.006 0.002 39 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.004 0.001 40 E 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.007 0.002 41 Q 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.009 0.002 42 I 0.001 0.001 0.005 0.975 0.003 0.014 0.002 43 D 0.001 0.001 0.012 0.924 0.002 0.059 0.002 44 H 0.001 0.001 0.014 0.661 0.015 0.297 0.012 45 H 0.003 0.006 0.010 0.509 0.153 0.232 0.088 46 H 0.014 0.021 0.001 0.021 0.164 0.028 0.751 47 P 0.017 0.001 0.002 0.012 0.100 0.012 0.856 48 D 0.076 0.001 0.001 0.010 0.831 0.008 0.074 49 L 0.949 0.013 0.002 0.018 0.003 0.001 0.013 50 V 0.982 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.004 51 I 0.982 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.006 52 L 0.935 0.001 0.003 0.011 0.009 0.004 0.037 53 D 0.597 0.003 0.014 0.025 0.113 0.027 0.221 54 M 0.320 0.018 0.048 0.060 0.156 0.110 0.290 55 D 0.140 0.096 0.068 0.064 0.186 0.132 0.314 56 I 0.093 0.035 0.035 0.022 0.294 0.077 0.443 57 I 0.020 0.011 0.062 0.022 0.246 0.451 0.187 58 G 0.012 0.011 0.029 0.012 0.255 0.513 0.168 59 E 0.014 0.016 0.036 0.027 0.254 0.207 0.445 60 N 0.025 0.015 0.016 0.047 0.303 0.160 0.433 61 S 0.011 0.005 0.066 0.701 0.093 0.066 0.057 62 P 0.002 0.001 0.024 0.944 0.010 0.010 0.008 63 N 0.002 0.001 0.016 0.968 0.002 0.007 0.004 64 L 0.003 0.001 0.012 0.969 0.002 0.009 0.004 65 C 0.004 0.001 0.008 0.970 0.003 0.012 0.004 66 L 0.004 0.001 0.011 0.964 0.003 0.014 0.004 67 K 0.004 0.001 0.015 0.934 0.006 0.037 0.004 68 L 0.009 0.003 0.023 0.888 0.013 0.048 0.017 69 K 0.014 0.006 0.057 0.735 0.023 0.131 0.034 70 R 0.012 0.004 0.038 0.533 0.103 0.237 0.073 71 S 0.009 0.004 0.035 0.106 0.148 0.099 0.598 72 K 0.002 0.002 0.218 0.149 0.063 0.524 0.043 73 G 0.002 0.002 0.266 0.064 0.062 0.562 0.041 74 L 0.009 0.010 0.436 0.068 0.113 0.134 0.230 75 K 0.021 0.010 0.143 0.071 0.149 0.421 0.185 76 N 0.063 0.008 0.055 0.039 0.193 0.405 0.236 77 V 0.283 0.009 0.003 0.007 0.233 0.010 0.455 78 P 0.628 0.005 0.001 0.003 0.043 0.003 0.317 79 L 0.959 0.003 0.001 0.002 0.004 0.001 0.029 80 I 0.983 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 81 L 0.979 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.015 82 L 0.956 0.002 0.002 0.002 0.004 0.001 0.033 83 F 0.782 0.014 0.005 0.003 0.022 0.004 0.170 84 S 0.469 0.008 0.042 0.020 0.097 0.056 0.307 85 S 0.124 0.010 0.082 0.053 0.211 0.202 0.317 86 E 0.021 0.012 0.079 0.129 0.303 0.195 0.261 87 H 0.020 0.010 0.025 0.286 0.242 0.073 0.344 88 K 0.004 0.001 0.017 0.896 0.026 0.028 0.028 89 E 0.004 0.001 0.007 0.938 0.016 0.017 0.017 90 A 0.003 0.001 0.006 0.956 0.010 0.012 0.014 91 I 0.003 0.001 0.003 0.971 0.006 0.009 0.007 92 V 0.004 0.001 0.002 0.966 0.004 0.018 0.007 93 N 0.004 0.001 0.003 0.889 0.006 0.089 0.008 94 G 0.008 0.001 0.006 0.821 0.017 0.123 0.023 95 L 0.024 0.009 0.029 0.742 0.044 0.063 0.090 96 H 0.073 0.010 0.094 0.458 0.110 0.150 0.105 97 S 0.042 0.007 0.060 0.156 0.156 0.461 0.119 98 G 0.043 0.031 0.040 0.049 0.111 0.448 0.278 99 A 0.074 0.012 0.031 0.035 0.226 0.099 0.523 100 D 0.098 0.010 0.068 0.041 0.495 0.080 0.208 101 D 0.281 0.049 0.124 0.074 0.064 0.141 0.268 102 Y 0.462 0.012 0.072 0.060 0.028 0.269 0.098 103 L 0.562 0.021 0.033 0.062 0.058 0.180 0.083 104 T 0.413 0.009 0.008 0.014 0.209 0.063 0.283 105 K 0.234 0.011 0.002 0.002 0.277 0.018 0.457 106 P 0.170 0.051 0.002 0.001 0.117 0.014 0.645 107 F 0.053 0.059 0.002 0.002 0.235 0.013 0.637 108 N 0.015 0.008 0.001 0.005 0.192 0.006 0.774 109 R 0.001 0.001 0.034 0.877 0.027 0.042 0.020 110 N 0.001 0.001 0.012 0.968 0.005 0.013 0.002 111 D 0.001 0.001 0.009 0.980 0.003 0.005 0.003 112 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 113 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 114 S 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 115 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 116 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 117 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 118 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 119 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 120 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.001 121 R 0.001 0.001 0.001 0.966 0.002 0.028 0.002 122 T 0.001 0.001 0.001 0.923 0.008 0.058 0.009 123 Q 0.001 0.001 0.002 0.888 0.018 0.064 0.027 124 N 0.001 0.002 0.005 0.820 0.031 0.085 0.057 125 Y 0.001 0.002 0.008 0.780 0.041 0.062 0.106 126 Y 0.002 0.002 0.009 0.824 0.036 0.052 0.075 127 S 0.003 0.001 0.008 0.864 0.025 0.056 0.044 128 D 0.003 0.002 0.010 0.868 0.020 0.047 0.050 129 L 0.005 0.005 0.013 0.840 0.032 0.047 0.059 130 R 0.009 0.005 0.017 0.792 0.036 0.084 0.058 131 K 0.004 0.002 0.019 0.671 0.035 0.222 0.045 132 N 0.003 0.003 0.016 0.383 0.072 0.431 0.092 133 E 0.006 0.005 0.035 0.242 0.122 0.345 0.245 134 G 0.014 0.009 0.089 0.167 0.191 0.261 0.270 135 H 0.039 0.022 0.135 0.172 0.164 0.204 0.263 136 H 0.057 0.030 0.096 0.129 0.170 0.117 0.402 137 H 0.084 0.029 0.059 0.098 0.160 0.128 0.442 138 H 0.115 0.026 0.055 0.094 0.168 0.164 0.378 139 H 0.078 0.036 0.028 0.068 0.067 0.117 0.607 140 H 0.004 0.003 0.005 0.014 0.020 0.007 0.948