# TARGET T0632 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0632.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1934 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.003 0.019 0.094 0.075 0.801 2 D 0.021 0.019 0.123 0.314 0.100 0.423 3 K 0.038 0.030 0.095 0.378 0.142 0.316 4 R 0.055 0.035 0.099 0.451 0.223 0.137 5 L 0.031 0.009 0.063 0.362 0.426 0.109 6 Q 0.021 0.015 0.024 0.197 0.581 0.163 7 Q 0.019 0.019 0.022 0.302 0.399 0.239 8 D 0.028 0.007 0.013 0.216 0.369 0.368 9 R 0.031 0.008 0.050 0.438 0.235 0.237 10 I 0.053 0.016 0.085 0.662 0.113 0.071 11 V 0.041 0.009 0.112 0.728 0.069 0.041 12 D 0.030 0.006 0.112 0.732 0.071 0.048 13 K 0.023 0.004 0.110 0.722 0.067 0.073 14 M 0.037 0.009 0.084 0.627 0.127 0.115 15 E 0.046 0.013 0.061 0.560 0.188 0.132 16 R 0.034 0.011 0.040 0.390 0.292 0.234 17 F 0.019 0.011 0.011 0.116 0.495 0.349 18 L 0.010 0.004 0.072 0.231 0.560 0.123 19 S 0.015 0.008 0.095 0.298 0.479 0.105 20 T 0.017 0.008 0.153 0.442 0.309 0.072 21 A 0.030 0.016 0.094 0.566 0.170 0.125 22 N 0.044 0.009 0.054 0.580 0.142 0.171 23 E 0.030 0.007 0.039 0.599 0.125 0.201 24 E 0.037 0.010 0.045 0.474 0.158 0.277 25 E 0.027 0.005 0.107 0.512 0.183 0.166 26 K 0.022 0.006 0.182 0.418 0.234 0.138 27 D 0.019 0.004 0.176 0.281 0.343 0.177 28 V 0.017 0.006 0.086 0.183 0.361 0.347 29 L 0.006 0.007 0.021 0.113 0.283 0.569 30 S 0.003 0.004 0.018 0.090 0.283 0.602 31 S 0.003 0.002 0.082 0.555 0.242 0.117 32 I 0.005 0.002 0.064 0.610 0.243 0.077 33 V 0.005 0.002 0.052 0.654 0.203 0.084 34 D 0.011 0.004 0.024 0.712 0.125 0.124 35 G 0.011 0.005 0.025 0.804 0.097 0.057 36 L 0.011 0.004 0.032 0.786 0.099 0.068 37 L 0.018 0.003 0.045 0.687 0.130 0.117 38 A 0.019 0.004 0.045 0.741 0.106 0.085 39 K 0.024 0.003 0.042 0.724 0.108 0.099 40 Q 0.027 0.003 0.042 0.685 0.117 0.127 41 E 0.062 0.006 0.036 0.475 0.154 0.267 42 R 0.068 0.015 0.035 0.398 0.178 0.307 43 R 0.060 0.018 0.039 0.270 0.292 0.321 44 Y 0.042 0.011 0.042 0.148 0.363 0.395 45 A 0.020 0.007 0.038 0.095 0.401 0.440 46 T 0.021 0.006 0.046 0.084 0.482 0.361 47 Y 0.031 0.010 0.073 0.155 0.433 0.297 48 L 0.051 0.022 0.160 0.298 0.344 0.125 49 A 0.075 0.010 0.273 0.285 0.287 0.072 50 S 0.100 0.007 0.235 0.272 0.272 0.115 51 L 0.154 0.023 0.158 0.220 0.303 0.142 52 T 0.180 0.021 0.045 0.114 0.306 0.334 53 Q 0.178 0.003 0.005 0.005 0.202 0.607 54 I 0.645 0.004 0.002 0.002 0.073 0.275 55 E 0.934 0.002 0.001 0.001 0.015 0.048 56 S 0.977 0.003 0.001 0.001 0.004 0.016 57 Q 0.967 0.001 0.001 0.001 0.008 0.022 58 E 0.935 0.003 0.001 0.001 0.016 0.044 59 R 0.758 0.010 0.003 0.001 0.089 0.139 60 E 0.172 0.016 0.005 0.002 0.743 0.061 61 D 0.024 0.002 0.018 0.002 0.925 0.027 62 G 0.048 0.003 0.010 0.001 0.902 0.035 63 R 0.704 0.008 0.002 0.001 0.233 0.053 64 F 0.963 0.002 0.001 0.001 0.005 0.030 65 E 0.991 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 66 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 67 R 0.966 0.001 0.001 0.001 0.004 0.029 68 L 0.784 0.004 0.001 0.001 0.026 0.185 69 P 0.412 0.018 0.001 0.002 0.128 0.440 70 I 0.068 0.014 0.002 0.004 0.180 0.732 71 G 0.028 0.017 0.013 0.011 0.366 0.566 72 P 0.010 0.006 0.462 0.066 0.384 0.072 73 L 0.008 0.002 0.518 0.074 0.329 0.069 74 V 0.012 0.013 0.508 0.142 0.286 0.038 75 N 0.027 0.024 0.186 0.231 0.358 0.174 76 N 0.024 0.020 0.031 0.091 0.476 0.358 77 P 0.021 0.020 0.060 0.050 0.628 0.221 78 L 0.031 0.007 0.059 0.050 0.636 0.217 79 N 0.129 0.014 0.069 0.062 0.538 0.189 80 M 0.441 0.034 0.042 0.100 0.221 0.161 81 V 0.584 0.048 0.014 0.091 0.066 0.197 82 H 0.285 0.016 0.022 0.413 0.082 0.181 83 G 0.021 0.002 0.036 0.662 0.084 0.194 84 G 0.004 0.002 0.040 0.880 0.028 0.047 85 I 0.001 0.001 0.028 0.957 0.008 0.006 86 T 0.001 0.001 0.014 0.978 0.004 0.003 87 A 0.001 0.001 0.008 0.983 0.005 0.003 88 T 0.001 0.001 0.014 0.968 0.009 0.008 89 L 0.001 0.001 0.028 0.966 0.005 0.001 90 L 0.001 0.001 0.035 0.945 0.017 0.003 91 D 0.001 0.001 0.041 0.917 0.028 0.014 92 T 0.001 0.001 0.029 0.944 0.016 0.010 93 A 0.001 0.001 0.022 0.929 0.024 0.024 94 M 0.001 0.003 0.027 0.942 0.018 0.010 95 G 0.001 0.001 0.013 0.945 0.026 0.013 96 Q 0.004 0.001 0.012 0.950 0.021 0.011 97 M 0.006 0.002 0.011 0.961 0.013 0.006 98 V 0.009 0.001 0.019 0.936 0.021 0.015 99 N 0.017 0.003 0.054 0.865 0.038 0.023 100 R 0.017 0.004 0.063 0.822 0.052 0.042 101 Q 0.047 0.013 0.049 0.500 0.149 0.242 102 L 0.046 0.029 0.014 0.059 0.255 0.597 103 P 0.020 0.010 0.014 0.015 0.832 0.108 104 D 0.008 0.002 0.043 0.014 0.901 0.033 105 G 0.014 0.002 0.026 0.003 0.926 0.029 106 Q 0.207 0.014 0.013 0.001 0.695 0.069 107 S 0.650 0.014 0.001 0.001 0.081 0.254 108 A 0.892 0.009 0.001 0.001 0.024 0.074 109 V 0.925 0.002 0.001 0.001 0.017 0.055 110 T 0.955 0.002 0.001 0.001 0.010 0.032 111 S 0.946 0.002 0.001 0.001 0.013 0.038 112 E 0.966 0.002 0.001 0.001 0.010 0.022 113 L 0.952 0.001 0.001 0.001 0.014 0.032 114 N 0.953 0.003 0.001 0.001 0.014 0.029 115 I 0.948 0.005 0.003 0.001 0.018 0.025 116 H 0.897 0.002 0.006 0.002 0.046 0.047 117 Y 0.866 0.006 0.010 0.004 0.058 0.056 118 V 0.814 0.009 0.005 0.005 0.069 0.097 119 K 0.798 0.016 0.003 0.006 0.068 0.109 120 P 0.592 0.022 0.004 0.007 0.136 0.239 121 G 0.273 0.042 0.005 0.008 0.513 0.158 122 M 0.100 0.009 0.004 0.004 0.703 0.180 123 G 0.030 0.002 0.003 0.001 0.877 0.087 124 T 0.162 0.007 0.002 0.001 0.599 0.228 125 Y 0.780 0.014 0.001 0.001 0.059 0.147 126 L 0.966 0.002 0.001 0.001 0.007 0.025 127 R 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 128 A 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 129 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 130 A 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 131 S 0.987 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 132 I 0.982 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 133 V 0.968 0.001 0.001 0.001 0.015 0.014 134 H 0.892 0.004 0.001 0.001 0.078 0.024 135 Q 0.488 0.006 0.006 0.003 0.432 0.065 136 G 0.078 0.002 0.009 0.003 0.851 0.057 137 K 0.142 0.004 0.012 0.003 0.743 0.096 138 Q 0.735 0.010 0.002 0.001 0.125 0.127 139 R 0.945 0.003 0.001 0.001 0.015 0.037 140 I 0.978 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 141 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 142 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 143 E 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 144 G 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 145 K 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 146 V 0.967 0.002 0.001 0.001 0.008 0.023 147 Y 0.938 0.014 0.001 0.001 0.014 0.034 148 T 0.386 0.024 0.002 0.001 0.557 0.031 149 D 0.009 0.001 0.005 0.001 0.980 0.005 150 Q 0.004 0.001 0.003 0.001 0.990 0.003 151 G 0.031 0.006 0.004 0.001 0.950 0.009 152 E 0.625 0.008 0.001 0.001 0.138 0.229 153 T 0.962 0.005 0.001 0.001 0.006 0.027 154 V 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 155 A 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 156 M 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 157 G 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 158 T 0.987 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 159 G 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 160 S 0.987 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 161 F 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 162 F 0.966 0.001 0.001 0.001 0.008 0.025 163 V 0.913 0.006 0.001 0.001 0.019 0.060 164 L 0.562 0.005 0.002 0.002 0.090 0.339 165 R 0.227 0.022 0.003 0.003 0.235 0.509 166 S 0.056 0.013 0.006 0.003 0.221 0.700 167 R 0.019 0.010 0.008 0.006 0.168 0.790 168 G 0.003 0.005 0.006 0.005 0.125 0.857