# TARGET T0632 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0632.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1934 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.005 0.798 0.001 0.011 0.127 0.001 0.001 0.002 0.038 0.008 0.004 0.006 2 D 0.001 0.011 0.542 0.001 0.074 0.311 0.001 0.001 0.004 0.015 0.030 0.001 0.011 3 K 0.002 0.010 0.107 0.001 0.221 0.491 0.001 0.001 0.007 0.050 0.101 0.006 0.004 4 R 0.004 0.007 0.067 0.001 0.245 0.458 0.001 0.001 0.008 0.043 0.150 0.004 0.009 5 L 0.014 0.014 0.152 0.003 0.189 0.368 0.003 0.001 0.012 0.058 0.153 0.011 0.022 6 Q 0.005 0.010 0.280 0.002 0.057 0.221 0.002 0.001 0.009 0.173 0.179 0.036 0.025 7 Q 0.001 0.011 0.259 0.002 0.035 0.200 0.001 0.001 0.006 0.171 0.291 0.003 0.020 8 D 0.001 0.002 0.288 0.001 0.008 0.229 0.001 0.001 0.003 0.398 0.055 0.010 0.004 9 R 0.001 0.011 0.291 0.001 0.020 0.513 0.001 0.001 0.004 0.057 0.087 0.001 0.014 10 I 0.002 0.013 0.172 0.001 0.022 0.657 0.001 0.001 0.011 0.053 0.048 0.009 0.011 11 V 0.003 0.009 0.126 0.002 0.024 0.737 0.002 0.002 0.013 0.039 0.022 0.004 0.019 12 D 0.003 0.007 0.195 0.002 0.037 0.603 0.001 0.001 0.026 0.057 0.028 0.028 0.013 13 K 0.003 0.008 0.133 0.001 0.046 0.651 0.001 0.001 0.010 0.043 0.068 0.006 0.028 14 M 0.003 0.011 0.115 0.001 0.102 0.591 0.001 0.001 0.005 0.066 0.084 0.007 0.014 15 E 0.002 0.008 0.224 0.003 0.085 0.365 0.001 0.001 0.003 0.084 0.206 0.008 0.011 16 R 0.001 0.011 0.266 0.001 0.055 0.285 0.001 0.001 0.002 0.113 0.256 0.003 0.007 17 F 0.001 0.004 0.596 0.001 0.018 0.057 0.001 0.001 0.001 0.269 0.048 0.003 0.004 18 L 0.001 0.003 0.265 0.001 0.118 0.173 0.001 0.001 0.001 0.105 0.329 0.001 0.003 19 S 0.001 0.008 0.177 0.001 0.136 0.257 0.001 0.001 0.001 0.106 0.307 0.003 0.004 20 T 0.001 0.009 0.194 0.001 0.158 0.436 0.001 0.001 0.002 0.099 0.081 0.005 0.013 21 A 0.005 0.013 0.211 0.003 0.084 0.507 0.001 0.001 0.005 0.056 0.092 0.009 0.014 22 N 0.007 0.016 0.184 0.004 0.073 0.456 0.002 0.001 0.007 0.079 0.121 0.016 0.035 23 E 0.006 0.019 0.244 0.007 0.050 0.472 0.002 0.001 0.011 0.079 0.062 0.010 0.037 24 E 0.003 0.008 0.319 0.007 0.039 0.322 0.001 0.001 0.011 0.155 0.033 0.079 0.020 25 E 0.002 0.018 0.266 0.004 0.112 0.384 0.001 0.001 0.012 0.050 0.084 0.004 0.062 26 K 0.005 0.012 0.159 0.006 0.324 0.292 0.001 0.001 0.006 0.053 0.118 0.012 0.012 27 D 0.004 0.007 0.136 0.002 0.212 0.247 0.001 0.001 0.007 0.138 0.221 0.011 0.013 28 V 0.003 0.016 0.230 0.002 0.147 0.179 0.001 0.001 0.005 0.122 0.268 0.006 0.021 29 L 0.001 0.007 0.534 0.001 0.016 0.059 0.001 0.001 0.004 0.308 0.037 0.025 0.007 30 S 0.001 0.007 0.823 0.001 0.011 0.048 0.001 0.001 0.002 0.064 0.030 0.001 0.013 31 S 0.001 0.004 0.150 0.001 0.072 0.504 0.001 0.001 0.001 0.086 0.179 0.002 0.001 32 I 0.001 0.002 0.069 0.001 0.061 0.694 0.001 0.001 0.001 0.049 0.123 0.001 0.001 33 V 0.001 0.003 0.109 0.001 0.052 0.750 0.001 0.001 0.001 0.036 0.045 0.001 0.002 34 D 0.001 0.005 0.097 0.001 0.023 0.812 0.001 0.001 0.002 0.027 0.028 0.001 0.004 35 G 0.001 0.002 0.036 0.001 0.024 0.897 0.001 0.001 0.001 0.012 0.024 0.001 0.002 36 L 0.002 0.001 0.021 0.001 0.028 0.901 0.001 0.001 0.001 0.014 0.027 0.002 0.001 37 L 0.001 0.001 0.016 0.001 0.021 0.923 0.001 0.001 0.001 0.008 0.024 0.001 0.002 38 A 0.002 0.003 0.018 0.001 0.019 0.903 0.001 0.001 0.002 0.011 0.037 0.001 0.003 39 K 0.001 0.002 0.019 0.001 0.017 0.874 0.001 0.001 0.001 0.012 0.068 0.001 0.002 40 Q 0.002 0.002 0.034 0.001 0.029 0.753 0.001 0.001 0.001 0.030 0.146 0.001 0.002 41 E 0.002 0.003 0.105 0.001 0.031 0.582 0.001 0.001 0.003 0.086 0.178 0.004 0.004 42 R 0.002 0.018 0.226 0.001 0.048 0.461 0.001 0.001 0.005 0.082 0.143 0.003 0.011 43 R 0.002 0.017 0.243 0.001 0.048 0.404 0.001 0.001 0.005 0.130 0.128 0.013 0.009 44 Y 0.001 0.010 0.310 0.001 0.044 0.292 0.001 0.001 0.003 0.110 0.216 0.003 0.011 45 A 0.001 0.008 0.331 0.001 0.036 0.288 0.001 0.001 0.002 0.180 0.144 0.003 0.006 46 T 0.001 0.006 0.382 0.001 0.035 0.376 0.001 0.001 0.002 0.126 0.063 0.004 0.005 47 Y 0.001 0.006 0.189 0.001 0.098 0.538 0.001 0.001 0.002 0.042 0.115 0.002 0.007 48 L 0.003 0.006 0.129 0.002 0.125 0.562 0.001 0.001 0.005 0.050 0.101 0.008 0.007 49 A 0.005 0.006 0.119 0.002 0.153 0.514 0.004 0.009 0.005 0.046 0.114 0.006 0.016 50 S 0.007 0.007 0.080 0.006 0.154 0.409 0.008 0.005 0.015 0.047 0.235 0.010 0.015 51 L 0.010 0.010 0.144 0.004 0.107 0.308 0.013 0.007 0.015 0.068 0.254 0.019 0.040 52 T 0.007 0.010 0.176 0.025 0.045 0.098 0.004 0.003 0.020 0.157 0.416 0.016 0.025 53 Q 0.004 0.001 0.193 0.112 0.017 0.008 0.002 0.001 0.016 0.243 0.349 0.031 0.023 54 I 0.048 0.008 0.299 0.009 0.003 0.004 0.023 0.001 0.042 0.049 0.008 0.055 0.453 55 E 0.056 0.007 0.066 0.013 0.001 0.001 0.039 0.001 0.082 0.005 0.001 0.625 0.105 56 S 0.045 0.003 0.037 0.019 0.001 0.001 0.042 0.002 0.040 0.002 0.001 0.025 0.783 57 Q 0.038 0.002 0.035 0.487 0.001 0.001 0.023 0.001 0.016 0.002 0.001 0.352 0.044 58 E 0.058 0.004 0.050 0.011 0.001 0.001 0.031 0.001 0.013 0.007 0.001 0.078 0.745 59 R 0.068 0.017 0.151 0.120 0.016 0.004 0.025 0.001 0.013 0.029 0.010 0.100 0.446 60 E 0.020 0.013 0.214 0.012 0.015 0.002 0.003 0.001 0.001 0.125 0.038 0.410 0.147 61 D 0.001 0.001 0.019 0.009 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.814 0.002 0.017 62 G 0.006 0.001 0.022 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.139 0.777 0.039 0.006 63 R 0.489 0.003 0.049 0.004 0.001 0.001 0.013 0.001 0.002 0.037 0.010 0.045 0.349 64 F 0.810 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.003 0.002 0.001 0.110 0.041 65 E 0.838 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.042 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.091 66 V 0.740 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.040 0.001 0.003 0.001 0.001 0.184 0.022 67 R 0.632 0.001 0.015 0.003 0.001 0.001 0.037 0.002 0.009 0.003 0.001 0.016 0.280 68 L 0.195 0.004 0.074 0.008 0.001 0.002 0.014 0.001 0.020 0.018 0.001 0.594 0.067 69 P 0.045 0.005 0.311 0.004 0.002 0.002 0.006 0.001 0.036 0.038 0.009 0.025 0.517 70 I 0.023 0.039 0.595 0.012 0.021 0.007 0.004 0.001 0.022 0.095 0.031 0.070 0.081 71 G 0.002 0.013 0.741 0.004 0.037 0.018 0.001 0.001 0.005 0.108 0.023 0.010 0.040 72 P 0.001 0.002 0.070 0.003 0.341 0.164 0.001 0.001 0.001 0.097 0.311 0.004 0.007 73 L 0.001 0.003 0.048 0.001 0.422 0.184 0.001 0.001 0.001 0.041 0.292 0.003 0.006 74 V 0.004 0.017 0.123 0.002 0.370 0.259 0.002 0.001 0.002 0.082 0.097 0.007 0.036 75 N 0.005 0.032 0.198 0.003 0.118 0.259 0.002 0.002 0.007 0.065 0.280 0.010 0.021 76 N 0.003 0.017 0.195 0.006 0.044 0.077 0.001 0.001 0.002 0.253 0.374 0.011 0.018 77 P 0.001 0.010 0.311 0.008 0.058 0.069 0.001 0.001 0.001 0.266 0.256 0.009 0.012 78 L 0.003 0.010 0.158 0.012 0.079 0.086 0.001 0.001 0.002 0.242 0.373 0.008 0.026 79 N 0.009 0.009 0.279 0.008 0.067 0.091 0.001 0.002 0.010 0.239 0.231 0.032 0.023 80 M 0.025 0.030 0.346 0.004 0.040 0.206 0.004 0.006 0.036 0.133 0.071 0.020 0.079 81 V 0.023 0.028 0.179 0.005 0.025 0.506 0.004 0.011 0.047 0.073 0.041 0.016 0.043 82 H 0.009 0.010 0.132 0.008 0.013 0.679 0.002 0.007 0.026 0.061 0.033 0.012 0.009 83 G 0.003 0.003 0.063 0.001 0.014 0.828 0.001 0.003 0.011 0.040 0.022 0.003 0.006 84 G 0.002 0.001 0.016 0.001 0.015 0.939 0.001 0.001 0.002 0.013 0.008 0.001 0.002 85 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 86 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 87 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 88 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 89 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 93 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 95 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 96 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 97 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 98 V 0.002 0.001 0.005 0.001 0.016 0.919 0.001 0.001 0.001 0.004 0.048 0.002 0.001 99 N 0.003 0.002 0.012 0.001 0.030 0.834 0.001 0.001 0.001 0.010 0.099 0.001 0.005 100 R 0.005 0.002 0.049 0.003 0.053 0.619 0.001 0.001 0.002 0.041 0.207 0.009 0.008 101 Q 0.005 0.029 0.125 0.002 0.072 0.312 0.003 0.001 0.005 0.113 0.293 0.005 0.033 102 L 0.001 0.045 0.451 0.002 0.040 0.035 0.001 0.001 0.007 0.272 0.094 0.029 0.021 103 P 0.001 0.012 0.626 0.002 0.040 0.009 0.001 0.001 0.003 0.186 0.097 0.001 0.023 104 D 0.001 0.001 0.028 0.005 0.071 0.018 0.001 0.001 0.001 0.151 0.722 0.002 0.001 105 G 0.001 0.003 0.042 0.002 0.062 0.007 0.001 0.001 0.001 0.132 0.742 0.002 0.006 106 Q 0.005 0.009 0.615 0.008 0.022 0.007 0.001 0.001 0.011 0.195 0.043 0.024 0.059 107 S 0.054 0.024 0.351 0.036 0.006 0.006 0.009 0.003 0.050 0.117 0.025 0.093 0.224 108 A 0.171 0.018 0.109 0.014 0.003 0.005 0.022 0.010 0.082 0.027 0.008 0.146 0.385 109 V 0.347 0.007 0.061 0.031 0.002 0.003 0.045 0.017 0.037 0.012 0.003 0.299 0.135 110 T 0.362 0.004 0.047 0.016 0.002 0.004 0.037 0.008 0.041 0.007 0.002 0.074 0.394 111 S 0.507 0.001 0.030 0.049 0.002 0.002 0.042 0.005 0.022 0.008 0.002 0.257 0.072 112 E 0.582 0.001 0.018 0.013 0.002 0.002 0.070 0.003 0.021 0.003 0.001 0.038 0.244 113 L 0.728 0.001 0.013 0.021 0.002 0.002 0.040 0.003 0.006 0.002 0.001 0.120 0.063 114 N 0.764 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.043 0.002 0.007 0.002 0.001 0.062 0.108 115 I 0.649 0.001 0.015 0.006 0.003 0.004 0.055 0.003 0.008 0.003 0.001 0.067 0.183 116 H 0.637 0.001 0.026 0.020 0.003 0.004 0.032 0.001 0.008 0.008 0.004 0.160 0.097 117 Y 0.364 0.006 0.040 0.028 0.012 0.008 0.026 0.001 0.015 0.014 0.017 0.074 0.395 118 V 0.193 0.005 0.132 0.089 0.022 0.015 0.015 0.001 0.014 0.068 0.030 0.234 0.183 119 K 0.061 0.017 0.199 0.027 0.020 0.014 0.007 0.001 0.015 0.100 0.025 0.250 0.265 120 P 0.027 0.050 0.303 0.010 0.013 0.008 0.004 0.001 0.011 0.057 0.048 0.069 0.398 121 G 0.010 0.035 0.561 0.032 0.010 0.004 0.002 0.001 0.007 0.076 0.061 0.056 0.146 122 M 0.006 0.019 0.194 0.016 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.229 0.408 0.062 0.049 123 G 0.002 0.003 0.108 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.276 0.567 0.006 0.020 124 T 0.010 0.004 0.313 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.453 0.122 0.060 0.026 125 Y 0.121 0.007 0.200 0.006 0.001 0.001 0.009 0.001 0.009 0.055 0.009 0.036 0.547 126 L 0.383 0.003 0.031 0.003 0.001 0.001 0.029 0.001 0.006 0.004 0.001 0.445 0.094 127 R 0.697 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.233 128 A 0.693 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.263 0.017 129 V 0.697 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.262 130 A 0.688 0.001 0.006 0.013 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.241 0.040 131 S 0.571 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.150 0.256 132 I 0.252 0.003 0.034 0.008 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.050 0.645 133 V 0.281 0.004 0.063 0.197 0.002 0.001 0.009 0.001 0.003 0.010 0.001 0.292 0.139 134 H 0.100 0.004 0.054 0.009 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.030 0.007 0.158 0.631 135 Q 0.066 0.005 0.115 0.026 0.014 0.003 0.003 0.001 0.001 0.087 0.147 0.177 0.357 136 G 0.019 0.005 0.086 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.200 0.332 0.236 0.090 137 K 0.032 0.003 0.205 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.314 0.131 0.049 0.227 138 Q 0.211 0.005 0.078 0.007 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.047 0.007 0.365 0.270 139 R 0.453 0.002 0.013 0.011 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.003 0.001 0.081 0.417 140 I 0.737 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.192 0.042 141 V 0.804 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.155 142 V 0.836 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.021 143 E 0.780 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.175 144 G 0.825 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.036 145 K 0.714 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.004 0.001 0.001 0.048 0.203 146 V 0.630 0.004 0.031 0.002 0.001 0.001 0.026 0.001 0.009 0.001 0.001 0.102 0.194 147 Y 0.489 0.021 0.059 0.011 0.001 0.001 0.024 0.001 0.014 0.012 0.002 0.066 0.301 148 T 0.019 0.014 0.521 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.070 0.032 0.032 0.297 149 D 0.001 0.001 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.901 0.004 0.002 150 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.954 0.001 0.001 151 G 0.001 0.001 0.158 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.581 0.229 0.007 0.017 152 E 0.012 0.024 0.666 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.004 0.081 0.154 153 T 0.015 0.020 0.026 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.922 154 V 0.067 0.001 0.015 0.660 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.200 0.049 155 A 0.320 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.002 0.001 0.364 0.278 156 M 0.476 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.450 157 G 0.561 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.351 0.051 158 T 0.717 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.022 0.234 159 G 0.717 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 0.022 0.001 0.004 0.001 0.001 0.187 0.050 160 S 0.790 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 0.042 0.001 0.006 0.001 0.001 0.038 0.105 161 F 0.725 0.001 0.010 0.015 0.001 0.001 0.046 0.002 0.007 0.003 0.001 0.067 0.122 162 F 0.585 0.001 0.023 0.007 0.001 0.002 0.066 0.002 0.007 0.004 0.001 0.157 0.145 163 V 0.351 0.005 0.038 0.008 0.001 0.002 0.045 0.001 0.014 0.008 0.002 0.074 0.451 164 L 0.100 0.006 0.184 0.021 0.003 0.005 0.016 0.001 0.013 0.056 0.005 0.435 0.155 165 R 0.015 0.014 0.445 0.006 0.005 0.006 0.003 0.001 0.014 0.105 0.014 0.045 0.327 166 S 0.002 0.024 0.630 0.003 0.029 0.017 0.001 0.001 0.005 0.110 0.115 0.014 0.051 167 R 0.001 0.015 0.686 0.001 0.032 0.024 0.001 0.001 0.003 0.064 0.153 0.007 0.015 168 G 0.001 0.002 0.916 0.001 0.011 0.013 0.001 0.001 0.001 0.033 0.018 0.001 0.004