# TARGET T0632 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0632.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1934 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 D 0.070 0.020 0.013 0.293 0.003 0.032 0.568 3 K 0.101 0.016 0.048 0.354 0.100 0.087 0.293 4 R 0.103 0.013 0.064 0.466 0.071 0.080 0.203 5 L 0.066 0.008 0.060 0.527 0.117 0.077 0.146 6 Q 0.033 0.003 0.047 0.527 0.097 0.131 0.163 7 Q 0.018 0.007 0.030 0.450 0.163 0.155 0.177 8 D 0.014 0.004 0.010 0.331 0.184 0.038 0.419 9 R 0.013 0.007 0.045 0.506 0.057 0.142 0.230 10 I 0.019 0.016 0.085 0.573 0.044 0.109 0.153 11 V 0.027 0.012 0.122 0.533 0.048 0.073 0.183 12 D 0.020 0.004 0.155 0.583 0.046 0.100 0.091 13 K 0.024 0.007 0.134 0.542 0.069 0.113 0.111 14 M 0.017 0.011 0.212 0.477 0.065 0.085 0.131 15 E 0.015 0.005 0.168 0.483 0.071 0.171 0.087 16 R 0.009 0.004 0.093 0.461 0.115 0.203 0.116 17 F 0.006 0.007 0.033 0.126 0.225 0.064 0.539 18 L 0.003 0.003 0.098 0.173 0.101 0.480 0.142 19 S 0.005 0.004 0.140 0.161 0.085 0.485 0.121 20 T 0.010 0.013 0.164 0.283 0.136 0.120 0.273 21 A 0.035 0.015 0.098 0.351 0.082 0.122 0.297 22 N 0.051 0.018 0.084 0.369 0.077 0.128 0.274 23 E 0.057 0.028 0.072 0.340 0.124 0.063 0.316 24 E 0.039 0.011 0.091 0.397 0.094 0.069 0.299 25 E 0.021 0.008 0.160 0.427 0.063 0.096 0.226 26 K 0.014 0.012 0.271 0.351 0.050 0.128 0.174 27 D 0.015 0.004 0.185 0.276 0.090 0.282 0.148 28 V 0.011 0.008 0.110 0.250 0.105 0.319 0.198 29 L 0.004 0.011 0.018 0.079 0.291 0.037 0.559 30 S 0.004 0.006 0.020 0.065 0.080 0.076 0.749 31 S 0.002 0.003 0.121 0.378 0.079 0.235 0.183 32 I 0.003 0.004 0.136 0.507 0.072 0.146 0.132 33 V 0.004 0.006 0.090 0.576 0.076 0.072 0.176 34 D 0.005 0.005 0.030 0.757 0.041 0.048 0.113 35 G 0.006 0.003 0.030 0.808 0.024 0.060 0.070 36 L 0.008 0.002 0.025 0.835 0.026 0.056 0.048 37 L 0.012 0.003 0.021 0.835 0.027 0.040 0.063 38 A 0.012 0.006 0.023 0.839 0.021 0.041 0.058 39 K 0.014 0.004 0.026 0.774 0.024 0.107 0.051 40 Q 0.013 0.003 0.032 0.605 0.034 0.259 0.054 41 E 0.022 0.006 0.038 0.449 0.105 0.238 0.141 42 R 0.041 0.021 0.051 0.343 0.128 0.166 0.250 43 R 0.044 0.020 0.055 0.241 0.175 0.132 0.334 44 Y 0.034 0.015 0.059 0.191 0.178 0.233 0.290 45 A 0.023 0.011 0.044 0.145 0.311 0.171 0.294 46 T 0.018 0.011 0.053 0.193 0.213 0.111 0.402 47 Y 0.024 0.011 0.089 0.258 0.126 0.199 0.293 48 L 0.028 0.008 0.183 0.308 0.081 0.188 0.204 49 A 0.053 0.013 0.298 0.248 0.087 0.153 0.148 50 S 0.093 0.013 0.285 0.208 0.097 0.156 0.149 51 L 0.126 0.016 0.196 0.156 0.142 0.175 0.188 52 T 0.132 0.021 0.061 0.068 0.209 0.262 0.246 53 Q 0.177 0.004 0.014 0.007 0.166 0.224 0.408 54 I 0.630 0.011 0.003 0.004 0.028 0.008 0.317 55 E 0.898 0.007 0.001 0.002 0.009 0.001 0.082 56 S 0.950 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.042 57 Q 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 58 E 0.952 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.036 59 R 0.775 0.004 0.004 0.003 0.027 0.016 0.171 60 E 0.410 0.008 0.014 0.002 0.137 0.114 0.316 61 D 0.008 0.001 0.010 0.001 0.105 0.867 0.009 62 G 0.010 0.001 0.007 0.001 0.110 0.862 0.011 63 R 0.672 0.007 0.001 0.001 0.026 0.010 0.283 64 F 0.967 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 65 E 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 66 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 67 R 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 68 L 0.890 0.003 0.001 0.001 0.009 0.001 0.097 69 P 0.592 0.006 0.001 0.001 0.039 0.006 0.357 70 I 0.293 0.057 0.004 0.002 0.131 0.022 0.491 71 G 0.057 0.013 0.009 0.005 0.149 0.037 0.729 72 P 0.005 0.002 0.293 0.109 0.153 0.392 0.046 73 L 0.006 0.007 0.413 0.138 0.084 0.310 0.043 74 V 0.012 0.017 0.385 0.215 0.069 0.210 0.092 75 N 0.019 0.018 0.095 0.239 0.184 0.270 0.174 76 N 0.012 0.009 0.034 0.157 0.252 0.357 0.179 77 P 0.025 0.019 0.020 0.158 0.178 0.076 0.524 78 L 0.015 0.005 0.033 0.383 0.083 0.277 0.205 79 N 0.019 0.002 0.015 0.519 0.137 0.206 0.101 80 M 0.013 0.006 0.008 0.873 0.033 0.018 0.049 81 V 0.004 0.002 0.002 0.969 0.004 0.009 0.011 82 H 0.001 0.001 0.001 0.978 0.001 0.009 0.009 83 G 0.001 0.001 0.001 0.989 0.004 0.004 0.002 84 G 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.002 0.001 85 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 86 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 87 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 88 T 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 89 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 90 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.005 0.003 91 D 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.006 0.002 92 T 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.011 0.002 93 A 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.012 0.001 94 M 0.001 0.001 0.001 0.968 0.003 0.026 0.003 95 G 0.001 0.001 0.001 0.961 0.008 0.023 0.006 96 Q 0.002 0.001 0.003 0.959 0.009 0.010 0.017 97 M 0.002 0.001 0.007 0.959 0.006 0.015 0.010 98 V 0.004 0.001 0.022 0.907 0.006 0.046 0.013 99 N 0.005 0.002 0.072 0.775 0.008 0.122 0.015 100 R 0.007 0.001 0.046 0.586 0.020 0.315 0.024 101 Q 0.013 0.009 0.048 0.373 0.085 0.367 0.104 102 L 0.027 0.023 0.015 0.045 0.316 0.050 0.525 103 P 0.027 0.007 0.033 0.008 0.127 0.089 0.709 104 D 0.010 0.005 0.048 0.007 0.166 0.710 0.054 105 G 0.020 0.002 0.038 0.003 0.193 0.659 0.086 106 Q 0.218 0.009 0.009 0.003 0.246 0.024 0.491 107 S 0.582 0.029 0.002 0.002 0.065 0.011 0.309 108 A 0.814 0.013 0.003 0.001 0.029 0.007 0.133 109 V 0.875 0.010 0.003 0.001 0.012 0.003 0.096 110 T 0.905 0.003 0.002 0.001 0.011 0.002 0.078 111 S 0.938 0.002 0.002 0.001 0.013 0.003 0.042 112 E 0.970 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.022 113 L 0.961 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.030 114 N 0.948 0.002 0.001 0.001 0.009 0.002 0.038 115 I 0.925 0.004 0.001 0.001 0.009 0.003 0.057 116 H 0.936 0.003 0.001 0.001 0.019 0.004 0.036 117 Y 0.950 0.003 0.002 0.001 0.006 0.003 0.034 118 V 0.924 0.005 0.003 0.002 0.010 0.004 0.052 119 K 0.877 0.005 0.002 0.002 0.032 0.005 0.077 120 P 0.652 0.009 0.006 0.003 0.062 0.019 0.248 121 G 0.284 0.018 0.012 0.003 0.111 0.047 0.526 122 M 0.042 0.006 0.027 0.002 0.267 0.534 0.122 123 G 0.009 0.001 0.016 0.001 0.173 0.769 0.032 124 T 0.120 0.011 0.015 0.001 0.393 0.176 0.284 125 Y 0.635 0.013 0.001 0.001 0.026 0.009 0.316 126 L 0.957 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.033 127 R 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 128 A 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 129 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 130 A 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 131 S 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 132 I 0.953 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.042 133 V 0.915 0.004 0.001 0.001 0.018 0.004 0.058 134 H 0.750 0.008 0.004 0.001 0.021 0.015 0.201 135 Q 0.062 0.002 0.016 0.001 0.104 0.790 0.025 136 G 0.029 0.001 0.008 0.001 0.120 0.819 0.022 137 K 0.271 0.008 0.006 0.001 0.371 0.103 0.240 138 Q 0.600 0.016 0.001 0.001 0.065 0.014 0.304 139 R 0.933 0.003 0.001 0.001 0.009 0.001 0.054 140 I 0.979 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.014 141 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 142 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 143 E 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 144 G 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 145 K 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 146 V 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 147 Y 0.949 0.008 0.001 0.001 0.007 0.001 0.034 148 T 0.583 0.009 0.001 0.001 0.017 0.007 0.383 149 D 0.025 0.001 0.009 0.001 0.089 0.846 0.031 150 Q 0.003 0.001 0.004 0.001 0.056 0.933 0.003 151 G 0.127 0.001 0.003 0.001 0.480 0.210 0.179 152 E 0.559 0.011 0.001 0.001 0.026 0.002 0.403 153 T 0.933 0.026 0.001 0.001 0.003 0.001 0.038 154 V 0.972 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.022 155 A 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 156 M 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 157 G 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 158 T 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 159 G 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 160 S 0.976 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.017 161 F 0.972 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 162 F 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 163 V 0.920 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.066 164 L 0.715 0.008 0.001 0.001 0.034 0.003 0.237 165 R 0.317 0.012 0.003 0.004 0.110 0.022 0.533 166 S 0.094 0.019 0.006 0.008 0.193 0.069 0.610 167 R 0.035 0.017 0.007 0.010 0.094 0.086 0.751 168 G 0.002 0.001 0.003 0.004 0.025 0.023 0.941