# TARGET T0632 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0632.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1934 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.753 0.023 0.036 0.116 0.009 0.021 0.021 0.004 0.014 0.003 0.001 2 D 0.899 0.012 0.034 0.035 0.002 0.010 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 3 K 0.960 0.003 0.008 0.024 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 4 R 0.965 0.002 0.006 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 L 0.880 0.005 0.017 0.089 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 Q 0.793 0.024 0.058 0.084 0.004 0.014 0.010 0.001 0.010 0.001 0.001 7 Q 0.445 0.012 0.048 0.470 0.002 0.012 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 8 D 0.162 0.096 0.444 0.062 0.020 0.083 0.048 0.005 0.078 0.002 0.001 9 R 0.815 0.029 0.080 0.027 0.005 0.017 0.012 0.008 0.006 0.001 0.001 10 I 0.893 0.017 0.033 0.038 0.001 0.012 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 11 V 0.864 0.028 0.050 0.033 0.002 0.016 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 12 D 0.946 0.006 0.008 0.022 0.002 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 13 K 0.935 0.011 0.014 0.030 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 M 0.847 0.017 0.019 0.107 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.932 0.013 0.022 0.016 0.002 0.005 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 16 R 0.826 0.014 0.026 0.114 0.006 0.003 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 17 F 0.337 0.051 0.262 0.193 0.005 0.073 0.021 0.001 0.055 0.001 0.001 18 L 0.782 0.034 0.112 0.037 0.005 0.011 0.009 0.001 0.007 0.001 0.001 19 S 0.777 0.011 0.069 0.113 0.003 0.014 0.006 0.003 0.002 0.002 0.001 20 T 0.554 0.058 0.115 0.234 0.012 0.012 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 21 A 0.655 0.042 0.152 0.118 0.010 0.011 0.004 0.002 0.004 0.002 0.001 22 N 0.360 0.095 0.230 0.182 0.033 0.036 0.022 0.008 0.026 0.006 0.001 23 E 0.643 0.066 0.164 0.070 0.016 0.016 0.007 0.006 0.008 0.003 0.001 24 E 0.734 0.062 0.120 0.035 0.018 0.006 0.007 0.003 0.010 0.005 0.001 25 E 0.788 0.014 0.130 0.033 0.003 0.015 0.005 0.002 0.003 0.002 0.004 26 K 0.769 0.038 0.053 0.109 0.008 0.007 0.008 0.002 0.004 0.001 0.001 27 D 0.718 0.032 0.107 0.077 0.011 0.017 0.025 0.005 0.007 0.001 0.001 28 V 0.625 0.074 0.083 0.182 0.009 0.011 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 29 L 0.330 0.137 0.322 0.098 0.014 0.044 0.013 0.001 0.039 0.002 0.001 30 S 0.303 0.051 0.509 0.038 0.037 0.020 0.007 0.005 0.011 0.016 0.002 31 S 0.752 0.019 0.078 0.075 0.022 0.010 0.008 0.020 0.003 0.013 0.001 32 I 0.742 0.037 0.059 0.133 0.005 0.012 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 33 V 0.576 0.126 0.096 0.143 0.012 0.018 0.008 0.002 0.018 0.001 0.001 34 D 0.509 0.037 0.211 0.083 0.009 0.045 0.068 0.005 0.026 0.004 0.001 35 G 0.858 0.004 0.028 0.026 0.008 0.002 0.008 0.047 0.001 0.018 0.001 36 L 0.949 0.006 0.014 0.024 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 L 0.945 0.007 0.010 0.028 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 38 A 0.937 0.012 0.014 0.027 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 39 K 0.902 0.017 0.018 0.053 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 40 Q 0.738 0.024 0.040 0.158 0.013 0.005 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 41 E 0.657 0.029 0.060 0.125 0.022 0.009 0.051 0.026 0.010 0.010 0.001 42 R 0.686 0.054 0.091 0.105 0.012 0.025 0.013 0.002 0.007 0.003 0.001 43 R 0.562 0.093 0.103 0.150 0.022 0.026 0.019 0.003 0.019 0.003 0.001 44 Y 0.457 0.061 0.190 0.178 0.020 0.037 0.027 0.008 0.016 0.004 0.002 45 A 0.547 0.078 0.130 0.104 0.030 0.021 0.045 0.021 0.014 0.010 0.001 46 T 0.519 0.088 0.195 0.102 0.027 0.028 0.019 0.006 0.012 0.004 0.001 47 Y 0.660 0.066 0.111 0.075 0.031 0.016 0.014 0.010 0.009 0.007 0.001 48 L 0.746 0.041 0.048 0.101 0.009 0.022 0.016 0.003 0.011 0.002 0.001 49 A 0.790 0.041 0.067 0.072 0.007 0.011 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 50 S 0.693 0.070 0.054 0.110 0.024 0.017 0.017 0.006 0.008 0.002 0.001 51 L 0.491 0.113 0.122 0.166 0.012 0.037 0.019 0.001 0.039 0.001 0.001 52 T 0.392 0.132 0.239 0.178 0.026 0.008 0.011 0.003 0.006 0.004 0.001 53 Q 0.181 0.060 0.128 0.147 0.048 0.056 0.303 0.044 0.024 0.008 0.001 54 I 0.051 0.488 0.381 0.021 0.032 0.015 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 55 E 0.061 0.627 0.205 0.028 0.032 0.026 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 56 S 0.050 0.532 0.296 0.011 0.067 0.030 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 57 Q 0.099 0.636 0.056 0.065 0.108 0.012 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 58 E 0.033 0.580 0.224 0.018 0.100 0.027 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 59 R 0.091 0.495 0.230 0.071 0.050 0.026 0.004 0.001 0.030 0.002 0.001 60 E 0.128 0.439 0.089 0.031 0.146 0.017 0.014 0.006 0.082 0.048 0.001 61 D 0.066 0.023 0.167 0.245 0.017 0.016 0.429 0.007 0.013 0.013 0.004 62 G 0.002 0.002 0.009 0.012 0.027 0.001 0.090 0.832 0.001 0.025 0.001 63 R 0.007 0.721 0.190 0.014 0.055 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 64 F 0.001 0.788 0.155 0.001 0.036 0.010 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 65 E 0.002 0.929 0.036 0.002 0.022 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 66 V 0.001 0.873 0.033 0.001 0.086 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 67 R 0.001 0.865 0.080 0.001 0.010 0.015 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 68 L 0.001 0.673 0.220 0.001 0.026 0.018 0.001 0.001 0.061 0.001 0.001 69 P 0.007 0.031 0.851 0.001 0.001 0.095 0.001 0.001 0.009 0.001 0.005 70 I 0.214 0.180 0.434 0.101 0.014 0.039 0.002 0.001 0.011 0.001 0.003 71 G 0.100 0.034 0.145 0.003 0.153 0.002 0.011 0.025 0.014 0.514 0.001 72 P 0.606 0.003 0.211 0.039 0.003 0.009 0.002 0.001 0.001 0.002 0.123 73 L 0.440 0.097 0.160 0.183 0.029 0.031 0.022 0.020 0.015 0.002 0.001 74 V 0.244 0.321 0.165 0.185 0.025 0.034 0.005 0.002 0.016 0.001 0.001 75 N 0.167 0.269 0.131 0.172 0.041 0.089 0.058 0.008 0.059 0.004 0.001 76 N 0.016 0.173 0.293 0.010 0.040 0.095 0.032 0.001 0.339 0.002 0.001 77 P 0.665 0.015 0.157 0.050 0.001 0.048 0.005 0.001 0.008 0.001 0.049 78 L 0.382 0.024 0.239 0.286 0.005 0.025 0.024 0.005 0.006 0.004 0.001 79 N 0.075 0.008 0.026 0.131 0.025 0.014 0.354 0.343 0.006 0.017 0.001 80 M 0.449 0.182 0.113 0.187 0.017 0.026 0.009 0.002 0.014 0.002 0.001 81 V 0.308 0.277 0.207 0.104 0.027 0.041 0.008 0.003 0.018 0.005 0.001 82 H 0.456 0.154 0.196 0.056 0.043 0.048 0.013 0.004 0.023 0.006 0.001 83 G 0.860 0.012 0.032 0.031 0.014 0.007 0.008 0.018 0.003 0.016 0.001 84 G 0.987 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 L 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 L 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 D 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 T 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 A 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 M 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 Q 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 M 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 V 0.977 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 N 0.915 0.004 0.008 0.063 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 100 R 0.669 0.028 0.033 0.247 0.008 0.004 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 101 Q 0.358 0.046 0.073 0.387 0.007 0.038 0.068 0.005 0.017 0.001 0.001 102 L 0.024 0.175 0.524 0.003 0.011 0.026 0.009 0.001 0.227 0.002 0.001 103 P 0.214 0.007 0.696 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 0.002 0.002 0.054 104 D 0.179 0.009 0.666 0.100 0.003 0.015 0.017 0.003 0.002 0.002 0.004 105 G 0.011 0.001 0.010 0.017 0.009 0.001 0.058 0.871 0.001 0.020 0.001 106 Q 0.068 0.226 0.534 0.068 0.026 0.042 0.013 0.002 0.019 0.002 0.001 107 S 0.057 0.298 0.478 0.052 0.042 0.033 0.013 0.004 0.018 0.002 0.001 108 A 0.051 0.355 0.323 0.026 0.204 0.020 0.004 0.005 0.007 0.003 0.001 109 V 0.038 0.669 0.111 0.035 0.102 0.023 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 110 T 0.032 0.593 0.132 0.024 0.192 0.014 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 111 S 0.100 0.543 0.072 0.046 0.209 0.009 0.003 0.001 0.013 0.003 0.001 112 E 0.018 0.634 0.173 0.014 0.080 0.035 0.009 0.001 0.035 0.001 0.001 113 L 0.008 0.720 0.179 0.006 0.046 0.018 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 114 N 0.011 0.743 0.145 0.004 0.032 0.037 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 115 I 0.027 0.775 0.120 0.005 0.025 0.023 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 116 H 0.185 0.402 0.150 0.113 0.019 0.061 0.011 0.001 0.058 0.001 0.001 117 Y 0.048 0.316 0.253 0.043 0.164 0.061 0.080 0.010 0.017 0.004 0.003 118 V 0.082 0.516 0.235 0.076 0.032 0.022 0.003 0.001 0.032 0.001 0.001 119 K 0.011 0.339 0.415 0.001 0.071 0.015 0.016 0.001 0.128 0.003 0.001 120 P 0.084 0.005 0.801 0.005 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 121 G 0.125 0.148 0.269 0.079 0.195 0.019 0.023 0.085 0.019 0.036 0.001 122 M 0.132 0.175 0.380 0.134 0.061 0.025 0.048 0.006 0.023 0.013 0.003 123 G 0.034 0.009 0.074 0.030 0.086 0.001 0.032 0.441 0.001 0.292 0.001 124 T 0.088 0.190 0.472 0.087 0.093 0.031 0.017 0.003 0.011 0.004 0.004 125 Y 0.015 0.639 0.274 0.007 0.030 0.021 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 126 L 0.004 0.779 0.167 0.002 0.020 0.015 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 127 R 0.005 0.816 0.120 0.003 0.024 0.016 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 128 A 0.002 0.820 0.059 0.001 0.106 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 129 V 0.002 0.919 0.031 0.003 0.018 0.013 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 130 A 0.002 0.650 0.116 0.001 0.220 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 131 S 0.002 0.781 0.115 0.001 0.031 0.027 0.003 0.001 0.041 0.001 0.001 132 I 0.004 0.110 0.805 0.001 0.001 0.076 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 133 V 0.575 0.062 0.008 0.345 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 134 H 0.007 0.597 0.052 0.004 0.327 0.003 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 135 Q 0.048 0.512 0.151 0.099 0.054 0.017 0.035 0.002 0.078 0.002 0.001 136 G 0.016 0.025 0.043 0.014 0.240 0.002 0.088 0.275 0.003 0.295 0.001 137 K 0.074 0.199 0.262 0.165 0.149 0.033 0.061 0.022 0.012 0.022 0.001 138 Q 0.019 0.577 0.254 0.029 0.087 0.020 0.003 0.001 0.009 0.002 0.001 139 R 0.008 0.814 0.100 0.009 0.051 0.008 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 140 I 0.001 0.798 0.117 0.002 0.067 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 141 V 0.001 0.897 0.067 0.001 0.025 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 142 V 0.001 0.877 0.035 0.001 0.070 0.006 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 143 E 0.001 0.781 0.167 0.002 0.025 0.016 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 144 G 0.001 0.684 0.054 0.001 0.242 0.005 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 145 K 0.001 0.842 0.111 0.001 0.017 0.014 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 146 V 0.002 0.710 0.227 0.002 0.008 0.031 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 147 Y 0.015 0.617 0.183 0.037 0.065 0.055 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 148 T 0.004 0.195 0.528 0.005 0.180 0.047 0.003 0.001 0.030 0.007 0.001 149 D 0.848 0.004 0.004 0.130 0.001 0.003 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 150 Q 0.167 0.011 0.056 0.687 0.003 0.003 0.065 0.002 0.005 0.001 0.001 151 G 0.004 0.001 0.006 0.014 0.006 0.001 0.104 0.849 0.001 0.018 0.001 152 E 0.011 0.321 0.610 0.005 0.008 0.019 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 153 T 0.004 0.066 0.887 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 154 V 0.143 0.690 0.056 0.062 0.026 0.012 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 155 A 0.008 0.574 0.145 0.003 0.247 0.014 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 156 M 0.012 0.819 0.048 0.006 0.073 0.017 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 157 G 0.020 0.533 0.083 0.013 0.306 0.019 0.003 0.002 0.017 0.003 0.001 158 T 0.014 0.720 0.092 0.025 0.114 0.018 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 159 G 0.010 0.460 0.133 0.007 0.355 0.016 0.006 0.002 0.008 0.002 0.001 160 S 0.066 0.657 0.085 0.047 0.124 0.012 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 161 F 0.005 0.813 0.045 0.004 0.123 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 162 F 0.005 0.878 0.059 0.001 0.038 0.006 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 163 V 0.008 0.650 0.260 0.002 0.005 0.037 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 164 L 0.031 0.416 0.419 0.013 0.010 0.073 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 165 R 0.085 0.222 0.530 0.017 0.045 0.047 0.012 0.002 0.035 0.005 0.001 166 S 0.135 0.194 0.505 0.048 0.029 0.043 0.015 0.002 0.020 0.003 0.007 167 R 0.121 0.227 0.395 0.161 0.023 0.031 0.011 0.003 0.024 0.002 0.002 168 G 0.038 0.052 0.121 0.022 0.160 0.007 0.060 0.194 0.007 0.338 0.001