# TARGET T0632 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0632.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1934 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.027 0.106 0.081 0.025 0.045 0.022 0.019 0.367 0.172 0.110 0.026 2 D 0.036 0.042 0.023 0.008 0.058 0.008 0.011 0.544 0.196 0.052 0.020 3 K 0.007 0.018 0.010 0.005 0.011 0.006 0.023 0.664 0.208 0.041 0.007 4 R 0.009 0.016 0.006 0.002 0.021 0.005 0.037 0.672 0.180 0.047 0.005 5 L 0.022 0.030 0.008 0.011 0.035 0.023 0.056 0.507 0.195 0.098 0.014 6 Q 0.029 0.080 0.031 0.021 0.073 0.026 0.129 0.415 0.103 0.080 0.014 7 Q 0.043 0.049 0.028 0.024 0.038 0.021 0.042 0.208 0.111 0.368 0.069 8 D 0.032 0.390 0.225 0.013 0.195 0.004 0.005 0.077 0.033 0.015 0.012 9 R 0.019 0.073 0.020 0.003 0.047 0.004 0.021 0.588 0.183 0.029 0.014 10 I 0.026 0.015 0.005 0.001 0.030 0.005 0.027 0.697 0.134 0.050 0.010 11 V 0.014 0.017 0.004 0.004 0.021 0.013 0.031 0.684 0.162 0.040 0.010 12 D 0.020 0.031 0.015 0.007 0.030 0.007 0.023 0.661 0.167 0.026 0.012 13 K 0.015 0.029 0.017 0.009 0.021 0.007 0.023 0.578 0.194 0.096 0.010 14 M 0.020 0.058 0.014 0.006 0.057 0.008 0.033 0.461 0.239 0.091 0.014 15 E 0.022 0.048 0.019 0.011 0.043 0.012 0.065 0.519 0.212 0.040 0.009 16 R 0.017 0.056 0.034 0.015 0.038 0.035 0.142 0.275 0.141 0.223 0.023 17 F 0.175 0.165 0.037 0.004 0.350 0.003 0.006 0.066 0.064 0.065 0.065 18 L 0.019 0.060 0.034 0.011 0.050 0.013 0.023 0.395 0.333 0.051 0.012 19 S 0.018 0.045 0.016 0.005 0.040 0.010 0.048 0.415 0.222 0.165 0.016 20 T 0.097 0.075 0.020 0.004 0.133 0.004 0.014 0.266 0.174 0.173 0.041 21 A 0.025 0.092 0.026 0.009 0.067 0.019 0.062 0.456 0.175 0.056 0.014 22 N 0.083 0.077 0.031 0.010 0.140 0.006 0.022 0.381 0.117 0.101 0.033 23 E 0.032 0.082 0.031 0.014 0.063 0.021 0.045 0.430 0.158 0.106 0.018 24 E 0.061 0.167 0.086 0.015 0.151 0.007 0.015 0.340 0.089 0.041 0.029 25 E 0.033 0.036 0.019 0.007 0.041 0.008 0.027 0.578 0.182 0.050 0.020 26 K 0.019 0.058 0.017 0.011 0.056 0.013 0.041 0.455 0.231 0.089 0.011 27 D 0.017 0.083 0.036 0.020 0.054 0.022 0.050 0.419 0.226 0.061 0.012 28 V 0.040 0.063 0.040 0.013 0.052 0.013 0.049 0.174 0.117 0.392 0.048 29 L 0.090 0.324 0.165 0.016 0.173 0.008 0.013 0.052 0.026 0.076 0.057 30 S 0.013 0.562 0.220 0.017 0.077 0.007 0.010 0.052 0.022 0.013 0.007 31 S 0.020 0.042 0.023 0.012 0.050 0.011 0.018 0.469 0.273 0.065 0.016 32 I 0.007 0.012 0.006 0.003 0.014 0.009 0.029 0.718 0.157 0.038 0.007 33 V 0.012 0.021 0.008 0.002 0.018 0.004 0.020 0.685 0.107 0.111 0.013 34 D 0.011 0.025 0.009 0.002 0.017 0.002 0.005 0.759 0.115 0.048 0.008 35 G 0.003 0.014 0.004 0.002 0.009 0.002 0.008 0.839 0.106 0.011 0.002 36 L 0.003 0.013 0.007 0.002 0.010 0.004 0.017 0.844 0.083 0.014 0.002 37 L 0.008 0.008 0.004 0.002 0.011 0.003 0.017 0.799 0.089 0.053 0.007 38 A 0.018 0.017 0.005 0.003 0.018 0.004 0.016 0.714 0.151 0.042 0.013 39 K 0.009 0.026 0.011 0.007 0.023 0.010 0.029 0.691 0.151 0.037 0.005 40 Q 0.013 0.084 0.046 0.028 0.037 0.029 0.090 0.449 0.126 0.087 0.011 41 E 0.039 0.066 0.041 0.021 0.059 0.013 0.035 0.249 0.119 0.292 0.067 42 R 0.064 0.089 0.031 0.018 0.100 0.025 0.073 0.304 0.142 0.110 0.044 43 R 0.064 0.180 0.082 0.035 0.169 0.026 0.044 0.166 0.092 0.109 0.034 44 Y 0.040 0.118 0.074 0.056 0.087 0.044 0.107 0.261 0.119 0.074 0.020 45 A 0.058 0.112 0.116 0.054 0.076 0.026 0.031 0.143 0.112 0.225 0.046 46 T 0.047 0.235 0.139 0.033 0.156 0.017 0.042 0.191 0.084 0.036 0.020 47 Y 0.058 0.112 0.055 0.017 0.095 0.016 0.039 0.305 0.167 0.103 0.032 48 L 0.055 0.057 0.025 0.012 0.097 0.013 0.024 0.353 0.221 0.116 0.027 49 A 0.068 0.061 0.022 0.012 0.092 0.016 0.039 0.381 0.196 0.081 0.033 50 S 0.054 0.054 0.035 0.019 0.087 0.019 0.085 0.353 0.179 0.090 0.026 51 L 0.077 0.089 0.047 0.035 0.119 0.033 0.075 0.257 0.096 0.141 0.030 52 T 0.030 0.390 0.179 0.049 0.162 0.030 0.033 0.049 0.029 0.040 0.009 53 Q 0.178 0.048 0.047 0.041 0.114 0.011 0.015 0.024 0.024 0.281 0.217 54 I 0.261 0.210 0.020 0.002 0.452 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.037 55 E 0.068 0.334 0.042 0.006 0.511 0.010 0.008 0.007 0.002 0.004 0.007 56 S 0.622 0.014 0.001 0.001 0.317 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.040 57 Q 0.095 0.175 0.024 0.043 0.331 0.181 0.070 0.034 0.009 0.015 0.023 58 E 0.228 0.158 0.018 0.001 0.509 0.001 0.001 0.004 0.002 0.016 0.064 59 R 0.329 0.112 0.054 0.025 0.181 0.022 0.020 0.048 0.031 0.047 0.131 60 E 0.010 0.067 0.309 0.434 0.025 0.085 0.027 0.025 0.009 0.005 0.004 61 D 0.004 0.075 0.053 0.271 0.011 0.149 0.274 0.096 0.051 0.013 0.003 62 G 0.013 0.020 0.028 0.042 0.014 0.016 0.028 0.046 0.083 0.588 0.121 63 R 0.088 0.362 0.028 0.002 0.477 0.002 0.003 0.003 0.006 0.014 0.016 64 F 0.316 0.043 0.004 0.001 0.612 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 65 E 0.372 0.053 0.006 0.004 0.491 0.011 0.010 0.003 0.001 0.004 0.045 66 V 0.165 0.182 0.015 0.004 0.602 0.002 0.001 0.003 0.002 0.004 0.020 67 R 0.443 0.038 0.006 0.001 0.349 0.001 0.003 0.003 0.005 0.029 0.122 68 L 0.062 0.416 0.181 0.021 0.291 0.006 0.004 0.002 0.001 0.004 0.012 69 P 0.131 0.365 0.113 0.002 0.350 0.001 0.002 0.004 0.002 0.004 0.025 70 I 0.154 0.202 0.102 0.031 0.190 0.032 0.034 0.039 0.042 0.081 0.093 71 G 0.020 0.345 0.358 0.086 0.098 0.017 0.009 0.022 0.025 0.013 0.007 72 P 0.020 0.030 0.021 0.015 0.032 0.014 0.050 0.343 0.416 0.047 0.011 73 L 0.018 0.033 0.023 0.013 0.030 0.019 0.086 0.328 0.264 0.168 0.019 74 V 0.060 0.053 0.014 0.012 0.095 0.023 0.076 0.219 0.124 0.268 0.055 75 N 0.048 0.090 0.047 0.061 0.100 0.075 0.155 0.169 0.092 0.133 0.031 76 N 0.087 0.099 0.143 0.128 0.096 0.045 0.051 0.082 0.057 0.125 0.087 77 P 0.057 0.165 0.170 0.071 0.105 0.041 0.062 0.127 0.087 0.078 0.037 78 L 0.040 0.200 0.063 0.051 0.088 0.048 0.130 0.131 0.122 0.098 0.030 79 N 0.032 0.039 0.049 0.071 0.043 0.028 0.037 0.103 0.128 0.376 0.092 80 M 0.090 0.200 0.058 0.011 0.192 0.015 0.034 0.169 0.107 0.083 0.041 81 V 0.147 0.065 0.031 0.015 0.149 0.025 0.044 0.243 0.116 0.088 0.077 82 H 0.020 0.081 0.070 0.038 0.049 0.024 0.044 0.426 0.161 0.074 0.013 83 G 0.005 0.019 0.019 0.023 0.008 0.008 0.014 0.619 0.224 0.055 0.006 84 G 0.001 0.005 0.006 0.004 0.002 0.002 0.010 0.809 0.150 0.012 0.001 85 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.908 0.082 0.002 0.001 86 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.924 0.072 0.001 0.001 87 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.925 0.069 0.001 0.001 88 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.943 0.050 0.001 0.001 89 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.911 0.081 0.005 0.001 90 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.877 0.116 0.002 0.001 91 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.901 0.070 0.001 0.001 92 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.044 0.895 0.051 0.007 0.001 93 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.858 0.113 0.013 0.001 94 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.882 0.100 0.007 0.001 95 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.917 0.057 0.005 0.001 96 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.894 0.077 0.003 0.001 97 M 0.005 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.024 0.875 0.076 0.006 0.002 98 V 0.005 0.006 0.001 0.001 0.012 0.003 0.021 0.797 0.130 0.021 0.003 99 N 0.013 0.021 0.005 0.004 0.025 0.010 0.055 0.633 0.180 0.050 0.006 100 R 0.017 0.068 0.017 0.010 0.057 0.023 0.147 0.446 0.159 0.049 0.008 101 Q 0.071 0.039 0.011 0.009 0.078 0.016 0.109 0.135 0.089 0.381 0.063 102 L 0.073 0.320 0.209 0.043 0.140 0.014 0.030 0.066 0.036 0.037 0.033 103 P 0.020 0.171 0.323 0.149 0.043 0.050 0.027 0.126 0.053 0.026 0.012 104 D 0.005 0.069 0.044 0.042 0.019 0.119 0.359 0.223 0.095 0.021 0.004 105 G 0.031 0.018 0.019 0.021 0.025 0.017 0.017 0.036 0.061 0.626 0.129 106 Q 0.118 0.285 0.080 0.019 0.278 0.013 0.018 0.022 0.030 0.090 0.045 107 S 0.202 0.171 0.062 0.017 0.372 0.016 0.022 0.024 0.020 0.038 0.056 108 A 0.206 0.186 0.041 0.010 0.460 0.005 0.006 0.009 0.007 0.024 0.047 109 V 0.221 0.156 0.017 0.003 0.549 0.005 0.009 0.009 0.003 0.007 0.021 110 T 0.392 0.060 0.011 0.003 0.457 0.003 0.002 0.002 0.002 0.007 0.062 111 S 0.127 0.229 0.040 0.041 0.451 0.051 0.024 0.011 0.004 0.007 0.015 112 E 0.525 0.016 0.002 0.001 0.325 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.122 113 L 0.160 0.221 0.012 0.016 0.543 0.018 0.004 0.003 0.001 0.003 0.018 114 N 0.353 0.038 0.004 0.001 0.546 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.050 115 I 0.461 0.057 0.006 0.006 0.389 0.005 0.002 0.004 0.003 0.005 0.062 116 H 0.206 0.134 0.029 0.035 0.409 0.037 0.030 0.027 0.014 0.028 0.052 117 Y 0.312 0.097 0.028 0.004 0.443 0.002 0.003 0.012 0.007 0.024 0.067 118 V 0.285 0.113 0.030 0.030 0.303 0.029 0.022 0.027 0.027 0.062 0.073 119 K 0.073 0.326 0.242 0.035 0.246 0.012 0.012 0.014 0.008 0.012 0.022 120 P 0.133 0.300 0.070 0.010 0.239 0.011 0.027 0.060 0.056 0.053 0.041 121 G 0.129 0.179 0.210 0.064 0.150 0.032 0.031 0.074 0.039 0.048 0.045 122 M 0.007 0.047 0.046 0.121 0.022 0.242 0.319 0.129 0.047 0.016 0.004 123 G 0.023 0.029 0.045 0.365 0.018 0.053 0.042 0.041 0.082 0.235 0.066 124 T 0.030 0.275 0.163 0.049 0.103 0.046 0.086 0.062 0.070 0.094 0.023 125 Y 0.146 0.214 0.024 0.001 0.582 0.001 0.002 0.003 0.005 0.006 0.016 126 L 0.373 0.037 0.002 0.001 0.545 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.036 127 R 0.287 0.047 0.004 0.002 0.575 0.012 0.010 0.003 0.001 0.008 0.051 128 A 0.186 0.127 0.019 0.006 0.621 0.003 0.001 0.003 0.002 0.009 0.024 129 V 0.519 0.008 0.003 0.008 0.162 0.006 0.008 0.004 0.004 0.069 0.209 130 A 0.106 0.361 0.110 0.068 0.301 0.006 0.002 0.001 0.001 0.009 0.035 131 S 0.018 0.600 0.091 0.001 0.288 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 I 0.701 0.008 0.001 0.001 0.261 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 133 V 0.039 0.078 0.011 0.078 0.121 0.521 0.117 0.019 0.003 0.005 0.008 134 H 0.300 0.171 0.092 0.019 0.321 0.009 0.005 0.011 0.004 0.009 0.060 135 Q 0.056 0.040 0.063 0.163 0.051 0.151 0.099 0.137 0.107 0.084 0.048 136 G 0.021 0.183 0.134 0.289 0.046 0.090 0.089 0.032 0.034 0.062 0.021 137 K 0.116 0.117 0.067 0.103 0.132 0.058 0.061 0.031 0.054 0.160 0.103 138 Q 0.253 0.169 0.025 0.006 0.455 0.005 0.010 0.005 0.007 0.016 0.049 139 R 0.377 0.050 0.004 0.003 0.505 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.048 140 I 0.224 0.092 0.006 0.002 0.661 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 141 V 0.542 0.012 0.001 0.001 0.410 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 142 V 0.176 0.134 0.009 0.011 0.638 0.009 0.002 0.001 0.001 0.002 0.018 143 E 0.670 0.004 0.001 0.001 0.196 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.123 144 G 0.108 0.344 0.031 0.009 0.487 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 145 K 0.260 0.120 0.013 0.001 0.582 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 146 V 0.448 0.073 0.009 0.001 0.408 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.054 147 Y 0.053 0.239 0.013 0.025 0.571 0.029 0.009 0.011 0.003 0.025 0.022 148 T 0.027 0.138 0.679 0.106 0.015 0.017 0.005 0.007 0.002 0.001 0.003 149 D 0.001 0.001 0.011 0.014 0.001 0.022 0.027 0.469 0.438 0.016 0.001 150 Q 0.001 0.798 0.168 0.019 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 151 G 0.005 0.003 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.005 0.552 0.424 152 E 0.005 0.776 0.063 0.001 0.141 0.003 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 153 T 0.655 0.010 0.001 0.001 0.311 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 154 V 0.080 0.183 0.035 0.099 0.250 0.272 0.066 0.005 0.001 0.002 0.008 155 A 0.303 0.083 0.005 0.001 0.579 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 156 M 0.405 0.030 0.007 0.004 0.432 0.008 0.010 0.003 0.003 0.013 0.084 157 G 0.234 0.155 0.011 0.007 0.557 0.005 0.004 0.001 0.001 0.004 0.020 158 T 0.442 0.024 0.004 0.004 0.302 0.010 0.009 0.003 0.004 0.032 0.166 159 G 0.180 0.200 0.055 0.046 0.454 0.007 0.003 0.003 0.003 0.012 0.038 160 S 0.304 0.072 0.013 0.011 0.500 0.009 0.008 0.007 0.004 0.015 0.059 161 F 0.230 0.124 0.019 0.006 0.566 0.004 0.004 0.005 0.003 0.009 0.031 162 F 0.209 0.105 0.011 0.001 0.626 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 0.033 163 V 0.278 0.142 0.029 0.003 0.468 0.002 0.003 0.005 0.002 0.015 0.051 164 L 0.068 0.392 0.186 0.032 0.229 0.010 0.012 0.017 0.010 0.020 0.024 165 R 0.050 0.351 0.292 0.029 0.166 0.013 0.021 0.032 0.017 0.014 0.014 166 S 0.056 0.105 0.123 0.055 0.078 0.056 0.109 0.207 0.115 0.062 0.034 167 R 0.017 0.166 0.161 0.087 0.058 0.105 0.172 0.125 0.051 0.048 0.011 168 G 0.032 0.085 0.124 0.170 0.052 0.103 0.067 0.081 0.067 0.164 0.056