# TARGET T0632 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0632.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1934 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.378 0.216 0.161 0.136 0.077 0.029 0.003 2 D 0.320 0.232 0.219 0.153 0.063 0.013 0.001 3 K 0.490 0.340 0.107 0.043 0.015 0.004 0.001 4 R 0.229 0.248 0.215 0.186 0.092 0.028 0.002 5 L 0.130 0.103 0.171 0.296 0.209 0.086 0.006 6 Q 0.330 0.313 0.157 0.120 0.066 0.013 0.001 7 Q 0.410 0.395 0.144 0.039 0.010 0.002 0.001 8 D 0.166 0.222 0.235 0.241 0.112 0.023 0.001 9 R 0.317 0.432 0.180 0.055 0.013 0.003 0.001 10 I 0.056 0.118 0.239 0.342 0.207 0.037 0.001 11 V 0.080 0.080 0.148 0.297 0.307 0.085 0.002 12 D 0.415 0.373 0.141 0.056 0.013 0.002 0.001 13 K 0.268 0.394 0.245 0.076 0.014 0.002 0.001 14 M 0.051 0.096 0.180 0.356 0.263 0.052 0.002 15 E 0.189 0.360 0.273 0.127 0.042 0.009 0.001 16 R 0.371 0.312 0.181 0.096 0.033 0.006 0.001 17 F 0.289 0.269 0.221 0.148 0.059 0.013 0.001 18 L 0.561 0.237 0.115 0.061 0.021 0.005 0.001 19 S 0.563 0.267 0.100 0.048 0.017 0.004 0.001 20 T 0.233 0.210 0.223 0.208 0.101 0.024 0.002 21 A 0.381 0.306 0.172 0.097 0.036 0.008 0.001 22 N 0.413 0.290 0.150 0.094 0.041 0.011 0.001 23 E 0.333 0.216 0.186 0.164 0.080 0.020 0.001 24 E 0.441 0.282 0.154 0.083 0.031 0.008 0.001 25 E 0.397 0.262 0.165 0.110 0.050 0.015 0.001 26 K 0.279 0.208 0.193 0.178 0.108 0.032 0.002 27 D 0.390 0.282 0.168 0.105 0.042 0.012 0.001 28 V 0.465 0.315 0.138 0.061 0.017 0.004 0.001 29 L 0.157 0.138 0.195 0.276 0.187 0.046 0.002 30 S 0.543 0.258 0.115 0.058 0.021 0.005 0.001 31 S 0.578 0.264 0.096 0.044 0.014 0.003 0.001 32 I 0.483 0.254 0.137 0.082 0.032 0.010 0.001 33 V 0.253 0.237 0.195 0.162 0.104 0.043 0.006 34 D 0.177 0.194 0.195 0.208 0.147 0.068 0.010 35 G 0.184 0.172 0.168 0.196 0.165 0.099 0.016 36 L 0.217 0.213 0.186 0.174 0.125 0.072 0.014 37 L 0.159 0.170 0.169 0.195 0.171 0.112 0.024 38 A 0.091 0.084 0.111 0.187 0.246 0.221 0.061 39 K 0.183 0.152 0.153 0.187 0.169 0.122 0.034 40 Q 0.262 0.214 0.169 0.149 0.108 0.077 0.021 41 E 0.224 0.173 0.148 0.165 0.147 0.110 0.032 42 R 0.164 0.137 0.143 0.177 0.180 0.152 0.047 43 R 0.167 0.124 0.133 0.184 0.199 0.155 0.039 44 Y 0.238 0.206 0.168 0.166 0.131 0.073 0.019 45 A 0.283 0.233 0.175 0.150 0.095 0.052 0.013 46 T 0.244 0.200 0.166 0.172 0.129 0.072 0.018 47 Y 0.210 0.199 0.173 0.167 0.134 0.092 0.026 48 L 0.118 0.120 0.132 0.197 0.209 0.173 0.052 49 A 0.096 0.080 0.097 0.154 0.210 0.260 0.102 50 S 0.110 0.166 0.182 0.201 0.165 0.132 0.045 51 L 0.062 0.083 0.116 0.176 0.227 0.247 0.088 52 T 0.030 0.060 0.106 0.197 0.267 0.266 0.074 53 Q 0.047 0.139 0.233 0.267 0.188 0.108 0.018 54 I 0.012 0.026 0.053 0.142 0.314 0.375 0.079 55 E 0.022 0.128 0.253 0.287 0.212 0.090 0.008 56 S 0.007 0.020 0.059 0.185 0.367 0.325 0.037 57 Q 0.062 0.226 0.284 0.269 0.124 0.034 0.002 58 E 0.223 0.358 0.232 0.138 0.041 0.008 0.001 59 R 0.175 0.268 0.244 0.205 0.090 0.017 0.001 60 E 0.597 0.275 0.092 0.031 0.005 0.001 0.001 61 D 0.621 0.293 0.065 0.017 0.003 0.001 0.001 62 G 0.362 0.414 0.158 0.055 0.011 0.001 0.001 63 R 0.043 0.326 0.360 0.209 0.053 0.007 0.001 64 F 0.001 0.006 0.030 0.153 0.430 0.359 0.021 65 E 0.002 0.053 0.272 0.420 0.211 0.039 0.001 66 V 0.001 0.002 0.009 0.048 0.247 0.604 0.089 67 R 0.001 0.036 0.214 0.408 0.254 0.083 0.005 68 L 0.001 0.007 0.022 0.113 0.372 0.443 0.041 69 P 0.014 0.162 0.321 0.288 0.159 0.051 0.004 70 I 0.032 0.110 0.178 0.320 0.261 0.093 0.006 71 G 0.210 0.358 0.231 0.129 0.054 0.016 0.002 72 P 0.316 0.353 0.180 0.099 0.039 0.011 0.002 73 L 0.323 0.297 0.198 0.115 0.047 0.016 0.003 74 V 0.099 0.145 0.167 0.248 0.209 0.110 0.022 75 N 0.138 0.170 0.183 0.187 0.182 0.111 0.029 76 N 0.214 0.218 0.186 0.167 0.116 0.074 0.025 77 P 0.105 0.130 0.148 0.199 0.196 0.156 0.066 78 L 0.085 0.129 0.158 0.192 0.203 0.167 0.066 79 N 0.035 0.085 0.132 0.216 0.238 0.200 0.094 80 M 0.022 0.039 0.057 0.116 0.225 0.306 0.235 81 V 0.013 0.015 0.021 0.048 0.105 0.285 0.514 82 H 0.008 0.010 0.017 0.039 0.079 0.276 0.573 83 G 0.004 0.006 0.012 0.031 0.072 0.241 0.634 84 G 0.004 0.008 0.014 0.036 0.089 0.234 0.615 85 I 0.002 0.005 0.009 0.027 0.083 0.248 0.626 86 T 0.002 0.004 0.009 0.025 0.065 0.246 0.650 87 A 0.001 0.004 0.010 0.031 0.083 0.283 0.588 88 T 0.003 0.007 0.014 0.041 0.125 0.335 0.476 89 L 0.001 0.003 0.008 0.030 0.088 0.283 0.587 90 L 0.001 0.001 0.004 0.012 0.043 0.226 0.714 91 D 0.001 0.002 0.005 0.019 0.082 0.303 0.590 92 T 0.001 0.002 0.004 0.017 0.075 0.318 0.584 93 A 0.001 0.001 0.002 0.009 0.035 0.209 0.745 94 M 0.001 0.001 0.003 0.010 0.029 0.181 0.775 95 G 0.001 0.002 0.004 0.017 0.054 0.243 0.681 96 Q 0.001 0.002 0.005 0.019 0.070 0.291 0.613 97 M 0.001 0.001 0.004 0.016 0.053 0.254 0.672 98 V 0.001 0.001 0.004 0.016 0.066 0.311 0.601 99 N 0.001 0.005 0.015 0.067 0.229 0.428 0.255 100 R 0.003 0.023 0.064 0.159 0.281 0.328 0.141 101 Q 0.011 0.068 0.166 0.265 0.264 0.191 0.035 102 L 0.023 0.095 0.168 0.311 0.295 0.099 0.009 103 P 0.267 0.358 0.217 0.116 0.034 0.007 0.001 104 D 0.519 0.310 0.119 0.041 0.009 0.002 0.001 105 G 0.415 0.384 0.146 0.043 0.010 0.001 0.001 106 Q 0.081 0.231 0.278 0.260 0.122 0.026 0.002 107 S 0.016 0.069 0.162 0.302 0.289 0.145 0.017 108 A 0.006 0.013 0.030 0.091 0.219 0.456 0.185 109 V 0.003 0.006 0.015 0.050 0.168 0.452 0.307 110 T 0.005 0.013 0.038 0.096 0.186 0.399 0.264 111 S 0.004 0.021 0.051 0.130 0.228 0.352 0.215 112 E 0.015 0.094 0.196 0.254 0.221 0.161 0.058 113 L 0.002 0.010 0.028 0.111 0.336 0.424 0.090 114 N 0.016 0.135 0.322 0.309 0.158 0.054 0.006 115 I 0.011 0.034 0.081 0.208 0.331 0.289 0.046 116 H 0.063 0.239 0.291 0.240 0.122 0.041 0.005 117 Y 0.018 0.062 0.117 0.224 0.332 0.224 0.024 118 V 0.041 0.129 0.218 0.270 0.204 0.125 0.013 119 K 0.091 0.210 0.212 0.240 0.162 0.080 0.006 120 P 0.153 0.242 0.238 0.209 0.114 0.041 0.002 121 G 0.103 0.179 0.187 0.249 0.210 0.069 0.003 122 M 0.409 0.350 0.169 0.062 0.009 0.001 0.001 123 G 0.490 0.344 0.111 0.044 0.010 0.001 0.001 124 T 0.349 0.448 0.153 0.043 0.007 0.001 0.001 125 Y 0.056 0.374 0.342 0.185 0.038 0.005 0.001 126 L 0.001 0.005 0.025 0.132 0.424 0.391 0.021 127 R 0.003 0.071 0.306 0.418 0.175 0.027 0.001 128 A 0.001 0.002 0.012 0.069 0.328 0.536 0.052 129 V 0.003 0.082 0.334 0.391 0.157 0.031 0.001 130 A 0.001 0.013 0.042 0.174 0.436 0.318 0.016 131 S 0.013 0.194 0.373 0.271 0.121 0.027 0.001 132 I 0.015 0.077 0.151 0.337 0.310 0.107 0.003 133 V 0.088 0.303 0.322 0.205 0.069 0.012 0.001 134 H 0.305 0.379 0.185 0.102 0.025 0.003 0.001 135 Q 0.471 0.313 0.134 0.062 0.017 0.003 0.001 136 G 0.558 0.304 0.094 0.035 0.008 0.001 0.001 137 K 0.351 0.357 0.175 0.088 0.024 0.005 0.001 138 Q 0.123 0.276 0.255 0.219 0.104 0.021 0.002 139 R 0.056 0.236 0.269 0.251 0.131 0.052 0.005 140 I 0.008 0.032 0.076 0.189 0.351 0.296 0.048 141 V 0.008 0.066 0.206 0.351 0.247 0.107 0.015 142 V 0.001 0.005 0.017 0.074 0.271 0.524 0.108 143 E 0.003 0.041 0.220 0.405 0.242 0.083 0.007 144 G 0.001 0.007 0.021 0.097 0.401 0.440 0.033 145 K 0.002 0.069 0.356 0.379 0.167 0.026 0.001 146 V 0.003 0.018 0.067 0.276 0.451 0.182 0.003 147 Y 0.098 0.426 0.324 0.128 0.021 0.002 0.001 148 T 0.448 0.375 0.130 0.041 0.005 0.001 0.001 149 D 0.748 0.183 0.052 0.015 0.002 0.001 0.001 150 Q 0.845 0.132 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 151 G 0.639 0.248 0.083 0.025 0.004 0.001 0.001 152 E 0.245 0.454 0.206 0.080 0.014 0.002 0.001 153 T 0.019 0.100 0.183 0.348 0.276 0.069 0.004 154 V 0.010 0.068 0.176 0.313 0.290 0.133 0.010 155 A 0.006 0.016 0.036 0.111 0.271 0.448 0.112 156 M 0.010 0.058 0.170 0.323 0.256 0.149 0.035 157 G 0.003 0.009 0.020 0.065 0.221 0.482 0.200 158 T 0.010 0.094 0.240 0.333 0.197 0.098 0.029 159 G 0.008 0.026 0.057 0.159 0.313 0.348 0.090 160 S 0.023 0.102 0.195 0.245 0.251 0.159 0.025 161 F 0.030 0.037 0.077 0.172 0.262 0.363 0.058 162 F 0.066 0.097 0.142 0.202 0.259 0.208 0.025 163 V 0.095 0.151 0.214 0.251 0.189 0.091 0.008 164 L 0.127 0.139 0.173 0.247 0.227 0.082 0.004 165 R 0.358 0.358 0.183 0.079 0.019 0.002 0.001 166 S 0.540 0.261 0.120 0.062 0.015 0.002 0.001 167 R 0.779 0.158 0.044 0.014 0.003 0.001 0.001 168 G 0.827 0.128 0.031 0.011 0.003 0.001 0.001