# TARGET T0632 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0632.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2067 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.030 0.006 0.010 0.121 0.158 0.674 2 D 0.054 0.009 0.021 0.317 0.170 0.428 3 K 0.080 0.013 0.047 0.460 0.163 0.238 4 R 0.114 0.016 0.060 0.492 0.169 0.148 5 L 0.098 0.012 0.048 0.512 0.163 0.166 6 Q 0.060 0.007 0.036 0.498 0.146 0.253 7 Q 0.026 0.004 0.060 0.674 0.111 0.126 8 D 0.025 0.003 0.077 0.677 0.105 0.114 9 R 0.029 0.006 0.065 0.707 0.091 0.102 10 I 0.035 0.007 0.033 0.728 0.071 0.125 11 V 0.033 0.005 0.027 0.736 0.061 0.139 12 D 0.021 0.003 0.025 0.813 0.054 0.084 13 K 0.015 0.002 0.019 0.906 0.027 0.032 14 M 0.008 0.001 0.009 0.956 0.013 0.013 15 E 0.008 0.001 0.012 0.935 0.021 0.023 16 R 0.007 0.001 0.018 0.905 0.034 0.035 17 F 0.015 0.003 0.036 0.801 0.077 0.069 18 L 0.013 0.004 0.040 0.722 0.099 0.122 19 S 0.009 0.005 0.031 0.614 0.118 0.222 20 T 0.009 0.006 0.025 0.255 0.215 0.489 21 A 0.005 0.005 0.040 0.258 0.228 0.463 22 N 0.009 0.005 0.029 0.218 0.225 0.513 23 E 0.006 0.002 0.054 0.730 0.119 0.089 24 E 0.014 0.005 0.034 0.771 0.093 0.084 25 E 0.027 0.006 0.042 0.775 0.079 0.069 26 K 0.039 0.004 0.056 0.776 0.060 0.065 27 D 0.034 0.004 0.062 0.763 0.067 0.070 28 V 0.023 0.004 0.061 0.772 0.063 0.077 29 L 0.024 0.005 0.041 0.757 0.070 0.102 30 S 0.017 0.003 0.047 0.765 0.076 0.093 31 S 0.015 0.003 0.047 0.714 0.095 0.125 32 I 0.015 0.005 0.038 0.742 0.092 0.106 33 V 0.017 0.006 0.023 0.709 0.096 0.149 34 D 0.012 0.003 0.020 0.736 0.092 0.138 35 G 0.011 0.002 0.023 0.839 0.057 0.069 36 L 0.012 0.003 0.022 0.871 0.047 0.045 37 L 0.014 0.003 0.023 0.856 0.054 0.051 38 A 0.013 0.003 0.018 0.846 0.049 0.071 39 K 0.013 0.002 0.023 0.857 0.047 0.058 40 Q 0.009 0.002 0.026 0.865 0.049 0.049 41 E 0.009 0.002 0.027 0.849 0.050 0.063 42 R 0.010 0.002 0.028 0.816 0.059 0.086 43 R 0.011 0.004 0.029 0.737 0.083 0.137 44 Y 0.007 0.003 0.023 0.767 0.067 0.133 45 A 0.011 0.004 0.022 0.731 0.066 0.166 46 T 0.013 0.003 0.031 0.696 0.108 0.148 47 Y 0.010 0.002 0.082 0.719 0.100 0.087 48 L 0.014 0.006 0.079 0.770 0.079 0.051 49 A 0.024 0.005 0.129 0.599 0.166 0.077 50 S 0.023 0.002 0.142 0.575 0.130 0.128 51 L 0.051 0.007 0.088 0.569 0.107 0.178 52 T 0.079 0.008 0.045 0.347 0.150 0.371 53 Q 0.069 0.002 0.003 0.014 0.074 0.840 54 I 0.476 0.003 0.002 0.012 0.047 0.460 55 E 0.834 0.002 0.001 0.006 0.023 0.134 56 S 0.926 0.002 0.001 0.005 0.016 0.050 57 Q 0.927 0.002 0.001 0.004 0.016 0.051 58 E 0.918 0.003 0.001 0.002 0.026 0.051 59 R 0.792 0.016 0.003 0.003 0.098 0.089 60 E 0.425 0.018 0.013 0.002 0.465 0.077 61 D 0.119 0.005 0.020 0.001 0.785 0.070 62 G 0.116 0.003 0.008 0.001 0.752 0.120 63 R 0.779 0.005 0.002 0.001 0.120 0.095 64 F 0.967 0.002 0.001 0.001 0.008 0.023 65 E 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 66 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 67 R 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 68 L 0.917 0.002 0.001 0.001 0.007 0.074 69 P 0.684 0.005 0.001 0.001 0.085 0.224 70 I 0.174 0.015 0.043 0.048 0.378 0.342 71 G 0.047 0.003 0.092 0.041 0.610 0.206 72 P 0.036 0.005 0.300 0.088 0.508 0.064 73 L 0.075 0.016 0.212 0.165 0.372 0.160 74 V 0.148 0.065 0.118 0.224 0.319 0.126 75 N 0.131 0.050 0.036 0.204 0.324 0.256 76 N 0.056 0.023 0.013 0.050 0.561 0.298 77 P 0.024 0.012 0.028 0.035 0.664 0.237 78 L 0.026 0.016 0.045 0.030 0.654 0.229 79 N 0.052 0.020 0.046 0.027 0.544 0.311 80 M 0.097 0.094 0.050 0.143 0.346 0.269 81 V 0.087 0.135 0.033 0.170 0.254 0.320 82 H 0.066 0.053 0.048 0.373 0.199 0.261 83 G 0.007 0.003 0.025 0.832 0.071 0.063 84 G 0.001 0.001 0.017 0.951 0.015 0.014 85 I 0.001 0.001 0.009 0.986 0.003 0.002 86 T 0.001 0.001 0.006 0.991 0.002 0.001 87 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 88 T 0.001 0.001 0.003 0.997 0.001 0.001 89 L 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 90 L 0.001 0.001 0.003 0.997 0.001 0.001 91 D 0.001 0.001 0.003 0.997 0.001 0.001 92 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 93 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 94 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 95 G 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 96 Q 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 97 M 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 98 V 0.001 0.001 0.009 0.983 0.004 0.002 99 N 0.001 0.001 0.027 0.958 0.008 0.006 100 R 0.004 0.001 0.024 0.934 0.013 0.024 101 Q 0.012 0.007 0.024 0.532 0.050 0.376 102 L 0.015 0.035 0.005 0.034 0.115 0.797 103 P 0.021 0.012 0.010 0.015 0.839 0.104 104 D 0.012 0.002 0.018 0.014 0.911 0.044 105 G 0.011 0.003 0.025 0.011 0.901 0.049 106 Q 0.294 0.054 0.025 0.010 0.550 0.068 107 S 0.732 0.021 0.006 0.010 0.056 0.175 108 A 0.889 0.015 0.005 0.008 0.036 0.047 109 V 0.870 0.007 0.005 0.006 0.044 0.068 110 T 0.847 0.005 0.008 0.007 0.061 0.073 111 S 0.750 0.002 0.027 0.012 0.112 0.096 112 E 0.822 0.003 0.022 0.014 0.059 0.080 113 L 0.853 0.008 0.012 0.013 0.036 0.078 114 N 0.799 0.008 0.004 0.007 0.043 0.139 115 I 0.758 0.005 0.004 0.011 0.062 0.161 116 H 0.773 0.004 0.005 0.009 0.076 0.133 117 Y 0.841 0.011 0.005 0.007 0.064 0.073 118 V 0.700 0.019 0.005 0.007 0.090 0.179 119 K 0.553 0.018 0.008 0.006 0.173 0.242 120 P 0.329 0.033 0.009 0.004 0.292 0.333 121 G 0.124 0.023 0.019 0.003 0.668 0.163 122 M 0.094 0.026 0.014 0.003 0.697 0.166 123 G 0.046 0.005 0.012 0.002 0.749 0.187 124 T 0.268 0.007 0.008 0.001 0.458 0.258 125 Y 0.879 0.007 0.002 0.001 0.036 0.075 126 L 0.976 0.003 0.001 0.001 0.006 0.014 127 R 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 128 A 0.971 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 129 V 0.970 0.001 0.001 0.001 0.006 0.024 130 A 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 131 S 0.986 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 132 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 133 V 0.979 0.001 0.001 0.002 0.009 0.009 134 H 0.860 0.004 0.001 0.003 0.110 0.022 135 Q 0.322 0.006 0.004 0.005 0.558 0.105 136 G 0.147 0.006 0.012 0.002 0.700 0.133 137 K 0.443 0.009 0.009 0.001 0.346 0.192 138 Q 0.779 0.006 0.005 0.001 0.067 0.143 139 R 0.955 0.002 0.002 0.001 0.015 0.027 140 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 141 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 142 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 143 E 0.974 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 144 G 0.976 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 145 K 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 146 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 147 Y 0.969 0.003 0.001 0.001 0.007 0.020 148 T 0.478 0.005 0.001 0.002 0.503 0.010 149 D 0.033 0.001 0.017 0.003 0.934 0.011 150 Q 0.004 0.001 0.035 0.004 0.946 0.010 151 G 0.057 0.014 0.013 0.001 0.894 0.021 152 E 0.183 0.005 0.001 0.001 0.053 0.759 153 T 0.942 0.006 0.001 0.001 0.006 0.044 154 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 155 A 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 156 M 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 157 G 0.968 0.001 0.001 0.001 0.006 0.025 158 T 0.946 0.001 0.001 0.001 0.014 0.038 159 G 0.932 0.001 0.002 0.001 0.019 0.045 160 S 0.931 0.001 0.003 0.002 0.020 0.042 161 F 0.940 0.001 0.004 0.004 0.018 0.033 162 F 0.934 0.002 0.003 0.004 0.016 0.040 163 V 0.904 0.005 0.002 0.007 0.021 0.060 164 L 0.694 0.012 0.005 0.010 0.079 0.200 165 R 0.337 0.015 0.008 0.009 0.217 0.414 166 S 0.098 0.012 0.019 0.016 0.310 0.545 167 R 0.042 0.016 0.016 0.021 0.308 0.596 168 G 0.022 0.005 0.003 0.002 0.141 0.826