# TARGET T0632 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0632.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2067 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.009 0.364 0.002 0.013 0.477 0.001 0.001 0.001 0.085 0.031 0.009 0.007 2 D 0.002 0.003 0.235 0.001 0.017 0.674 0.001 0.001 0.001 0.023 0.021 0.007 0.015 3 K 0.004 0.003 0.056 0.001 0.025 0.850 0.001 0.001 0.001 0.019 0.018 0.007 0.016 4 R 0.005 0.002 0.065 0.002 0.034 0.816 0.001 0.001 0.001 0.019 0.032 0.010 0.012 5 L 0.007 0.006 0.061 0.003 0.023 0.700 0.002 0.001 0.003 0.028 0.125 0.019 0.022 6 Q 0.004 0.005 0.094 0.002 0.015 0.586 0.001 0.001 0.001 0.045 0.227 0.009 0.011 7 Q 0.001 0.004 0.358 0.002 0.014 0.420 0.001 0.001 0.002 0.090 0.094 0.006 0.009 8 D 0.001 0.003 0.131 0.001 0.031 0.667 0.001 0.001 0.001 0.054 0.101 0.005 0.005 9 R 0.002 0.008 0.110 0.001 0.031 0.712 0.001 0.001 0.003 0.054 0.056 0.005 0.017 10 I 0.004 0.011 0.132 0.002 0.024 0.720 0.001 0.001 0.006 0.032 0.036 0.014 0.016 11 V 0.002 0.007 0.114 0.004 0.024 0.751 0.001 0.001 0.005 0.035 0.039 0.006 0.013 12 D 0.002 0.003 0.127 0.001 0.036 0.713 0.001 0.001 0.002 0.054 0.042 0.011 0.007 13 K 0.002 0.003 0.047 0.001 0.032 0.846 0.001 0.001 0.003 0.012 0.041 0.003 0.010 14 M 0.002 0.005 0.037 0.001 0.022 0.864 0.001 0.001 0.002 0.013 0.045 0.003 0.005 15 E 0.001 0.003 0.045 0.001 0.037 0.792 0.001 0.001 0.002 0.037 0.070 0.007 0.004 16 R 0.001 0.004 0.065 0.001 0.043 0.744 0.001 0.001 0.004 0.043 0.082 0.003 0.010 17 F 0.001 0.011 0.077 0.001 0.048 0.737 0.001 0.001 0.003 0.033 0.076 0.006 0.007 18 L 0.002 0.007 0.103 0.001 0.057 0.550 0.001 0.001 0.002 0.049 0.216 0.005 0.008 19 S 0.002 0.014 0.193 0.001 0.046 0.399 0.001 0.001 0.003 0.123 0.201 0.006 0.009 20 T 0.001 0.012 0.509 0.001 0.031 0.148 0.001 0.001 0.003 0.184 0.103 0.003 0.005 21 A 0.001 0.009 0.267 0.001 0.072 0.243 0.001 0.001 0.001 0.169 0.231 0.002 0.004 22 N 0.001 0.012 0.394 0.001 0.060 0.280 0.001 0.001 0.001 0.099 0.146 0.003 0.004 23 E 0.001 0.005 0.193 0.001 0.133 0.535 0.001 0.001 0.001 0.053 0.075 0.001 0.003 24 E 0.001 0.007 0.147 0.001 0.106 0.579 0.001 0.001 0.001 0.059 0.095 0.002 0.003 25 E 0.001 0.004 0.112 0.001 0.130 0.604 0.001 0.001 0.002 0.039 0.100 0.003 0.004 26 K 0.001 0.005 0.076 0.001 0.096 0.661 0.001 0.001 0.002 0.050 0.099 0.003 0.005 27 D 0.001 0.007 0.125 0.001 0.069 0.587 0.001 0.001 0.002 0.042 0.152 0.005 0.007 28 V 0.001 0.010 0.095 0.001 0.062 0.662 0.001 0.001 0.003 0.027 0.134 0.002 0.005 29 L 0.001 0.008 0.280 0.001 0.042 0.552 0.001 0.001 0.002 0.058 0.053 0.002 0.003 30 S 0.001 0.002 0.111 0.001 0.063 0.649 0.001 0.001 0.001 0.048 0.121 0.002 0.002 31 S 0.001 0.002 0.068 0.001 0.043 0.709 0.001 0.001 0.001 0.047 0.125 0.001 0.003 32 I 0.001 0.005 0.105 0.001 0.029 0.759 0.001 0.001 0.002 0.046 0.050 0.001 0.002 33 V 0.001 0.005 0.072 0.001 0.021 0.783 0.001 0.001 0.002 0.046 0.067 0.002 0.002 34 D 0.001 0.002 0.073 0.001 0.016 0.797 0.001 0.001 0.001 0.038 0.069 0.001 0.002 35 G 0.001 0.001 0.040 0.001 0.008 0.910 0.001 0.001 0.001 0.014 0.024 0.001 0.001 36 L 0.001 0.001 0.014 0.001 0.005 0.964 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.001 0.001 37 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.005 0.968 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 38 A 0.001 0.001 0.010 0.001 0.005 0.964 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.001 0.001 39 K 0.001 0.001 0.015 0.001 0.005 0.948 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 0.001 0.001 40 Q 0.001 0.001 0.015 0.001 0.007 0.925 0.001 0.001 0.001 0.008 0.042 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.018 0.001 0.008 0.910 0.001 0.001 0.001 0.011 0.050 0.001 0.001 42 R 0.001 0.002 0.025 0.001 0.009 0.905 0.001 0.001 0.001 0.014 0.042 0.001 0.001 43 R 0.001 0.004 0.038 0.001 0.017 0.840 0.001 0.001 0.001 0.025 0.073 0.001 0.002 44 Y 0.001 0.003 0.104 0.001 0.025 0.693 0.001 0.001 0.002 0.051 0.115 0.002 0.003 45 A 0.001 0.004 0.130 0.001 0.039 0.644 0.001 0.001 0.003 0.062 0.113 0.002 0.003 46 T 0.001 0.005 0.152 0.001 0.049 0.599 0.001 0.001 0.002 0.075 0.111 0.002 0.004 47 Y 0.001 0.009 0.084 0.001 0.055 0.702 0.001 0.001 0.002 0.032 0.108 0.002 0.004 48 L 0.001 0.006 0.048 0.001 0.095 0.715 0.001 0.001 0.003 0.022 0.102 0.002 0.004 49 A 0.001 0.002 0.034 0.001 0.135 0.676 0.001 0.002 0.002 0.029 0.113 0.003 0.003 50 S 0.005 0.004 0.052 0.003 0.142 0.518 0.001 0.004 0.004 0.044 0.212 0.005 0.007 51 L 0.006 0.005 0.118 0.001 0.146 0.369 0.002 0.002 0.008 0.035 0.284 0.006 0.018 52 T 0.003 0.007 0.115 0.016 0.049 0.133 0.002 0.002 0.010 0.111 0.539 0.006 0.008 53 Q 0.003 0.004 0.136 0.087 0.038 0.017 0.002 0.001 0.011 0.214 0.439 0.033 0.015 54 I 0.028 0.006 0.520 0.014 0.008 0.003 0.008 0.003 0.044 0.050 0.011 0.028 0.277 55 E 0.032 0.009 0.094 0.002 0.001 0.001 0.010 0.003 0.075 0.011 0.002 0.719 0.040 56 S 0.034 0.005 0.059 0.007 0.001 0.001 0.011 0.002 0.047 0.002 0.001 0.011 0.820 57 Q 0.040 0.002 0.091 0.342 0.002 0.001 0.012 0.002 0.087 0.013 0.003 0.370 0.035 58 E 0.057 0.008 0.063 0.006 0.003 0.001 0.018 0.001 0.094 0.016 0.005 0.073 0.655 59 R 0.030 0.032 0.153 0.026 0.006 0.002 0.015 0.001 0.045 0.048 0.037 0.073 0.535 60 E 0.009 0.013 0.175 0.023 0.011 0.001 0.002 0.001 0.006 0.110 0.191 0.397 0.063 61 D 0.001 0.001 0.015 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.872 0.005 0.016 62 G 0.003 0.001 0.045 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 0.759 0.019 0.008 63 R 0.353 0.005 0.081 0.002 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.023 0.010 0.156 0.353 64 F 0.618 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 0.002 0.001 0.153 0.178 65 E 0.778 0.001 0.003 0.025 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.091 66 V 0.576 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.301 0.060 67 R 0.462 0.001 0.017 0.004 0.001 0.001 0.054 0.001 0.005 0.003 0.001 0.027 0.426 68 L 0.078 0.001 0.045 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.010 0.005 0.001 0.818 0.027 69 P 0.033 0.008 0.171 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.018 0.010 0.004 0.015 0.725 70 I 0.026 0.069 0.490 0.074 0.014 0.009 0.011 0.002 0.009 0.082 0.056 0.091 0.067 71 G 0.002 0.025 0.460 0.010 0.078 0.034 0.001 0.001 0.005 0.247 0.061 0.037 0.040 72 P 0.001 0.002 0.054 0.001 0.392 0.102 0.001 0.001 0.001 0.080 0.355 0.002 0.009 73 L 0.001 0.005 0.042 0.001 0.414 0.141 0.001 0.001 0.001 0.053 0.336 0.003 0.003 74 V 0.004 0.048 0.131 0.002 0.210 0.229 0.001 0.004 0.007 0.112 0.217 0.008 0.028 75 N 0.004 0.075 0.170 0.009 0.053 0.205 0.002 0.003 0.005 0.153 0.296 0.009 0.016 76 N 0.001 0.013 0.437 0.006 0.009 0.024 0.001 0.001 0.002 0.437 0.059 0.007 0.004 77 P 0.001 0.011 0.351 0.005 0.073 0.043 0.001 0.001 0.002 0.135 0.372 0.002 0.006 78 L 0.001 0.019 0.147 0.007 0.075 0.057 0.001 0.003 0.008 0.214 0.456 0.006 0.008 79 N 0.010 0.025 0.276 0.014 0.066 0.071 0.004 0.006 0.025 0.234 0.215 0.021 0.031 80 M 0.052 0.052 0.296 0.010 0.026 0.112 0.031 0.043 0.083 0.069 0.054 0.047 0.127 81 V 0.061 0.073 0.223 0.012 0.020 0.138 0.029 0.038 0.083 0.064 0.044 0.105 0.110 82 H 0.018 0.025 0.213 0.007 0.020 0.366 0.007 0.013 0.050 0.093 0.079 0.042 0.069 83 G 0.002 0.004 0.057 0.002 0.006 0.784 0.001 0.003 0.009 0.060 0.060 0.005 0.007 84 G 0.002 0.001 0.020 0.001 0.002 0.944 0.001 0.001 0.001 0.009 0.015 0.001 0.003 85 I 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 89 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 90 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 91 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 92 T 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 93 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 94 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 95 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 96 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 97 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 98 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 99 N 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.910 0.001 0.001 0.001 0.004 0.070 0.001 0.001 100 R 0.001 0.001 0.013 0.001 0.017 0.786 0.001 0.001 0.001 0.013 0.165 0.001 0.001 101 Q 0.001 0.013 0.109 0.001 0.035 0.405 0.001 0.001 0.003 0.116 0.310 0.001 0.007 102 L 0.001 0.018 0.646 0.002 0.002 0.019 0.001 0.001 0.005 0.285 0.017 0.003 0.002 103 P 0.001 0.010 0.810 0.002 0.014 0.007 0.001 0.001 0.001 0.080 0.073 0.002 0.002 104 D 0.001 0.002 0.015 0.001 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.043 0.916 0.001 0.001 105 G 0.001 0.001 0.033 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.913 0.001 0.001 106 Q 0.002 0.027 0.698 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.009 0.135 0.017 0.036 0.062 107 S 0.017 0.043 0.362 0.016 0.006 0.003 0.007 0.001 0.033 0.072 0.021 0.108 0.311 108 A 0.133 0.020 0.135 0.092 0.009 0.004 0.034 0.003 0.026 0.035 0.029 0.177 0.304 109 V 0.226 0.020 0.083 0.018 0.005 0.004 0.046 0.004 0.032 0.025 0.014 0.341 0.182 110 T 0.233 0.004 0.064 0.024 0.005 0.004 0.053 0.007 0.028 0.021 0.014 0.087 0.455 111 S 0.484 0.001 0.058 0.042 0.003 0.006 0.035 0.003 0.015 0.020 0.025 0.209 0.099 112 E 0.565 0.002 0.023 0.011 0.001 0.002 0.051 0.004 0.013 0.016 0.006 0.057 0.249 113 L 0.535 0.001 0.027 0.009 0.001 0.001 0.049 0.005 0.008 0.011 0.003 0.262 0.088 114 N 0.649 0.002 0.022 0.004 0.001 0.002 0.065 0.004 0.007 0.004 0.003 0.047 0.189 115 I 0.560 0.003 0.048 0.014 0.002 0.003 0.071 0.007 0.010 0.005 0.004 0.154 0.119 116 H 0.437 0.002 0.067 0.078 0.004 0.004 0.064 0.008 0.015 0.029 0.019 0.138 0.133 117 Y 0.314 0.006 0.108 0.018 0.009 0.004 0.051 0.011 0.033 0.044 0.042 0.123 0.239 118 V 0.198 0.043 0.166 0.043 0.012 0.007 0.048 0.005 0.022 0.047 0.015 0.065 0.329 119 K 0.019 0.020 0.297 0.036 0.014 0.008 0.008 0.002 0.034 0.147 0.032 0.326 0.056 120 P 0.005 0.018 0.494 0.016 0.022 0.005 0.002 0.001 0.015 0.087 0.106 0.009 0.220 121 G 0.003 0.029 0.539 0.017 0.020 0.003 0.001 0.001 0.005 0.195 0.097 0.065 0.025 122 M 0.001 0.012 0.423 0.012 0.031 0.003 0.001 0.001 0.003 0.276 0.181 0.013 0.044 123 G 0.001 0.006 0.236 0.016 0.046 0.002 0.001 0.001 0.001 0.313 0.349 0.010 0.020 124 T 0.014 0.011 0.349 0.034 0.027 0.001 0.001 0.001 0.002 0.240 0.132 0.112 0.076 125 Y 0.125 0.011 0.122 0.017 0.005 0.001 0.011 0.001 0.006 0.040 0.017 0.074 0.570 126 L 0.481 0.005 0.030 0.008 0.001 0.001 0.041 0.001 0.007 0.004 0.002 0.279 0.142 127 R 0.751 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.044 0.001 0.003 0.001 0.001 0.068 0.124 128 A 0.770 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.069 129 V 0.756 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 0.028 0.001 0.002 0.003 0.001 0.073 0.124 130 A 0.809 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.089 131 S 0.828 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.052 132 I 0.544 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 0.026 0.001 0.002 0.001 0.001 0.057 0.355 133 V 0.349 0.003 0.071 0.159 0.001 0.001 0.019 0.001 0.003 0.012 0.014 0.172 0.195 134 H 0.152 0.011 0.069 0.005 0.005 0.001 0.011 0.001 0.005 0.056 0.087 0.139 0.460 135 Q 0.017 0.014 0.042 0.027 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.113 0.518 0.147 0.109 136 G 0.004 0.001 0.072 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.145 0.702 0.021 0.032 137 K 0.087 0.006 0.129 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.139 0.133 0.298 0.196 138 Q 0.299 0.003 0.027 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.003 0.175 0.477 139 R 0.650 0.001 0.009 0.016 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.134 0.181 140 I 0.835 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.057 141 V 0.855 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.095 142 V 0.809 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.152 0.026 143 E 0.866 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.099 144 G 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.022 145 K 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.028 146 V 0.908 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.036 147 Y 0.796 0.007 0.005 0.004 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.002 0.001 0.059 0.102 148 T 0.059 0.011 0.341 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.049 0.042 0.042 0.448 149 D 0.001 0.001 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.920 0.009 0.003 150 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.940 0.001 0.001 151 G 0.001 0.002 0.134 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.703 0.139 0.013 0.004 152 E 0.030 0.009 0.609 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.075 0.034 0.056 0.180 153 T 0.132 0.040 0.045 0.003 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.010 0.001 0.031 0.720 154 V 0.488 0.001 0.011 0.205 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.232 0.044 155 A 0.812 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.091 156 M 0.875 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.075 157 G 0.710 0.001 0.005 0.011 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.188 0.062 158 T 0.755 0.001 0.009 0.008 0.001 0.001 0.025 0.001 0.002 0.005 0.003 0.041 0.151 159 G 0.699 0.001 0.015 0.009 0.001 0.001 0.020 0.001 0.003 0.007 0.003 0.130 0.111 160 S 0.713 0.001 0.020 0.026 0.002 0.002 0.024 0.001 0.004 0.018 0.008 0.063 0.120 161 F 0.701 0.002 0.015 0.008 0.002 0.004 0.047 0.006 0.011 0.010 0.008 0.087 0.099 162 F 0.732 0.002 0.012 0.002 0.001 0.003 0.056 0.004 0.005 0.003 0.006 0.090 0.083 163 V 0.579 0.009 0.036 0.004 0.001 0.003 0.070 0.005 0.012 0.006 0.006 0.068 0.200 164 L 0.196 0.019 0.250 0.032 0.005 0.005 0.022 0.003 0.012 0.033 0.019 0.219 0.186 165 R 0.024 0.011 0.512 0.013 0.014 0.004 0.003 0.001 0.005 0.128 0.080 0.055 0.151 166 S 0.004 0.013 0.420 0.008 0.039 0.007 0.001 0.001 0.002 0.212 0.223 0.024 0.048 167 R 0.001 0.010 0.514 0.004 0.026 0.006 0.001 0.001 0.001 0.242 0.171 0.014 0.011 168 G 0.001 0.006 0.807 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.122 0.040 0.004 0.007