# TARGET T0632 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0632.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2067 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.003 0.007 0.152 0.020 0.028 0.777 2 D 0.028 0.008 0.021 0.283 0.019 0.057 0.585 3 K 0.053 0.010 0.042 0.530 0.070 0.066 0.229 4 R 0.063 0.007 0.054 0.572 0.043 0.105 0.156 5 L 0.060 0.016 0.053 0.509 0.063 0.153 0.146 6 Q 0.058 0.011 0.048 0.353 0.091 0.129 0.312 7 Q 0.037 0.006 0.049 0.488 0.106 0.063 0.250 8 D 0.010 0.003 0.074 0.719 0.036 0.067 0.090 9 R 0.012 0.005 0.111 0.648 0.030 0.104 0.090 10 I 0.010 0.003 0.055 0.769 0.017 0.056 0.090 11 V 0.015 0.006 0.030 0.819 0.021 0.020 0.090 12 D 0.007 0.002 0.027 0.866 0.014 0.023 0.060 13 K 0.004 0.001 0.028 0.909 0.008 0.034 0.017 14 M 0.004 0.001 0.015 0.937 0.005 0.030 0.008 15 E 0.004 0.001 0.017 0.935 0.006 0.025 0.012 16 R 0.004 0.001 0.019 0.894 0.011 0.048 0.023 17 F 0.006 0.003 0.029 0.730 0.020 0.113 0.100 18 L 0.012 0.011 0.061 0.546 0.046 0.153 0.172 19 S 0.020 0.010 0.054 0.522 0.083 0.149 0.163 20 T 0.012 0.005 0.033 0.290 0.133 0.139 0.388 21 A 0.006 0.008 0.027 0.274 0.089 0.245 0.350 22 N 0.007 0.010 0.029 0.230 0.100 0.169 0.454 23 E 0.004 0.004 0.089 0.621 0.065 0.072 0.145 24 E 0.004 0.004 0.082 0.724 0.025 0.076 0.085 25 E 0.005 0.004 0.099 0.726 0.018 0.072 0.077 26 K 0.006 0.004 0.067 0.797 0.024 0.039 0.063 27 D 0.006 0.004 0.063 0.780 0.021 0.063 0.063 28 V 0.006 0.003 0.050 0.807 0.015 0.070 0.049 29 L 0.004 0.002 0.040 0.858 0.017 0.037 0.043 30 S 0.003 0.001 0.039 0.862 0.017 0.054 0.024 31 S 0.002 0.001 0.029 0.840 0.021 0.082 0.026 32 I 0.002 0.002 0.015 0.876 0.016 0.042 0.047 33 V 0.003 0.002 0.013 0.877 0.015 0.042 0.048 34 D 0.002 0.001 0.009 0.903 0.017 0.033 0.036 35 G 0.001 0.001 0.007 0.938 0.008 0.025 0.020 36 L 0.001 0.001 0.005 0.952 0.004 0.023 0.013 37 L 0.002 0.001 0.007 0.942 0.006 0.020 0.021 38 A 0.003 0.001 0.009 0.939 0.007 0.014 0.028 39 K 0.004 0.002 0.013 0.929 0.006 0.022 0.025 40 Q 0.003 0.001 0.022 0.874 0.013 0.059 0.027 41 E 0.003 0.001 0.025 0.830 0.013 0.098 0.030 42 R 0.004 0.002 0.024 0.798 0.028 0.101 0.045 43 R 0.004 0.005 0.030 0.702 0.034 0.124 0.100 44 Y 0.004 0.003 0.034 0.668 0.029 0.129 0.134 45 A 0.005 0.002 0.027 0.734 0.043 0.067 0.121 46 T 0.009 0.003 0.027 0.732 0.088 0.040 0.101 47 Y 0.013 0.005 0.028 0.793 0.041 0.056 0.064 48 L 0.013 0.006 0.032 0.871 0.014 0.044 0.020 49 A 0.038 0.007 0.077 0.734 0.032 0.074 0.038 50 S 0.045 0.002 0.084 0.672 0.032 0.123 0.042 51 L 0.071 0.006 0.111 0.535 0.053 0.151 0.071 52 T 0.130 0.009 0.049 0.186 0.102 0.429 0.095 53 Q 0.376 0.005 0.014 0.020 0.085 0.301 0.199 54 I 0.735 0.009 0.001 0.002 0.012 0.004 0.239 55 E 0.883 0.008 0.001 0.001 0.004 0.002 0.101 56 S 0.934 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.055 57 Q 0.958 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.030 58 E 0.959 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.030 59 R 0.792 0.012 0.006 0.004 0.023 0.018 0.145 60 E 0.559 0.012 0.013 0.002 0.081 0.118 0.216 61 D 0.045 0.001 0.010 0.001 0.147 0.757 0.039 62 G 0.058 0.001 0.009 0.001 0.258 0.635 0.039 63 R 0.832 0.007 0.002 0.001 0.025 0.005 0.129 64 F 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 65 E 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 66 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 67 R 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 68 L 0.774 0.002 0.001 0.001 0.027 0.002 0.194 69 P 0.379 0.005 0.001 0.001 0.084 0.015 0.514 70 I 0.134 0.022 0.006 0.003 0.239 0.036 0.560 71 G 0.036 0.007 0.027 0.011 0.370 0.036 0.512 72 P 0.010 0.002 0.357 0.157 0.060 0.344 0.070 73 L 0.025 0.009 0.384 0.157 0.042 0.324 0.059 74 V 0.088 0.071 0.279 0.113 0.061 0.210 0.177 75 N 0.107 0.060 0.071 0.079 0.144 0.346 0.193 76 N 0.043 0.006 0.037 0.015 0.396 0.118 0.385 77 P 0.025 0.013 0.114 0.058 0.168 0.385 0.236 78 L 0.018 0.010 0.119 0.052 0.132 0.565 0.103 79 N 0.052 0.013 0.091 0.038 0.225 0.444 0.137 80 M 0.195 0.037 0.059 0.111 0.129 0.096 0.373 81 V 0.354 0.123 0.020 0.111 0.066 0.035 0.292 82 H 0.201 0.024 0.028 0.349 0.068 0.079 0.251 83 G 0.050 0.004 0.019 0.705 0.072 0.055 0.095 84 G 0.003 0.001 0.008 0.968 0.004 0.007 0.010 85 I 0.001 0.001 0.005 0.990 0.001 0.002 0.001 86 T 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.002 0.001 87 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.002 0.001 88 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 89 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 90 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 91 D 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 92 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 93 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 94 M 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 95 G 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 96 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 97 M 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.009 0.001 98 V 0.001 0.001 0.004 0.965 0.001 0.027 0.001 99 N 0.002 0.001 0.026 0.901 0.004 0.057 0.009 100 R 0.009 0.001 0.037 0.649 0.042 0.204 0.058 101 Q 0.028 0.033 0.028 0.328 0.090 0.277 0.215 102 L 0.007 0.012 0.001 0.004 0.228 0.008 0.740 103 P 0.009 0.002 0.008 0.006 0.084 0.095 0.795 104 D 0.001 0.001 0.013 0.006 0.077 0.894 0.008 105 G 0.012 0.001 0.026 0.008 0.178 0.720 0.055 106 Q 0.098 0.013 0.006 0.004 0.163 0.012 0.706 107 S 0.470 0.058 0.002 0.002 0.050 0.013 0.404 108 A 0.755 0.016 0.002 0.002 0.037 0.006 0.182 109 V 0.882 0.011 0.002 0.002 0.015 0.003 0.086 110 T 0.893 0.004 0.004 0.003 0.024 0.003 0.069 111 S 0.877 0.003 0.012 0.006 0.024 0.014 0.064 112 E 0.905 0.005 0.006 0.003 0.014 0.012 0.054 113 L 0.887 0.010 0.002 0.002 0.012 0.007 0.079 114 N 0.821 0.007 0.002 0.001 0.016 0.018 0.134 115 I 0.677 0.006 0.010 0.003 0.031 0.025 0.248 116 H 0.752 0.010 0.015 0.004 0.078 0.028 0.113 117 Y 0.853 0.013 0.016 0.003 0.025 0.018 0.073 118 V 0.684 0.018 0.009 0.003 0.071 0.008 0.206 119 K 0.569 0.022 0.007 0.002 0.071 0.009 0.320 120 P 0.214 0.018 0.015 0.003 0.083 0.108 0.560 121 G 0.131 0.022 0.019 0.002 0.181 0.177 0.468 122 M 0.066 0.010 0.021 0.001 0.390 0.310 0.201 123 G 0.048 0.002 0.024 0.001 0.291 0.414 0.221 124 T 0.103 0.005 0.012 0.001 0.514 0.106 0.260 125 Y 0.767 0.007 0.003 0.001 0.037 0.008 0.178 126 L 0.951 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.042 127 R 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 128 A 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 129 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 130 A 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 131 S 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 132 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 133 V 0.956 0.002 0.001 0.001 0.006 0.006 0.028 134 H 0.878 0.004 0.003 0.004 0.022 0.025 0.064 135 Q 0.327 0.003 0.012 0.003 0.164 0.397 0.094 136 G 0.170 0.002 0.005 0.001 0.226 0.533 0.063 137 K 0.551 0.005 0.003 0.001 0.167 0.109 0.164 138 Q 0.851 0.006 0.001 0.001 0.050 0.008 0.084 139 R 0.924 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.046 140 I 0.979 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.015 141 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 142 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 143 E 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 144 G 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 145 K 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 146 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 147 Y 0.970 0.013 0.001 0.001 0.003 0.002 0.012 148 T 0.637 0.007 0.001 0.001 0.012 0.014 0.329 149 D 0.029 0.001 0.006 0.001 0.084 0.841 0.038 150 Q 0.002 0.001 0.002 0.001 0.051 0.941 0.003 151 G 0.026 0.001 0.005 0.001 0.517 0.402 0.049 152 E 0.219 0.015 0.001 0.001 0.080 0.004 0.682 153 T 0.914 0.020 0.001 0.001 0.013 0.001 0.052 154 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 155 A 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 156 M 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 157 G 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 158 T 0.967 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.023 159 G 0.926 0.001 0.001 0.002 0.016 0.007 0.046 160 S 0.910 0.002 0.002 0.006 0.017 0.010 0.053 161 F 0.945 0.003 0.003 0.007 0.008 0.012 0.022 162 F 0.906 0.005 0.007 0.010 0.015 0.013 0.044 163 V 0.893 0.012 0.007 0.013 0.015 0.010 0.050 164 L 0.690 0.010 0.015 0.020 0.042 0.026 0.198 165 R 0.290 0.015 0.038 0.019 0.187 0.057 0.394 166 S 0.081 0.010 0.062 0.021 0.346 0.101 0.379 167 R 0.031 0.018 0.030 0.013 0.125 0.108 0.674 168 G 0.004 0.002 0.005 0.002 0.026 0.012 0.949