# TARGET T0632 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0632.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2067 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.583 0.096 0.146 0.086 0.029 0.014 0.023 0.006 0.012 0.005 0.001 2 D 0.573 0.028 0.107 0.084 0.009 0.068 0.108 0.008 0.012 0.002 0.002 3 K 0.801 0.078 0.051 0.044 0.010 0.006 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 4 R 0.744 0.100 0.048 0.082 0.008 0.009 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 5 L 0.686 0.086 0.134 0.039 0.015 0.015 0.014 0.002 0.008 0.002 0.001 6 Q 0.532 0.074 0.101 0.163 0.016 0.043 0.033 0.006 0.032 0.002 0.001 7 Q 0.722 0.060 0.111 0.063 0.008 0.012 0.009 0.001 0.011 0.003 0.001 8 D 0.795 0.021 0.093 0.052 0.006 0.013 0.011 0.003 0.004 0.001 0.001 9 R 0.655 0.049 0.087 0.151 0.009 0.020 0.016 0.003 0.009 0.001 0.001 10 I 0.620 0.094 0.098 0.118 0.010 0.023 0.013 0.001 0.021 0.001 0.001 11 V 0.575 0.083 0.232 0.047 0.010 0.035 0.003 0.001 0.011 0.002 0.001 12 D 0.520 0.070 0.201 0.076 0.024 0.060 0.021 0.003 0.021 0.003 0.001 13 K 0.870 0.015 0.021 0.076 0.003 0.005 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 14 M 0.809 0.030 0.051 0.088 0.005 0.005 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 15 E 0.805 0.013 0.037 0.078 0.005 0.015 0.035 0.005 0.005 0.001 0.001 16 R 0.637 0.098 0.104 0.102 0.020 0.010 0.011 0.002 0.014 0.001 0.001 17 F 0.572 0.053 0.216 0.107 0.005 0.027 0.006 0.001 0.009 0.001 0.002 18 L 0.594 0.084 0.146 0.104 0.015 0.022 0.015 0.003 0.013 0.002 0.001 19 S 0.512 0.056 0.139 0.186 0.026 0.029 0.021 0.012 0.011 0.006 0.001 20 T 0.287 0.152 0.272 0.169 0.032 0.027 0.010 0.002 0.046 0.003 0.001 21 A 0.545 0.031 0.292 0.082 0.015 0.014 0.006 0.004 0.003 0.008 0.001 22 N 0.340 0.047 0.241 0.199 0.020 0.073 0.033 0.011 0.030 0.005 0.001 23 E 0.782 0.027 0.076 0.069 0.007 0.013 0.009 0.005 0.009 0.001 0.001 24 E 0.856 0.017 0.069 0.040 0.003 0.005 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 25 E 0.812 0.020 0.036 0.101 0.004 0.011 0.007 0.002 0.005 0.001 0.001 26 K 0.832 0.032 0.058 0.049 0.008 0.007 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 27 D 0.757 0.017 0.064 0.084 0.009 0.022 0.029 0.006 0.010 0.001 0.001 28 V 0.832 0.020 0.026 0.109 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 29 L 0.730 0.040 0.094 0.091 0.005 0.020 0.008 0.001 0.009 0.001 0.001 30 S 0.833 0.016 0.061 0.063 0.008 0.006 0.005 0.002 0.003 0.003 0.001 31 S 0.729 0.023 0.058 0.118 0.020 0.012 0.014 0.016 0.007 0.004 0.001 32 I 0.703 0.030 0.060 0.168 0.003 0.021 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 33 V 0.651 0.103 0.110 0.073 0.011 0.020 0.011 0.002 0.016 0.003 0.001 34 D 0.683 0.017 0.123 0.091 0.006 0.028 0.035 0.004 0.008 0.003 0.001 35 G 0.890 0.003 0.016 0.035 0.005 0.002 0.009 0.032 0.001 0.007 0.001 36 L 0.957 0.004 0.010 0.024 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 L 0.955 0.006 0.008 0.021 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 38 A 0.967 0.004 0.007 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 K 0.951 0.004 0.008 0.032 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 Q 0.917 0.007 0.014 0.048 0.003 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 41 E 0.889 0.007 0.015 0.070 0.003 0.003 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 42 R 0.840 0.017 0.028 0.085 0.005 0.009 0.010 0.002 0.004 0.001 0.001 43 R 0.689 0.035 0.052 0.164 0.009 0.017 0.017 0.002 0.011 0.001 0.001 44 Y 0.622 0.039 0.110 0.145 0.015 0.021 0.024 0.006 0.011 0.005 0.001 45 A 0.590 0.050 0.106 0.154 0.015 0.027 0.031 0.013 0.010 0.004 0.001 46 T 0.515 0.084 0.189 0.103 0.025 0.032 0.026 0.006 0.015 0.003 0.001 47 Y 0.862 0.021 0.047 0.028 0.010 0.008 0.006 0.008 0.004 0.005 0.001 48 L 0.950 0.005 0.006 0.031 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 A 0.967 0.004 0.006 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 S 0.947 0.008 0.007 0.029 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.792 0.017 0.024 0.137 0.002 0.011 0.008 0.001 0.008 0.001 0.001 52 T 0.321 0.064 0.081 0.504 0.013 0.003 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 53 Q 0.063 0.016 0.033 0.065 0.017 0.027 0.710 0.049 0.014 0.006 0.001 54 I 0.030 0.530 0.366 0.015 0.037 0.013 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 55 E 0.051 0.620 0.219 0.024 0.031 0.035 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 56 S 0.046 0.562 0.284 0.007 0.057 0.031 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 57 Q 0.116 0.648 0.047 0.061 0.092 0.013 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 58 E 0.034 0.604 0.207 0.017 0.100 0.024 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 59 R 0.092 0.512 0.190 0.088 0.058 0.024 0.004 0.001 0.030 0.002 0.001 60 E 0.076 0.468 0.082 0.019 0.199 0.012 0.011 0.004 0.079 0.049 0.001 61 D 0.091 0.032 0.279 0.235 0.021 0.019 0.282 0.007 0.011 0.014 0.008 62 G 0.003 0.003 0.010 0.017 0.040 0.001 0.101 0.799 0.001 0.026 0.001 63 R 0.006 0.725 0.174 0.015 0.066 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 64 F 0.001 0.811 0.130 0.001 0.038 0.010 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 65 E 0.002 0.928 0.040 0.002 0.021 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 66 V 0.001 0.874 0.028 0.001 0.090 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 67 R 0.001 0.863 0.085 0.001 0.008 0.015 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 68 L 0.001 0.728 0.178 0.001 0.026 0.016 0.001 0.001 0.051 0.001 0.001 69 P 0.005 0.043 0.823 0.001 0.001 0.112 0.001 0.001 0.011 0.001 0.004 70 I 0.196 0.210 0.434 0.082 0.014 0.043 0.002 0.001 0.014 0.001 0.003 71 G 0.119 0.059 0.204 0.003 0.160 0.003 0.016 0.019 0.026 0.389 0.001 72 P 0.567 0.003 0.226 0.037 0.003 0.009 0.002 0.001 0.001 0.002 0.150 73 L 0.413 0.118 0.152 0.172 0.041 0.032 0.028 0.024 0.017 0.003 0.001 74 V 0.192 0.407 0.157 0.144 0.034 0.036 0.006 0.002 0.020 0.001 0.001 75 N 0.139 0.326 0.156 0.113 0.039 0.102 0.043 0.005 0.074 0.004 0.001 76 N 0.018 0.207 0.255 0.006 0.039 0.081 0.022 0.001 0.369 0.002 0.001 77 P 0.694 0.007 0.111 0.054 0.001 0.050 0.003 0.001 0.005 0.001 0.075 78 L 0.298 0.030 0.143 0.399 0.012 0.026 0.066 0.010 0.010 0.006 0.001 79 N 0.065 0.007 0.021 0.100 0.023 0.014 0.447 0.303 0.005 0.014 0.001 80 M 0.418 0.210 0.110 0.189 0.019 0.026 0.009 0.002 0.016 0.002 0.001 81 V 0.265 0.282 0.206 0.125 0.032 0.046 0.013 0.004 0.019 0.008 0.001 82 H 0.324 0.206 0.219 0.073 0.066 0.049 0.023 0.006 0.026 0.007 0.001 83 G 0.693 0.023 0.072 0.043 0.046 0.009 0.016 0.041 0.005 0.050 0.001 84 G 0.979 0.002 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 85 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 L 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 L 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 D 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 T 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 M 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 G 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 Q 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 M 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 V 0.979 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 N 0.918 0.004 0.008 0.062 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 100 R 0.647 0.031 0.034 0.265 0.009 0.004 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 101 Q 0.350 0.041 0.068 0.377 0.006 0.040 0.094 0.006 0.018 0.001 0.001 102 L 0.023 0.189 0.550 0.003 0.011 0.026 0.008 0.001 0.189 0.001 0.001 103 P 0.153 0.008 0.767 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 0.002 0.001 0.043 104 D 0.149 0.006 0.762 0.052 0.002 0.011 0.009 0.001 0.001 0.002 0.004 105 G 0.009 0.001 0.006 0.016 0.005 0.001 0.052 0.900 0.001 0.010 0.001 106 Q 0.039 0.209 0.616 0.042 0.021 0.040 0.009 0.001 0.020 0.001 0.001 107 S 0.048 0.263 0.537 0.051 0.035 0.034 0.010 0.004 0.014 0.002 0.002 108 A 0.038 0.440 0.258 0.019 0.212 0.016 0.003 0.004 0.007 0.003 0.001 109 V 0.031 0.708 0.107 0.029 0.085 0.021 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 110 T 0.028 0.586 0.106 0.019 0.234 0.013 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 111 S 0.060 0.634 0.074 0.028 0.173 0.012 0.002 0.001 0.014 0.002 0.001 112 E 0.024 0.611 0.173 0.016 0.079 0.045 0.010 0.001 0.038 0.001 0.001 113 L 0.013 0.707 0.162 0.008 0.067 0.019 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 114 N 0.019 0.720 0.148 0.007 0.042 0.036 0.006 0.001 0.020 0.001 0.001 115 I 0.047 0.734 0.119 0.007 0.030 0.029 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 116 H 0.323 0.271 0.122 0.158 0.017 0.050 0.013 0.001 0.043 0.001 0.001 117 Y 0.075 0.253 0.168 0.094 0.161 0.057 0.147 0.017 0.021 0.005 0.003 118 V 0.069 0.522 0.249 0.067 0.038 0.019 0.003 0.001 0.029 0.002 0.001 119 K 0.017 0.340 0.395 0.001 0.066 0.017 0.021 0.001 0.137 0.005 0.001 120 P 0.098 0.005 0.791 0.006 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 121 G 0.153 0.128 0.270 0.093 0.172 0.018 0.023 0.092 0.017 0.033 0.001 122 M 0.140 0.179 0.335 0.140 0.068 0.025 0.061 0.008 0.025 0.015 0.003 123 G 0.042 0.011 0.089 0.028 0.101 0.002 0.035 0.380 0.002 0.310 0.001 124 T 0.152 0.159 0.384 0.146 0.089 0.030 0.017 0.004 0.010 0.004 0.005 125 Y 0.017 0.666 0.235 0.009 0.039 0.019 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 126 L 0.004 0.768 0.176 0.002 0.018 0.017 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 127 R 0.007 0.823 0.109 0.004 0.026 0.015 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 128 A 0.002 0.810 0.057 0.001 0.117 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 129 V 0.003 0.913 0.035 0.003 0.015 0.016 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 130 A 0.003 0.645 0.136 0.001 0.200 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 131 S 0.003 0.756 0.124 0.001 0.036 0.032 0.004 0.001 0.045 0.001 0.001 132 I 0.006 0.097 0.808 0.001 0.001 0.083 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 133 V 0.596 0.037 0.006 0.353 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 134 H 0.008 0.557 0.048 0.004 0.370 0.002 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 135 Q 0.061 0.448 0.201 0.107 0.057 0.022 0.039 0.003 0.058 0.002 0.001 136 G 0.021 0.036 0.063 0.016 0.320 0.002 0.060 0.256 0.004 0.222 0.001 137 K 0.101 0.233 0.280 0.145 0.134 0.040 0.032 0.010 0.012 0.013 0.001 138 Q 0.027 0.619 0.215 0.027 0.078 0.021 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 139 R 0.019 0.789 0.081 0.019 0.073 0.007 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 140 I 0.002 0.781 0.103 0.003 0.097 0.008 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 141 V 0.001 0.901 0.048 0.001 0.040 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 142 V 0.001 0.871 0.026 0.001 0.090 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 143 E 0.001 0.845 0.091 0.002 0.046 0.009 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 144 G 0.001 0.738 0.048 0.001 0.194 0.005 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 145 K 0.001 0.840 0.114 0.001 0.015 0.015 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 146 V 0.002 0.741 0.201 0.001 0.009 0.027 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 147 Y 0.011 0.656 0.170 0.036 0.056 0.049 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 148 T 0.002 0.185 0.532 0.003 0.192 0.046 0.003 0.001 0.032 0.006 0.001 149 D 0.877 0.002 0.002 0.109 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 150 Q 0.159 0.009 0.044 0.728 0.002 0.003 0.048 0.001 0.004 0.001 0.001 151 G 0.004 0.001 0.005 0.014 0.006 0.001 0.102 0.852 0.001 0.017 0.001 152 E 0.011 0.305 0.625 0.004 0.008 0.020 0.005 0.001 0.022 0.001 0.001 153 T 0.004 0.072 0.885 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 154 V 0.061 0.808 0.050 0.030 0.030 0.009 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 155 A 0.008 0.586 0.208 0.002 0.169 0.019 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 156 M 0.014 0.810 0.048 0.007 0.085 0.016 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 157 G 0.033 0.514 0.097 0.015 0.293 0.021 0.004 0.003 0.016 0.005 0.001 158 T 0.021 0.715 0.093 0.025 0.113 0.015 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 159 G 0.028 0.422 0.123 0.012 0.369 0.018 0.010 0.004 0.009 0.005 0.001 160 S 0.062 0.674 0.067 0.041 0.139 0.008 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 161 F 0.017 0.728 0.072 0.011 0.152 0.006 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 162 F 0.016 0.771 0.109 0.005 0.065 0.012 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 163 V 0.027 0.621 0.259 0.005 0.010 0.036 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 164 L 0.073 0.359 0.436 0.030 0.015 0.059 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 165 R 0.126 0.236 0.420 0.037 0.067 0.043 0.023 0.004 0.034 0.009 0.001 166 S 0.186 0.226 0.361 0.075 0.052 0.034 0.025 0.006 0.025 0.007 0.004 167 R 0.149 0.197 0.365 0.182 0.024 0.028 0.019 0.005 0.025 0.003 0.002 168 G 0.055 0.063 0.157 0.032 0.139 0.010 0.078 0.212 0.007 0.246 0.001