# TARGET T0632 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0632.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1373 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.002 0.010 0.180 0.075 0.728 2 D 0.012 0.008 0.035 0.556 0.063 0.326 3 K 0.020 0.013 0.025 0.758 0.054 0.129 4 R 0.016 0.009 0.042 0.830 0.077 0.025 5 L 0.010 0.002 0.043 0.778 0.144 0.022 6 Q 0.007 0.009 0.027 0.753 0.171 0.033 7 Q 0.005 0.009 0.016 0.766 0.128 0.076 8 D 0.007 0.002 0.009 0.319 0.227 0.436 9 R 0.008 0.003 0.040 0.560 0.149 0.241 10 I 0.012 0.004 0.076 0.788 0.090 0.031 11 V 0.014 0.009 0.091 0.800 0.068 0.018 12 D 0.007 0.002 0.075 0.838 0.058 0.018 13 K 0.008 0.002 0.060 0.811 0.075 0.044 14 M 0.014 0.004 0.052 0.721 0.129 0.080 15 E 0.017 0.009 0.032 0.654 0.173 0.115 16 R 0.019 0.013 0.030 0.493 0.235 0.210 17 F 0.013 0.009 0.012 0.131 0.408 0.428 18 L 0.007 0.004 0.081 0.222 0.495 0.191 19 S 0.011 0.008 0.113 0.260 0.434 0.174 20 T 0.010 0.006 0.165 0.442 0.275 0.101 21 A 0.017 0.012 0.105 0.545 0.186 0.135 22 N 0.024 0.008 0.061 0.558 0.159 0.191 23 E 0.016 0.005 0.057 0.574 0.142 0.207 24 E 0.020 0.008 0.065 0.476 0.184 0.247 25 E 0.015 0.005 0.133 0.504 0.205 0.139 26 K 0.014 0.005 0.176 0.425 0.255 0.125 27 D 0.010 0.004 0.165 0.290 0.359 0.172 28 V 0.009 0.005 0.083 0.233 0.369 0.302 29 L 0.005 0.004 0.028 0.211 0.318 0.434 30 S 0.003 0.005 0.016 0.155 0.283 0.537 31 S 0.004 0.002 0.040 0.643 0.189 0.122 32 I 0.006 0.002 0.031 0.760 0.140 0.061 33 V 0.006 0.002 0.031 0.795 0.109 0.058 34 D 0.010 0.003 0.016 0.823 0.075 0.072 35 G 0.008 0.002 0.014 0.878 0.058 0.040 36 L 0.008 0.003 0.015 0.861 0.065 0.049 37 L 0.008 0.001 0.022 0.796 0.089 0.085 38 A 0.008 0.002 0.023 0.814 0.080 0.073 39 K 0.010 0.003 0.025 0.774 0.095 0.094 40 Q 0.009 0.002 0.031 0.730 0.112 0.116 41 E 0.021 0.004 0.028 0.396 0.182 0.370 42 R 0.026 0.011 0.036 0.313 0.221 0.393 43 R 0.027 0.018 0.039 0.249 0.346 0.322 44 Y 0.019 0.008 0.044 0.144 0.414 0.372 45 A 0.011 0.006 0.044 0.118 0.419 0.403 46 T 0.014 0.004 0.042 0.102 0.468 0.371 47 Y 0.023 0.009 0.063 0.250 0.389 0.266 48 L 0.039 0.018 0.124 0.458 0.271 0.089 49 A 0.053 0.007 0.215 0.465 0.215 0.046 50 S 0.065 0.004 0.214 0.455 0.193 0.068 51 L 0.092 0.013 0.150 0.434 0.215 0.096 52 T 0.109 0.016 0.041 0.257 0.243 0.334 53 Q 0.081 0.002 0.002 0.004 0.147 0.765 54 I 0.466 0.004 0.001 0.002 0.077 0.451 55 E 0.904 0.003 0.001 0.001 0.018 0.075 56 S 0.973 0.003 0.001 0.001 0.004 0.019 57 Q 0.968 0.001 0.001 0.001 0.008 0.022 58 E 0.942 0.002 0.001 0.001 0.014 0.040 59 R 0.778 0.009 0.003 0.001 0.086 0.123 60 E 0.164 0.014 0.006 0.002 0.753 0.062 61 D 0.022 0.002 0.021 0.002 0.925 0.026 62 G 0.047 0.003 0.012 0.001 0.902 0.035 63 R 0.704 0.007 0.002 0.001 0.227 0.059 64 F 0.964 0.002 0.001 0.001 0.004 0.029 65 E 0.991 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 66 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 67 R 0.965 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 68 L 0.775 0.004 0.001 0.001 0.026 0.193 69 P 0.395 0.017 0.001 0.002 0.130 0.455 70 I 0.065 0.013 0.002 0.004 0.183 0.731 71 G 0.028 0.017 0.015 0.012 0.362 0.567 72 P 0.010 0.006 0.479 0.063 0.369 0.072 73 L 0.008 0.002 0.525 0.072 0.321 0.073 74 V 0.012 0.014 0.511 0.142 0.282 0.040 75 N 0.026 0.026 0.191 0.228 0.358 0.171 76 N 0.021 0.020 0.031 0.085 0.495 0.346 77 P 0.017 0.018 0.061 0.043 0.661 0.200 78 L 0.027 0.006 0.059 0.042 0.667 0.199 79 N 0.142 0.013 0.064 0.051 0.557 0.172 80 M 0.517 0.033 0.032 0.071 0.202 0.145 81 V 0.667 0.045 0.010 0.059 0.055 0.164 82 H 0.385 0.018 0.021 0.290 0.090 0.195 83 G 0.029 0.003 0.047 0.533 0.112 0.276 84 G 0.007 0.002 0.062 0.821 0.042 0.067 85 I 0.001 0.001 0.048 0.927 0.013 0.010 86 T 0.001 0.001 0.023 0.964 0.007 0.005 87 A 0.001 0.001 0.014 0.972 0.009 0.005 88 T 0.001 0.001 0.025 0.946 0.015 0.014 89 L 0.001 0.001 0.044 0.946 0.007 0.002 90 L 0.001 0.001 0.056 0.916 0.023 0.005 91 D 0.001 0.001 0.062 0.883 0.037 0.017 92 T 0.001 0.001 0.042 0.927 0.019 0.011 93 A 0.001 0.001 0.028 0.918 0.028 0.026 94 M 0.001 0.003 0.032 0.934 0.020 0.011 95 G 0.001 0.001 0.015 0.935 0.032 0.016 96 Q 0.005 0.001 0.014 0.942 0.025 0.013 97 M 0.007 0.003 0.013 0.956 0.015 0.007 98 V 0.011 0.001 0.021 0.929 0.022 0.016 99 N 0.020 0.003 0.062 0.849 0.041 0.025 100 R 0.020 0.004 0.070 0.804 0.056 0.046 101 Q 0.050 0.014 0.054 0.475 0.153 0.254 102 L 0.044 0.030 0.012 0.051 0.242 0.621 103 P 0.019 0.010 0.014 0.014 0.834 0.109 104 D 0.007 0.002 0.045 0.015 0.899 0.032 105 G 0.013 0.002 0.028 0.003 0.926 0.027 106 Q 0.198 0.013 0.014 0.001 0.709 0.065 107 S 0.646 0.013 0.001 0.001 0.079 0.260 108 A 0.896 0.010 0.001 0.001 0.022 0.070 109 V 0.929 0.002 0.001 0.001 0.016 0.052 110 T 0.955 0.002 0.001 0.001 0.010 0.032 111 S 0.948 0.002 0.001 0.001 0.012 0.037 112 E 0.971 0.001 0.001 0.001 0.008 0.019 113 L 0.960 0.001 0.001 0.001 0.011 0.027 114 N 0.957 0.003 0.001 0.001 0.012 0.026 115 I 0.945 0.005 0.003 0.001 0.019 0.028 116 H 0.873 0.002 0.008 0.002 0.057 0.059 117 Y 0.839 0.007 0.012 0.005 0.070 0.067 118 V 0.803 0.012 0.005 0.005 0.073 0.102 119 K 0.781 0.016 0.004 0.006 0.076 0.117 120 P 0.575 0.023 0.005 0.007 0.145 0.245 121 G 0.266 0.043 0.006 0.008 0.525 0.152 122 M 0.101 0.008 0.004 0.004 0.709 0.175 123 G 0.031 0.002 0.003 0.001 0.878 0.085 124 T 0.164 0.008 0.003 0.001 0.608 0.217 125 Y 0.774 0.013 0.001 0.001 0.062 0.150 126 L 0.966 0.002 0.001 0.001 0.007 0.025 127 R 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 128 A 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 129 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 130 A 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 131 S 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 132 I 0.983 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 133 V 0.969 0.001 0.001 0.001 0.015 0.015 134 H 0.875 0.005 0.001 0.001 0.094 0.025 135 Q 0.409 0.006 0.006 0.003 0.515 0.062 136 G 0.067 0.002 0.008 0.003 0.873 0.048 137 K 0.151 0.004 0.010 0.003 0.742 0.090 138 Q 0.774 0.008 0.001 0.001 0.096 0.119 139 R 0.962 0.002 0.001 0.001 0.010 0.026 140 I 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 141 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 142 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 143 E 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 144 G 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 145 K 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 146 V 0.960 0.002 0.001 0.001 0.009 0.029 147 Y 0.924 0.017 0.001 0.001 0.016 0.043 148 T 0.349 0.026 0.002 0.001 0.590 0.033 149 D 0.008 0.001 0.004 0.001 0.983 0.004 150 Q 0.003 0.001 0.003 0.001 0.991 0.002 151 G 0.030 0.005 0.003 0.001 0.953 0.008 152 E 0.646 0.008 0.001 0.001 0.136 0.210 153 T 0.962 0.006 0.001 0.001 0.006 0.026 154 V 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 155 A 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 156 M 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 157 G 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 158 T 0.986 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 159 G 0.984 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 160 S 0.987 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 161 F 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 162 F 0.971 0.001 0.001 0.001 0.007 0.021 163 V 0.933 0.005 0.001 0.001 0.015 0.046 164 L 0.648 0.005 0.001 0.002 0.076 0.269 165 R 0.256 0.022 0.003 0.003 0.211 0.506 166 S 0.061 0.012 0.006 0.003 0.221 0.696 167 R 0.023 0.013 0.010 0.007 0.186 0.761 168 G 0.003 0.006 0.007 0.006 0.154 0.825