# TARGET T0632 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0632.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1373 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 2 D 0.068 0.023 0.013 0.276 0.003 0.029 0.589 3 K 0.084 0.014 0.048 0.340 0.114 0.091 0.308 4 R 0.088 0.014 0.063 0.448 0.089 0.089 0.209 5 L 0.050 0.008 0.071 0.519 0.108 0.091 0.153 6 Q 0.028 0.003 0.044 0.543 0.093 0.147 0.144 7 Q 0.020 0.006 0.019 0.498 0.171 0.143 0.141 8 D 0.019 0.004 0.005 0.382 0.226 0.031 0.333 9 R 0.019 0.006 0.021 0.596 0.058 0.080 0.220 10 I 0.045 0.017 0.048 0.702 0.032 0.063 0.093 11 V 0.079 0.011 0.082 0.646 0.030 0.053 0.100 12 D 0.070 0.005 0.103 0.653 0.032 0.056 0.082 13 K 0.078 0.008 0.084 0.613 0.052 0.076 0.090 14 M 0.053 0.014 0.126 0.543 0.056 0.084 0.123 15 E 0.036 0.006 0.096 0.498 0.097 0.148 0.119 16 R 0.020 0.006 0.053 0.425 0.155 0.187 0.154 17 F 0.010 0.008 0.017 0.115 0.250 0.066 0.534 18 L 0.006 0.005 0.061 0.165 0.155 0.307 0.301 19 S 0.008 0.007 0.094 0.177 0.127 0.342 0.244 20 T 0.009 0.011 0.126 0.286 0.157 0.137 0.274 21 A 0.019 0.011 0.096 0.370 0.099 0.119 0.287 22 N 0.023 0.014 0.086 0.426 0.077 0.130 0.243 23 E 0.024 0.017 0.074 0.432 0.115 0.076 0.261 24 E 0.018 0.008 0.106 0.482 0.087 0.074 0.224 25 E 0.012 0.006 0.151 0.503 0.054 0.105 0.169 26 K 0.010 0.011 0.218 0.417 0.048 0.153 0.145 27 D 0.009 0.004 0.139 0.311 0.094 0.295 0.148 28 V 0.008 0.007 0.077 0.272 0.117 0.316 0.203 29 L 0.003 0.009 0.022 0.141 0.273 0.053 0.499 30 S 0.005 0.007 0.022 0.148 0.085 0.085 0.650 31 S 0.002 0.002 0.070 0.591 0.049 0.151 0.135 32 I 0.002 0.002 0.056 0.758 0.043 0.066 0.073 33 V 0.003 0.003 0.034 0.813 0.035 0.034 0.078 34 D 0.003 0.002 0.011 0.893 0.019 0.025 0.047 35 G 0.005 0.002 0.011 0.891 0.013 0.039 0.040 36 L 0.005 0.001 0.011 0.892 0.020 0.043 0.028 37 L 0.008 0.002 0.011 0.875 0.024 0.034 0.047 38 A 0.005 0.003 0.018 0.865 0.020 0.040 0.049 39 K 0.007 0.004 0.024 0.766 0.023 0.130 0.047 40 Q 0.007 0.003 0.030 0.487 0.037 0.378 0.059 41 E 0.014 0.005 0.034 0.315 0.131 0.345 0.156 42 R 0.028 0.022 0.044 0.217 0.162 0.162 0.364 43 R 0.035 0.030 0.052 0.161 0.188 0.099 0.433 44 Y 0.028 0.018 0.070 0.149 0.171 0.228 0.336 45 A 0.015 0.011 0.049 0.136 0.319 0.199 0.270 46 T 0.013 0.011 0.049 0.240 0.225 0.093 0.369 47 Y 0.018 0.009 0.068 0.331 0.113 0.166 0.294 48 L 0.020 0.007 0.143 0.447 0.063 0.147 0.173 49 A 0.034 0.012 0.306 0.342 0.067 0.125 0.115 50 S 0.059 0.009 0.317 0.279 0.079 0.148 0.109 51 L 0.079 0.013 0.251 0.211 0.117 0.183 0.146 52 T 0.079 0.017 0.064 0.080 0.230 0.329 0.201 53 Q 0.117 0.003 0.012 0.006 0.162 0.332 0.367 54 I 0.556 0.011 0.003 0.003 0.031 0.008 0.388 55 E 0.872 0.008 0.001 0.002 0.010 0.001 0.106 56 S 0.942 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.050 57 Q 0.968 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 58 E 0.954 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.036 59 R 0.784 0.004 0.003 0.002 0.021 0.015 0.169 60 E 0.410 0.007 0.015 0.002 0.137 0.157 0.272 61 D 0.007 0.001 0.008 0.001 0.098 0.879 0.007 62 G 0.011 0.001 0.006 0.001 0.122 0.848 0.012 63 R 0.683 0.008 0.001 0.001 0.022 0.009 0.277 64 F 0.970 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 65 E 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 66 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 67 R 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 68 L 0.890 0.003 0.001 0.001 0.009 0.001 0.098 69 P 0.580 0.006 0.001 0.001 0.041 0.006 0.367 70 I 0.285 0.057 0.004 0.002 0.139 0.021 0.491 71 G 0.053 0.013 0.010 0.006 0.142 0.036 0.741 72 P 0.005 0.002 0.309 0.125 0.140 0.375 0.044 73 L 0.006 0.006 0.423 0.156 0.076 0.294 0.038 74 V 0.011 0.016 0.387 0.237 0.064 0.205 0.080 75 N 0.019 0.018 0.093 0.260 0.183 0.256 0.170 76 N 0.011 0.009 0.033 0.162 0.255 0.349 0.181 77 P 0.024 0.019 0.020 0.169 0.179 0.082 0.507 78 L 0.015 0.005 0.031 0.397 0.083 0.265 0.204 79 N 0.019 0.002 0.014 0.548 0.135 0.185 0.097 80 M 0.013 0.006 0.007 0.879 0.031 0.016 0.047 81 V 0.004 0.002 0.002 0.971 0.004 0.008 0.010 82 H 0.001 0.001 0.001 0.978 0.001 0.009 0.009 83 G 0.001 0.001 0.001 0.989 0.004 0.004 0.002 84 G 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.002 0.001 85 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 86 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 87 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 88 T 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 89 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 90 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.004 0.003 91 D 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.005 0.002 92 T 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.011 0.001 93 A 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.013 0.001 94 M 0.001 0.001 0.001 0.967 0.003 0.027 0.003 95 G 0.001 0.001 0.001 0.962 0.008 0.023 0.006 96 Q 0.002 0.001 0.003 0.958 0.010 0.009 0.018 97 M 0.002 0.001 0.007 0.961 0.006 0.013 0.010 98 V 0.003 0.001 0.022 0.913 0.006 0.043 0.011 99 N 0.005 0.001 0.076 0.783 0.008 0.112 0.014 100 R 0.007 0.001 0.048 0.594 0.017 0.313 0.020 101 Q 0.013 0.008 0.051 0.382 0.072 0.382 0.093 102 L 0.027 0.023 0.014 0.043 0.309 0.045 0.540 103 P 0.029 0.006 0.031 0.008 0.112 0.076 0.738 104 D 0.009 0.005 0.047 0.006 0.157 0.729 0.047 105 G 0.018 0.001 0.038 0.002 0.173 0.694 0.073 106 Q 0.230 0.008 0.008 0.002 0.242 0.022 0.487 107 S 0.605 0.027 0.002 0.001 0.060 0.010 0.294 108 A 0.828 0.011 0.002 0.001 0.026 0.006 0.127 109 V 0.879 0.009 0.003 0.001 0.012 0.002 0.096 110 T 0.915 0.003 0.001 0.001 0.010 0.001 0.070 111 S 0.946 0.002 0.002 0.001 0.010 0.002 0.038 112 E 0.973 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.020 113 L 0.963 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.029 114 N 0.949 0.002 0.001 0.001 0.009 0.002 0.037 115 I 0.923 0.004 0.001 0.001 0.010 0.003 0.059 116 H 0.927 0.003 0.001 0.001 0.024 0.005 0.039 117 Y 0.951 0.004 0.001 0.001 0.007 0.003 0.033 118 V 0.930 0.005 0.002 0.002 0.009 0.003 0.048 119 K 0.886 0.005 0.002 0.002 0.028 0.004 0.074 120 P 0.654 0.010 0.005 0.003 0.057 0.017 0.255 121 G 0.266 0.017 0.011 0.003 0.114 0.051 0.539 122 M 0.039 0.006 0.025 0.001 0.287 0.518 0.124 123 G 0.009 0.001 0.016 0.001 0.194 0.744 0.036 124 T 0.105 0.012 0.015 0.001 0.405 0.175 0.288 125 Y 0.610 0.013 0.001 0.001 0.030 0.010 0.336 126 L 0.954 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.035 127 R 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 128 A 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 129 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 130 A 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 131 S 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 132 I 0.960 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.036 133 V 0.917 0.004 0.001 0.001 0.017 0.004 0.058 134 H 0.728 0.008 0.004 0.001 0.023 0.014 0.222 135 Q 0.045 0.001 0.015 0.001 0.098 0.818 0.021 136 G 0.024 0.001 0.008 0.001 0.111 0.836 0.019 137 K 0.298 0.008 0.006 0.001 0.345 0.081 0.262 138 Q 0.628 0.015 0.001 0.001 0.057 0.010 0.288 139 R 0.938 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.050 140 I 0.980 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.013 141 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 142 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 143 E 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 144 G 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 145 K 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 146 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 147 Y 0.952 0.008 0.001 0.001 0.007 0.001 0.031 148 T 0.593 0.009 0.001 0.001 0.014 0.006 0.377 149 D 0.020 0.001 0.008 0.001 0.074 0.873 0.024 150 Q 0.003 0.001 0.004 0.001 0.046 0.945 0.002 151 G 0.139 0.001 0.003 0.001 0.477 0.195 0.185 152 E 0.562 0.011 0.001 0.001 0.024 0.002 0.401 153 T 0.938 0.024 0.001 0.001 0.003 0.001 0.035 154 V 0.972 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.021 155 A 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 156 M 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 157 G 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 158 T 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 159 G 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 160 S 0.972 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.019 161 F 0.969 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 162 F 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 163 V 0.934 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.055 164 L 0.750 0.008 0.001 0.001 0.029 0.003 0.207 165 R 0.374 0.013 0.004 0.005 0.108 0.024 0.473 166 S 0.121 0.020 0.009 0.011 0.197 0.088 0.554 167 R 0.046 0.019 0.009 0.012 0.112 0.113 0.689 168 G 0.004 0.002 0.005 0.006 0.037 0.031 0.916