# TARGET T0630 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0630.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 221 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.126 0.019 0.218 0.541 0.001 0.023 0.006 0.008 0.006 0.003 0.007 0.010 0.015 0.001 0.008 0.009 2 R 0.018 0.079 0.315 0.269 0.004 0.269 0.003 0.002 0.007 0.002 0.003 0.005 0.011 0.001 0.001 0.012 3 A 0.030 0.032 0.043 0.682 0.010 0.039 0.002 0.004 0.001 0.001 0.143 0.005 0.006 0.001 0.001 0.002 4 P 0.005 0.284 0.087 0.464 0.005 0.076 0.002 0.007 0.005 0.001 0.002 0.055 0.003 0.001 0.002 0.002 5 I 0.011 0.022 0.069 0.559 0.024 0.172 0.023 0.008 0.007 0.003 0.065 0.004 0.022 0.003 0.003 0.006 6 P 0.017 0.294 0.104 0.480 0.003 0.017 0.002 0.026 0.007 0.001 0.012 0.020 0.006 0.001 0.005 0.006 7 E 0.022 0.017 0.058 0.719 0.020 0.070 0.013 0.005 0.026 0.007 0.011 0.013 0.008 0.004 0.001 0.005 8 P 0.038 0.078 0.247 0.540 0.031 0.013 0.006 0.013 0.004 0.001 0.011 0.005 0.005 0.001 0.003 0.006 9 K 0.002 0.003 0.013 0.143 0.714 0.048 0.046 0.006 0.002 0.004 0.003 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 10 P 0.009 0.061 0.024 0.234 0.012 0.030 0.003 0.575 0.006 0.001 0.011 0.002 0.002 0.001 0.029 0.001 11 G 0.004 0.031 0.006 0.241 0.001 0.032 0.001 0.005 0.517 0.126 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 0.021 12 D 0.624 0.065 0.032 0.240 0.001 0.012 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.009 0.002 0.001 0.001 0.003 13 L 0.015 0.024 0.515 0.408 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 14 I 0.003 0.021 0.199 0.747 0.005 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.001 0.008 0.022 0.941 0.006 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 I 0.002 0.022 0.017 0.739 0.030 0.165 0.002 0.008 0.001 0.001 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 17 F 0.002 0.277 0.013 0.604 0.010 0.046 0.001 0.018 0.009 0.001 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 18 R 0.011 0.025 0.024 0.503 0.028 0.292 0.006 0.011 0.014 0.011 0.038 0.021 0.010 0.001 0.001 0.002 19 P 0.021 0.115 0.086 0.162 0.029 0.177 0.006 0.045 0.007 0.004 0.233 0.080 0.026 0.003 0.003 0.004 20 F 0.013 0.147 0.034 0.411 0.011 0.043 0.004 0.019 0.034 0.007 0.077 0.148 0.032 0.002 0.010 0.010 21 Y 0.042 0.038 0.130 0.338 0.013 0.117 0.014 0.007 0.012 0.006 0.034 0.096 0.124 0.004 0.004 0.020 22 R 0.034 0.255 0.187 0.340 0.006 0.036 0.007 0.011 0.005 0.001 0.020 0.015 0.057 0.001 0.005 0.018 23 H 0.014 0.059 0.088 0.547 0.003 0.192 0.013 0.004 0.007 0.002 0.009 0.014 0.035 0.003 0.002 0.009 24 W 0.014 0.227 0.235 0.491 0.001 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.002 0.007 0.001 0.003 0.007 25 A 0.003 0.002 0.080 0.908 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 I 0.003 0.002 0.249 0.734 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 Y 0.001 0.002 0.003 0.343 0.602 0.044 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 28 V 0.001 0.040 0.001 0.129 0.460 0.048 0.002 0.306 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 G 0.001 0.002 0.001 0.004 0.811 0.017 0.021 0.027 0.009 0.079 0.012 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 30 D 0.004 0.020 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.813 0.012 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.139 0.001 31 G 0.001 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.829 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 32 Y 0.918 0.001 0.073 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 V 0.003 0.002 0.875 0.049 0.007 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 V 0.001 0.276 0.008 0.710 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 H 0.001 0.005 0.003 0.946 0.002 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 L 0.010 0.041 0.119 0.792 0.014 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 A 0.001 0.020 0.018 0.923 0.012 0.021 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 P 0.001 0.019 0.010 0.147 0.035 0.766 0.001 0.009 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 P 0.002 0.139 0.005 0.071 0.013 0.299 0.001 0.036 0.005 0.003 0.413 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 40 S 0.008 0.259 0.005 0.080 0.002 0.024 0.001 0.009 0.026 0.005 0.133 0.438 0.005 0.001 0.002 0.003 41 E 0.061 0.136 0.196 0.176 0.006 0.032 0.011 0.008 0.022 0.005 0.034 0.196 0.068 0.002 0.013 0.034 42 V 0.026 0.018 0.336 0.104 0.084 0.077 0.134 0.008 0.003 0.003 0.028 0.018 0.092 0.050 0.006 0.013 43 A 0.028 0.118 0.150 0.189 0.019 0.052 0.018 0.161 0.006 0.003 0.044 0.022 0.076 0.004 0.092 0.015 44 G 0.011 0.028 0.039 0.164 0.199 0.097 0.069 0.014 0.070 0.084 0.039 0.044 0.039 0.047 0.004 0.052 45 A 0.165 0.075 0.127 0.208 0.016 0.032 0.015 0.146 0.013 0.005 0.053 0.024 0.045 0.004 0.060 0.014 46 G 0.018 0.063 0.119 0.164 0.006 0.209 0.010 0.013 0.095 0.071 0.031 0.054 0.066 0.002 0.007 0.072 47 A 0.221 0.065 0.080 0.149 0.006 0.110 0.004 0.009 0.008 0.006 0.172 0.059 0.093 0.002 0.004 0.012 48 A 0.020 0.179 0.161 0.293 0.003 0.037 0.003 0.006 0.007 0.002 0.047 0.158 0.070 0.001 0.004 0.009 49 S 0.014 0.043 0.152 0.427 0.006 0.104 0.010 0.002 0.003 0.002 0.015 0.045 0.161 0.001 0.001 0.013 50 V 0.013 0.044 0.168 0.354 0.016 0.091 0.016 0.007 0.002 0.001 0.052 0.022 0.200 0.004 0.003 0.008 51 M 0.007 0.084 0.069 0.455 0.010 0.060 0.008 0.015 0.005 0.003 0.034 0.059 0.174 0.003 0.006 0.009 52 S 0.010 0.028 0.044 0.223 0.023 0.182 0.014 0.009 0.008 0.006 0.046 0.064 0.311 0.013 0.004 0.016 53 A 0.018 0.076 0.060 0.132 0.019 0.060 0.014 0.018 0.005 0.003 0.189 0.062 0.283 0.015 0.018 0.027 54 L 0.016 0.105 0.076 0.116 0.025 0.059 0.041 0.015 0.012 0.008 0.046 0.149 0.228 0.032 0.023 0.051 55 T 0.033 0.044 0.102 0.063 0.016 0.116 0.055 0.021 0.006 0.006 0.052 0.051 0.327 0.025 0.042 0.042 56 D 0.024 0.111 0.066 0.048 0.005 0.093 0.012 0.027 0.013 0.009 0.143 0.076 0.267 0.009 0.033 0.064 57 K 0.065 0.108 0.083 0.088 0.003 0.043 0.011 0.007 0.022 0.006 0.091 0.184 0.204 0.011 0.018 0.057 58 A 0.072 0.040 0.289 0.110 0.001 0.033 0.006 0.004 0.004 0.002 0.040 0.109 0.245 0.003 0.016 0.026 59 I 0.022 0.088 0.333 0.250 0.004 0.033 0.011 0.002 0.003 0.001 0.012 0.023 0.162 0.003 0.002 0.052 60 V 0.022 0.026 0.222 0.387 0.007 0.126 0.018 0.004 0.001 0.001 0.014 0.015 0.146 0.003 0.002 0.006 61 K 0.006 0.104 0.113 0.358 0.005 0.176 0.006 0.010 0.003 0.001 0.028 0.017 0.160 0.001 0.003 0.010 62 K 0.014 0.056 0.039 0.558 0.006 0.055 0.003 0.006 0.010 0.003 0.071 0.054 0.114 0.002 0.002 0.009 63 E 0.018 0.061 0.108 0.479 0.008 0.055 0.008 0.006 0.004 0.001 0.020 0.071 0.142 0.006 0.003 0.009 64 L 0.012 0.040 0.097 0.342 0.009 0.155 0.011 0.011 0.004 0.002 0.030 0.025 0.234 0.004 0.009 0.016 65 L 0.014 0.069 0.090 0.297 0.028 0.084 0.023 0.009 0.008 0.005 0.064 0.034 0.230 0.018 0.007 0.020 66 Y 0.024 0.080 0.077 0.415 0.005 0.041 0.009 0.032 0.007 0.003 0.023 0.059 0.186 0.005 0.022 0.012 67 D 0.012 0.037 0.076 0.170 0.023 0.224 0.019 0.008 0.022 0.008 0.040 0.029 0.254 0.008 0.007 0.062 68 V 0.032 0.045 0.064 0.083 0.193 0.040 0.127 0.014 0.003 0.003 0.147 0.025 0.091 0.115 0.007 0.013 69 A 0.009 0.078 0.079 0.082 0.044 0.039 0.056 0.243 0.008 0.005 0.023 0.056 0.050 0.028 0.190 0.009 70 G 0.011 0.032 0.047 0.062 0.029 0.100 0.037 0.052 0.104 0.092 0.043 0.019 0.098 0.016 0.051 0.207 71 S 0.257 0.106 0.068 0.061 0.012 0.031 0.019 0.031 0.047 0.021 0.100 0.044 0.065 0.017 0.025 0.095 72 D 0.134 0.129 0.151 0.086 0.002 0.132 0.013 0.018 0.031 0.010 0.037 0.123 0.073 0.005 0.030 0.025 73 K 0.058 0.165 0.368 0.154 0.004 0.027 0.010 0.006 0.014 0.004 0.053 0.024 0.052 0.004 0.011 0.049 74 Y 0.066 0.043 0.263 0.473 0.008 0.028 0.008 0.006 0.004 0.002 0.010 0.037 0.031 0.002 0.006 0.013 75 Q 0.015 0.025 0.314 0.297 0.133 0.083 0.048 0.007 0.003 0.002 0.010 0.007 0.031 0.013 0.002 0.011 76 V 0.012 0.062 0.055 0.424 0.084 0.119 0.030 0.116 0.004 0.004 0.039 0.009 0.019 0.009 0.011 0.003 77 N 0.007 0.144 0.036 0.323 0.018 0.122 0.007 0.106 0.086 0.031 0.029 0.034 0.019 0.002 0.016 0.020 78 N 0.099 0.042 0.043 0.215 0.018 0.161 0.011 0.016 0.079 0.036 0.127 0.053 0.049 0.003 0.005 0.043 79 K 0.104 0.172 0.192 0.134 0.015 0.073 0.011 0.024 0.010 0.005 0.102 0.083 0.044 0.006 0.007 0.017 80 H 0.025 0.125 0.158 0.216 0.012 0.156 0.017 0.026 0.015 0.007 0.044 0.096 0.063 0.007 0.019 0.013 81 D 0.025 0.083 0.146 0.153 0.012 0.182 0.018 0.022 0.017 0.008 0.068 0.049 0.159 0.006 0.017 0.035 82 D 0.045 0.088 0.081 0.168 0.013 0.104 0.015 0.020 0.013 0.007 0.166 0.081 0.150 0.008 0.013 0.028 83 K 0.046 0.176 0.134 0.189 0.011 0.069 0.032 0.015 0.014 0.004 0.057 0.088 0.098 0.018 0.016 0.033 84 Y 0.030 0.109 0.343 0.290 0.004 0.018 0.030 0.008 0.014 0.002 0.012 0.017 0.052 0.003 0.023 0.045 85 S 0.035 0.020 0.275 0.327 0.011 0.166 0.034 0.007 0.006 0.006 0.011 0.012 0.060 0.004 0.004 0.023 86 P 0.059 0.134 0.211 0.410 0.010 0.036 0.006 0.018 0.007 0.002 0.047 0.008 0.026 0.002 0.005 0.020 87 L 0.022 0.044 0.084 0.518 0.032 0.122 0.018 0.007 0.013 0.007 0.020 0.078 0.021 0.006 0.001 0.007 88 P 0.013 0.050 0.070 0.089 0.013 0.589 0.010 0.036 0.002 0.002 0.053 0.023 0.040 0.002 0.005 0.004 89 C 0.002 0.035 0.007 0.021 0.002 0.225 0.002 0.011 0.007 0.006 0.575 0.054 0.043 0.001 0.003 0.005 90 S 0.009 0.034 0.005 0.012 0.001 0.020 0.001 0.001 0.004 0.001 0.130 0.701 0.078 0.001 0.001 0.003 91 K 0.009 0.022 0.054 0.022 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.392 0.403 0.001 0.001 0.007 92 I 0.001 0.002 0.032 0.013 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.068 0.849 0.001 0.001 0.001 93 I 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.023 0.944 0.001 0.001 0.001 94 Q 0.001 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.968 0.001 0.001 0.001 95 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 96 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.978 0.010 0.001 0.001 97 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.968 0.010 0.008 0.002 98 E 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.800 0.006 0.011 0.173 99 L 0.005 0.001 0.007 0.001 0.015 0.001 0.114 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.117 0.712 0.005 0.020 100 V 0.006 0.005 0.037 0.001 0.003 0.007 0.064 0.055 0.001 0.001 0.010 0.004 0.111 0.058 0.633 0.006 101 G 0.004 0.058 0.014 0.009 0.001 0.009 0.009 0.018 0.091 0.050 0.013 0.016 0.090 0.007 0.097 0.514 102 Q 0.674 0.012 0.029 0.022 0.001 0.008 0.005 0.001 0.026 0.005 0.011 0.023 0.062 0.002 0.006 0.115 103 E 0.085 0.042 0.765 0.035 0.001 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.026 0.001 0.002 0.011 104 V 0.019 0.046 0.275 0.427 0.004 0.152 0.007 0.003 0.001 0.001 0.009 0.017 0.034 0.001 0.001 0.003 105 L 0.006 0.083 0.113 0.701 0.004 0.034 0.003 0.003 0.002 0.001 0.012 0.008 0.025 0.001 0.001 0.004 106 Y 0.006 0.011 0.033 0.883 0.002 0.020 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.013 0.019 0.001 0.001 0.001 107 K 0.006 0.025 0.095 0.774 0.007 0.041 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.009 0.027 0.001 0.001 0.004 108 L 0.004 0.023 0.033 0.795 0.022 0.067 0.003 0.005 0.001 0.001 0.011 0.004 0.025 0.001 0.001 0.003 109 T 0.005 0.074 0.061 0.381 0.157 0.164 0.024 0.022 0.005 0.004 0.021 0.019 0.047 0.007 0.003 0.006 110 S 0.007 0.029 0.017 0.082 0.203 0.253 0.046 0.117 0.007 0.011 0.105 0.021 0.063 0.024 0.010 0.004 111 E 0.007 0.112 0.017 0.032 0.030 0.053 0.018 0.217 0.028 0.026 0.253 0.066 0.039 0.023 0.057 0.020 112 N 0.029 0.050 0.025 0.025 0.006 0.059 0.011 0.045 0.112 0.052 0.106 0.228 0.087 0.007 0.095 0.066 113 C 0.086 0.026 0.103 0.013 0.003 0.051 0.014 0.004 0.015 0.015 0.125 0.078 0.353 0.004 0.014 0.095 114 E 0.064 0.039 0.090 0.017 0.002 0.037 0.005 0.008 0.002 0.003 0.117 0.188 0.406 0.003 0.007 0.010 115 H 0.006 0.022 0.039 0.021 0.001 0.106 0.004 0.003 0.002 0.001 0.073 0.186 0.524 0.002 0.004 0.007 116 F 0.002 0.025 0.025 0.034 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.067 0.061 0.757 0.001 0.002 0.011 117 V 0.002 0.002 0.010 0.017 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.058 0.883 0.001 0.001 0.002 118 N 0.001 0.007 0.014 0.011 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.945 0.001 0.001 0.002 119 E 0.001 0.009 0.010 0.074 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.853 0.003 0.001 0.023 120 L 0.003 0.004 0.063 0.020 0.003 0.008 0.013 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.864 0.003 0.005 0.007 121 R 0.001 0.001 0.006 0.006 0.106 0.003 0.068 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.057 0.739 0.001 0.002 122 Y 0.004 0.008 0.005 0.019 0.001 0.003 0.001 0.163 0.002 0.001 0.004 0.005 0.057 0.003 0.722 0.004 123 G 0.002 0.005 0.010 0.010 0.002 0.007 0.004 0.001 0.101 0.062 0.004 0.006 0.062 0.005 0.002 0.716 124 V 0.880 0.007 0.034 0.016 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.025 0.002 0.004 0.008 125 A 0.006 0.079 0.355 0.061 0.014 0.323 0.025 0.008 0.003 0.003 0.013 0.026 0.054 0.008 0.007 0.014 126 R 0.020 0.239 0.095 0.264 0.015 0.062 0.013 0.032 0.009 0.005 0.116 0.031 0.057 0.006 0.011 0.024 127 S 0.027 0.029 0.036 0.160 0.002 0.271 0.004 0.012 0.021 0.010 0.047 0.244 0.110 0.002 0.014 0.008 128 D 0.037 0.128 0.101 0.099 0.003 0.024 0.003 0.004 0.006 0.002 0.302 0.066 0.176 0.003 0.005 0.041 129 Q 0.046 0.074 0.116 0.365 0.006 0.030 0.013 0.003 0.006 0.001 0.013 0.179 0.123 0.004 0.003 0.018 130 V 0.005 0.009 0.348 0.087 0.050 0.095 0.152 0.004 0.001 0.001 0.011 0.005 0.197 0.025 0.004 0.007 131 R 0.005 0.146 0.056 0.185 0.030 0.070 0.023 0.229 0.006 0.004 0.040 0.023 0.097 0.012 0.060 0.014 132 D 0.014 0.034 0.014 0.125 0.028 0.192 0.025 0.026 0.138 0.062 0.084 0.067 0.090 0.016 0.013 0.070