# TARGET T0630 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0630.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 221 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.435 0.102 0.042 0.084 0.078 0.057 0.083 0.056 0.034 0.019 0.012 2 R 0.184 0.200 0.068 0.155 0.104 0.077 0.088 0.051 0.036 0.023 0.013 3 A 0.165 0.093 0.035 0.089 0.103 0.105 0.132 0.095 0.089 0.058 0.036 4 P 0.448 0.302 0.050 0.099 0.042 0.019 0.018 0.011 0.006 0.004 0.002 5 I 0.066 0.068 0.032 0.137 0.141 0.142 0.151 0.105 0.077 0.053 0.029 6 P 0.530 0.198 0.052 0.091 0.046 0.027 0.025 0.016 0.008 0.005 0.002 7 E 0.178 0.229 0.060 0.253 0.121 0.068 0.048 0.023 0.012 0.005 0.003 8 P 0.029 0.017 0.011 0.018 0.024 0.029 0.063 0.095 0.163 0.218 0.333 9 K 0.143 0.235 0.087 0.232 0.159 0.063 0.041 0.021 0.011 0.006 0.003 10 P 0.111 0.096 0.079 0.174 0.137 0.122 0.121 0.075 0.045 0.026 0.015 11 G 0.096 0.048 0.035 0.081 0.081 0.101 0.160 0.119 0.123 0.095 0.061 12 D 0.014 0.034 0.026 0.092 0.092 0.127 0.208 0.142 0.141 0.086 0.039 13 L 0.003 0.007 0.013 0.025 0.036 0.056 0.093 0.122 0.218 0.220 0.208 14 I 0.005 0.007 0.013 0.023 0.037 0.045 0.099 0.139 0.211 0.216 0.205 15 E 0.008 0.013 0.023 0.063 0.099 0.100 0.175 0.182 0.150 0.118 0.069 16 I 0.003 0.003 0.008 0.013 0.024 0.030 0.070 0.138 0.223 0.262 0.225 17 F 0.010 0.020 0.030 0.068 0.085 0.096 0.168 0.153 0.164 0.132 0.073 18 R 0.022 0.032 0.048 0.095 0.102 0.128 0.188 0.132 0.124 0.082 0.045 19 P 0.124 0.102 0.092 0.151 0.112 0.114 0.137 0.069 0.051 0.029 0.017 20 F 0.042 0.050 0.053 0.100 0.100 0.101 0.183 0.127 0.113 0.079 0.053 21 Y 0.014 0.019 0.027 0.048 0.057 0.084 0.153 0.135 0.172 0.158 0.132 22 R 0.032 0.069 0.102 0.155 0.147 0.133 0.155 0.077 0.064 0.039 0.026 23 H 0.005 0.008 0.023 0.032 0.048 0.078 0.162 0.161 0.196 0.174 0.114 24 W 0.003 0.006 0.012 0.025 0.037 0.053 0.129 0.162 0.229 0.213 0.130 25 A 0.002 0.005 0.008 0.017 0.022 0.030 0.071 0.110 0.219 0.262 0.254 26 I 0.002 0.002 0.005 0.008 0.019 0.024 0.054 0.112 0.197 0.264 0.312 27 Y 0.004 0.006 0.015 0.032 0.062 0.072 0.137 0.185 0.188 0.192 0.107 28 V 0.003 0.005 0.012 0.022 0.037 0.048 0.106 0.158 0.217 0.216 0.174 29 G 0.019 0.028 0.028 0.060 0.076 0.099 0.181 0.128 0.165 0.123 0.092 30 D 0.047 0.071 0.060 0.158 0.145 0.126 0.171 0.090 0.069 0.038 0.025 31 G 0.123 0.091 0.066 0.136 0.115 0.121 0.142 0.081 0.060 0.041 0.024 32 Y 0.042 0.065 0.040 0.119 0.113 0.127 0.183 0.116 0.092 0.065 0.037 33 V 0.006 0.012 0.011 0.026 0.034 0.055 0.097 0.112 0.198 0.228 0.222 34 V 0.005 0.008 0.010 0.025 0.041 0.071 0.100 0.111 0.193 0.230 0.206 35 H 0.011 0.016 0.025 0.058 0.082 0.118 0.161 0.140 0.164 0.144 0.081 36 L 0.004 0.006 0.009 0.023 0.038 0.062 0.117 0.136 0.216 0.209 0.179 37 A 0.013 0.017 0.016 0.043 0.060 0.074 0.133 0.134 0.193 0.165 0.153 38 P 0.124 0.146 0.071 0.181 0.141 0.095 0.108 0.059 0.039 0.022 0.013 39 P 0.226 0.153 0.054 0.145 0.107 0.088 0.095 0.055 0.037 0.024 0.016 40 S 0.373 0.168 0.042 0.116 0.080 0.058 0.065 0.043 0.027 0.018 0.011 41 E 0.288 0.178 0.051 0.156 0.099 0.069 0.066 0.042 0.025 0.016 0.009 42 V 0.062 0.069 0.035 0.083 0.085 0.118 0.139 0.113 0.120 0.103 0.072 43 A 0.086 0.106 0.061 0.154 0.145 0.121 0.125 0.086 0.058 0.037 0.021 44 G 0.184 0.132 0.086 0.166 0.116 0.090 0.092 0.059 0.038 0.024 0.013 45 A 0.088 0.071 0.045 0.113 0.108 0.113 0.138 0.108 0.095 0.071 0.049 46 G 0.158 0.132 0.048 0.137 0.117 0.089 0.109 0.084 0.061 0.041 0.024 47 A 0.131 0.103 0.055 0.146 0.126 0.102 0.114 0.086 0.065 0.044 0.027 48 A 0.139 0.092 0.062 0.140 0.126 0.106 0.123 0.087 0.061 0.040 0.024 49 S 0.097 0.102 0.063 0.176 0.148 0.112 0.119 0.080 0.052 0.032 0.018 50 V 0.021 0.025 0.024 0.059 0.074 0.098 0.148 0.147 0.165 0.140 0.099 51 M 0.028 0.034 0.033 0.087 0.105 0.130 0.183 0.135 0.124 0.090 0.051 52 S 0.072 0.075 0.097 0.178 0.149 0.113 0.122 0.078 0.057 0.036 0.021 53 A 0.050 0.032 0.042 0.081 0.095 0.113 0.163 0.124 0.127 0.101 0.072 54 L 0.023 0.033 0.026 0.066 0.079 0.100 0.173 0.140 0.155 0.126 0.080 55 T 0.047 0.069 0.057 0.132 0.140 0.124 0.148 0.105 0.084 0.058 0.035 56 D 0.185 0.150 0.114 0.177 0.121 0.080 0.079 0.046 0.025 0.015 0.008 57 K 0.170 0.119 0.074 0.184 0.138 0.099 0.102 0.056 0.031 0.017 0.009 58 A 0.083 0.042 0.034 0.066 0.076 0.094 0.164 0.136 0.131 0.100 0.074 59 I 0.061 0.085 0.090 0.183 0.162 0.126 0.122 0.069 0.051 0.032 0.019 60 V 0.023 0.031 0.051 0.064 0.079 0.100 0.151 0.126 0.146 0.135 0.093 61 K 0.048 0.124 0.118 0.210 0.166 0.101 0.098 0.060 0.038 0.024 0.012 62 K 0.075 0.063 0.079 0.152 0.138 0.135 0.154 0.095 0.057 0.035 0.017 63 E 0.152 0.105 0.128 0.198 0.127 0.093 0.088 0.054 0.028 0.018 0.008 64 L 0.017 0.028 0.031 0.075 0.083 0.145 0.205 0.140 0.132 0.096 0.047 65 L 0.008 0.010 0.015 0.026 0.038 0.061 0.110 0.125 0.211 0.210 0.185 66 Y 0.036 0.046 0.079 0.144 0.155 0.136 0.164 0.104 0.070 0.044 0.022 67 D 0.034 0.043 0.092 0.136 0.125 0.138 0.163 0.104 0.080 0.056 0.030 68 V 0.017 0.017 0.017 0.039 0.051 0.091 0.152 0.139 0.185 0.159 0.134 69 A 0.046 0.043 0.027 0.075 0.090 0.099 0.155 0.138 0.140 0.106 0.082 70 G 0.131 0.089 0.058 0.131 0.129 0.103 0.136 0.089 0.065 0.041 0.027 71 S 0.201 0.151 0.061 0.155 0.114 0.083 0.091 0.057 0.040 0.029 0.018 72 D 0.123 0.110 0.034 0.118 0.110 0.109 0.139 0.101 0.074 0.051 0.031 73 K 0.225 0.142 0.051 0.172 0.131 0.084 0.077 0.053 0.032 0.020 0.012 74 Y 0.032 0.027 0.025 0.059 0.066 0.122 0.170 0.134 0.152 0.133 0.080 75 Q 0.027 0.051 0.043 0.130 0.134 0.160 0.163 0.097 0.094 0.064 0.038 76 V 0.013 0.013 0.016 0.030 0.041 0.068 0.124 0.124 0.205 0.200 0.166 77 N 0.041 0.066 0.064 0.158 0.154 0.130 0.136 0.089 0.076 0.052 0.034 78 N 0.082 0.064 0.049 0.106 0.105 0.105 0.150 0.114 0.102 0.074 0.048 79 K 0.187 0.129 0.058 0.175 0.138 0.089 0.087 0.061 0.038 0.023 0.016 80 H 0.107 0.075 0.033 0.086 0.084 0.095 0.148 0.121 0.110 0.085 0.056 81 D 0.096 0.102 0.046 0.145 0.131 0.113 0.124 0.090 0.070 0.050 0.033 82 D 0.189 0.146 0.075 0.145 0.115 0.092 0.095 0.060 0.042 0.026 0.015 83 K 0.203 0.125 0.066 0.167 0.115 0.085 0.093 0.061 0.042 0.028 0.015 84 Y 0.052 0.052 0.024 0.069 0.069 0.112 0.158 0.124 0.145 0.124 0.070 85 S 0.136 0.159 0.066 0.188 0.138 0.089 0.084 0.061 0.041 0.024 0.014 86 P 0.177 0.107 0.060 0.121 0.104 0.100 0.116 0.082 0.061 0.045 0.026 87 L 0.094 0.064 0.038 0.104 0.109 0.121 0.154 0.113 0.095 0.066 0.042 88 P 0.212 0.218 0.053 0.144 0.104 0.071 0.079 0.052 0.034 0.020 0.011 89 C 0.064 0.063 0.027 0.082 0.094 0.103 0.160 0.128 0.125 0.092 0.062 90 S 0.343 0.157 0.069 0.141 0.095 0.062 0.063 0.033 0.021 0.012 0.006 91 K 0.226 0.149 0.092 0.216 0.129 0.072 0.061 0.030 0.015 0.007 0.004 92 I 0.021 0.039 0.033 0.065 0.084 0.108 0.178 0.143 0.146 0.112 0.071 93 I 0.007 0.011 0.020 0.049 0.089 0.135 0.229 0.161 0.149 0.099 0.051 94 Q 0.056 0.054 0.329 0.206 0.134 0.087 0.075 0.032 0.015 0.009 0.003 95 R 0.007 0.024 0.163 0.148 0.137 0.167 0.192 0.081 0.045 0.027 0.009 96 A 0.003 0.004 0.017 0.025 0.039 0.082 0.195 0.176 0.210 0.178 0.071 97 E 0.025 0.047 0.224 0.182 0.133 0.109 0.143 0.073 0.036 0.021 0.006 98 E 0.011 0.042 0.480 0.206 0.117 0.066 0.043 0.020 0.009 0.005 0.002 99 L 0.030 0.031 0.089 0.052 0.071 0.112 0.204 0.152 0.112 0.090 0.056 100 V 0.084 0.152 0.120 0.159 0.132 0.096 0.114 0.071 0.040 0.021 0.011 101 G 0.302 0.131 0.120 0.095 0.078 0.058 0.083 0.055 0.037 0.025 0.016 102 Q 0.304 0.174 0.143 0.161 0.089 0.047 0.046 0.020 0.010 0.005 0.003 103 E 0.211 0.135 0.095 0.141 0.104 0.097 0.104 0.055 0.031 0.019 0.008 104 V 0.061 0.089 0.072 0.125 0.122 0.149 0.155 0.104 0.065 0.040 0.017 105 L 0.057 0.091 0.092 0.175 0.144 0.116 0.134 0.091 0.055 0.032 0.014 106 Y 0.014 0.011 0.024 0.037 0.045 0.093 0.181 0.173 0.179 0.162 0.080 107 K 0.063 0.147 0.187 0.279 0.143 0.081 0.053 0.024 0.014 0.007 0.004 108 L 0.010 0.007 0.015 0.020 0.036 0.037 0.093 0.155 0.188 0.178 0.261 109 T 0.023 0.033 0.037 0.073 0.104 0.081 0.133 0.142 0.143 0.120 0.111 110 S 0.086 0.068 0.088 0.134 0.121 0.120 0.172 0.083 0.070 0.037 0.021 111 E 0.179 0.106 0.139 0.201 0.120 0.087 0.087 0.039 0.024 0.012 0.007 112 N 0.049 0.058 0.057 0.086 0.081 0.082 0.175 0.131 0.138 0.087 0.056 113 C 0.020 0.029 0.028 0.057 0.062 0.070 0.133 0.136 0.193 0.154 0.118 114 E 0.023 0.035 0.047 0.085 0.093 0.121 0.166 0.140 0.130 0.096 0.064 115 H 0.018 0.026 0.046 0.073 0.102 0.101 0.175 0.194 0.125 0.092 0.049 116 F 0.005 0.007 0.016 0.026 0.043 0.036 0.105 0.208 0.202 0.206 0.147 117 V 0.003 0.003 0.010 0.019 0.033 0.046 0.103 0.157 0.231 0.236 0.159 118 N 0.022 0.029 0.079 0.106 0.106 0.107 0.180 0.120 0.132 0.080 0.038 119 E 0.010 0.018 0.049 0.090 0.118 0.113 0.208 0.157 0.121 0.073 0.044 120 L 0.006 0.006 0.017 0.016 0.022 0.036 0.083 0.102 0.214 0.247 0.250 121 R 0.038 0.059 0.084 0.126 0.141 0.127 0.175 0.095 0.077 0.047 0.032 122 Y 0.050 0.064 0.085 0.122 0.139 0.110 0.147 0.117 0.080 0.050 0.035 123 G 0.202 0.128 0.069 0.108 0.085 0.072 0.118 0.075 0.066 0.047 0.030 124 V 0.177 0.118 0.067 0.154 0.115 0.099 0.118 0.062 0.045 0.029 0.016 125 A 0.210 0.174 0.104 0.149 0.102 0.086 0.073 0.045 0.031 0.018 0.009 126 R 0.082 0.236 0.089 0.171 0.117 0.091 0.104 0.054 0.031 0.017 0.008 127 S 0.090 0.052 0.036 0.073 0.085 0.097 0.157 0.135 0.122 0.085 0.067 128 D 0.597 0.165 0.083 0.091 0.036 0.013 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 129 Q 0.048 0.042 0.056 0.131 0.159 0.107 0.175 0.141 0.076 0.039 0.026 130 V 0.021 0.023 0.027 0.044 0.064 0.062 0.156 0.183 0.166 0.151 0.103 131 R 0.091 0.200 0.271 0.226 0.106 0.049 0.034 0.013 0.007 0.003 0.001 132 D 0.185 0.180 0.258 0.205 0.092 0.036 0.024 0.012 0.005 0.002 0.001